구축물이 법인에 귀속되는것인지 여부가 불분명하므로 양도사실이 확인된다하더라도 세액계산에서 제외하는 것이 타당함
구축물이 법인에 귀속되는것인지 여부가 불분명하므로 양도사실이 확인된다하더라도 세액계산에서 제외하는 것이 타당함
심판청구번호 국심1999중 0165(1999.12. 4) 업연도 법인세(특별부가세) 7,395,920원의 부과처 분은 이를 취소한다.
청구법인은 1994.5.28 설립등기(법인등기부)되어 구역화물 및 특수화물 운송사업과 자동차정비, 부품판매, 운송알선사업 등을 영위하고 있으며 대표(무한책임)사원 1명, 유한책임사원 4명 등의 인적구성을 가진 영리내국법인이다. 청구법인은 1997.5.31 경기도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ면 ○○○리 ○○○, ○○○, ○○○, ○○○에 위치한 자동차정비공장(이하 "쟁점정비공장"이라 한다)을 양도한 뒤 쟁점정비 공장의 양도에 대한 1997.1.1∼1997.12.31 사업연도 법인세 특별부가세과세표준 및 세액을 신고하면서 별지 1 의 구축물(이하 "쟁점구축물"이라 한다)의 가액을 특별부가세과세표준에 포함하여 양도차익이 발생하지 아니한 것으로 계산하였다. 처분청은 쟁점구축물을 특별부가세과세표준에서 제외하고 양도차익을 산정하여 1998.8.4 청구법인에게 1997.1.1∼1997.12.31 법인세 (특별부가세) 7,395,920원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1998.9.8 심사청구를 거쳐 1999.1.4 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견
(1) 법인세 과세소득금액의 계산에 관한 규정은 그 명칭 여하에 불구하고 거래의 실질내용에 따라 이를 적용하도록 규정하고 있고, 법인세법 제59조 의 2 제1항에 특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지, 건물 등의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다고 규정하면서, 같은법시행령 제124조의 3 제3항에 법 제59조의 2 제1항에 규정하는 건물에는 그 건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다고 규정하고 있는바,
(2) 쟁점구축물의 실질내용은 토지 및 건물의 부속시설물이나 법인장부상 계정분류의 오류로 구축물계정에 기재되어 있는 것이고, 그 중 바닥포장비 및 진입로 포장비는 토지에 대한 자본적 지출에 해당되는 것이고 동력시설은 건물의 부속시설물로 토지와 건물이 특별부가세 과세대상이면 바닥포장비, 진입로 포장비 및 동력시설물도 당연히 과세대상이므로 구축물이 독립된 시설물이라는 논리는 설득력이 없으며, 비록 쟁점구축물이 건축물관리대장에 등재된 바 없다 하더라도 당연히 토지 및 건물의 부속물에 해당되는 것이므로 쟁점구축물을 특별부가세 과세대상에서 제외하여 이 건 법인세 특별부가세를 부과한 처분은 부당하다.
(2) 구 법인세법(1998.12.28 법률 제5581호로 전면 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조【실질과세】제2항에 "법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 그 명칭 여하에 불구하고 거래의 실질내용에 따라 이를 적용한다."고 규정하고 있고, 제59조의 2【과세표준】제1항 "특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지, 건물, 부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분(이하 '토지 등'이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다." 라고 규정되어 있다.
(3) 구 법인세법시행령(1998.12.31 대통령령 제15970호로 전면 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제124조의 3【토지 등의 범위】제3항에 "법 제59조의 2 제1항에 규정하는 건물에는 그 건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다." 고 규정하고 있다.
(1) 쟁점정비공장의 일반건축물관리대장을 보면 자동차정비업의 용도에 사용되는 작업장, 검차대, 도색장, 사무실, 화장실, 샤워실, 숙직실, 보일러실 등의 시설물만 등재되어 있고 쟁점구축물은 별도로 나타나지 아니하는바, 건축물관리대장의 기재 및 관리 등에 관한 규칙 제3조【건축물대장의 종류등】제1항에 의하면 건축물대장은 건축물 1동을 단위로 하여 각 건축물마다 작성하고, 부속건축물은 주된 건축물에 포함하여 작성한다고 규정하고 있으므로, 쟁점정비공장의 부속건축물은 일반건축물대장에 부기하나 쟁점구축물은 달리 표기되지 아니하는 것임이 확인된다.
(2) 1999.7.2 당심판부에서 쟁점정비공장을 현지확인하여 조사한바 쟁점구축물 각 부분의 소유관계 및 설비내역과 그 기능 등과 관련하여 다음과 같은 사실관계를 인정할 수 있다. (가) 진입로포장공사는 쟁점정비공장의 접도구역부터 정문까지의 구간(4∼5m) 및 정문에서 출입차량의 세척홈(타이어에 묻은 흙이나 불순물을 반원형 홈속에 담긴 물로 씻어주는 기능)까지 구간(5∼6m)에 시행한 공사로 쟁점정비공장의 양도당시 함께 양도한 사실이 확인되나, 정문에서 출입차량까지의 세척홈까지는 쟁점정비공장의 경계(담장) 내부에 속하는 부분이므로 청구법인의 소유에 해당되는 것이나 접도구역부터 정문까지 구간의 소유권이 청구법인에게 귀속되는지 여부가 불분명하고 또한 청구법인이 진입로포장공사를 두 부분으로 나누어 구분경리하지 아니한 관계로 청구법인의 소유임이 확인되는 부분에 대한 별도의 공사비를 산정하기 어려운 이상 진입로포장공사는 쟁점정비공장의 양도에 대한 특별부가세과세표준 및 세액계산서에 포함되지 아니한다고 볼 수밖에 없는 점, (나) 바닥포장공사(○○○, ○○○, ○○○ 및 같은 곳 ○○○, ○○○) 는 쟁점정비공장의 지면에 콘크리트포장공사를 하여 중기 또는 자동차의 입출입의 편의를 도모하기 위한 시설로 당초 공장면적에 포함된 부분인 ○○○, ○○○, ○○○지번에 대한 포장공사가 먼저 시행되고 나중에 면적이 확정된 나머지 지번인 ○○○, ○○○에 대한 포장공사가 마무리 된 점, (다) 담장공사(○○○, ○○○, ○○○ 같은 곳 ○○○, ○○○)는 쟁점정비공장의 경계를 구획하는데 필수적으로 부수되는 울타리인 담장(세멘블럭)을 둘러친 공사로 담장 및 그 안팎 1∼2m 구간까지 포함한 부분인 점, (라) 동력시설은 변전설비, 수전설비, 배전반, 아스선 [용접시(+)선과 (-)선을 같이 사용하는 대신(-)선을 작업장의 바닥에 매복하여 용접시 간단한 금속 막대기만 연결하면 용접이 가능한 바닥설비]등 쟁점정비공장의 가동에 필수적으로 부수되어 사용되는 시설인 점, (마) 차고지 하천박스는 쟁점정비공장 뒤쪽의 하천 중 접도구역부터 농로로 통하는 진입로부분까지의 하천에 대한 복개공사(시멘트로 길이 10∼12m, 두께 50∼60m로 포장)로 쟁점정비공장의 양도시 같이 양도된 것은 확인되나 청구법인의 소유인지 여부가 불분명한 것이므로 법인소유자산의 양도에 대한 특별부가세 과세표준 및 세액계산서에 포함시키기는 어려운 점, (바) 우수폐수라인 및 오수처리시설의 경우 쟁점정비공장에 떨어지는 빗물(같은 빗물도 공장을 통하여 배출되면 폐수로 간주되기 때문에 환경영향평가기준상 이를 정제하는 시설이 필수적이고 쟁점정비공장의 경우 일반공업용수는 사용하지 아니함)등을 쟁점정비공장 곳곳(담장 ○○○ 및 ○○○, 도색장 및 주작업장등)의 배수로에 설치된 우수폐수라인을 통하여 모아진 빗물등을 오수처리시설을 통하여 정제하여 공장밖으로 내보내는 시설로 공장에 대한 인·허가시 필수적인 확인점검대상인 점, (사) 지하수개발은 쟁점정비공장의 직원기숙사 화장실, 샤워실, 보일러실, 및 사무실 화장실 등의 용도에 사용하는 지하수를 개발하는 시설인 점,
(3) 쟁점정비공장의 양도가액은 토지 727,100,000원, 건물 240,000,000원 및 쟁점구축물 120,900,000원 등 합계 1,088,000,000원이며 그중 진입로포장공사 및 차고지 하천박스의 가액이 각 43,855,540원과 7,241,760원이고, 한편 쟁점정비공장의 취득가액은 토지 476,719,210원, 건물 459,564,436원 및 쟁점구축물 187,758,029원 등 합계 1,124,041,675원이며 그 가운데 진입로포장공사 및 차고지 하천박스의 가액이 각 67,500,000원과 13,219,600원임이 양도당시 매매계약서 및 부동산 내역, 청구법인이 신고한 특별부가세과세표준 및 세액계산서·양도부동산 명세, 경정결정한 특별부가세과세표준 및 세액계산서, 가산세액계산서, 결정전통지서 등의 증빙자료에 의하여 확인된다.
(4) 건축물관리대장의 기재 및 관리 등에 관한 규칙 제3조에 건축물대장은 각 건축물마다 작성하고 부속건축물은 주된 건축물에 포함하여 작성한다고 규정하고 있는바 위 규칙에 의하면 쟁점구축물의 경우 쟁점정비공장의 주된 건축물 또는 부속된 건축물 어디에도 해당되지 아니하여 일반건축물관리대장에 등재되지 아니한 점, 현장을 확인한 결과 위에서 살펴본 바와 같이 쟁점구축물 가운데 어느 하나 독립된 시설물 또는 구축물이 아니라 쟁점정비공장의 가동 및 운영에 필수적으로 부속된 구축물인 사실이 확인되는 점, 쟁점구축물이 쟁점정비공장의 양도 당시 매매계약서에 매매대상목적물로 포함된 점 등을 종합해 볼 때, 쟁점구축물은 쟁점정비공장에 부속된 구축물에 해당된다고 보아야 할 것이다. 다만, 쟁점구축물 중 진입로포장공사 및 차고지 하천박스의 경우 그 소유권이 청구법인에게 귀속되는 것인지 여부가 불분명하므로 청구법인이 양도한 사실이 확인된다 하더라도 이 건 특별부가세과세표준 및 세액계산에서는 이를 제외하는 것이 타당하다 하겠다. 그러나 그와 같이 하여 쟁점정비공장의 양도에 대한 이 건 특별부가세과세표준 및 세액을 계산하더라도 쟁점정비공장의 양도가액은 1,036,902,700원인 반면 그 취득가액은 1,043,322,075원으로 6,419,375원의 양도차손이 발생하게 되는바, 그렇다면 쟁점정비공장의 양도가액 및 취득가액에서 각 쟁점구축물의 양도가액 및 취득가액을 제외하고 양도차익을 계산하여 청구법인에게 이 건 법인세 특별부가세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.