결손금 소급공제에 의한 환급을 추가로 받을 수 있느지 여부

심판청구번호 국심1999중 0531(1999. 9. 7) 1996사업연도에 법인세 과세표준을 882,577,439원으로 하고 산출세액을 235,121,682원으로 하여 105,909,290원의 법인세액을 신고·납부한 사실이 있고, 1997사업연도에는 8,047,302,777원의 결손금이 발생함에 따라 결손금 소급공제에 의한 환급신청서를 제출하여 직전사업연도 법인세납부액 상당액 105,909,290원을 환급받았으며, 1998.8.1 처분청에서 청구법인의 1996사업연도 법인세 과세표준을 2,334,736,549원으로 하고 산출세액을 641,726,233원으로 하며, 추가고지세액을 348,171,580원으로 하여 경정결정함에 따라 1998.9.15 청구법인은 환급신청세액을 363,662,050원으로 한 1997사업연도분 결손금 소급공제에 의한 환급수정신청서를 제출하여 당초 환급액 105,909,290원과의 차액인 257,752,760원을 추가 환급하여 달라고 청구하였다. 처분청은 1998.11.12 당해 환급세액 계산의 기초가 된 직전사업연도의 법인세액 또는 과세표준이 달라진 경우에도 당초 환급신청한 결손금의 범위내에서 환급세액을 재결정하여 추가로 환급하는 것(국세청 법인46012-1025, 1998.4.24)이라 하여 추가로 환급할 세액이 없다고 회신하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1998.12.11 심사청구를 거쳐 1999.2.26 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구주장 법인세법 제38조 의 2 제1항에서 각 사업연도에 결손금이 발생한 경우에는 직전사업연도의 소득에 부과된 법인세액을 한도로 환급신청할 수 있다고 규정하고 있고, 법인세법시행령 제100조 의 2 제2항 제2호의 산식에서 결손금 소급공제에 의한 환급세액의 계산은 직전사업연도의 과세표준금액을 한도로 하여 계산하도록 규정하고 있음에 따라 청구법인은 1997사업연도(이하 "결손사업연도"라 한다) 법인세 신고시 8,047,302,747원의 결손금이 발생하였지만 위 제약조건에 따라 378,247,474원을 소급공제 받을 결손금액으로 기재할 수 밖에 없었다. 그런데도 처분청에서는 법인세법시행령 제100조 의 2 제6항을 자의적으로 해석한 국세청장 예규(법인46012-1025, 1998.4.24)에 따라 당초 환급신청한 결손금의 범위내에서 환급세액을 재결정하는 것이라고 하여 청구법인이 신청한 수정환급신청을 거부하였으므로 이는 부당하고, 이 건의 경우처럼 직전사업연도의 과세표준금액이 증액 경정결정된 경우에는 결손사업연도의 결손금 소급공제 환급세액도 추가 환급하는 것이 타당하므로 이 건의 경우 소급공제받을 결손금액을 1,341,650,182원으로 하여 청구법인이 신청한 257,752,760원을 추가 환급하여야 한다.
• 나. 국세청장 의견

(1) 청구주장은 소급공제 받을 결손금액을 1,341,650,182원으로 하여 환급세액을 계산하여야 한다고 하나, 결손금 소급공제에 의한 환급세액을 납세지 관할 세무서장이 결정한 후, 당해 환급세액 계산의 기초가 된 직전사업연도의 법인세액 또는 과세표준이 달라진 경우에는 당초 환급신청한 결손금의 범위내에서 환급세액을 재결정하여 법인세법시행령 제100조 의 2 제6항의 규정에 의하여 추가로 환급하는 것(국세청 법인46012-1025, 1998.4.24)인 바,

(2) 소급공제 받을 결손금액을 당초 환급신청한 결손금인 378,247,474원으로 하여 결손금 소급공제액을 재계산하면 환급받을 세액이 아래와 같이 105,909,292원이 되어 청구법인이 당초 결손금 소급공제에 의하여 환급받은 세액과 같아지므로 추가로 환급할 세액이 없음을 알 수 있다.

(3) 재결정 산식(법인세법시행령 제100조 의 2 제2항) = 직전사업연도 법인세액 - {(과세표준금액 - 소급공제 결손금액) × 세율} = 641,726,223원 - {(2,334,736,549원 - 378,247,474원) × 16%, 28%} = 641,726,233원 - 535,816,941원 = 105,909,292원. 따라서 추가로 환급하여 달라는 청구주장을 받아들일 수 없다.

• 가. 쟁점 중소기업의 직전사업연도 법인세액이 증액 경정된 경우 결손금 소급공제에 의한 환급을 추가로 하는 것인지 여부
• 나. 관련법령 법인세법 제38조 의 2【결손금 소급공제에 의한 환급】제1항은 대통령령이 정하는 중소기업은 각 사업연도에 제9조 제4항의 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여 직전 사업연도의 소득에 부과된 법인세액(대통령령이 정하는 법인세액을 말한다)을 한도로 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급신청할 수 있다. 이 경우 당해 결손금에 대하여는 제8조 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 이를 공제받은 금액으로 본다.고 규정하고 있고, 같은조 제2항은 제1항의 규정에 의한 법인세액의 환급을 받고자 하는 법인은 제26조의 규정에 의한 신고기한 내에 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 신청하여야 한다.고 규정하고 있으며, 같은조 제3항은 납세지 관할세무서장이 제2항의 규정에 의한 신청을 받은 때에는 지체없이 환급세액을 결정하여 국세기본법 제51조 및 제52조의 규정에 의하여 환급하여야 한다.고 규정하고 있고, 같은조 제4항은 제1항 내지 제3항의 규정은 당해 법인이 제26조의 규정에 의한 신고기한 내에 결손금이 발생한 사업연도와 그 직전 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준 및 세액을 각각 신고한 경우에 한하여 적용한다.고 규정하고 있다. 같은법시행령 제100조의 2【결손금 소급공제에 의한 환급세액의 계산】제1항은 법 제38조의 2 제1항에서 "대통령령이 정하는 법인세액"이라 함은 법 제8조의 규정에 의한 직전 사업연도의 과세표준금액(이하 이 조에서 "과세표준금액"이라 한다)에 법 제22조의 규정에 의한 세율(직전 사업연도에 적용되는 세율을 말하며, 이하 이 조에서 "법인세율"이라 한다)을 적용하여 계산한 금액(이하 이 조에서 "직전 사업연도 법인세액"이라 한다)을 말한다. 다만, 직전 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 공제 또는 감면된 법인세액(이하 이 조에서 "감면세액"이라 한다)이 있는 경우에는 이를 차감한 금액을 직전 사업연도 법인세액으로 한다.고 규정하고 있고, 같은조 제6항은 납세지 관할세무서장은 당초 환급세액을 결정한 후 당해 환급세액의 계산의 기초가 된 직전 사업연도 법인세액 또는 과세표준금액이 달라진 경우에는 즉시 당초 환급세액을 재결정하여 추가로 환급하거나 과다하게 환급한 세액 상당액을 징수하여야 한다. 이 경우 과다하게 환급한 세액상당액을 징수함에 있어서는 제5항의 규정을 준용한다.고 규정하고 있다.
• 다. 직전 사업연도의 법인세액이 증액경정된 경우 결손금 소급공제에 의한 환급을 추가로 하는 것인지 여부 청구법인은 법인세법시행령 제100조 의 2 제6항의 규정에 의하면 직전사업연도의 과세표준금액이 증액 경정결정된 경우에는 결손사업연도의 결손금 소급공제에 의한 환급세액도 추가 환급하도록 되어 있으므로 처분청의 환급거부처분이 부당하다는 주장이다. 살피건대,

(1) 오늘날 계속기업에 있어서는 사업을 개시하여 최종 청산을 할 때까지의 전 기간동안에 발생한 손익의 계산이 원천적으로 불가능하기 때문에 기업회계나 세법에서는 일정기간을 단위로 기간손익을 계산하도록 하면서 전체손익과 기간손익 계산에 따른 차이는 결손금 공제제도를 통하여 조정하고 있다.

(2) 결손금 공제방법에는 결손금을 차후연도로 이월하여 차후연도의 소득에서 공제하도록 하는 방법(이월공제방법: carry forward)과 전년도로 소급하여 전년도소득에서 공제하여 기납부한 세금을 환급해 주는 방법(소급공제방법: carry back) 등 두가지 방법이 있는바, 우리나라 법인세법에서는 이월공제방법을 원칙으로 하고 중소기업 지원차원에서 중소기업에 대해서만 예외적으로 1년간 소급공제를 허용하여 직전 사업연도에 납부한 세금을 환급받을 수 있도록 하는 내용의 결손금 소급공제제도를 부분적으로 채택하고 있다. 결손금 소급공제를 적용받을 수 있는 법인은 조세감면규제법시행령 제2조의 규정에 의한 중소기업만을 대상으로하고 또한 결손금이 발생한 사업연도와 그 직전 사업연도의 법인세 과세표준과 세액을 법정신고기한 내에 납세지 관할세무서장에게 신고한 법인으로서 결손금 소급공제에 의한 환급신청을 한 법인에 한정하고 있다.

(3) 결손금소급공제에 의한 환급에 관한 법인세법 관련규정을 보면, 법인세법 제38조 의 2 제2항에서는 "제1항의 규정에 의한 법인세액의 환급을 받고자 하는 법인은 ……대통령령이 정하는 바에 따라 납세지관할세무서장에게 신청하여야 한다."고 규정하고 있어 소급공제가 이월공제와는 달리 납세자의 신청이 있을 때에만 적용되는 신청공제사항이라는 것과 법상 소급공제금액의 한도만 정하여 있어 그 한도내에서 납세자가 소급공제 받고자 하는 금액이 얼마인지에 대한 구체적인 의사표시가 있을 때에만 적용될 수 있는 것임을 알 수 있다.

(4) 다음으로 소급공제 받고자 하는 금액에 대한 의사표시기한에 대해 법인세법은 "……법 제26조의 규정에 의한 신고기한내에 ……신청하여야 한다"고 규정하고 있어 결손이 발생한 사업연도의 법인세 신고시 구체적인 금액을 명시하여 신청하도록 하고 있고, 법인세 신고기한이 지난 후에 소급공제를 신청하거나 변경할 수 있는 수단이 별도로 마련되어 있지 아니하며 소급공제가 국세기본법상의 수정신고나 경정청구의 대상이 된다고 보기도 어려우므로 당초 법인세 신고기한내에 신청한 금액의 범위내에서만 환급하는 것이 타당하다고 판단된다.

(6) 따라서, 청구법인이 당초 결손금소급공제에 의한 환급신청을 하여 환급을 받은 후 처분청에서 직전 사업연도 과세표준 및 세액에 대한 경정처분을 하자 결손금소급공제에 의한 환급 수정신청서를 제출한 경우에 대하여 환급거부 회신을 한 처분청의 당초 처분에 잘못이 없는 것으로 판단된다.

• 라. 결론 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.