대물변제한 것으로 보아 분양수입금액으로 하여 과세한 처분의 당부

심판청구번호 국심1999중 2605(2000.12.31) 54,789,680원과 1997년 귀속 종합소득세 79,685,810원의 부과처분은 ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ구 ○○○동 ○○○의 지하 101호, 지상 601호 및 701호의 분양수입 금액을 1,950,000,000원(지하 101호 650,000,000원, 601호 700,000,000원, 701호 600,000,000원)으로 하고, 건설자금의 이자계산 규정을 적용하여 손금불산입한 124,885,640원을 손금산입하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하며, 1999.1.18 청구인에게 한 1996년 2기분 부가가치세 39,100,650 원의 부과처분은 이를 취소한다.

청구인은 부동산 매매업 등을 영위하는 사업자로 1996.2.13 ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ구 ○○○동 ○○○ 대지 1,179.60㎡ 지상에 ○○○빌딩(근린생활시설 8,054.12㎡, 이하 "쟁점부동산"이라 한다)을 신축하여 1996 과세연도 중에 지하 101호, 지상 601호 및 701호를 분양하고 그에 대한 분양수입금액을 1,950,000,000원(지하 101호 650,000,000원, 601호 700,000,000원, 701호 600,000,000원)으로 하여 1996년 2기분 부가가치세 신고 및 1996년 귀속 종합소득세 확정신고를 하였다. 처분청은 청구인의 종합소득세에 대한 실지조사시 청구인이 쟁점부동산의 지하 101호, 지상 601호 및 701호를 쟁점부동산을 신축한 청구외 ○○○종합건설주식회사(이하 "청구외법인"이라 한다)에 공사대금조로 대물변제한 것으로 보아 그 분양수입금액을 2,579,000,000원(지하 101호 979,000,000원, 지상 601호 및 701호 1,600,000,000원)으로 하여 청구인의 신고금액 1,950,000,000원과의 차액 629,000,000원을 총수입금액에 산입하고, 자본적지출 부인액 124,885,640원 등 155,797,640원을 필요경비 불산입하여 1999.1.6 청구인에게 1996년 귀속 종합소득세 54,789,680원 및 1997년 귀속 종합소득세 79,685,810원을 결정고지하는 한편, 위 과소신고금액 중 건물분 수입금액을 신고한 부가가치세 과세표준에 합산하여 1999.1.18 청구인에게 1996년 2기분 부가가치세 39,100,650원을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999.4.3 심사청구를 거쳐 1999.12.2 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 쟁점부동산의 지하 101호, 지상 601호 및 701호를 각각 650,000,000원, 700,000,000원 및 600,000,000원에 분양하였음이 매매계약서와 금전출납부 등에 의하여 확인되고 있음에도 불구하고 처분청이 그 분양수입금액을 지하 101호 경우 대출받기 위하여 임의로 작성한 계약서상의 금액인 979,000,000원으로, 지상 601호 및 701호는 청구외법인이 동 부동산을 담보로 제공하고 대출받은 금액인 1,600,000,000원으로 추정하여 이에 대한 부가가치세 및 소득세를 경정결정한 처분은 부당하다.

(2) 쟁점부동산은 판매용 재고자산임에도 불구하고 처분청이 건설자금의 이자계산 규정인 소득세법 제33조 제1항 제10호 및 같은법 시행령 제75조 제2항의 규정을 적용하여 쟁점차입금을 ○○○상호신용금고에 예치하고 지급받은 1994∼1995 과세연도의 수입이자 261,340,228원(이하 "쟁점수입이자"라 한다) 중 분양사업에 해당하는 124,885,640원을 취득원가에서 차감하여 손금불산입한 처분은 부당하다.

• 나. 국세청장 의견

(1) 쟁점부동산의 지하 101호, 지상 610호 및 701호의 실제 분양가액이 불분명하다고 보여지므로 청구인이 동 부동산들을 청구외법인에 공사대금조로 대물변제한 사실이 맞는지 여부 및 대물변제한 금액, 대물변제가 아닌 경우에는 실제 분양가액이 얼마인지를 재조사하여 그 과세표준과 세액을 경정함이 타당하다.(처분청은 재조사 결과 당초 처분을 유지함) (2) 소득세법 시행령 제75조 제2항 의 규정에 의하면, 차입금의 일시예금에서 생기는 수입이자는 원본에 가산하는 자본적지출금액에서 차감하도록 규정하고 있으므로 쟁점수입이자를 쟁점부동산의 취득원가에서 차감하고 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 이 건의 다툼은 ① 쟁점부동산의 지하 101, 지상 601호 및 701를 공사비조로 대물변제한 것으로 보아 그 분양수입금액을 2,579,000,000원으로 하여 과세한 처분의 당부

② 쟁점수입이자 중 분양사업에 해당하는 124,885,640원을 쟁점부동산의 분양원가에서 차감하여 손금불산입한 처분의 당부에 있다.

• 나. 관련법령 이 건 분양당시의 소득세법 제80조 제2항 제1호 에는 『납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조 내지 제72조 또는 제74조의 규정에 의한 과세표준확정신고를 한 자가 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때에는 당해 연도의 과세표준과 세액을 경정한다』고 규정하고 있고, 같은법 제24조 제1항에는 『거주자가 각 소득에 대한 총수입금액의 계산은 당해 연도에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액에 의한다』고 규정하고 있으며, 같은조 제2항에는 『제1항의 경우 금전 외의 것을 수입하는 때에는 그 수입금액을 거래 당시의 가액에 의하여 계산한다』고 규정하고 있다. 또한, 같은법 제33조 제1항에는 『거주자가 당해 연도에 지급하였거나 지급할 금액 중 다음 각호에 규정하는 것은 부동산임대소득금액·사업소득금액·일시재산소득금액·기타소득금액 또는 산림소득금액의 계산에 있어서 이를 필요경비에 산입하지 아니한다』라고 규정하면서, 그 제10호에서 『차입금 중 대통령령이 정하는 건설자금에 충당한 금액의 이자』라고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제75조 제1항에는 『법 제33조 제1항 제10호에서 대통령령이 정하는 건설자금에 충당한 금액의 이자라 함은 그 명목여하에 불구하고 당해 사업용 고정자산의 매입·제작·건설(이하 이 조에서 "건설"이라 한다)에 소요된 차입금(고정자산의 건설에 소요되었는지의 여부가 분명하지 아니한 차입금을 제외한다)에 대한 지급이자 또는 이와 유사한 성질의 지출금을 말한다』고 규정하고 있으며, 같은조 제2항에는 『제1항의 규정에 의한 지급이자 또는 지출금은 건설이 준공된 날까지(토지를 매입한 경우에는 그 대금을 완불한 날까지로 하되, 대금을 완불하기 전에 당해 토지를 사업에 제공한 경우에는 그 제공한 날까지로 한다) 이를 자본적지출로 하여 그 원본에 가산한다. 다만, 제1항의 규정에 의한 차입금의 일시예금에서 생기는 수입이자는 원본에 가산하는 자본적지출 금액에서 이를 차감한다』고 규정하고 있다. 한편, 부가가치세법 제21조 제1항 제2호 에는 『사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 확정신고 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다』고 규정하고 있고, 같은법 제13조 제1항에는 『재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 "공급가액"이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

3. (생략)

4. (생략)』이라고 규정하고 있다. 국세기본법 제16조 제1항 에는 『납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치·기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치·기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다』고 규정하고 있고, 같은조 제2항에는 『제1항의 규정에 의하여 국세를 조사·결정함에 있어서 기장의 내용이 사실과 다르거나 기장에 누락된 것이 있는 때에는 그 부분에 한하여 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다』고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점 ①에 대하여 본다. 쟁점부동산의 신축경위를 보면, 청구인은 1994.7.27 ㅇㅇㅇ주택공사와 쟁점부동산의 토지에 대한 매매계약을 체결하고, 1994.9.15과 1994.11.11 각각 ㅇㅇㅇ주택공사와 ㅇㅇㅇ시로부터 토지사용 승낙허가와 쟁점부동산의 건축허가를 받은 후 1994.11.28 청구외법인으로 하여금 시공토록 하여 1996.1.20 준공하였음이 매매계약서 및 준공필증 등에 의하여 확인된다. 쟁점부동산의 공사계약 내용과 공사비 지급내용을 보면, 청구인은 1994.10.26 청구외법인과 도급금액 4,950,000,000원(부가가치세 포함)에 쟁점부동산을 신축하기로 계약을 체결하였다가 1995.5.10 도급금액을 4,620,000,000원(부가가치세 포함)으로 감액하는 수정계약을 체결하였음이 민간건설공사 표준도급계약서 및 계약변경합의서에 의하여 확인되고 있고, 청구인은 1995 과세연도에 쟁점부동산의 분양금 및 임대보증금 등으로 719,152,180원을 공사비로 지급하였고, 1996 과세연도에는 부가가치세 및 차입금 등으로 3,900,847,820원을 공사비로 지급하였음이 무통장입금증과 청구외법인의 입금표, 현금출납부 등에 의하여 확인된다. 쟁점부동산의 지하 101호, 지상 601호 및 701호는 1996.2.13 청구인 명의로 소유권보존등기되었다가 지하 101는 1996.12.12 청구외 ○○○ 에게, 지상 601호는 1996.12.13 청구외 ○○○, ○○○, ○○○ 등 3인에게, 701호는 1996.12.12 청구외 ○○○에게 각각 소유권이전등기되었음이 등기부등본에 의하여 확인된다. 쟁점부동산의 지하 101호, 지상 601호 및 701호에 대한 청구인의 신고가액, 처분청의 과세가액, 국세청장의 1996년도 기준시가는 다음표와 같음이 종합소득세 신고서 및 결정결의서, 처분청이 제시한 심리자료에 의하여 확인된다. (단위: 원) 구분 신고가액 과세가액 기준시가 지하○○○ 650,000,000 979,000,000 542,178,832

○○○ 700,000,000 1,600,000,000 586,756,200

○○○ 600,000,000 580,677,804 처분청은 부가가치세법 제13조 제1항 제2호 『금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가』의 규정을 적용하여 청구인이 분양계약서 등에 따라 신고한 분양수입금액을 부인하고 쟁점부동산의 지하 101호, 지상 601호 및 701호를 청구외법인에 공사비조로 대물변제한 것으로 간주하여 지하 101호 경우 근저당권 설정시 청구외 ○○○와 작성된 계약서상의 금액인 979,000,000원으로, 지상 601호 및 701호는 근저당권을 설정하고 대출받은 금액인 1,600,000,000원으로 하여 이에 대한 부가가치세와 종합소득세를 과세하였으나, 청구인은 쟁점부동산의 신축공사비 4,620,000,000원(부가가치세 포함) 전액을 청구외법인에 지급하였음이 확인되고 있을 뿐만 아니라 지하 101호는 그 소유권이 청구외 ○○○에게, 601호는 국세청장의 의견과 같이 청구외 ○○○외 2인에게 이전되어 동 3인이 공동으로 동 부동산에서 영업중에 있고 동 부동산의 소유권이전시 기 설정되어 있는 근저당권을 해지하고 이전하였으며, 701호는 청구외 ○○○에게 이전되었음에도 이를 청구외법인이 명의신탁한 것이라는 입증도 없어 동 부동산들을 공사비조로 대물변제하였다는 처분청의 과세근거는 신뢰할 수 없다 하겠다. 또한, 지하 101호 경우 처분청이 과세근거로 한 청구인과 청구외 ○○○간에 작성된 계약서는 계약일자 및 대금지급일자가 기재되어 있지 아니하고, 소유권이 이전된 청구외 ○○○와 체결된 계약서가 아니므로 이를 동 부동산의 실제 매매계약서로 보기는 어렵다고 판단되며, 청구외법인이 동 부동산을 담보로 400,000,0000원을 대출받은 후 기 신용으로 받은 대출금 580,000,000원도 동 부동산 담보대출로 전환하였으므로 지하 101호를 담보로 제공하고 대출받은 금액이 980,000,000원이라 하여 동 금액이 곧 시가라는 처분청의 과세근거도 당초 580,000,000원을 대출받을 당시 청구외법인 소유의 다른 부동산(인천광역시 중구 ○○○동 ○○○소재 토지 및 건물)이 담보로 제공되어 있었고, 동 담보가 부족하여 쟁점부동산의 지하 101호를 추가로 담보제공하였음이 등기부등본에 의하여 확인되고 있으므로 이부분 처분청의 과세근거도 미흡하다 할 것이다. 그리고 지상 601호 및 701호도 그 소유권이 각각 다른 사람에게 이전되었음에도 601호와 701호의 각 분양금액을 구분함이 없이 합계 1,600,000,000원에 분양되었다는 과세근거 또한 인정하기 어렵고, 또한 두 부동산을 담보로 청구외법인이 대출받은 금액이 1,600,000,000원이라 하여 이 금액을 시가로 볼 수는 없다고 할 것이다. 그렇다면, 소득세법상 소득액 확정의 기초가 되는 매출액과 필요경비라든지 부가가치세의 과세표준 산정의 기초가 되는 매출, 매입액에 관한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있고, 또 납세의무자의 신고나 정부의 결정에 오류 또는 탈루가 있을 때에만 이를 경정할 수 있는 것이므로 납세의무자가 매출에 관해 비치 기장한 장부나 증빙, 매입 또는 비용지출에 관한 증빙이나 세금계산서의 기재는 위와 같은 경정사유에 관한 입증없이 과세관청이 이를 함부로 부인할 수는 없다고 할 것인 바(대법원 91누 7415, 1991.1.17), 처분청이 위와 같은 과세근거로 청구인에게 이 건 부가가치세 및 종합소득세를 경정한 처분은 국세기본법 제16조 에서 규정하고 있는 근거과세 원칙에 부합되기 어려운 부당한 처분으로 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 본다. 쟁점부동산의 총건물면적은 8,054.12㎡이고, 연도별 분양현황은 다음 "표"와 같음이 쟁점부동산의 분양현황 및 등기부등본 등에 의하여 확인된다. 〈연도별 분양현황〉 (단위: ㎡, %) 연도별 분양면적 누계 분양비율 1996∼1997년 3,848.791 47.8 1998년 5,970.069 74.1 1999년 6,873.20 85.3 쟁점수입이자는 청구인이 쟁점부동산의 건설을 위하여 ○○○상호신용고부터 차입한 2,000,000,000원을 1994.10.31 동 금고에 예치하고 지급받은 1994∼1995 과세연도의 수입이자 261,340,228원으로 처분청은 소득세법 시행령 제75조 (건설자금의 이자계산) 제2항의 단서규정을 적용하여 쟁점수입이자 중 분양사업에 해당하는 124,885,640원(261,340,228원×3,848.791㎡/8,054.12㎡)은 손금불산입하여 과세하고, 미분양(임대)사업에 해당하는 136,454,590원(261,340,228원×4,205.329㎡/8,054.12㎡)은 임대자산에서 감하는 처분을 하였음이 처분청의 과세기록에 의하여 확인된다. 매매를 목적으로 매입 또는 건설하는 주택 및 아파트는 법인세법 시행령 제33조 제1항 의 규정에 의한 사업용고정자산에 해당하지 아니하는 것임을 알 수 있다(법인세법 기본통칙 2-9-11…16 제4호 같은 뜻임). 위 관련법령과 사실관계를 종합하여 보면, 쟁점부동산은 매매를 목적으로 건설한 부동산으로 사업용고정자산이 아니라 판매용 재고자산에 해당함에도 불구하고 처분청이 사업용고정자산에 대하여 적용하는 건설자금의 이자계산 규정을 적용하여 124,885,640원을 손금불산입한 처분은 부당하다고 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.