공장용지 분할양도시 양도소득세면제 여부

심판청구번호 국심1999중 2261(2000. 4.18) 돔撚轢�40,041,410원의 과세처분은 인천광역시 북구

○○○동 ○○○ 대지 322.6㎡의 양도에 따른 양도소득 세액의 면제세액을 다음과 같이 계산하여 그 세액을 경정한

• 다. <다 음> 면제세액 ＝ 면제대상 소득에 대한 산출세액 (48,070,264원) × 신공장가액 × 구공장 입지기준면적 (1,307.5㎡) 구공장가액 구공장 전체면적 (1,726.8㎡)

청구인은 1974.6.1부터 인천광역시 남구 ○○○동 ○○○, 같은곳 ○○○, 같은곳 ○○○, 같은곳 ○○○에서 "간석제재소(공장용지 1,726.8㎡, 공장건물 196.13㎡, 이하 "구공장"이라 한다)"를 운영하다가, 1991.12.14 경기도 안산시 ○○○공업단지에 입주하기로 ○○○공업공단과 계약을 체결하고 안산시 ○○○동 ○○○의 공장용지 4,952.7㎡위에 공장건물 1,352.6㎡(이하 "신공장"이라 한다)를 신축하여 1994.6.30 사업장을 이전하였는 바, 1993.12.9 구공장용지의 일부인 ○○○동 ○○○를 ○○○동 ○○○ 322.6㎡(이하 "쟁점토지"라 한다)로 필지 분할한 후 1993.12.20 이를 청구외 ○○○에게 양도하고 구 조세감면규제법(1993.12.31 개정전의 것) 제67조의 12(5년이상 계속하여 가동한 공장의 이전에 대한 양도소득세 면제)에 의거하여 1994.1월 양도소득세 면제신청을 하였다. 처분청은 구공장의 일부만을 분할양도한 경우에는 면제대상이 아니라는 이유로 양도소득세 면제를 배제하고 1999.5.10 청구인에게 1993년도분 양도소득세 40,041,410원을 결정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999.7.22 심사청구를 거쳐 1999.10.22 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 관련규정에서 구공장의 일부를 양도하거나 전부를 양도하거나를 불문하고 최초 양도일로부터 3년이내에 신공장에서 사업을 개시하면 양도소득세를 면제하도록 규정하고 있으므로, 쟁점토지외의 부분을 양도하지 아니하고 다른용도로 사용했다 하더라도 구공장의 일부양도가 적법하게 감면요건을 갖추었음에도 이에 대한 양도소득세 감면을 배제하는 것은 부당하다. 공장용지 전체면적(1,726.8㎡)중 양도한 토지는 쟁점토지 밖에 없음에도 쟁점토지를 공장입지기준면적(1,307.5㎡=공장건물 196.13㎡÷품목별기준공장면적율 15%)을 초과하는 토지(419.3㎡)로 보아 양도소득세 감면을 모두 부인하는 것은 부당하므로 쟁점토지에 대한 산출세액에서 공장용지 전체면적중 공장입지기준면적이 차지하는 비율로 그 감면세액을 계산하여야 한다.
• 나. 국세청장 의견 공장이전목적의 양도로서 구공장을 먼저 양도하고 신공장을 신설시 5년이상 계속하여 가동한 공장의 이전으로 양도소득세를 면제받기 위해서는 구공장의 최초 분할양도일로부터 3년이내에 신공장에서 사업을 개시하고 구공장전부를 양도해야 양도소득세 면제를 적용받을 수 있는 것(재일46014-1868, 1997.8.2 같은 뜻임)인 바, 청구인이 양도한 쟁점토지는 구공장입지기준면적으로 초과하는 공장용지의 일부로 공장건물이 정착되지 아니한 토지임이 인정되고 쟁점토지 양도일 이후에도 청구인이 구공장의 대부분을 차지하는 공장에서 사업을 계속하다가 신공장으로 이전후에 구공장건물을 멸실하고 근린생활시설용 건물을 신축하여 임대업에 사용한 점, 쟁점토지 모지번인 ○○○동 ○○○에서 청구인이 주택을 신축하여 분양하고 쟁점토지 매수자인 청구외 ○○○도 쟁점토지위의 주택을 신축하여 분양한 점에 비추어 쟁점토지의 양도는 공장이 전목적이 아닌 대지만을 분할하여 양도한 것으로 봄이 타당하여 양도소득세 면제규정의 적용을 배제하고 과세한 당초처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁점 공장용지의 일부만을 분할하여 양도한 경우에도 구 조세감면규제법 제67조의 12에서 규정하는 "5년이상 계속하여 가동한 공장의 이전에 대한 양도소득세 면제"의 요건을 충족하는 것으로 보아 양도소득세를 면제할 수 있는지에 그 다툼이 있다.
• 나. 관계법령 구 조세감면규제법(1993.12.31 개정전의 것) 제67조의 12 제1항에는 『개인이 5년이상 계속하여 가동한 공장을 이전할 목적으로 대통령령이 정하는 범위안의 토지 등을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 양도소득세를 면제한다』라고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제55조의 10에는 『① 법 제67조의 12 제1항의 규정에 의하여 면제하는 세액은 면제대상 소득에 대한 산출세액에 신공장의 가액이 구공장의 가액에서 차지하는 비율(100분의 100을 초과하는 경우에는 100분의 100으로 한다)을 곱하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 구공장의 가액은 구공장의 토지·건물 및 기계장치의 양도가액(양도하지 아니하는 자산이 있는 경우에는 장부가액을 말한다)으로, 신공장의 가액은 그 공장시설의 이전비용과 토지·건물 및 기계장치의 장부가액의 합계액으로 한다.

② ∼④ 생략

⑤ 제3항 제2호의 경우(구공장을 먼저 양도하고 공장을 이전하는 경우)에 있어서 공장을 신설하는 때에는 구공장의 양도일부터 3년이내에 준공하여 사업을 개시하여야 하며, 기존공장을 취득하는 때에는 구공장의 양도일부터 1년이내에 공장을 취득하여 사업을 개시하여야 한다.

⑥ 구공장 또는 신공장 대지가 재무부령이 정하는 공장입지기준면적을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 대하여는 제1항 내지 제5항 및 법 제67조의 12의 규정을 적용하지 아니한다』라고 규정하고 있다.

• 다. 심리 및 판단

(1) 사실관계 청구인은 1974.6.1부터 구공장에서 "간석제재소"를 운영하다가 1991.12.14 ○○○공업단지에 입주하기로 ○○○공단과 계약을 체결하고 ○○○공업단지인 경기도 안산시 ○○○동 ○○○ 공장용지 4,952.7㎡위에 공장건물 1,352.6㎡를 준공후 1994.6.30 신공장으로 사업장을 이전하였는 바, 신공장으로 공장이전하기 전인 1993.12.9 구공장 소재지인 ○○○동 ○○○에서 같은곳 ○○○ 322.6㎡를 분할하여 1993.12.20 청구외 ○○○에게 양도한후 1994.1.31 자산양도차익예정신고시 구 조세감면규제법 제67조의 12에 의거 양도소득세 36,387,312원의 감면을 신청하였으며, 쟁점토지상에 양수인인 청구외 ○○○가 주택을 신축하여 분양하고 청구인도 쟁점토지의 분할양도후 잔여공장용지인 ○○○동 ○○○ 지상에 주택을 신축하여 분양하였으며, 같은곳 ○○○, 같은곳 ○○○ 지상에 있는 공장건물을 1994.10.3 멸실한 후 근린생활시설 등을 신축하여 임대사업을 영위하고 있음이 ○○○공업단지 입주계약서, 등기부등본 및 청구인이 제시한 증빙서류 등에 의하여 확인된다.

(2) 판단 쟁점토지는 공장건물이 정착되어 있지 아니하나 청구인이 운영한 제재소의 원목 야적장으로 사용되었고, 제재소의 업무상 원목 야적장은 제재소에 필수적인 것으로 보이고 공장등록증상에도 쟁점토지가 공장용지로 등록되어 있어 공장의 부속토지로 판단되는 바, 첫째, 구 조세감면규제법 제67조의 12에서 규정하는 "5년이상 계속 가동한 공장의 이전에 대한 양도소득세 면제"조항은 공장이전에 따른 자금부담을 덜어 주고자 하는 목적도 있다고 할 것인데, 관련법령에서 구공장을 먼저 양도한 경우에 구공장 토지전부를 양도하여야 한다고 규정하고 있지 아니할 뿐 아니라 공장건물·기계장치·공장부지를 일시에 양도하여야 한다고 규정하고 있지 아니하여 공장이전에 필요한 자금마련을 위하여 구공장 면적의 일부를 양도하더라도 다른 면제요건을 구비하였다면 위 조항의 적용을 배제할 이유가 없고(국심 95부598, 1995.8.12 및 국심 95부3318, 1996.2.23 같은뜻임), 둘째, 처분청은 쟁점토지(322.6㎡)가 구 조세감면규제법 시행령 제55조의 10 제6항에서 정한 공장입지 기준면적을 초과하는 토지(419.3㎡)에 해당하여 면제대상이 아니라고 보았으나, 공장입지 기준면적의 초과면적은 단순히 산술적으로 계산된 것으로 그 부분이 쟁점토지에 특정된다고 볼 아무런 근거가 없으며, 셋째, 처분청은 쟁점토지의 매수자 청구외 ○○○가 쟁점토지위에 주택을 신축분양하고 청구인도 양도되지 아니한 나머지 공장부지위에 근린생활시설을 신축·임대한 사실 등으로 보아 쟁점토지를 공장이전목적의 양도가 아닌 나대지의 양도로 보았으나, 쟁점토지가 제재소에 필요한 원목 야적장으로 사용되어 구공장의 일부이고 청구인이 3년이내에 신공장으로 사업장을 이전한데에는 다툼이 없으므로 양도되지 아니한 나머지 공장부지의 다른 목적으로의 활용은 쟁점토지의 양도소득세 면제요건을 판단하는데 지장을 초래하지 아니한다고 할 것이다. 따라서 청구인은 구공장용지중 일부인 쟁점토지만을 양도하였고 쟁점토지는 비업무용으로 특정된 토지가 아니므로 쟁점토지의 양도에 대한 면제세액의 계산은 구 조세감면규제법 시행령 제55조의 10 제1항에 따라 면제대상소득에 대한 산출세액에 신공장의 가액이 구공장의 가액에서 차지하는 비율(100분의 100을 초과하는 경우에는 100분의 100으로 한다)을 곱한 후에 다시 구공장용지 전체면적에서 구공장 입지기준면적이 차지하는 비율을 곱하여 안분계산함(면제대상 산출소득에 대한 산출세액 48,070,264원×신공장가액/구공장가액×구공장 입지기준면적 1,307.5㎡/구공장 전체면적 1,726.8㎡)이 합리적이라고 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 있다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.