사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액불공제한 처분의 당부

심판청구번호 국심1999중 0591(1999. 9. 1) 의 ○○○유황온천장 건물의 신축 에 따라 시공자인 ○○○종합건설(주)로부터 교부받은 세금 계산서 매입세액 중 1997.4.30자 200,000,000원(공급가액 2,000,000,000원) 및 1997.5.31자 100,000,000원(공급가액 1,000,000,000원)을 매출세액에서 공제(환급)하여 달라고 경정 청구한데 대하여 1998.10.12 의정부세무서장이 거부통지한 처 분은, 위 매입세액 합계액 300,000,000원을 당해 과세기간 (1997년 제1기)의 매출세액에서 공제(환급)하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

청구법인은 ○○도 ○○군 ○○면 ○○○리 ○○○외 7필지 지상에 온천목욕장을 신축하여 온천을 이용한 대중목욕장업을 영위할 목적으로 1996.5.22 관할 ○○도 ○○군수로부터 연면적 4,965.92㎡의 일반목욕장건물의 건축허가를 받아 1996년 6월 청구외 ○○○종합건설주식회사(이하 "시공회사"라 한다)와 도급금액 9,900,000,000원(부가가치세 포함)의 공사도급계약을 체결하였고, 1996.8.29 연면적 8,264.21㎡로 허가사항을 변경한 후, 1997.5.6 준공하였으며, 1997년 5월 시공회사와의 도급금액을 13,200,000,000원(부가가치세 포함)으로 증액하는 도급공사 변경계약서를 작성하였고, 이 건 공사와 관련하여 아래와 같이 기재된 세금계산서(1997.4.30자 및 1997.5.31자 세금계산서 2매를 이하 "쟁점세금계산서"라 한다)를 교부받았으며, 1997년 제1기 부가가치세 신고시 아래 세금계산서 중 쟁점세금계산서를 미제출하였다가 1998.7.25 쟁점세금계산서의 매입세액을 공제(환급)하여 달라고 경정청구하였다. 작성일자 공급가액 부가가치세액 1996.10.31 1996.11.30 1996.12.31 1997.1.31 1997.2.28 1997.3.31 1997.4.30 1997.5.31 1997.6.30 1,000,000,000원 1,500,000,000원 2,000,000,000원 700,000,000원 800,000,000원 1,000,000,000원 2,000,000,000원 1,000,000,000원 2,000,000,000원 100,000,000원 150,000,000원 200,000,000원 70,000,000원 80,000,000원 100,000,000원 200,000,000원 100,000,000원 200,000,000원 합계(9매) 12,000,000,000원 1,200,000,000원 처분청은 쟁점세금계산서가 공급시기(1997.5.6) 이후인 1997.12.31에 작성일자만 1997.4.30 및 1997.5.31로 소급하여 기재한 사실과 다른 세금계산서라는 이유로 매입세액 불공제 대상으로 보아 1998.10.12 청구법인의 환급경정청구를 거부하는 통지를 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1998.11.2 이의신청, 1998.12.14 심사청구를 거쳐 1999.2.26 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 이 건 건물의 면적이 4,965.92㎡에서 8,264.21㎡로 증가됨에 따라 1997년 5월말에 도급금액을 당초 9,900,000,000원에서 13,200,000,000원으로 증액하기로 합의하였고, 이에 따라 시공회사로부터 3,300,000,000원(부가가치세 포함)의 세금계산서 2매를 추가로 교부받았으며, 각 대가를 받기로 한 날에 적법하게 교부받았으나, 단지 경리직원의 실수로 부가가치세 신고시 쟁점세금계산서의 신고를 누락하였다가 1998년 2월경 신고누락 사실을 발견함에 따라 1997.12.31 현재로 출금전표를 발행하여 제 장부를 정리한 후, 당초 부가가치세 신고기한일(1997.7.25)로부터 1년 이내인 1998.7.25 경정청구하였는 바, 쟁점세금계산서는 1997.4.30 및 1997.5.31에 적법하게 교부된 세금계산서임에도 처분청이 동 세금계산서의 매입세액을 공제(환급)하지 아니한 처분은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인은 1997.5.13 처분청의 환급조사당시 변경계약서나 쟁점세금계산서를 제시한 바 없고, 청구법인과 시공회사의 1997.12.31자 회계처리가 각각 공사미지급금 및 공사미수금으로 기장되어 있으며, 이를 근거로 1997.12.31에 쟁점세금계산서를 발행·교부하였다고 보아야 하고, 청구법인과 시공회사 모두 쟁점세금계산서와 관련하여 부가가치세 신고를 이행하지 아니하는 등 쟁점세금계산서는 1997.12.31에 작성일자를 소급(1997.4.30 및 1997.5.31)하여 발행·교부된 사실과 다른 세금계산서라 할 것이므로 동 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 이 건 심판청구의 다툼은 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 그 매입세액을 불공제한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 이 건 과세기간 당시(1997년 제1기) 부가가치세법 제16조 (세금계산서) 제1항의 규정에 의하면, "납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(세금계산서)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항"이라고 규정하고 있고, 같은법 제17조(납부세액) 제2항의 규정에 의하면, "다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다"고 규정하면서 그 제1의 2호의 규정에서는 "세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(필요적 기재사항)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나, 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액"이라고 규정하고 있으며, 같은법 제9조(거래시기) 제2항의 규정에 의하면, "용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다"고 규정하고 있고, 같은법시행령 제21조(재화의 공급시기)의 규정에 의하면 "법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다.(단서생략)

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도기준지급·중간지급·장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때(이하생략)"이라고 규정하고 있다. 한편, 국세기본법 제45조 의 2(경정등의 청구) 제1항의 규정에 의하면, "과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 1년이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할 세무서장에게 청구할 수 있다(각호생략)"고 규정하면서 그 제2호에는 "과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 과세표준 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때"라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 온천을 이용한 대중목욕장업을 영위할 목적으로 1996.5.22 ○○도 ○○군수로부터 건축허가를 받아 1996년 6월에 시공회사와의 사이에 도급금액 9,900,000,000원의 공사계약을 체결하고 동 공사를 시행하던 중 1996.8.29 목욕장건물의 면적을 4,965.92㎡에서 8,264.21㎡로 증가하는 것으로 허가사항을 변경하였고, 1997.5.6 증가된 면적(8,264.21㎡)을 준공하였으며, 1997년 5월말경 이 건 건물의 도급금액을 당초 9,900,000,000원에서 13,200,000,000원으로 변경하여 작성하였다는 도급공사 변경계약서를 제시하고 있는 바, 당초 도급면적보다 60%이상 증가된 면적을 시공함에 따라 공사비가 추가 소요되었을 것임에는 의문의 여지가 없다 할 것이다.

(2) 청구법인은 경리직원의 실수로 부가가치세 신고시 1997.4.30 및 1997.5.31 교부받은 쟁점세금계산서의 신고를 누락하였다가 1998년 2월경 신고누락 사실을 발견함에 따라 1997.12.31 현재로 청구법인의 장부를 정리하였을 뿐이지 실제로는 공급시기(1997.4.30 및 1997.5.31)에 적법하게 발행·교부받은 세금계산서라고 주장하는 바, 이를 살펴보면, 첫째, 청구법인과 시공회사간에 1996년 6월에 체결된 공사도급계약서를 보면, 공사대금은 매 월말에 정산하되 3개월 후부터 지급하는 것으로 기재되어 있는 바, 시공회사가 발행한 세금계산서 9매는 모두 계약일로부터 3개월이 경과한 1996.10.31부터 1997.6.30까지 9회에 걸쳐 위 도급계약내용과 일치하는 날에 해당하는 매월 말일을 작성일로 하여 기재되어 있고, 처분청의 이 건 조사종결복명서에도 이 건 건물의 공사와 관련하여 1997년 제1기 확정신고기간(1997.4.1 ∼ 1997.6.30)내인 1997.6.30에 발행된 공급가액 2,000,000,000원(부가가치세액 200,000,000원)의 세금계산서를 실제로 수수된 세금계산서로 인정하고 있는 바, 위 기간의 중간에 위치한 쟁점세금계산서(1997.4.30 및 1997.5.31자)만 제외되었다고 볼 이유가 없다 할 것이며, 둘째, 시공회사는 청구법인의 경리직원과 같은 청구외 ○○○이 회계업무를 담당함으로 인하여 당초신고시 쟁점세금계산서의 제출을 누락하였으나, 1997.1.1 ∼ 1997.12.31 사업년도분 법인세신고시 이 건 건물 공사도급액 12,000,000,000원(부가가치세 제외)을 수입금액(공사원가 10,492,680,997원)에 반영하여 신고하였을 뿐만 아니라 1998.7.25에 1997년 제1기분 부가가치세 수정신고와 함께 쟁점세금계산서 미제출등의 가산세 90,000,000원을 포함한 부가가치세 390,000,000원을 납부하였고, 청구법인 역시 1997.1.1 ∼ 1997.12.31 사업년도분 법인세신고시 이 건 건물 공사도급액 12,000,000,000원을 건물계정에 계상하여 신고하였음이 확인되는 바, 부가가치세 부담의 부당한 감소목적으로 청구법인과 시공회사가 쟁점세금계산서를 공급시기보다 지연하여 수수하였어야 할 이유가 없어 보이며, 청구법인의 대표이사이면서 과점주주인 청구외 ○○○의 부(父)인 청구외 ○○○가 시공회사의 대표이사로서 양 법인이 특수관계에 있음에도 1999년 6월 현재 이 건 공사대금(13,200,000,000원) 중 30%에도 미치지 못하는 3,620,000,000원을 지급한데 불과한 사실이 양 법인명의의 통장에 의하여 확인되는 면에서, 청구법인이 시공회사의 자금사정을 보전하기 위하여 의도적으로 공사금액을 증액하였다고 보기도 어려운 점등을 종합하여 볼 때, 쟁점세금계산서는 공급시기(1997.4.30 및 1997.5.31자)에 적법하게 발행·교부된 세금계산서라 할 것이다.

(3) 한편, 처분청 및 국세청장은 청구법인에 대한 1997.5.13자 부가가치세 환급조사당시 쟁점세금계산서를 제출하지 아니하였고, 청구법인 및 시공회사의 장부상 모든 계정이 1997.12.31로 기재된 사실등을 이유로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보았으나, 1997.5.13자 부가가치세 환급조사는 1997년 제1기 예정신고기간(1997.1.1 ∼ 1997.3.31)까지의 기간에 대하여 매입세액 적정여부를 조사한 것으로서 그 이후 기간에 수수된 세금계산서를 제출하였어야 할 이유가 없을 뿐만 아니라, 이를 제시하라고 요구한 근거도 없으며, 경리직원의 실수로 쟁점세금계산서를 수수한 날에 장부에 계상하지 못하고 1997.12.31에 출금 및 입금전표를 작성하였다면, 모든 계정이 1997.12.31을 기준으로 작성될 수 밖에 없을 것인 바, 위에 설시한 바와 같이 모든 사실관계를 종합하여 볼 때, 쟁점세금계산서는 공급시기에 적법하게 수수된 세금계산서라 할 것인데도 단지, 1997.12.31에 작성된 전표와 이에 따라 기장된 장부만을 근거로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 동 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다고 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.