조세감면구제법상 자산의 장부가액

ㅇㅇㅇ세무서장이 1999.6.3 청구법인에게 한 1996년 사업연도 분 법인세 52,736,660원의 부과처분은 이를 취소한다.

청구법인은 백시멘트 및 알루미나시멘트 제조업을 영위하고 있는 법인으로서 1996사업연도 법인세 신고시 구 조세감면규제법(1995.12.29 법률 제5038호로 개정되기 전의 것) 제9조에서 규정한 기술 및 인력개발비에 대한 세액공제액을 계산하면서 중소기업 해당율인 100분의 15를 적용하여 84,364,774원을 세액공제하여 법인세를 신고납부하였다. 이에 대해 처분청은 청구법인의 1994사업연도말 대차대조표상 자산총액은 500억원 미만이지만 세무계산상 유보금액을 합하면 500억원을 초과한다는 이유로 중소기업에 해당하지 않는 것으로 보아 기술 및 인력개발비 세액공제율을 일반기업의 공제율인 100분의 5를 적용하여 산출한 금액만을 기술 및 인력개발비 세액공제로 인정하고 그 차액 40,238,567원에 미납부가산세 12,498,098원을 합하여 1996사업연도분 법인세 52,736,660원을 1999.6.3 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.7.1 심사청구를 거쳐 1999.10.25 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 1994사업연도말 대차대조표상 자산총액이 497억원으로 당해 업종 중소기업 기준인 500억원에 미달하여 중소기업에 해당하기 때문에 구 조세감면규제법 제9조에 의한 기술 및 인력개발비에 대한 세액공제를 중소기업해당율 100분의 15로 신고한 것이며 1995사업연도말 자산총액이 500억원을 초과하더라도 구 조세감면규제법 제2조 제2항에 의거 1996사업연도까지는 중소기업의 적용율로 공제할 수 있다.
• 나. 국세청장 의견 이 건의 다툼은 1994사업연도 장부상 자산총액이 500억원을 초과하는 지를 가리는 것으로 조세감면규제법시행규칙 제2조 제2항에서 자산총액은 과세기간종료일 현재 당해 기업이 소유하고 있는 자산의 장부가액의 합계액으로 한다고 한 의미는 대차대조표상의 차변금액의 합계액에 세무계산상 유보금액 중 자산에 해당하는 금액을 가감한 세무조정후의 금액(같은뜻: 법인 22601-546, 1985.2.19)을 말하는 것인바, 이 건의 경우 세무조정한 후의 자산의 장부가액 합계액이 500억원을 초과하므로 중소기업에 해당하지 않는다.

• 가. 쟁점 이 건의 다툼은 청구법인의 1994사업연도말 장부상 자산총액이 500억원을 초과하는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 조세감면규제법 제9조(기술 및 인력개발비에 대한 세액공제) 제1항은 『제조업·광업 또는 대통령령이 정하는 사업을 영위하는 내국인이 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 "기술·인력개발비"라 한다)이 있는 경우에 당해 과세연도의 기술·인력개발비의 지출액이 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 2년간 지출한 기술·인력개발비의 연평균지출액을 초과하는 경우에는 당해 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다』고 규정하고, 제2항은 『제1항의 규정의 적용을 받는 내국인에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 당해 과세연도에 지출한 기술·인력개발비의 100분의 5(중소기업의 경우에는 100분의 15)에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제할 수 있으며, 이 경우 제1항의 규정은 이를 적용하지 아니한다』고 규정하고 있다. 같은법시행령 제2조(중소기업의 범위) 제1항은 『법 제4조 제1항에서 "대통령령이 정하는 중소기업"이라 함은 제조업·광업·건설업·운수업·수산업·도매업·소매업·부가통신업, 제6조 제2항의 규정에 의한 엔지니어링사업에 해당하는 건축·공학 및 기술검사서비스업, 제6조 제3항의 규정에 의한 정보처리 및 컴퓨터운용관련업 또는 폐기물관리법에 의한 폐기물처리업(이하 "중소기업해당사업"이라 한다)을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 상시 상용하는 종업원수가 300인(건설업의 경우에는 200인, 도매업 및 소매업의 경우에는 20인)이하인 기업을 말하되, 중소기업기본법시행령 별표1에 규정된 업종(중소기업 해당사업의 업종에 한한다)을 주된 사업으로 영위하는 기업인 경우에는 동표의 기준에 해당하는 기업(중소기업기본법 제2조 의 규정에 의한 소기업의 경우를 포함한다)을 말한다. 이 경우 당해 기업의 자산총액이 중소기업기본법시행령 별표 2에 규정된 업종별 자산총액의 규모기준을 초과하는 기업은 이를 중소기업으로 보지 아니한다.』고 규정하고, 제2항에서는 『제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 중소기업기본법 제2조 제2항 의 규정에 의한 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도 개시일부터 2년간은 중소기업으로 본다』고 규정하고 있다. 같은법시행규칙 제2조(중소기업의 범위) 제2항은 『영 제2조 제1항에 규정된 업종별 자산총액은 과세기간종료일 현재 당해 기업이 소유하고 있는 자산의 장부가액의 합계액으로 한다.』고 규정하고 있다. 한편 중소기업기본법시행령 제4조 (중소기업의 판정기준) 제3항은 『별표2의 업종별 자산총액의 규모기준은 직전사업연도의 종료일 현재(연도중에 창업한 기업의 경우에는 그 창업일 현재) 당해 기업이 소유하는 자산의 장부가액의 합계액으로 한다』고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 1994사업연도말 대차대조표상 자산의 합계액은 49,782백만원으로 500억원에 미달하나 처분청은 위 금액 49,782백만원에 세무상 유보금액 393백만원을 합하면 50,176백만원이 되어 청구법인의 1994년말 자산가액이 500억원을 초과하므로 중소기업에 해당되지 않는다고 보고 있다.

(2) 구 조세감면규제법 제9조에서는 당해 과세연도에 지출한 기술·인력개발비의 100분의 5(중소기업의 경우에는 100분의 15)에 상당하는 금액을 당해과세연도의 법인세에서 공제한다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제2조 및 시행규칙 제2조에서 중소기업의 범위는 과세기간 종료일 현재 당해기업이 소유하고 있는 자산의 장부가액의 합계액이 중소기업기본법이 규정한 업종별 자산총액의 규모기준을 초과하지 않는 경우로 정하고 중소기업이 중소기업기본법에 규정한 중소기업에 해당되지 않게 된 사유가 발생한 과세연도 개시일부터 2년간은 중소기업으로 본다고 규정하고 있는바, 청구법인이 구 조세감면규제법이 정한 중소기업의 공제율(100분의 15)을 적용받기 위해서는 1994 사업연도 종료일 현재 청구법인의 자산총액이 500억원을 초과하는지 여부가 이 건의 쟁점이 된다 할 것이다. 자산의 장부가액이라 함은 취득가액에서 당해 자산에 대한 감가상각충당금을 차감한 금액을 의미하는 것이나 장부가액 산정시 익금산입·손금불산입, 익금불산입·손금산입 등의 세무조정사항을 감안할 것인지에 대해 우리세법은 아무런 규정을 두고 있지 아니하다. 그러나 이러한 세무조정은 기업회계를 바탕으로 기업회계와 세무회계의 차이를 조정해 주기 위한 것으로 우리세법은 세무조정사항을 반영하여 기업의 장부를 수정할 것을 요구하고 있지 아니하고 세무조정계산서에 의해서만 기록관리 하는 것을 원칙으로 하고 있는 점, 법인세법이 대차평균원리가 적용되는 복식부기에 의한 장부를 비치·기장토록하고 법인세과세표준 신고시 기업회계기준을 준용하여 작성한 대차대조표를 첨부하도록 되어 있는 점 등을 종합하여 볼 때 자산의 장부가액의 합계액은 특별한 사정이 없는 한 대차대조표상의 자산가액의 합계액으로 봄이 타당하다. 그렇다면 청구법인의 1994사업연도말 현재의 자산의 장부가액합계액은 49,782백만원으로 중소기업규모기준인 500억원이하이므로 청구법인이 1996사업연도에 지출한 기술·인력개발비의 100분의 15를 법인세에서 공제하여 신고한데 대하여 처분청이 1994사업연도말 현재 청구법인이 중소기업에 해당되지 않는다고 보아 이 건 법인세를 과세한 것은 조세감면규제법의 법리를 오해한 잘못이 있는 것으로 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.