1. 원처분 개요
반도체 제조장비의 설치 및 아프터써비스업을 영위하는 외국인투자현지법인인 청구법인이 1998.2기 예정분 부가가치세 환급세액을 24,413,254원으로 신고하였다는데 대하여, 처분청은 1998.2기분 부가가치세 환급 현지확인 조사시 청구법인이 1998.2기 예정분 부가가치세 신고서(이하 "쟁점신고서"라고 한다)를 제출하지 않았다하여 매출·매입세금계산서합계표 미제출가산세 및 영세율과세표준 신고불성실가산세 합계 44,815,170원을 환급세액에서 차감하고 1999.4.1 1998.2기분 부가가치세 20,401,910원을 경정결정·고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.5.31 심사청구를 거쳐 1999.10.15 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 국세청장의견
- 가. 청구법인 주장 청구법인은 부가가치세 예정신고 기한 1998.10.25 이전인 10.23에 신고대행업체인 주식회사 ○○○뱅크를 통해 처분청의 법인세과에 비치된 접수함에 신고서를 투입하였으나 처분청은 1999.2.10 1998년 2기 부가가치세 확정신고분 환급신청에 대한 현지확인조사시 이를 부인하고 신고불성실 및 세금계산서합계표미제출가산세 등 44,815천원을 추징하였다. 청구법인은 영세율업체로서 부가가치세 환급액이 발생하는 것이 일반적으로 이에 관해 신고 및 관리를 소흘히 한다는 것은 생각할 수 없는 입장이고 제반의 상황을 보아도 청구법인이 신고서를 접수하였다는 것이 분명한데도 접수증이 없다는 이유로 이를 인정하지 않는 것은 부당하다. 일반적으로 세무서에서 신고서를 접수받을 때 접수증을 교부하지 않고 신고함에 투입하는 형식으로 이루어짐에 따라 쟁점법인과 같이 접수된 신고서가 분실되는 경우 이에 대한 입증 책임을 납세자에게만 부담지게 하는 것은 부당하고 처분청에도 똑같은 입증책임을 부담시켜야 한다.
- 나. 국세청장 의견 신고대행업체의 직원 청구외 ○○○과 청구외 ○○○의 확인서 내용을 보면 쟁점신고서를 6층 법인세과에 접수하였다고 하나 당시 처분청의 법인세과는 4∼5층에 있었고 접수당시의 접수담당의 직·성명도 구체적으로 확인이 되지 않고 있으며 또한 동 확인서는 청구법인과 이해관계가 있는 회사직원이 작성한 사인간의 확인서로 이를 객관적으로 신빙성이 있다고 보기도 어렵다. 또한 부가가치세 사무처리규정 제77조의 규정을 보면 세무서장은 신고서 접수시 접수증을 사업자에게 즉시 교부하도록 규정하고 있으나 청구법인은 접수증을 수취하지 않았을 뿐만아니라 접수대장에 등재되어 있지 않고 신고당시 처분청이 신고실적 집계용으로 작성한 속보용 신고실적집계표에도 등재되어 있지 아니한 것으로 보아 매출·매입세금계산서합계표 미제출가산세 및 영세율과세표준 신고불성실가산세를 적용한 처분청의 처분에 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.