유가증권평가방법 무신고시 저가법으로 평가하여 손금산입할 수 있는지의 여부

심판청구번호 국심1999중 1015(1999.11.29) 호신용금융업을 영위하는 법인으로 각사업연도법인세과세표준신고시 보유중인 유가증권(상장주식)을 저가법으로 평가하여1995.7.1.-1996.6.30. 사업연도의 유가증권평가손실 83,222,673원 유가증권평가충당금 144,962,891원과 1996.7.1.-1997.6.30. 사업연도의 유가증권평가손실 292,967,353원, 합계액 521,152,917원(이하 "쟁점유가증권평가충당금등" 이라 한다)을 각 사업연도의 손금으로 계상하였다. 처분청은 청구법인이 법인세법시행령 제37조의3 제4항 및 제6항의 규정에 의하여 유가증권의 평가방법을 법정기간내에 납세지관할세무서장에게 신고하지 아니하고 저가법을 적용하여 총평균법으로 평가한 금액과의 차이를 유가증권평가충당금으로 계상하고 손금에 산입하였다 하여 이를 손금불산입한 후 1998.12.24. 청구법인에게 1995.7.1.∼1996.6.30. 사업연도 법인세 96,854,640원, 1996.7.1.∼1997.6.30. 사업연도 법인세 104,852,650원을 각각 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.2.6. 심사청구를 거쳐 1999.4.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 상호신용금고로서 기업회계기준과 "상호신용금고결산지침"이 회계처리기준이며 여기에 규정된 저가법에 의하여 유가증권평가충당금을 설정 또는 환입한 것은 법인세법 제17조 및 법인세법시행령 제37조 의 2에서 규정하는 기업회계기준과 관행에 적합한 것으로 이를 인정하여야 하고 또한 법인세법시행규칙 제15조의2 제3항 은 "영제37조의3 제6항 다목의 규정에 의한 저가법"에 따라 유가증권평가충당금을 설정하는 것은 법인세법 및 조세감면규제법에 의한 충당금으로써 청구법인이 상호신용금고결산지침에 따라 설정한 유가증권평가충당금을 포함하는 것으로 보아야 하고 손실로 계상한 연도에 손금으로 인정하여야 한다.
• 나. 국세청장 의견 유가증권의 평가방법은 구 법인세법시행령 제37조의3 제5항 및 제6항의 규정에 의하여 법정기간내에 납세지관할세무서장에게 신고하여야 하고 신고하지 아니한 경우에는 총평균법으로 평가하여야 하므로 저가법으로 평가하여 평가차액을 손금에 산입할 수 없으며, 구 법인세법시행규칙 제15조의2 제3항 은 적법한 방법으로 평가하여 유가증권 충당금을 설정한 경우에 해당되는 것으로 쟁점유가증권충당금등을 손금불산입한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 유가증권의 평가방법을 납세지관할세무서장에게 신고하지 아니한 경우 저가법으로 평가하여 손금산입할 수 있는지의 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 법인세법(1994.12.22. 법률 제4804호) 제17조(손익의 귀속시기 및 취득가액의 계산)제1항은 "내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다"고 하고 제3항은 "내국법인이 계속적으로 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산·부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계기준 또는 관행을 적용하여 온 경우에는 제1항과 제2항의 규정에 불구하고 당해 기업회계기준 또는 관행에 의한다. 다만 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다"고 규정하고 있다. 법인세법시행령(1994.12.31. 대통령령 제14468호) 제37조의2(기업회계기준의 적용) 제1항은 "법 제17조의 제3항 단서에서 '대통령령이 정하는 경우'라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다"고 하고 제1호에서 "법 및 조세감면규제법에 의한 준비금·충당금외에 준비금 또는 충당금을 손금으로 계상하는 경우”를 제4호에서 "제37조의 3 제37조의4, 제38조 및 제38조의 2의 규정에 의하지 아니하고 자산등을 평가하는 경우"를 들고 있고, 제37조의3(재고자산의 평가방법) 제4항은 "법인은 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 적용할 재고자산 및 유가증권의 평가방법을 다음 각호의 기한내에 총리령이 정하는 서식에 의하여 납세지관할세무서장에게 신고하여야 한다"고 규정하고 제1호에서 "신설법인과 수익사업을 개시한 비영리 내국법인은 당해 법인의 설립일 또는 수익사업 개시일이 속하는 사업연도의 법인세과세표준 신고기한", 제2호에서 "제1호의 신고를 한 법인으로서 그 평가방법을 변경하고자 하는 법인은 변경할 평가방법을 적용하고자 하는 사업연도의 종료일 이전 3월이 되는 날"로 규정하고 있으며 제5항에서 "다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 세무서장이 제2항 제2호에 규정하는 선입선출법(유가증권의 경우에는 원가법 중 총평균법, 매매를 목적으로 소유하는 부동산의 경우에는 개별법)에 의하여 재고자산 등을 평가한다. 다만 신고한 평가방법외에 평가방법으로 평가하거나 제2호에 해당하는 경우 신고한 평가방법에 의하여 평가한 가액이 선입선출법에 의하여 평가한 가액보다 큰 때에는 신고한 평가방법에 의한다"고 하고 제1호에서 "법인이 제4항 제1호에서 규정하는 기한내에 재고자산 등의 평가방법을 신고하지 아니하거나 신고한 평가방법이외의 방법으로 평가한 경우"를 제2호에서 "법인이 제4항 제2호에 규정하는 기한내에 재고자산등의 평가방법변경신고를 하지 아니하고 그 방법을 변경한 경우"를 규정하고 있다. 법인세법시행규칙(1995.3.30. 총리령 제492호)제15조의2(기업회계기준의 적용 배제)제3항은 "영 제37조의 2의 규정을 적용함에 있어 유가증권을 영 제37조의 3 제6항 제1호 다목 규정에 의한 저가법에 의하여 평가함에 따라 계상하는 유가증권평가충당금은 영 제37조의2 제1항 제1호의 규정에 의한 법 및 조세감면규제법에 의한 충당금으로 본다"고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 처분청은 청구법인이 유가증권평가방법을 납세지관할세무서장에게 신고하지 아니하고 저가법으로 평가하여 손금으로 계상한 쟁점유가증권평가충당금등에 대하여 이를 손금부인하고 법인세를 과세한데 대하여 청구법인은 저가법에의한 평가가 법인세법령에 의한 기업회계처리기준과 관행에 의한 것으로 손금으로 인정되어야 한다고 주장하고 있어 이에 대하여 본다.

(1) 청구법인은 서민과 소규모기업의 금융편의와 저축증대를 목적으로 하는 상호금융업을 영위하는 법인으로서 유가증권평가방법을 납세지관할세무서장에게 신고하지 아니하고 1995.7.1.∼1997.6.30. 사업연도에 보유중인 유가증권을 저가법으로 평가하여 발생한 손실을 유가증권평가충당금으로 계상하고 손금산입하여 각 사업연도 법인세 과세표준과 세액을 산출하였고 처분청은 청구법인이 유가증권의 평가방법을 납세지관할세무서장에게 신고하지 아니하고 저가법으로 평가하였다 하여 청구법인이 손금으로 계상한 쟁점유가증권평가충당금을 손금불산입하여 각 사업연도 법인세를 과세하였음이 처분청이 제시한 심리자료에 나타난다.

(2) 전시 법인세법 제17조 에는 법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 하고(제1항) 자산의 취득가액은 당해자산의 매입가액이나 제작원가에 부대비용등을 가산한 금액으로 한다(제2항)고 규정하고 제3항에서 법인이 계속적으로 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산·부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정타당하고 인정되는 기업회계기준 또는 관행을 적용하여 온 경우에는 당해 기업회계기준 또는 관행에 의하되 법인세법시행령 제37조의2 에 해당하는 경우에는 회계기준 또는 관행에 의할 수 없다고 규정하고 있다. (3) 법인세법시행령 제37조의2 제1항 에는 법인세법 및 조세감면규제법에 의한 준비금·충당금외의 준비금 또는 충당금을 손금으로 계상하는 경우(제1호)와 제37조의3의 규정에 의하지 아니하고 자산등을 평가하는 경우(제4호)에는 기업회계기준 또는 관행에 의해 자산·부채를 평가할 수 없다고 규정하고 있는 바, 법인세법시행령 제37조의3 에는 재고자산등의 평가방법을 당해법인의 설립일이 속하는 사업연도의 법인세과세표준신고기한까지 관할세무서장에게 신고하여야 하고(제4항) 기한내에 평가방법을 신고하지 아니하거나 신고한 평가방법이외의 방법으로 평가하는 경우에는 유가증권의 평가는 원가법중 총평균법에 의한다(제5항)고 규정하고 있음을 알 수 있다.

(4) 위 법령을 종합해 보면 법인이 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 적용할 유가증권의 평가방법을 납세지관할세무서장에 신고하지 아니한 경우에는 원가법중 총평균법에 의해 평가해야 하고 기업회계기준 또는 관행에 의할 수 없다고 규정하고 있으므로 청구법인이 관할세무서장에게 유가증권의 평가방법을 신고하지 아니하고 저가법에 의해 평가하여 쟁점유가증권평가충당금을 손금으로 계상한 것은 적법한 것으로 인정되지 아니한다.

(5) 또한 청구법인은 법인세법시행규칙 제15조의2 제3항 을 근거로 저가법에 의하여 평가한 쟁점유가증권평가 충당금이 정당하므로 손금으로 인정하여야 한다는 주장이나, 앞에서 살펴본 바와 같이 법인세법시행령 제37조의3 제4항 및 제5항에서 유가증권의 평가방법을 신고하지 않은 경우에는 원가법중 총평균법에 의한다고 규정하고 있어 제6항 제1호 다목의 저가법도 관할세무서장에 신고한 경우에 한하는 것으로 해석된다 할 것이므로 청구법인이 법인세법시행규칙 제15조의2 제3항 을 근거로 저가법에 의하여 평가하여 계상된 쟁점유가증권평가충당금등이 정당하다는 주장은 받아들일 수 없다 할 것이다.

(6) 위 사실관계와 관계법령을 종합해 보면 청구법인이 관할세무서장에게 유가증권의 평가방법을 신고하지 아니하고 저가법에 의해 유가증권을 평가하여 쟁점유가증권평가충당금등을 손금으로 계상한 것은 적법하지 아니한 행위라 할 것이므로 처분청이 쟁점유가증권평가충당금등을 손금부인하고 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.