양도차익의 계산

심판청구를 기각합니다.

청구인은 ○○○도 ○○○군 ○○○면 ○○○리 ○○○, ○○○, ○○○ 임야 총3,546㎡(이하 "쟁점토지"라 한다)를 1992.2.26 취득한후 1993.11.23 그 지상에 공장용건물(이하 "쟁점건물"이라 하고, 쟁점토지와 쟁점건물을 통칭하여 "쟁점부동산"이라 한다)을 신축하여 1996.1.26 양도하고, 1997.5.31 실지거래가액(취득가액: 토지 235,840,000원, 건물 300,000,000원, 양도가액: 토지250,000,000원, 건물 300,000,000원)에 의하여 자산양도차익확정신고를 하고 1996년 귀속 양도소득세 694,620원을 자진납부하였다. 처분청은 쟁점토지와 쟁점건물의 취득가액 및 양도가액이 불분명한 것으로 보아 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 1999.4.12 청구인에게 1996년 귀속 양도소득세 78,907,970원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999.6.23 심사청구를 거쳐 1999.11.24 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점토지를 235,840,000원에 취득하고 그 지상에 쟁점건물을 300,000,000원에 신축하여, 쟁점부동산을 550,000,000원(쟁점토지의 양도가액: 250,000,000, 쟁점건물의 양도가액 300,000,000원)에 양도한 사실이 쟁점토지 및 쟁점부동산의 매매계약서와 대금의 지급영수증, 거래상대방의 사실확인서, 쟁점건물의 공사도급계약서와 쟁점건물을 신축한 청구외 ○○○가 공사대금을 수령하고 발급한 영수증에 의하여 확인됨에도 불구하고, 처분청이 실지거래가액을 부인하고 기준시가로 양도차익을 산정하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 청구인이 쟁점부동산을 양도하고 신고한 실지거래가액은 기준시가 대비하여 취득가액 371%인 반면 양도가액은 165%이어서 실지거래가액 상승추세가 기준시가 상승추세보다 특별히 낮은 합리적인 이유를 발견하기 어렵고, 쟁점토지의 전 소유자 ○○○이 쟁점토지에 근저당권을 설정하였으나 청구인이 제시하는 부동산매매계약서에는 동 근저당권의 처리문제에 관한 특약내용이 없어 이를 진실한 매매계약서로 보기 어렵다. 또한 청구인은 쟁점건물을 청구외 ○○○가 3억원에 신축하였다고 하나 ○○○는 미등록사업자이고 쟁점건물의 공사비 지급과 관련한 객관적증빙도 제시하지 못하고 있으므로 청구인이 주장하는 쟁점부동산의 취득가액은 이를 진실한 취득가액으로 인정하기 어렵다. 쟁점부동산의 양도가액을 보면 쟁점토지의 등기부등본상 취득일자는 1992.3.11이나 청구인이 제시하는 부동산매매계약서는 작성일자가 1992.9.24으로 되어 있고, 부동산매매계약서상 매수인은 청구외 ○○○ 및 ○○○ 공동으로 되어 있으나 등기부등본상 매수인은 청구외 ○○○개발주식회사와 청구외 ○○○으로 되어 있어 계약서상의 매수인과 매수지분이 상이하고, ○○○도 ○○○군 ○○○면 ○○○리 ○○○ 공장용지 2,267㎡를 취득한 ○○○개발주식회사의 재무제표상 토지취득가액이 158,259,310원(취득세 포함)으로 기재되어 있음에도, ○○○개발주식회사가 청구인에게 확인한 토지 거래확인원에는 취득가액이 160,950,000원으로 기재되어 있어 동일물건의 거래가액에 차이가 있어 이를 진실한 양도가액으로 인정하기 어렵다.

• 가. 쟁점 청구인이 쟁점부동산을 양도하고 신고한 실지거래가액을 인정할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 소득세법(1995.12.29 법률 제5031호로 개정된 것) 제96조에서 "양도가액은 다음 각호의 금액으로 한다"고 규정하고, 제1호에서 "제94조 제1호·제2호 및 제5호(대통령령이 정하는 자산을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 양도당시의 기준시가. 다만, 당해 자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의한다"고 규정하고 있다. 소득세법 제97조 제1항 에서 "거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다"고 규정하고, 제1호 취득가액 가목에서 "제94조 제1호·제2호 및 제5호(대통령령이 정하는 자산을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 양도당시의 기준시가. 다만, 당해 자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의한다"고 규정하고 있다. 소득세법 제100조 제1항 에서 "양도차익을 산정함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나를 실지거래가액에 의하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하여야 하고, 어느 하나를 기준시가에 의하는 때에는 다른 하나도 기준시가에 의하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우로서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나만의 실지거래가액을 확인할 수 있는 것은 실지거래가액에 의하여야 하고, 실지거래가액을 확인할 수 없는 다른 하나는 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 가액에 의하여야 한다"고 규정하고 있다. 소득세법시행령 제166조 제1항 에서 『법 제100조 제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 경우"라 함은 제3항 각호 및 제157조 제5항에 규정된 자산을 양도하는 경우 또는 제4항 각호의 1(제3호의 경우에는 상속 또는 증여받은 자산의 경우에 한한다)의 경우를 말한다』고 규정하고, 같은조 제4항에서 『법 제96조 제1호 단서 및 법 제97조 제1호 가목 단서에서 "당해 자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다』고 규정하고 있으며, 제3호에서 "양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우"라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 먼저, 쟁점부동산의 취득가액에 대하여 본다. 청구인은 쟁점토지의 전 소유자인 청구외 ○○○이 쟁점토지와 ○○○도 ○○○군 ○○○면 ○○○리 ○○○ 토지 2,783㎡(이하 "쟁점외토지"라 한다)에 대하여 일괄하여 공장설립허가를 받아 놓은 상태여서 지목변경이 예정되었던 까닭에 쟁점토지를 기준시가 보다 높은 가액으로 취득하였다고 주장하는 바, 이에 대하여 살펴본다.

(1) 청구인은 1991.5.25 쟁점외토지를 156,000,000원에 취득하기로 한 매매계약서와 1992.1.24 쟁점토지를 매매대금 235,840,000원에 취득하기로 한 매매계약서를 제시하고 있다.

(2) 쟁점토지와 쟁점외토지의 전 소유자인 청구외 ○○○이 쟁점토지와 쟁점외토지 지상에 공장건물신축을 위한 임야훼손허가를 받아 공장건축허가를 득하였다는 것은 ○○○의 건축허가신청서와 ○○○군수가 ○○○에게 통보한 건축허가통보서 및 지적법 제16조 의 규정에 따라 1991.9.16 등록전환한 사실에 의하여 확인된다.

(3) 청구인은 쟁점토지를 취득한 후인 1993.3.25 ○○○군수에게 건축주 명의변경신청을 하였고 이에 대하여 ○○○군수는 건축주명의변경을 승인한 사실이 ○○○군수가 시행한 공문(주택58551-978, 1993.3.27)에 의하여 확인된다.

(4) 쟁점토지의 전 소유자인 ○○○은 청구인과 매매계약을 체결하기 전인 1992.1.13 채권최고액을 6억원으로 하는 근저당권(채무자: ○○○, 채권자: ○○○, 이하 "쟁점근저당권"이라 한다)을 설정한 사실이 쟁점토지의 등기부등본에 의하여 확인된다.

(5) 청구인이 제시하는 쟁점토지의 부동산매매계약서의 내용에 쟁점근저당권의 처리문제에 관한 특약내용이 없어 이를 진실한 매매계약서로 보기 어렵다는 처분청의 처분근거에 대하여 청구인은 1992.3.10 쟁점외토지에 대한 잔금을 지급하고 쟁점토지에 대한 계약내용을 보완하기 위하여 작성하였다는 약정서를 제시하고 있는 바, 동 약정서에는 쟁점근저당권을 청구인이 승계하는 것으로 되어 있다.

(6) 1992.3.10 작성된 약정서에 쟁점토지의 토지대금 중 191,840,000원을 이미 지급한 것으로 기재되어 있으나 쟁점토지의 매매계약서에는 토지거래후 일시불로 되어 있어 약정서의 기재내용과 매매계약서의 기재내용이 서로 상이하여 이를 인정할 수 없다는 처분청의 처분근거에 대하여, 청구인은 위 약정서의 내용과 같이 1992.3.10 이전에 4회에 걸쳐 지급한 191,840,000원 중에는 쟁점외토지의 매수대금 171,840,000원과 쟁점토지의 계약금 20,000,000원이 포함되었으며, 나머지 대금 215,840,000원은 사후에 지급하였다고 주장하고 있다.

(7) 위 약정서에는 쟁점외토지의 매수대금이 171,840,000원으로 되어 있으나 청구인이 제시하는 쟁점외토지의 매매계약서에는 취득가액이 156,000,000원으로 되어 있어 동일한 부동산에 대한 취득가액이 상이하고, 약정서에 쟁점토지의 잔여대금 215,986,000원은 1993.9.10까지 변제하는 것으로 약정하면서 위 기간까지 잔여대금을 지급하지 못할 경우 연2할5푼의 지연이자를 지급하기로 하였으나, 청구인은 쟁점토지의 잔여대금을 1994.3.29과 1995.10.16 지급하였다고 하면서도 지연이자는 지급하지 않은 것으로 확인하고 있는 바, 부동산거래대금을 약정기일보다 2년여가 지난시점에 지급하면서 이에 대한 아무런 지연이자를 지급하지 않았다는 것은 사회통념상 이를 인정하기 어려운 경우로 보이는 점을 감안할 때 청구인이 제시하는 쟁점토지의 매매계약서와 약정서는 이를 진실한 것으로 인정하기 어려워 보인다.

(8) 청구인은 쟁점토지의 지상에 공장용건물을 신축하는 계약을 청구외 ○○○에게 3억원에 도급계약을 체결하였다고 주장하면서 청구인과 ○○○가 작성하였다는 도급계약서와 청구외 ○○○가 발행하였다는 신축대금 3억원 대한 영수증 및 ○○○가 공장건물의 신축대금을 담보받기 위하여 1993.3.30 쟁점외토지에 채권최고액을 3억원으로 하여 근저당권(채무자: 청구인, 채권자: ○○○)을 설정한 사실을 제시하고 있으나, 청구외 ○○○는 미등록사업자로 부동산을 신축하고 받은 대금에 대하여 부가가치세를 신고한 사실이 전혀 없을 뿐만 아니라, 청구외 ○○○가 발행하였다는 공장건물대금 영수증상 최종수령일이 1993.11.25임에도 불구하고 동 ○○○를 근저당권자로 하여 설정된 근저당권은 심판청구일 현재까지 해제되지 않고 있어 동 근저당권이 건축대금을 담보하기 위하여 설정되었다는 청구주장은 신빙성이 없어 보인다. 사실이 이러하다면, 청구인이 쟁점토지를 취득할 당시 쟁점토지에는 공장신축허가를 득한 상태이어서 기준시가에 대비하여 높은 가액에 취득하였다는 정황은 일부 인정되는 측면이 있어 보이나, 쟁점토지의 매매계약서와 약정서는 이를 진실한 것으로 인정하기 어렵고 기타 청구외 ○○○의 사실확인서 외에 쟁점토지의 취득가액을 확인할 수 있는 구체적이고 객관적인 입증자료를 제시하지 못하고 있으므로, 청구인이 주장하는 쟁점토지의 취득가액은 이를 인정하기 어려워 보인다. 한편, 소득세법 제100조 제1항 에서 부동산을 양도하고 그 양도차익을 산정함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나를 실지거래가액에 의하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하여야 하고, 어느 하나를 기준시가에 의하는 때에는 다른 하나도 기준시가에 의하여야 하는 것으로 규정하고 있는 바, 청구인이 주장하는 쟁점토지의 취득가액과 쟁점토지의 지상에 신축한 건물의 취득가액이 확인되지 않고 있으므로, 처분청에서 청구인이 주장하는 실지거래가액을 부인하고 기준시가에 의하여 쟁점부동산의 양도차익을 산정하고 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

• 마. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.