실지가액이 분명한 토지의 기준시가 적용 여부

심판청구번호 국심1999중 0105(1999.10.22) 은 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인으로서, 학교 건물을 신축하기 위하여 경기도 ○○군 ○○면 ○○○리 산 ○○○ 임야 40,352㎡(이하 "쟁점토지"라 한다)를 1987.6.22 청구 외 ○○○ 등 10인 명의로 취득하여 1992.8.20 청구 외 ○○○건설주식회사에게 양도하였다. 처분청은 청구법인이 1992.8.20 쟁점토지를 양도한 사실에 대하여, 실지거래가 액에 의하여 양도차익을 산정 하여 1998.5.13 청구법인에게 1992.3.1∼1993.2.28사업 연도 분 법인세(특별부가세) 195,567,420원을 결정 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1998.7.3 이의신청 및 1998.10.15 심사청구를 거쳐 1998.12.29 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구주장

(1) 처분청은 쟁점토지의 양도가 액 및 취득 가 액에 대한 조사확인 절차도 거치지 아니하고, ○○ 세무서장으로부터 통보 받은 ○○○의 확인서에 의해 이 건 과세 하였는 바, 위 ○○○의 확인서는 서울고등법원 및 대법원에서 이미 그 기재내용 중 관련토지 등의 취득당시의 거래상대방 및 취득대금, 처분대금, 양도경위 등이 객관적 사실에 반한다고 판결하여 쟁점토지의 실지거래가 액은 불분명하므로 기준시가에 의하여 양도차익을 산정 하여야 하고, 기준시가에 의하여 양도차익을 산정 하는 경우 특별부가세 부과제척기간이 만료되므로 이 건 처분은 취소하여야 한다.

(2) 청구법인은 쟁점토지를 학교법인 명의로 취득등기를 하려고 하였으나, 쟁점토지의 원래 소유주가 법인과의 거래를 회피함에 따라 부득이하게 이사들의 명의로 취득등기를 하게되었던 것이고, 쟁점토지의 양도는 학교건물 신축자금으로 대물변제에 충당 되었는 바, 법인 명의로 등기가 가능했다면 정당하게 감면신청을 하였을 것이지만 100% 고유목적 사업인 학교건물 신축에 충당되었음에도 감면신청서 미 제출을 이유로 특별부가세를 과세한 처분은 부당하다.

• 나. 국세청장 의견

(1) 서울고등법원의 판결(94구○○○, 1996.12.5. 양도소득세부과처분취소소송)은 쟁점토지의 실지취득 가액이 옳고 그름을 다툰 것이 아니며, 실질적인 거래당사자로서 쟁점토지의 거래에 따른 소득의 귀속자가 누구인지를 다툰 것이고, 확인서는 통상적으로 증거나 사실내용을 토대로 하여 당사자가 확인하는 절차의 하나로서 이 건의 경우 청구법인의 이사장인 ○○○가 작성 자필서명 날인하여 ○○세무서장에게 제출하였고, 실지양도가 액 1,500,000,000원이 사실과 부합하며, 확인서의 내용은 청구법인의 실지 거래당사자가 아니고서는 알 수 없는 구체적인 금액인 점으로 볼 때, ○○○가 확인한 실지취득 가 액 455,131,820원(이 중 쟁점토지의 취득 가 액은 207,510,160원임)도 사실과 부합하므로, 쟁점토지의 실지양도 및 취득가액은 분명하다 할 것이다. 따라서 쟁점토지의 실지양도 및 취득 가액이 확인되므로 기준시가에 의하여 양도차익을 산정 할 경우 부과제척기간이 만료되었다는 청구주장은 인정할 수 없다.

(2) 청구법인은 쟁점토지를 양도하고 세액면제신청서를 제출하지 아니하였으므로 조세법률주의에 의하여 학교용지의 양도에 따른 특별부가세 면제를 배제한 처분은 정당하므로, 청구주장은 받아들일 수 없다.

• 가. 쟁점

(1) 쟁점토지의 양도 및 취득당시의 실지거래가액이 불분명하여 기준시가로 양도차익을 산정 하여야 하는지 및 기준시가로 양도차익을 산정하는 경우 특별부가세 부과제척기간이 만료되었는지,

(2) 청구법인이 세액면제신청서를 제출하지 아니하였다 하여 특별부가세를 감면 배제한 처분이 정당한지를 가리는데 있다.

• 나. 쟁점 (1)에 대하여 본다

(1) 관련법령 법인세법 제59조 의 2 제1항(1990.12.31 법률 제4282호로 개정된 것)에 의하면, 『특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지등의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다.』고 규정하고 있다. 법인세법 제59조 의 2 제3항(1974.12.21 법률 제2686호로 신설되어, 1980.12.13 법률 제3270호로 아래와 같이 단서규정이 개정된 이래 1994.12.22 법률 제4804호로 개정되기 전의 것)에서는, 『제1항의 규정에 의한 양도차익은 다음 각 호에 게기하는 금액을 공제한 금액으로 한다. 다만, 양도가액과 취득 가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가 액과 취득가액으로 한다.』고 규정하면서, 그 제1호에서 『취득가액. (단서생략)』을 열거하고 있다

(2) 사실관계 및 판단 (가) 쟁점토지의 등기부등본에 의하면, 경기도 ○○군 ○○면 ○○○리 산 ○○○ 임야 138,050㎡는 1968.3.30 ○○○가 취득하여 보유하던 중 1987.6.22 그 중 88,504㎡가 위 같은 리 산 ○○○로 분할된 후, 같은 날 ○○○등 10인의 명의로 소유권이전 등기되었다가, 1992.8.20 위 토지 중 40,352㎡(쟁점토지)가 위 같은 리 산 ○○○로 분할되어, 같은 날 ○○○건설주식회사에게 양도된 사실이 확인된다. (나) 이 건 과세경위를 보면, ○○ 세무서장은 쟁점토지가 실제로는 ○○○가 취득하여 양도하면서 등기명의를 ○○○등 10인의 명의를 사용하여 거래한 것이므로, 투기를 목적으로 하는 것으로 인정된다 하여 실지거래가 액으로 양도차익을 산정 하여 1993.11.16 ○○○에게 1992년도 귀속 양도소득세 861,325,655원을 결정 고지하였다가, ○○○가 위 과세처분에 대해 행정소송을 제기하여 대법원에서 국가가 패소함에 따라 1997.5.31 위 양도소득세 부과처분을 결정취소 하였고, 처분청은 ○○ 세무서장으로부터 관련 과세자료를 통보 받아 청구법인에게 실지거래가 액(양도가액 1,500,000,000원, 취득 가 액 207,510,160원)에 의하여 이 건 법인세 특별부가세를 과세한 사실이 서울고등법원 및 대법원 판결문, 과세자료에 의하여 확인된다. (다) 청구법인은 쟁점토지의 취득가액 및 양도가 액이 불분명하므로 실지거래가 액에 의하여 양도차익을 산정한 이 건 처분은 취소되어야 한다고 주장하면서, 서울고등법원 판결문(94구○○○, 양도소득세등부과처분취소, 1996.12.5)과 대법원 판결문(97누621, 양도소득세등부과처분취소, 1997.4.11) 및 국민고충처리위원장의 결정문(98고충○○○, 학교법인 특별부가세 감면, 1998.7.16)을 제시하고 있으나, 위 서울고등법원과 대법원의 판결은 쟁점토지의 취득가액 및 양도가액이 분명한지 여부를 직접 다툰 것이 아니라 쟁점토지의 양도에 따른 소득의 귀속자가 누구인지를 다툰 것이고, 위 국민고충처리위원장의 결정은 쟁점토지의 실지취득가액 및 양도가 액에 대한 새로운 증빙의 제시 없이 『법원의 소송에서 패소하여 결정 취소된 ○○○의 양도소득세 결정결의서 상 취득가액 을 그대로 적용한 것은 적법한 것으로 볼 수 없다』는 내용으로, 위 법원의 판결문 과 국민고충처리위원장의 결정문만으로는 쟁점토지의 취득가액 및 양도가 액이 불분명하다고 보이지 아니하므로, 쟁점토지의 양도가 액 및 취득 가 액에 대한 증빙을 구체적으로 살펴 판단하여야 할 것이다. 먼저, 쟁점토지의 양도가 액의 경우를 보면, 1995.9.13 서울고등법원이 위 양도소득세부과처분취소소송(94구○○○) 심리 중 쟁점토지 매수자인 ○○○건설(주)에게 사실 조회하여, ○○○건설(주)로부터 『쟁점토지 대금 1,500,000,000원 중 500,000,000원은 현금으로 지급하고 1,000,000,000원은 청구법인의 학교건물 신축공사비 잔금으로 대물변제로 처리하고 취득하였다』고 회신 받은 사실이 서울고등법원 제10특별부사실조회서에 의하여 확인되므로, 쟁점토지의 실지양도가 액은 1,500,000,000원임이 분명하다 할 것이다. 다음, 쟁점토지의 취득가액의 경우를 보면, 1993.7.27 청구법인의 이사장인 ○○○가 자필로 서명날인하여 ○○세무서장에게 제출한 확인서에 의하면, 『경기도 ○○군 ○○면 ○○○리 산 ○○○ 임야 88,504㎡를 1987.6.22 ○○○로부터 금 455,131,820원에 취득하고, 위 토지의 일부를 1988.12.1외 4회에 걸쳐 ○○○ 등에게 금 2,112,390,000원에 양도하였다』는 내용인 바, 위 확인서의 내용 중 쟁점토지의 양도가 액이 1,500,000,000원이라는 사실은 이미 위에서 본 바와 같이 서울고등법원의 사실조회서에 의하여 확인되고 있고, 위 토지의 취득 가 액을 455,131,820원으로 구체적으로 기재하고 있는 점에 비추어 볼 때, 청구법인이 위 토지의 취득 가 액이 455,131,820원이 아니라는 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있는 한, 쟁점토지의 취득가액은 227,510,160원(455,131,820원×40,352㎡/88,504㎡)이라고 봄이 타당할 것이다. 그렇다면, 쟁점토지의 실지양도가 액 및 취득가액이 확인된다 할 것이므로, 실지거래가액에 의하여 이 건 법인세 특별부가세를 과세한 처분은 정당한 반면, 실지거래가액이 불분명하여 기준시가에 의하여 양도차익을 산정 할 경우 이 건 법인세 특별부가세의 부과제척기간이 만료되었다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

• 다. 쟁점 (2)에 대하여 본다.

(1) 관련법령 쟁점토지 양도당시 시행된 조세감면규제법 제67조의 3 제1항 제1호에 의하면, 『사립학교 법에 의하여 설립된 학교법인이 소유하는 기본재산인 토지 등을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 특별부가세를 면제한다.』고 규정하고 있고, 같은 조 제4항에서는, 『제1항의 규정에 의한 특별부가세의 면제는 대통령령이 정하는 바에 의하여 세액면제신청서를 제출하는 경우에 한하여 이를 적용한다.』고 규정하고 있다. 같은 법 시행령 제55조의 3 제4항에 의하면, 『법 제67조의 3의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받고자 하는 법인은 양도 일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 재무부령이 정하는 세액면제신청서를 제출하여야 한다.』고 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단 청구법인은 쟁점토지를 양도하고 양도 일이 속하는 사업연도의 과세표준신고 시 세액면제신청서를 제출하지 아니하였으며, 쟁점토지의 등기명의자들인 ○○○등 10인(청구법인의 재단이사들)의 명의로 양도소득세 76,229,400원을 신고·납부하였으며, 처분청은 이 건 특별부가세 과세시 ○○○등 10인이 납부한 세액 76,229,400원을 청구법인의 기납부세액으로 공제하여 이 건 과세하였음이 심리자료에 의하여 확인되고, 이에 대하여는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없다. 조세감면규제법 제67조의 3 제1항 제1호 및 제4항에서는, 학교법인이 기본재산인 토지 등을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 특별부가세를 면제하되, 세액면제를 받기 위해서는 세액면제신청서를 제출하는 경우에 한하여 적용하도록 규정하고 있는 바, 청구법인은 쟁점토지를 교육사업에 사용할 목적으로 양도하였으므로 그 양도소득에 대하여는 특별부가세를 면제할 수 있으나, 특별부가세를 면제받으려면 법인세과세표준 신고기간 내에 면제신청서를 제출하여야 하고, 신고기간 내에 신청서를 제출하지 아니하는 경우에는 특별부가세를 면제받을 수 없다 할 것이다(국심 93구 553, 1993.5.26. 같은 뜻).

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.