계산서를 수취하지않아 의제매입세액공제를 부인한 처분의 당부

심판청구번호 국심1999중 2179(2000. 4.14) 맛括�ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ○○○동 ○○○에서 ○○○갈비(이하 "쟁점사업장"이라 한다)라는 상호로 갈비집을 운영하는 사업자로서, 처분청은 특별세무조사결과 청구인이 보관중인 원시장부에 의하여 1998.1기∼1998.2기의 부가가치세 수입금액누락액 1,262,690,449원을 적출하여, 1999.4.5 청구인에게 부가가치세 1998.1기 60,661,230원, 1998.2기 78,234,710원 합계 138,895,940원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999.5.18 심사청구를 거쳐 1999.10.9 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구 주장 처분청에서 세무조사시 청구인이 청구외 ○○○(○○○정육점 대표)로부터 매입계산서 없이 갈비 475,986,000원(이하 "쟁점매입액"이라 한다)을 매입한 사실을 확인하고, 청구외 ○○○ 관할 세무서장에 과세자료로 활용토록 통보하였으므로 관할 세무서장의 확인을 거쳐 그 거래사실을 입증한 것이라 할 수 있으므로 동 금액에 대한 의제매입세액공제를 하지 않고 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 재화를 공급받고 과세자료의 근거가 되는 청구서나 영수증을 교부 받아 장부에 기장하여 이를 근거로 부가가치세 신고시 의제매입세액을 공제 받아야 함에도, 청구인은 갈비를 거래하고 거래명세서를 수수하지 않고 증빙서류 등을 파기하였다고 확인하고 있어 실지거래여부를 확인할 수 없으므로 쟁점매입액에 대하여 의제매입세액의 공제를 배제한 처분청의 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 처분청에서 쟁점사업장의 매출누락 세무조사시 청구인이 계산서를 교부 받지 아니하고 매입한 것으로 확인된 면세매입분에 대하여 의제매입세액 공제를 배제한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제17조 【납부세액】제3항에서『사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물·축산물·수산물 또는 임산물(이하 “면세농산물등”이라 한다)을 원재료로 하여 제조·가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급이 과세되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로서 공제할 수 있다』고 규정하고 있으며, 제4항에서『제3항의 규정은 사업자가 제18조 및 제19조의 규정에 의한 신고와 함께 대통령령이 정하는 바에 따라 면세농산물등을 공급받은 사실을 증명하는 서류를 사업장 관할세무서장에게 제출하는 경우에 한하여 이를 적용한다』고 규정하고 있다. 같은 법 시행령 제62조【의제매입세액계산】제3항에서 『법 제17조 제3항의 규정에 의한 매입세액의 공제를 받고자 하는 사업자는 법 제17조 제4항의 규정에 따라 매입처별계산서합계표 또는 소득세법 제163조 또는 법인세법 제121조 의 규정에 의하여 교부 받는 영수증(제조업을 영위하는 사업자가 농·어민으로부터 면세농산물등을 직접 공급받는 경우에는 재정경제부령이 정하는 의제매입세액공제신고서와 관계증빙서류)을 관할세무서장에게 제출하여야 한다』고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 특별세무조사에 의거 청구인에 대한 부가가치세 경정조사 결과 청구인이 보관중인 판매현황표인 원시장부를 확보하여, 동 원시장부상의 금액을 쟁점사업장의 수입금액으로 보아 청구인이 신고한 수입금액과의 차액 1,262,690,449원을 수입금액 누락액으로 하여 이 건 과세하였음이 결정결의서 등 과세자료에 의하여 확인되며, 청구인이 1998.2월∼12월 쟁점매입액 475,986,000원(갈비 60,618㎏)을 청구외 ○○○(○○○정육점 대표)로부터 구입하면서 매입계산서 없이 거래한 사실을 확인하여 청구외 ○○○의 종합소득세 과세자료로 동수원세무서장에 통보하였음이 공문서(조사 ○○○, 1999.4.8)에 의하여 확인된다.

(2) 청구인은 청구외 ○○○로부터 구입한 쟁점매입액 475,986,000원은 관할 세무서장의 확인을 거쳐 그 거래사실이 입증된 것이므로 쟁점매입액에 대한 의제매입세액 공제를 인정하여야 한다고 주장하는 바, 이에 대하여 살펴본다. 부가가치세법상 의제매입세액 공제는 부가가치세 예정신고 또는 확정신고시 면세농산물을 공급받은 사실을 증명하는 서류, 즉 매입처별계산서 합계표나 영수증을 관할 세무서장에게 제출하는 경우에 한하여 적용하는 것이며, 예정 또는 확정신고시에 공제하지 아니한 의제매입세액은 수정신고시나 경정결정시 당해 계산서나 영수증 등을 의제매입세액공제신고서와 함께 제출하는 경우에 한하여 인정된다 할 것인 바, 청구인은 1998.2월∼12월사이 갈비 60,618㎏을 청구외 ○○○로부터 구입하면서 거래명세서 없이 입고수량을 메모한 후 1주일 단위로 대금을 지급하고 관련 증빙자료를 폐기하였다고 확인(1999.2.10)한 바 있으므로, 이 건의 경우 비록 처분청 조사시 청구인이 쟁점매입액을 매입한 사실이 확인되었다 하더라도, 청구인은 거래당시 매입계산서나 영수증 등을 교부 받은 바 없으므로 쟁점매입액이 의제매입세액의 공제대상이 된다고 보기 어려운 것으로 판단된다. 따라서 처분청에서 세무조사시 확인된 쟁점매입액에 대하여 의제매입세액 공제를 부인하고 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다 하겠다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.