수정신고시 제출한 세금계산서에 대한 매입세액공제 여부

심판청구를 기각합니다.

청구인은 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ○○○동 ○○○에서 ○○○주유소라는 상호로 소매, 주유소업을 영위하는 사업자로서, 1999.4.6∼4.13 처분청의 부가가치세 특별경정조사결과 1998.1기 626,811,106원, 1998.2기 454,005,494원 합계 1,080,816,600원의 수입금액누락액이 적출되자 조사기간중인 1999.4.10 관계회사인 ○○○주유소, ○○○주유소(이하 "관계회사"라 한다)로 부터 1998.1기 43,926,460원, 1998.2기 20,049,915원 합계 63,976,375원 (이하 "쟁점매입세액"이라 한다)의 매입세금계산서(이하 "쟁점매입세금계산서"라 한다)를 교부받아 부가가치세 수정신고서를 제출하고 무납부하였다. 처분청은 쟁점매입세금계산서를 재화의 공급시기 이후에 교부받은 사실과 다른 세금계산서라 하여 쟁점매입세액의 공제를 부인하고, 1999.6.1 청구인에게 부가가치세 1998.1기 69,337,930원, 1998.2기 54,480,650원 합계 123,818,580원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999.9.8 심사청구를 거쳐 1999.11.27 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장 부가가치세법 제17조 제2항 제1호 단서에 의하면, 매입처별세금계산서합계표를 신고기한 내에 제출하지 못한 경우에도 국세기본법 시행령 제25조 제1항 의 규정에 의한 과세표준수정신고서와 함께 매입처별세금계산서합계표를 제출하는 경우에는 당해 매입세액을 공제한다고 규정하고 있으며(부가가치세법 시행령 제60조 제1항 제1호), 수정신고를 하지 않은 경우에도 과세관청의 경정시에 경정의 내용과 일치하는 세금계산서를 사업자가 제출하면 매입세액을 공제하도록 규정하고 있는데, 청구인은 담당직원의 착오로 쟁점매입세액의 신고누락을 발견하고 처분청이 경정하기 전에 수정신고서와 세금계산서를 함께 제출하였음에도 쟁점매입세액의 공제를 배제한 처분은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 쟁점매입세금계산서는 당초 공급시기에 작성 교부받은 세금계산서가 아니고 조사 착수 및 과세기간 경과 후에 세금계산서 작성일자를 공급시기로 소급하여 작성 교부받은 세금계산서로 판단되며, 당해 재화를 거래한 시기에 부가가치세법에 의한 세금계산서를 교부받지 않고 있다가 그 과세기간이 경과한 이후에 세금계산서를 교부받아 부가가치세 과세표준 수정신고시 정부에 제출한 경우에는 비록 그 거래사실이 확인된다 하더라고 부가가치세법 제17조 제2항 의 규정에 의하여 그 매입세액을 공제할 수 없으며(국심88광789, 88.9.2 국심94전4479, 1995.3.23 같은 뜻), 이를 인정할 경우 다른 조사대상자와의 형평성에 위배되고 세금계산서 수수질서를 문란시키는 결과를 야기할 것이므로 매출세액에서 쟁점매입세액을 공제하지 아니한 처분청의 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 과세기간이 경과한 후에 교부받은 세금계산서를 부가가치세 과세표준수정신고시 제출한 경우 그 매입세액을 공제할 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제17조 【납부세액】 제2항에서 『다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액』이라고 규정하고, 같은 법 시행령 제60조【매입세액의 범위】 제1항에서 『법 제17조 제2항 제1호 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호에 규정하는 경우로 한다.

1. 법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표를 국세기본법시행령 제25조 제1항 의 규정에 의하여 과세표준수정신고서와 함께 제출하는 경우 1의 2. 법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표를 국세기본법시행령 제25조 의 3의 규정에 의하여 경정청구서와 함께 제출하여 제70조에 규정하는 경정기관이 경정하는 경우』라고 규정하고 있다. 또한, 같은 법 제16조【세금계산서】 제1항에서 『납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항』이라고 규정하고, 같은 법 제9조【거래시기】 제1항에서 『재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1999.4월 처분청의 부가가치세 특별경정 조사결과 1997년도 및 1998년도 수입금액의 신고누락이 적출되자, 조사기간중인 1999.4.10 매출세액에서 1998.1기 43,926,460원, 1998.2기 20,049,915원 합계 63,976,375원의 쟁점매입세액을 공제하여 수정신고를 하였으며, 처분청은 쟁점매입세금계산서를 과세기간 경과 후 작성된 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액의 공제를 배제하고 이 건 과세하였음이 부가가치세 수정신고서 및 결정결의서등 과세자료에 의하여 확인된다.

(2) 청구인은 부가가치세법시행령 제60조 제1항 제1호 에서 매입처별세금계산서합계표를 신고기한내에 제출하지 못한 경우에도 매입처별세금계산서합계표를 과세표준수정신고서와 함께 제출하는 경우에는 당해 매입세액을 공제한다고 규정하고 있으므로 수정신고시 제출한 쟁점매입세금계산서는 매입세액 공제대상이라고 주장하는 바, 이에 대하여 살펴본다. 위 시행령 규정에 의하면, 수정신고시 매입세액의 공제대상이 되는 매입처별세금계산서합계표는 『법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표』를 말하고, 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서는 『법 제9조에 규정하는 시기』에 교부한 세금계산서를 의미하며, 법 제9조에 규정하는 시기란 『재화가 공급되는 시기』를 말하는 것이므로, 『법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서』는 『재화가 공급되는 시기에 교부받은 세금계산서』를 의미한다 할 것인 바, 청구인은 부가가치세 특별경정조사 당시 쟁점매입세금계산서를 조사공무원에 제시한 바 없고, 청구인(직원 ○○○ 대리)은 "1998.1.1∼12.31까지 세금계산서를 발행한 금액은 전액 신고하였으며, 신고내용 이외에 세금계산서를 발행하거나 수취한 사실이 없다"고 확인(1999.4.7)한 바 있으며, 국세청 전산자료에 의하면 청구인이 쟁점매입세금계산서를 교부받은 청구외 ○○○주유소와 ○○○주유소도 1998.1기 및 1998.2기 부가가치세 신고시 쟁점매입세액과 관련된 매출세금계산서를 제출한 사실이 없음이 확인되는 점등으로 보아 쟁점매입세금계산서는 당초 공급시기에 교부받은 세금계산서가 아니고 조사착수 및 과세기간 경과 후에 작성일자를 공급시기로 소급하여 교부받은 세금계산서로 판단되고, 그렇다면 쟁점매입세금계산서는 『재화가 공급되는 시기에 교부받은 세금계산서』가 아니므로, 청구인이 비록 수정신고시 쟁점매입세금계산서를 제출하였다 하더라도, 위 규정에서 정하는 세금계산서에 해당하지 아니하므로 매입세액 공제대상이 되는 세금계산서에 해당하지 아니한다 하겠다. 따라서 처분청에서 쟁점매입세금계산서를 과세기간이 경과한 후에 작성일자를 공급시기로 소급하여 교부받은 사실과 다른 세금계산서로 보아 쟁점매입세액의 공제를 부인하고 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

• 라. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.