과세유형의 전환

심판청구번호 국심1999중 2408(2000. 4.20) ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ○○○동 ○○○ 지상 6층 지하 1층 연면적 1198.34㎡의 ○○○빌딩(이하 "쟁점사업장"이라 한다)을 신축하여 부동산 임대업을 영위하는 사업자로서 1997.7.11 사업자등록을 하고 부동산 임대용역에 대한 부가가치세를 신고하였다. 처분청은 쟁점사업장의 최초 사업개시년도의 연간환산과세표준이 일반사업자 규모(150,000,000원)에 미달함에도 법정기한(1998.6.20)내에 과세특례포기신청을 하지 아니하였다하여 1998년 제2기 과세기간부터 청구인을 과세특례자로 보아 기 공제받은 고정자산관련 매입세액에 대하여 재고납부세액을 계산하고 이를 납부할 세액에 가산하여 1999.7.15 청구인에게 1998년 제2기분 부가가치세 53,856,000원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999.8.12 심사청구를 거쳐 1999.11.1 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장 청구인은 처분청이 과세유형 전환일(1998.7.1)이후에도 아무런 시정조치 없이 과세유형 전환전과 동일하게 일반과세자로 신고한 부가가치세신고를 받아들였을 뿐만 아니라 일반과세자로 신고한 금액에 의한 예정분 고지처분도 계속 하였고 더욱이 1999.3.29 일반과세자로 하여 사업자등록증명원을 발급하였음은 청구인이 일반과세자에 해당됨은 물론, 그동안 청구인이 이를 신뢰한 사실을 처분청이 명시적으로 확인한 것이라 할 것이므로 청구인을 과세특례자로 유형전환되었다고 보아 이 건 재고납부세액을 과세하였음은 신의성실의 원칙에 위배된 처분이다.
• 나. 국세청장 의견 부가가치세법 제25조 제4항 에서 신규로 사업을 개시하는 사업자가 과세특례적용신고서를 제출하는 경우에 최초의 과세기간에 있어서 과세특례자로 하고 과세특례배제기준에 해당하는 사업자는 그러하지 아니한다라고 규정하고 있는 바, 청구인은 사업자등록당시 일반사업자로 등록하였고 과세특례배제기준에 해당한다 하여도 최초의 과세기간에만 이 규정이 적용되는 것이며 이 후 과세기간부터는 공급대가에 의하여 과세유형전환여부를 판정하도록 규정되어 있어 청구인의 주장을 받아 들일 수 없고, 부가가치세법 시행령 제74조 의 2 제3항에서 일반과세자에서 과세특례자로 유형전환되는 사업자에 대하여는 유형전환 통지에 관계없이 유형전환하여야 할 시기에 과세특례자에 관한 규정을 적용한다고 규정되어 있으므로 처분청에서 쟁점사업장에 대하여 1998.7.1자 과세특례자로 과세유형을 전환하면서 쟁점사업장의 재고납부세액을 과세특례자로서 납부하여야 할 납부세액에 가산하여 과세한 처분은 정당한 것으로 판단된다.

• 가. 쟁점 이 건의 다툼은 과세특례포기신고를 하지 않아 과세특례자로 과세유형이 전환된 청구인에 대해 청구인이 일반과세자로서 확정신고납부한 세액의 2분의 1로 하여 부가가치세를 예정고지한 처분과 사업자등록증명원을 일반과세자로 하여 발급한 사실을 청구인이 일반과세자임을 공적으로 견해표명한 것이라 할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 국세기본법 제15조 【신의·성실】는『납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.』고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 과세자료 등에 의하면 쟁점사업장의 최초 과세기간인 1997.2기의 공급대가를 기초로하여 12월로 환산한 금액이 과세특례자에 해당되고, 법정기한인 1998.6.10까지 과세특례포기를 신고하지 않음으로써 청구인은 부가가치세법 제30조 제2항 및 같은법시행령 제74조의 2의 규정에 의거 1998년 제2기부터 자동적으로 과세특례자로 과세유형이 전환되며, 청구인은 이 과세유형이 전환되기 전인 1998.1기 과세기간이후 이 건 고지일(1999.7.15)까지 부가가치세 각 확정분을 일반과세자로 하여 신고하였고 처분청은 청구인의 과세유형 전환여부에 대하여 별도의 언급없이 이 확정신고납부세액의 2분의 1을 각 예정분 고지세액으로 결정하였으며 이에 대하여는 처분청과 청구인간에 다툼이 없다.

(2) 처분청은 청구인이 일반과세자에서 과세특례자로 전환된 것으로 보아 쟁점사업장 신축과 관련하여 기 공제받은 매입세액에 대하여 이 건 재고납부세액을 결정고지하였고 청구인은 이에 대해 과세유형전환 시기인 1998.7.1이후부터 1년이 지난 이 건 처분당시(1999.7월)까지 처분청이 부가가치세법 제28조제2항 에 의거 결정고지한 1998.2기 및 1999.1기 예정분 부가가치세를 청구인이 일반과세자로 하여 신고납부한 1998.1기 및 1998.2기분 확정신고세액의 2분의 1로 계산한 것과 1999.3.29 청구인을 일반과세자로 하여 사업자등록증명원을 발급한 것을 처분청이 청구인을 일반과세자로 인정한다는 처분청의 공적인 견해표명에 해당되는 것으로 보고 이 건 재고납부세액을 고지한 처분은 국세기본법이 규정한 신의성실의 원칙에 위배된다고 주장하고 있어 이에 대하여 본다. (가) 청구인은 1997.7.11 일반과세자로 사업자등록후 임대수입금액 1,515,616원을 1997.2기 부가가치세 과세표준으로 신고하였으며, 이를 연간과세표준으로 환산하면 과세특례자에 해당되나 과세특례포기신청을 한 사실이 없으므로 부가가치세법시행령 제74조 의 2의 규정에 따라 처분청의 과세유형전환 통지유무에 관계없이 청구인은 자동적으로 과세특례자에 관한 규정의 적용을 받게 되는 것이고, (나) 청구인이 일반과세자로 신고납부한 1998.1기 및 1998.2기 확정신고세액의 2분의 1을 1998.2기, 1999.1기 예정분 부가가치세액으로 고지한 사실이 있으나 과세특례자에 대하여는 전기납부세액의 2분의 1을 부가가치세 예정분으로 고지하게 되어있으므로 처분청이 청구인이 신고납부한 전기납부세액의 2분의 1을 부가가치세 예정분으로 고지처분을 했다고 해서 청구인을 일반과세자로 하여 과세하였다고 볼 수 없을 뿐만 아니라 청구인이 제시한 위 예정분 고지서에 일반과세자임이 표기된 바도 없다. (다) 또한, 사업자등록증명원은 이 건 과세처분일(1999.7.15)이후인 1999.3.29에 발급된 것으로 동 사업자등록증명원 발급시에는 청구인도 자신이 과세특례자라는 사실을 알고 있었다고 보아야 하는 점, 사업자에 대한 과세유형은 부가가치세법에서 정하고 있는 사항으로 세무서장이 결정할 사항은 아닌 점, 위 증명원의 발급은 청구인이 신고한 사업자등록이 일반과세자로 신고되었던 사실을 증명하는 사실행위에 지나지 않는 것으로 과세유형전환후에도 여기에 일반과세자로 표기된 것은 처분청의 사무착오에 의한 것으로 보이는 점 등을 종합해 볼 때 처분청이 사업자등록증명원 발급당시에 청구인의 과세유형이 일반과세자임을 확인하여 이 사실을 공적으로 의사표명한 것이라 볼 수 없다하겠다.

(3) 앞에서 본 바와 같이, 청구인이 일반과세자로 하여 신고납부한 전기납부세액의 2분의 1을 처분청이 청구인에게 1998.2기 및 1999.1기 예정분 부가가치세로 고지했다는 사실과 처분청이 발급한 사업자등록증명원에 일반과세자로 표기되어 있다는 사실만으로써는 과세관청이 청구인을 일반과세자라고 하는 의사표명을 하였다고 볼 수 없으므로 처분청이 청구인을 과세특례자로 보아 재고납부세액을 납부할 세액에 가산하여 이 건 부가가치세를 결정고지한 처분이 국세기본법 소정의 신의성실의 원칙에 위배된다고 볼 수는 없다 하겠다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.