비영리법인이 전매청에 지급한 이자비용의 원천징수 여부

심판청구번호 국심1999서 2330(2000. 5. 4) 萱括�○○○협동조합법에 의하여 설립되어 회원조합에 대한 신용사업, 지도사업 및 인삼류 제품 제조가공사업을 영위하는 비영리법인으로서, ○○○공사(이하 "청구외 공사"라 한다)로부터 인삼경작자금 117,205,078,000원을 융자받아 1993년∼1997년 이자 8,536,932,435원(이하 "쟁점이자"라 한다)을 청구외 공사에 지급하고 원천징수의무를 이행하지 않았다. 처분청은 1998.12월 원천세 표본조사실시 결과 청구법인이 쟁점이자에 대하여 원천징수의무 및 지급조서제출의무를 이행하지 않았음을 확인하고, 1999.1.16 청구법인에게 지급조서 미제출가산세를 계산하여 법인세 1993사업년도 20,908,230원, 1994사업년도 60,188,510원, 1995사업년도 65,825,550원, 1996사업년도 59,068,670원, 1997사업년도 33,411,330원과 원천징수불이행가산세를 계산하여 법인세(원천분) 1993사업년도 17,423,520원, 1994사업년도 50,157,090원, 1995사업년도 54,854,620원, 1996사업년도 49,223,890원, 1997사업년도 41,764,160원을 각각 결정고지하였다(처분청은 국세청장의 심사결정에 따라 원천징수불이행 가산세 법인세 1993사업년도 17,423,520원은 국세부과제척기간의 경과로 경정감 결정을 하였음). 청구법인은 이에 불복하여 1999.4.15 심사청구를 거쳐 1999.10.14 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 ○○○협동조합법에 근거하여 설립되어 정부로부터 기금의 운영관리를 위탁받아 정부업무를 대행하는 비영리법인으로서, 동 기금의 운용·관리에 대하여는 법인세법에서 열거한 수익사업의 범위에 해당되지 않아 법인세 납세의무가 없고, 쟁점이자에 대한 원천징수의무도 없으므로 원천징수불이행 가산세 및 지급조서미제출 가산세를 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인으로부터 쟁점이자를 지급받은 청구외 공사는 조세감면규제법에 의한 공공법인으로서, 수입이자에 대해 원천징수가 면제되는 금융보험업을 영위하는 법인(법인세법 시행령 제100의 4 제3호)도 아니고, 쟁점이자는 법인세 과세소득인 비영업대금의 이익에 해당되어 법인세를 면제받거나 비수익사업에 해당되지 아니하므로, 청구법인에게 원천징수의무를 물어 과세한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 청구외 공사에 지급한 쟁점이자에 대하여 원천징수불이행 가산세 및 지급조서미제출 가산세를 부과한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 구 법인세법 제1조 【납세의무】제1항에서『국내에 본점 또는 주사무소를 둔 법인(이하 “내국법인”이라 한다)은 이 법에 의하여 법인세를 납부할 의무가 있다. 다만, 내국법인으로서 민법 제32조 또는 사립학교법 제10조 의 규정에 의하여 설립된 법인과 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 민법 제32조 에 규정된 설립목적 및 그와 유사한 설립목적을 가진 법인(이하 “비영리내국법인”이라 한다)은 그 법인의 정관 또는 규칙상의 사업목적에 불구하고 다음 각호의 수익사업 또는 수입(이하 "수익사업" 이라 한다)에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 납부할 의무가 있다.』고 규정하고 있으며, 그 제3호에서 『 소득세법 제16조 제1항 각호에 규정하는 이자·할인액 및 이익』이라고 규정하고, 소득세법 제16조 제1항 에서는 『이자소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다』고 규정하면서, 그 제12호에서 『비영업대금의 이익』을 규정하고 있다. 또한, 구 법인세법 제39조 【원천징수】제1항에서『 소득세법 제127조 제1항 제1호 의 이자소득금액(대통령령이 정하는 금융보험업의 수입금액을 포함한다), 동법 제17조 제1항 제5호의 증권투자신탁수익의 분배금을 내국법인에게 지급하는 자(이하 “원천징수의무자”라 한다)가 그 금액을 지급하는 때에는 그 지급하는 금액에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액에 상당하는 법인세를 징수(이하 “원천징수”라 한다)하여 그 징수일이 속하는 달의 다음달 10일까지 이를 납세지 관할세무서장에게 납부하여야 한다. 이 경우 이자소득의 지급시기등에 관하여는 대통령령으로 정한다.

1. 이자소득금액의 경우에는 100분의 22. 다만, 소득세법 제16조 제1항 제12호 에 규정하는 비영업대금의 이익에 대하여는 100분의 25로 한다』고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제100조의 4 【원천징수대상소득의 범위】제1항에서 『법 제39조에 규정하는 이자소득금액, 증권투자신탁수익의 분배금에는 다음 각호의 소득은 포함되지 아니하는 것으로 한다.

1. 법인세가 부과되지 아니하거나 면제되는 소득

2. (생략)

3. 총리령이 정하는 정하는 금융보험업을 영위하는 법인의 수입금액(단서 생략) 4.∼5. (생략)

6. 법령 또는 정관의 규정에 의하여 비영리법인이 회원 또는 조합원에게 대부한 융자금과 비영리법인이 당해 비영리법인의 연합회 또는 중앙회에 예탁한 예탁금에 대한 이자수입』이라고 규정하고 있다. 한편, 같은 법 제41조 【가산세】제2항에서『제39조의 규정에 의한 원천징수의무자가 원천징수하였거나 원천징수하여야 할 세액을 납부기한이 경과하여 납부하는 경우에는 그 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로서 가산한 금액을 납부하여야 한다. 다만, 징수의무자가 국가·지방자치단체 또는 시·군 조합인 경우에는 예외로 한다』고 규정하고 있고, 제4항에서 『납세지 관할세무서장은 제63조 또는 소득세법 제164조 의 규정에 의하여 지급조서를 제출하여야 할 내국법인이 동법 동조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 기한내에 이를 제출하지 아니하였거나 동조의 규정에 의하여 제출된 지급조서가 대통령령이 정하는 불분명한 경우에 해당하는 때에는 그 제출하지 아니한 분의 지급금액 또는 불분명한 분의 지급금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산하여 법인세로서 징수하여야 한다』고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1990.6.20 ∼ 1994.12.27 청구외 공사와의 약정에 의하여 인삼사업자금 총 117,205,078,000원을 융자받고 원금에 대한 1.5% 이자를 지급하기로 약정하여 1993년 696,941,165원, 1994년 2,006,283,860원, 1995년 2,194,185,140원, 1996년 1,968,955,690원, 1997년 1,670,566,580원 합계 8,536,932,435원의 쟁점이자를 청구외 공사에 지급하였음이 약정서에 의하여 확인되고, 1998.12월 처분청은 원천세 표본조사 결과, 청구법인이 청구외 공사에 쟁점이자를 지급하고 원천징수의무를 이행하지 아니한 사실을 확인하고 이 건 과세하였음이 법인세 및 원천세 결정결의서등 과세자료에 의하여 확인된다.

(2) 청구법인은 인삼산업법에 근거하여 국가로부터 위탁받은 기금(인삼사업진흥기금)을 운용·관리하므로 국가업무의 대행이며, 법인세가 과세되지 아니하는 비영리법인으로서 지급이자에 대한 원천징수의무가 없다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 국가로부터 위탁받은 기금을 운용·관리한다고 주장하나, 동 기금은 1987.4월 전매청이 공사화됨에 따라 국가예산을 청구외 공사의 자본금으로 전환한 후 청구외 공사가 동 자금을 기금에 출연한 것이므로, 청구법인이 동 기금을 운영·관리한다 하여 국가업무를 대행한다고 볼 수는 없는 것으로 판단된다. (나) 청구법인은 법인세가 과세되지 않는 비영리법인이므로 지급이자에 대한 원천징수의무가 없다고 주장하나, 법인세법 제39조 에 의하면 이자소득금액을 지급하는 자는 그 금액을 내국법인에게 지급하는 때에 그 지급하는 금액에 원천징수세율을 적용하여 계산한 금액에 상당하는 법인세를 원천징수하여 관할세무서장에게 납부할 의무가 있는 것이고, 다만 법인세법시행령 제100조 의 4에서 금융보험업을 영위하는 법인의 수입금액, 비영리법인이 회원 또는 조합원에게 대부한 융자금에 대한 이자수입 등 원천징수대상소득에 포함되지 아니하는 소득을 열거하고 있는 바, 쟁점이자는 위 시행령에 열거된 원천징수대상소득에 포함되지 아니하는 소득에 해당하지 아니하므로, 쟁점이자에 대하여 청구법인에 원천징수의무가 없다는 청구법인의 주장은 위 법리를 오인한 잘못이 있는 것으로 판단된다. 따라서 처분청에서 청구법인이 쟁점이자를 청구외 공사에 지급하고 원천징수의무및 지급조서제출의무를 이행하지 아니한 데 대하여 과세한 당초처분은 달리 잘못이 없다 하겠다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.