중소제조업 등에 대한 특별세액감면신청에 대한 경정청구의 당부

심판청구번호 국심1999중 2496(2000. 6.22) 獰殆У�법인세 142,187,690원의 부과처분은 중소제조업 등에 대한 특별세액감면을 적용하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

청구법인은 ○○시 ○○구 ○○○동 ○○○ 주안시범공단 170호에서 전자관 제조·판매업을 영위하고 있는 법인으로서, 1999.3.3 처분청으로부터 1996사업연도 법인세 및 1997사업연도 법인세 서면분석 검토결과 안내를 받고, 1999.3월 청구법인의 1998사업연도 결산시 1996사업연도 및 1997사업연도 기업합리화적립금을 적립한 후, 1999.3.31 조세감면규제법 제7조에 의한 중소제조업 특별세액감면신청을 내용으로 하는 1996사업연도 및 1997사업연도 법인세 경정청구를 하였다. 처분청은 청구법인이 한 1996사업연도 및 1997사업연도 중소제조업 특별세액 감면신청을 배제하고, 1996사업연도분 법인세 142,187,690원과 1997사업연도분 법인세 145,950,130원을 1999.4.1 청구법인에 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.5.29 심사청구를 거쳐 1999.11.13 이 건 심판청구를 제기하였다(국세청장은 심사결정에서 경정청구기한내인 1997년도 사업연도분에 대한 특별세액 감면신청을 인용결정하고, 1996연도분은 경정청구기한 도과를 이유로 기각결정함).

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 심사결정시 1996사업연도분 중소제조업 특별세액 감면을 경정청구기한의 도과를 이유로 배제하였으나, 국세기본법 제45조 의 2 제2항 제4호의 규정에 의하면 경정결정이 있은 후 2월내에 경정청구를 할 수 있고, 청구법인은 1999.4.1 이 건 1996사업연도 법인세 결정고지후인 1999.4.14에도 경정청구를 한 바 있으므로, 이 건 감면신청은 적법한 감면신청으로서 1996사업연도분에 대하여도 중소제조업 특별세액감면을 적용하여야 한다.
• 나. 국세청장 의견 중소제조업 등에 대한 특별세액감면은 조세감면규제법 제7조 및 동 시행령 제7조의 규정에 의한 감면신청서를 국세기본법 제45조 의 2의 규정에 의하여 제출하는 경우에도 그 요건만 충족하면 적용하는 것인 바, 청구법인은 1999.3.31 1996∼1997사업연도분 중소제조업 등에 대한 특별세액 감면신청서를 첨부하고 기업합리화적립금을 적립하여 경정청구를 하였으므로, 1996사업연도분은 경정청구 기간을 도과하여 이에 대한 세액감면을 배제함은 타당하다고 할 것이나, 1997사업연도분에 대하여도 중소제조업 등에 대한 특별세액감면을 배제하고 과세한 처분청의 처분은 잘못이라고 판단된다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 한 1996사업연도분 중소제조업 등에 대한 특별세액감면신청을 내용으로 하는 경정청구를 거부한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 구 조세감면규제법(1996.12.30 개정되기 전의 것) 제7조 제1항에서 『제조업·부가통신업·연구 및 개발업·방송업·엔지니어링사업·정보처리 및 컴퓨터운용관련업 또는 물류산업을 영위하는 중소기업에 대하여는 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 20에 상당하는 세액을 감면한다.(단서생략)』라고 규정하고, 제3항에서 『제1항의 규정의 적용을 받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다.』고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제7조 제4항에서는 『법 제7조의 규정에 의하여 소득세 또는 법인세를 감면받고자 하는 자는 과세표준신고서와 함께 총리령이 정하는 세액 감면신청서를 소관세무서장에게 제출하여야 한다』고 규정하고 있고, 조세감면규제법 제123조 제1항에서 『제5조 내지 제7조의 규정에 의하여 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용받고자 하는 내국법인은 당해 사업연도의 이익금처분에 있어서 그 공제받고자 하는 세액(소득공제를 받고자 하는 경우에는 그 공제받고자 하는 소득금액에 대한 법인세상당액)에서 당해 공제받고자 하는 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다.』고 규정하고 있다. 한편, 국세기본법 제45조 의 2 제1항에서 『과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 1년이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때 2.(생략)』으로 규정하고 있으며, 또한, 같은법 제55조 제1항에서 『이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구를 하여 그 처분의 취소 도는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다.』고 규정하고, 같은법 제61조 제1항 및 제68조에서 『심사청구는 당해처분이 있은 것을 안 날로부터 90일이내에, 심판청구는 심사결정의 통지를 받은 날로부터 90일이내에 하여야 한다』고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 12월말 결산법인으로서 청구법인이 1996사업연도 및 1997사업연도 법인세 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 사실과 청구법인은 1996사업연도 및 1997사업연도분의 기업합리화적립금을 적립하지 아니하였다가 1999.3월 1998사업연도 결산시 1996사업연도분 및 1997사업연도분 기업합리화적립금을 적립하고, 1999.3.31 1996사업연도 및 1997사업연도분 중소제조업 등에 대한 특별세액 감면을 경정 청구한 사실에 대하여는 다툼이 없고, 국세청장은 1999.3.31 이 건 심사결정에서 중소제조업등에 대한 특별세액 감면은 조세감면규제법 제7조 및 동 시행령 제7조의 규정에 의한 감면신청서를 국세기본법 제45조 의 2의 규정에 의하여 제출하는 경우에도 그 요건만 충족하면 적용하는 것이므로, 경정청구기한내인 1997사업연도분에 대한 청구법인의 중소제조업 특별세액감면을 결정한 바 있고, 처분청은 심사결정에 따라 청구법인에 대하여 1997사업연도 법인세는 중소제조업 특별세액감면을 하여 이를 경정하였으나 1996사업연도분은 경정청구기한의 경과를 이유로 중소제조업 특별세액 감면을 배제하고 있다.

(2) 이 건 관련법령인 국세기본법 제45조 의 제1항의 규정에 의하면 경정청구기한은 법정신고기한 경과후 1년이내임을 알 수 있고, 청구법인의 1996사업연도 법인세 과세표준확정신고기한은 1997.3.31이므로 청구법인이 1999.3.31과 1999.4.14한 1996사업연도 법인세 경정청구는 그 기한이 경과한 것으로 볼 수 있다 할 것이다.

(3) 다만, 처분청이 한 이 건 1996사업연도 법인세에 대한 경정고지일은 1999.4.1로서 청구법인은 1996사업연도 기업합리화적립금을 1999.3.31 기 적립하여 1996사업연도 중소제조업특별세액 감면을 신청한 바 있고, 청구법인은 처분청이 1999.4.1 경정고지한 1996사업연도 법인세 경정처분에 대하여 불복청구기한내인 1999.5.29과 1999.11.13에 1996사업연도 중소제조업특별세액 감면을 요구하는 내용의 심사청구와 심판청구를 한 사실이 확인되므로 경정청구기한의 경과에 불구하고 1996사업연도 법인세 경정처분에 대한 불복청구로서 동 내용에 대한 심리가 가능하다 할 것인 바, 중소제조업에 대한 특별세액감면제도의 취지가 중소제조업등을 육성·보호하기 위한 것으로서, 위에서 살펴본 바와 같이 청구법인이 1996사업연도의 기업합리화적립금을 적립한 사실등 청구법인이 감면요건을 충족하고 있는 사실에 대하여는 달리 다툼이 없으므로, 처분청은 청구법인에 대한 1996사업연도 중소제조업 특별세액감면을 적용하여 1996사업연도 법인세의 과세표준과 세액을 경정함이 타당하다 하겠다.

• 라. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.