사실과 다른 세금계산서

심판청구번호 국심1999중 1906(1999.12.31) 부가가치세 34,108,140원의 부과처분은 이를 취소한다.

청구법인은 농촌지역지원대상인 중소기업창업자금으로 농업용수로관을 생산하는 공장을 신축할 목적으로 청구외 주식회사 ○○○종합건설(이하 "청구외법인"이라 한다)와 경기도 철원군 갈말읍 ○○○리 ○○○ 지상에 공장건물 545㎡, 사무실 266.76㎡(이하 "쟁점공장"이라 한다)를 도급금액 514,367,430원(부가가치세 포함)으로 신축하기로 1998.3.9 공사도급계약을 체결한 후, 1998년 하반기중에 쟁점공장 신축과 관련한 공사비를 지급하고 청구외법인으로부터 매입세금계산서 2매(공급가액 467,606,760원 세액 46,760,670원, 이하 "쟁점세금계산서"라 한다)를 교부받아 1998년 2기분 부가가치세 예정신고시 매출세액에서 공제하여 환급신청하였다. 처분청은 청구법인이 환급신청한 데 대하여 현지확인한 바, 쟁점공장 신축관련 공사비가 청구외법인에 입금되지 아니한 사실이 확인됨에 따라 명의대여로 인정하고 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 가산세를 포함한 관련매입세액 56,112,810원을 불공제하고 1999.1.3 청구법인에게 1998년 2기분 부가가치세 34,108,145원을 환급하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999.3.30 심사청구를 거쳐 1999.8.21 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구주장 쟁점공장은 청구외법인이 도급계약서상의 약정대로 신축을 완료하여 청구법인이 공사대금을 지급하고 쟁점세금계산서를 교부받았는 바, 쟁점공장을 신축함에 있어 정부에서 지원하는 중소기업시설자금으로 공사가 완료된 후에 공사비를 지급하는 조건으로 융자허가를 받게 되어 공사대금을 관계회사인 청구외 ○○○주식회사가 발행한 어음을 차입하여 선급금으로 공사비를 먼저 지급하였고, 공사완료 후에 융자금이 시공업체인 청구외법인에 입금됨에 따라 당해 융자금을 인출하여 ○○○주식회사에 대한 차입금을 상환하였음이 처분청의 금융추적조사로 확인됨에도, 처분청에서는 자금거래에 대하여 금융추적을 통해서 청구외법인이 쟁점공장을 시공한 것이 아니라 명의를 대여한 것으로 인정하고 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 처분청이 쟁점공장 공사비에 대한 자금을 추적한 조사서에 의하면, 공사비가 시공회사인 청구외법인의 ○○○철원군지부에 1998.7.25에 250,000,000원, 1998.9.10에 90,000,000원, 1998.10.20에 41,000,000원 합계 381,000,000원이 입금된 사실이 확인되고, 1998.7.25에 50,000,000원, 1998.7.27에 103,700,000원, 1998.7.28에 96,300,000원 합계 250,000,000원이 청구법인의 관계회사인 ○○○주식회사의 계좌에 입금된 사실이 확인되며, 나머지 대금 131,000,000원은 1998.9.11에 90,000,000원, 1998.10.20에 41,000,000원이 각각 ○○○주식회사의 이사인 청구외 ○○○의 계좌에 입금되었음이 통장등 관계서류에 의하여 확인된다. 또한, 강원도 철원군에 소재한 쟁점공장을 경남 마산에 본점을 둔 청구외 법인이 직접 시공한 사실을 입증하지 못하고 있을 뿐만 아니라 공사대금을 관계회사인 ○○○주식회사로부터 어음을 차입하여 이를 공사비로 지급한 사실에 대하여 입증하지 못하고 있는 점등을 종합하여 볼 때 청구주장은 받아들이기 어렵다.

• 가. 쟁점 쟁점공장 신축과 관련된 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제17조 제2항 제1의 2에는 "다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니하였거나 교부받은 세금계산서를 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 세금계산서에 필요적 기재사항(제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 사항을 말한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 그 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다."고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제60조 제2항 제2호에는 "법 제17조 제2항 제1호의 2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우"라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 처분청은 쟁점공장의 시공자인 청구외법인을 명의대여자로 와 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서라 하여 관련 매입세액을 불공제한 데 대하여, 쟁점공장의 공사비는 자금을 차입하여 쟁점공장을 실제 시공한 청구외법인에게 선급금으로 지급한 후 은행대출금으로 동 차입금을 상환하였으므로 관련 매입세액은 공제되어야 한다는 청구법인 주장이므로 이에 대하여 살펴본다.

(1) 쟁점세금계산서의 발행내역을 보면 공급자인 청구외법인은 1998.7.23과 1998.8.27에 각각 기성청구로 공급가액 340,955,832원(세액 34,095,583원 별도)과 126,650,928원(세액 12,665,092원 별도) 합계 467,606,760원(세액 46,760,675원 별도)을 발행하였음이 확인되고, 쟁점토지에 대한 부동산매매계약서, 건축공사표준계약서, 건축물 사용승인신청서 및 사용승인서, 공장등록증 등에 의하여 쟁점공장의 신축내용을 보면 청구법인은 1997.7.3 쟁점토지를 청구외 ○○○로부터 80,000,000원에 매입한 후 1998.3.9 도급금액을 467,606,760원(부가가치세 46,760,670원 별도), 공사기간을 1998.3.20부터 1998.7.20까지로 하여 공사시공자인 청구외법인과 도급계약을 체결하여 쟁점공장을 신축한 후 1998.10.2 건축물 사용승인을 받고 1998.10.12 철원군에 쟁점공장(공장용지 8,972㎡, 제조·부대시설 1,321.04㎡)을 등록하였음이 확인된다.

(2) 계약보증서에 의하면 1998.3.10 보증인인 ○○○조합이사장은 보증금액을 46,760,670원, 보증기간을 1998.3.9부터 1998.7.30까지로 하여 청구법인이 청구외법인과 계약금액 467,606,760원으로 계약한 쟁점공장 신축공사에 대한 보증책임을 부담하는 것으로 기재되어 있고, 사업자등록증과 법인등기부등본 및 건설업면허증 등에 의하면 청구외법인은 1995.2.6 강원도 철원군 갈말읍 ○○○리 ○○○에서 개업하여 1995.9.26 건설교통부장관으로부터 건설업면허증(면허번호: 제○○○호)을 취득하였고, 1997.8.20 본점소재지를 경남 마산시 합포구 ○○○동 ○○○로 이전하였으나 쟁점공장소재지에 계속 사업장을 설치하고 있었음이 확인된다.

(3) 청구외법인의 쟁점공장 신축과 관련된 공사원가계산내역서를 보면 재료비 280,343,584원, 노무비 119,416,984원, 경비 33,208,655원, 일반관리비 21,684,461원, 이윤 12,989,076원 등 총원가 467,606,760원에 부가가치세 45,760,676원을 포함하여 공사비 총합계가 514,367,436원인 것으로 확인되고, 쟁점공장 신축에 따른 구조조정자금 사업계획승인 및 자금지원결정 통보공문(문서번호: 강원도 중지 55470-○○○, 1998.5.7)에 의하면 강원도지사는 청구법인의 쟁점공장건물 신축사업과 시설 및 운전자금으로 781,000,000원(공장시설비 381,000,000원, 플륨관자동화설비 400,000,000원)을 ○○○은행 ○○○지점으로부터 대출지원하기로 결정하였음이 확인된다.

(4) 쟁점공장 신축공사에 대한 공사비 지급과 관련하여 청구법인은 청구외 법인이 선급금을 요구함에 따라 관계회사인 주식회사 ○○○로부터 자금을 차입하여 지급한 후 은행대출금으로 상환하였다는 주장에 대하여 보면, 청구법인은 청구외 ○○○주식회사 발행의 당좌어음 189,760,675원(15회)과 현금 및 수표 331,606,755원(9회) 합계 521,367,430원을 선급금으로 청구외법인에게 지급하였음이 어음전표, 입금표, 관련장부 등에 의하여 확인되고, 지원대출금의 대출과 상환내역에 대하여 보면 1998.7.25에 250,000,000원, 1998.9.10에 90,000,000원, 1998.10.20에 41,000,000원 합계 381,000,000원의 지원대출금이 청구외법인의 ○○○철원군지부 계좌에 입금되었으며, 1998.7.25에 50,000,000원, 1998.7.27에 103,700,000원, 1998.7.28에 96,300,000원, 1998.9.11에 90,000,000원, 1998.10.20에 41,000,000원 합계 381,000,000원이 주식회사 ○○○의 계좌에 입금된 사실로 보아 당초 청구법인이 주식회사 ○○○에서 자금을 차입하여 청구외법인에게 선지급한 후 강원도의 사업자금 지원계획 승인에 의하여 대출은행으로부터 융자금이 시공자인 청구외법인의 계좌에 입금되었다가 청구외법인은 이미 선급금으로 공사비를 수령하였으므로 동 입금액을 청구법인에게 자금을 대여한 주식회사 ○○○에 지급하여 차입금을 상환한 것으로 청구법인과 주식회사 ○○○가 체결한 채권채무약정서 및 관련장부 등에 의하여 확인된다.

(5) 위의 내용을 종합해 볼 때, 청구법인은 관계회사인 주식회사 ○○○에서 공사대금을 차입하여 쟁점공장 시공자인 청구외법인에게 지급한 후 금융기관 대출금 등으로 위 차입금을 상환한 사실과 건설업면허를 취득한 청구외법인이 쟁점공장을 신축한 사실이 관련장부 등에 의하여 확인되므로 쟁점세금계산서는 사실 거래로서 관련매입세액을 공제함이 타당하다고 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.