1. 원처분 개요
청구인은 청구외 ○○○과 함께 1979.12.24 ○○시 ○○구 ○○○동 ○○○, 대지 727.3㎡ 등 4필지의 토지 2,605.5㎡를 취득하여 소유하다가 그 중 ○○시 ○○구 ○○○동 ○○○ 대지 194.24㎡, 같은 동 ○○○, 잡종지 147.68㎡, 같은 동 ○○○, 대지 38.29㎡ 등 3필지의 토지 380.21㎡(이하 "쟁점토지"라 한다)를 1997.3.15 청구외 ○○○기계부품상협동조합에 양도(교환)하고, 1997.7.18 청구인 지분에 대하여 취득가액 77,923,279원, 양도가액 79,931,950원을 실지거래가액으로 하여 양도차익을 산정한 후 과세미달로 자산양도차익 예정신고를 하였다. 처분청은 청구인이 신고한 실지거래가액을 부인하고 기준시가에 의하여 양도차익을 산정한 후, 1999.7.2 청구인에게 1997년 귀속 양도소득세 142,138,670원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999.8.31 심사청구를 거쳐 1999.12.10 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 국세청장 의견
- 가. 청구인 주장 쟁점토지를 포함한 전체토지 2,650.5㎡를 공유자 청구외 ○○○과 함께 취득하여 사용하던 중 쟁점토지 일대가 ○○시 도시계획상 ○○○업무단지조성사업지구 및 학교용지로 지적고시됨에 따라 1986.6.4 청구외 ○○○기계부품상 협동조합과 평당 1,390,000원에 매매하기로 하면서 계약금 8억원을 받고 매매금액의 정산은 유통단지가 준공되는 때 하기로 약정서를 작성(공증)하였으나 학교설립이 임박하지 않은 사실을 알고 위 토지가 ○○시 교육위원회에 매도되는 시점에 매매하기로 잠정합의하였다. 그 후 동 유통단지가 준공되어 유통업무단지에 포함된 쟁점토지의 보존등기가 필요함에 따라 당초 1986.6.4 약정하여 공증한 내용에 의거 평당 1,390,000원에 쟁점토지를 매매한다는 내용의 약정서를 1997.3월 다시 작성한 후, 공유자인 청구외 ○○○ 지분을 포함하여 매매대금 159,863,900원을 1997.3.15 영수하였는 바, 증빙에 의하여 확인되는 실지매매가액이 있음에도 기준시가로 과세함은 부당하다.
- 나. 국세청장 의견 청구인이 주장하는 실거래가액은 기준시가 대비 17.89%에 불과하고, 1986.6.4 작성한 약정서는 단지 매매가액을 1,390,000원으로 한다는 계약뿐이며, 1997.3월 작성한 약정서는 협의에 의하여 쟁점토지를 같은 동 ○○○의 같은 면적과 교환하고 매도인에게 부과되는 양도소득세를 매수인이 부담한다는 내용이고, 동 약정에 따라 매도인과 매수인은 소유권 이전등기하였음이 확인되는 바, 1997.3월 작성한 약정서는 양도소득세 등 부담을 회피하기 위하여 매매금액만 1,390,000원으로 하였을 뿐 1986.6.4 작성한 약정서와는 그 내용이 전혀 다른 별개의 약정서로 보아야 할 것이고, 교환거래의 경우 시가 감정을 하여 그 감정가액의 차액에 대한 정산이 있을 경우에만 실지거래가액에 해당하는 금액이 있는 것(같은 취지: 대법원 96누860, 1997.2.11, 대법원 98두17982, 1999.2.9, 심사 양도99-4292, 1999.8.13, 심사 양도99-205, 1999.8.13 등 다수)이므로 청구주장을 받아들일 수 없다고 판단된다.