사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액불공제한 처분의 당부

심판청구번호 국심1999중 2412(2000. 3.31) 은 건설업을 영위하는 업체로서 ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇㅇ시 ○○○동 ○○○ 청구법인 소유 토지위에 상가건물(24,132㎡)을 신축하면서 하청업체에 지급할 건설용역대가 2,088,350,000원(공급가액: 이하 "쟁점금액"이라 한다)을 청구법인의 부도로 지급하지 못하게 되자 청구외 (주)○○○(이하 "청구외법인"이라 한다)이 대신지급하면서 1998년 2기중 청구외법인으로부터 이에 대한 매입세금계산서(1998.11.26 1,088,350,000원, 1998.12.30 1,000,000,000원: 이하 "쟁점세금계산서"라 한다)를 교부받아 청구법인의 1998년 2기 부가가치세 신고시 매출세액에서 공제를 한 사실이 있다. 처분청은 청구법인이 청구외법인으로부터 교부받은 쟁점세금계산서는 건설용역대가에 대한 것이 아니라고 보아 해당 매입세액을 불공제하여 1999.5.1 청구법인에게 1998년 2기분 부가가치세 137,585,330원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999.6.28 심사청구를 거쳐 1999.11.1 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구주장 청구법인의 수탁자인 청구외 ○○○(주)와 청구외법인간에 체결된 공사도급계약은 단순히 건설용역만을 제공하는 일반적인 공사도급계약이 아니고 청구법인이 시공하지 못한 잔여공사의 승계는 물론 청구법인의 부도 발생으로 하도급업체에 지급하지 못한 공사비 미지급금의 정산 및 지급까지 의뢰한 복합적인 용역의 제공을 규정한 계약으로 공사비 미지급금의 대신지급은 별도의 용역으로서 부가가치세 과세대상으로 보아야 함에도 불구하고 건설용역이 아닌 미지급공사비의 대신변제로 보아 청구법인이 교부받은 쟁점세금계산서상 매입세액을 불공제한 처분은 부당하고, 만약 이 건 거래가 부가가치세 과세대상이 아니라면 처분청은 용역의 제공자인 청구외법인과 관할세무서에 이러한 사실을 통보하여 청구외법인이 과다하게 신고·납부한 부가가치세가 환급되도록 조치하여야 한다.
• 나. 국세청장 의견 부가가치세법상 재화나 용역의 공급에 대하여 부가가치세를 과세하고 세금계산서를 발행하도록 되어있는 바, 청구외 (주)○○○은 건설용역의 제공없이 청구법인의 부도로 인한 공사비 미지급금을 대신 지급한 것에 대하여 쟁점세금계산서를 발행하였으므로 쟁점세금계산서는 건설용역의 제공에 따른 매입세금계산서가 아니고 미지급공사비의 대신변제에 대하여 발행한 것이므로 이를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분은 달리 잘못이 없다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부에 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제1조 【과세대상】에서는 『① 부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다. 1. 재화 또는 용역의 공급 2. 재화의 수입 ② 제1항에서 재화라 함은 재산적 가치가 있는 모든 유체물과 무체물을 말한다. ③ 제1항에서 용역이라 함은 재화 이외의 재산적 가치가 있는 모든 역무 및 기타 행위를 말한다』라고 규정하고 있고, 같은법 제17조 【납부세액】제2항 제1의2호에서는 『 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. (1의 2) 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다』고 규정하고 있다. 또한, 같은법시행령 제60조 【매입세액의 범위】제2항 제2호에서는 『법 제17조 제2항 제1호의 2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다. (2호). 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우』라고 규정되어 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1992.3.16 취득한 청구법인 소유 ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇㅇ시 ○○○동 ○○○ 소재 대지 위에 "○○○빌딩"을 신축하면서 1996.6.26 청구외 ○○○(주)와 분양형 토지신탁계약을 체결하였고, 1996.6.28 위 신탁회사와 공사금액을 16,060,000,000원으로 하는 공사도급계약을 체결하고 청구법인이 공사시공자로서 공사를 진행하면서 ○○○개발외 6개업체에 하도급을 주었으나 1997.12.12 청구법인의 부도발생으로 공사대금을 지급하지 못하고 공사를 중단하였음이 공사계약서와 처분청의 조사내용에 의하여 확인된다.

(2) 청구외 ○○○(주)는 1998.8.31 청구외 ○○○(주)와 공사도급금액을 11,150,000,000원(부가가치세 별도)으로 하고 청구법인의 하도급업체에 대한 공사비 미지급금(2,203,347,700원)을 지급하는 것을 내용으로 하는 공사도급계약을 체결하였으나, 공사착수 전 부도발생으로 1998.9.30 청구외 ○○○(주)의 연대보증인인 청구외법인과 공사금액을 11,150,000,000원으로 하고 청구법인의 하도급업체에 대한 미지급금을 정산하여 지급하는 것을 내용으로 하는 공사변경계약을 다시 체결하였음이 공사변경계약서에 의하여 확인된다.

(3) 이후, 청구외법인은 청구법인이 하도급업체에게 미지급한 공사비를 실사하여 그 금액을 2,088,350,000원으로 확정하여 지급하였고, 1999.1.25 청구외법인은 쟁점금액을 과세표준으로 하여 부가가치세를 신고·납부하였으며, 청구법인은 1998년 2기 부가가치세 신고시 쟁점세금계산서상의 매입세액을 공제하였음이 처분청의 조사내용과 청구외 (주)○○○의 부가가치세 신고서에 의하여 확인되고 있다.

(4) 청구법인은 청구법인이 부도발생으로 하도급업체에 지급하지 못한 공사비 미지급금을 공사를 승계한 청구외법인이 위 공사비 미지급금을 정산하여 지급하기로 약정하고 이를 지급한 후 위 공사비 미지급금에 대한 세금계산서를 발행한 경우 이는 복합적인 용역제공에 의한 정당한 세금계산서로서 이를 수취한 청구법인의 해당 매입세액은 공제되어야 한다고 주장하고 있으나, 위 사실내용과 같이 쟁점세금계산서는 청구외법인이 건설용역의 제공없이 단지 청구법인이 하도급업체에게 지급하여야 할 공사비를 정산하여 대신지급한 것에 불과하고 이는 건설용역의 대가가 아니라 할 것이므로 청구외법인이 쟁점금액에 대한 부가가치세를 신고·납부한 사실에 대하여 용역의 공급에 대한 대가가 아닌 쟁점금액을 청구외법인의 부가가치세 과세표준에서 제외하는 것은 별론으로 하더라도 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 청구법인이 신고한 부가가치세 매입세액을 불공제한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제8 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.