비영리법인의 이자소득 과세방법

심판청구를 기각합니다.

청구법인은 1990.2.14 성립된 비영리내국법인으로서 1998사업연도에 발생한 이자소득금액 1,443,188,446원(이하 "쟁점이자소득"이라 한다)을 고유목적사업준비금으로 손금산입하고 쟁점이자소득에 대한 원천납부세액 320,238,280원을 환급받고자 1999.4.7 외부조정계산서를 첨부한 법인세과세표준 및 세액신고서를 처분청에 제출하였다. 처분청은 청구법인이 1998사업연도 법인세과세표준의 법정 신고기한(1999.3.31)내에 적법한 법인세과세표준 및 세액신고를 하지 아니한데 대하여 청구법인이 쟁점이자소득에 대하여 원천징수방법에 의한 과세를 선택한 것으로 보아 1999.4.27 동 원천납부세액의 환급을 거부하는 내용의 통지를 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.6.22 심사청구를 거쳐 1999.10.26 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 1990사업연도부터 1997사업연도까지 매년 장부를 비치 기장하여 이자소득금액을 고유목적사업준비금으로 설정하고 이자소득에 대한 원천납부세액을 법인세 과세표준의 신고에 의하여 환급받아온 법인임에도 단지 법인의 사정상 신고가 지연된 것을 원천징수방법에 의하여 과세가 종결된 것으로 보아 이건 환급을 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 법인세법상 이자소득이 있는 비영리내국법인의 경우 납세자에게 법인세 과세표준의 신고 여부에 대하여 선택할 수 있는 권리를 부여하고 있으므로 위와 같은 사정 아래서 신고기한 이내에 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 고유목적사업준비금도 설정할 수 없을 뿐만 아니라 수정신고 또는 경정청구에 의하여 과세방법을 변경할 수도 없다 할 것이다(국심97서816, 1997.7.7외 다수 같은뜻). 법인세 과세표준 및 세액의 법정신고기한이 경과한 후 이자소득에 대한 법인세 과세표준신고서를 제출한 이 건의 경우 이자소득에 대한 법인세 과세표준신고를 하지 아니한 경우에 해당한다 할 것이므로 원천징수방법에 의한 과세를 선택한 것으로 보아 분리과세 종결하고 환급거부를 통지한 처분은 정당하다(법인46012-571, 1998.3.9외 다수 같은뜻).

• 가. 쟁 점 쟁점이자소득에 관하여 청구법인이 법인세과세표준 및 세액신고서를 법정 신고기한을 경과하여 제출한데 대하여 원천징수에 의한 과세방법을 선택한 것으로 보아 분리과세로 종결처리한 처분의 당부
• 나. 관계법령 법인세법 제26조 【과세표준의 신고】제1항에서 『납세의무 있는 내국법인은 각 사업연도의 결산을 확정한 날로부터 15일(대통령령이 정하는 외부조정계산서를 첨부하는 법인의 경우에는 30일) 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 서면으로 정부에 신고하여야 한다』고 규정하고 있으며, 같은법 제27조【비영리내국법인의 과세표준 신고】제1항에서 『비영리내국법인은 제1조 제1항 제3호의 규정에 의한 이자·할인액 및 이익에 대하여 제26조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제9조의 규정에 의한 각사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다』고 규정한데 이어 그 제2항에서 『제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 제39조의 규정에 의한 원천징수의 방법에 의하여 과세한다』고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 경우 법인세과세표준 및 세액의 법정 신고기한내에 쟁점이자소득에 대한 법인세과세표준 및 세액신고서를 제출하지 아니한 사실에 당사자로서 청구법인과 처분청간 다툼이 없다. (2) 법인세법 제26조 【과세표준의 신고】제1항, 같은법 제27조 제1항 내지 제2항 및 같은법 제39조 등 각 규정의 취지를 종합하면 법인세법상 이자소득이 있는 비영리내국법인의 경우 납세자에게 법인세과세표준의 신고 여부에 대하여 선택할 수 있는 권리를 부여하고 있으므로 신고기한 이내에 과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 고유목적사업준비금을 설정할 수 없을 뿐만아니라 수정신고 또는 경정청구에 의하여 과세방법을 변경할 수도 없는 것으로 풀이된다(국심 97서816, 1997.7.7 등 다수 같은 뜻).

(3) 그렇다면 쟁점이자소득에 관하여 청구법인이 1998사업연도 법인세과세표준신고서를 법인세과세표준 및 세액의 법정 신고기한내에 제출하지 아니하였다는데 다툼이 없는 이상 쟁점이자소득은 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득금액으로서 청구법인의 1998사업연도 소득금액계산에 있어서 이를 포함할 수는 없고 원천징수방법에 의하여 과세함이 정당하다 할 것이므로 쟁점이자소득에 대하여 처분청이 분리과세로 종결처리하고 그에 따라 당해 원천납부세액의 환급을 거부 통지한 당초처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

• 라. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.