수정신고환급신청에 대해 국세부과제척기간이 경과되었는지 여부

○○○세무서장이 1999.3.18 청구법인에게 한 1993사업연도 법인세 366,785,690원, 1994사업연도 법인세 714,573,690원 및 농어촌특별세 30,577,940원, 1995사업연도 법인세 102,557,870 원 및 농어촌 특별세 4,976,350원의 부과처분은

1. 청구법인의 1990년 사업연도(1990.1.1∼1990.12.31)부터 1992사업연도(92.1.1∼1992.12.31)까지 발행된 회사채에 대한 사채 인수 수수료(청구법인이 주간사에 지급한 회사채의 표 시이자율과 시장이자율과의 차이에 상당하는 금액)를 사채할 인 발행차금으로 계상함에 있어 월할상각한 총 금액 중 1992 사업연도 이전사업연도에 사채발행비로 계상 균등상각하여 이미 손금산입된 금액을 제외한 나머지 금액을 1993사업연도 (1993.1.1∼1993.12.31) 이후로 안분하여 동 금액을 손금산입하 고 이를 지급이자로 보아 타법인주식 등에 관련한 지급이자 를 재계산하여 과세표준과 세액을 경정하고

2. 나머지 청구는 이를 기각한다.

청구법인은 회사채발행시 회사채의 표시이자율과 시장이자율과의 차이에 상당하는 금액을 사채인수 수수료 명목으로 주간사에 지급하고 동 금액을 "사채발행비"로 계상 년간 균등상각하여 결산조정하였다가 위 사채인수 수수료를 "사채할인발행차금"으로 계상 이를 월할상각 재계산하여 산출한 금액과의 차액 1993사업연도(1993.1.1∼1993.12.31) 사채인수 수수료 1,298,588,889원, 1994사업연도(1994.1.1∼1994.12.31) 사채인수 수수료 1,929,958,319원, 1995사업연도(1995.1.1∼1995.12.31) 사채인수 수수료 74,230,382원 등 총 3,302,777,590원(이하 "쟁점사채인수 수수료"라 한다)을 각 사업연도 소득금액계산시 추가 손금으로 계상하고 사채인수 수수료를 지급이자로 보아 타법인주식 등에 관련한 지급이자를 재계산한 금액을 손금 불산입하여 1999.1.28 법인세 과세표준 수정신고 환급신청을 하였다. 처분청은 쟁점사채인수 수수료 중 1992사업연도(1992.1.1∼1992.12.31) 이전에 발생된 사채인수 수수료는 국세부과제척기간이 경과되었다하여 이를 손금산입하지 아니하고 1993사업연도 이후에 발행된 사채인수 수수료만을 재계산하여 이를 각 사업연도의 손금으로 산입하고 동 사채인수 수수료를 지급이자로 보아 타법인주식 등에 관련한 지급이자를 재계산하여 1993사업연도 법인세 366,785,690원, 1994사업연도 법인세 714,573,690원 및 농어촌특별세 30,577,940원, 1995사업연도 법인세 102,557,870원 및 농어촌특별세 4,976,350원을 1999.3.18 청구법인에게 결정 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.6.14 심사청구를 거쳐 1999.10.7 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 관행상 회사채 발행시 회사채의 명목이자율과 시장이자율과의 차액을 인수 수수료라는 명목으로 주간사에 지급한 후 "사채발행비"로 계상, 이연자산으로 년간 균등상각하여 결산조정을 하여 왔는데 위 인수수수료가 사채발행비가 아닌 "사채할인발행차금(지급이자)"에 해당한다는 과세관청의 유권해석에 따라 1990년 이후 발생한 사채인수 수수료를 사채할인발행차금으로 계상 월할상각하여 각 사업연도의 법인세를 재계산한 후 1992이전 사업연도에 대하여는 수정신고기일인 1999.1.30 현재 부과제척기간이 경과하여 수정신고를 하지 않고 1993사업연도 이후 분만 수정신고를 하였는데 처분청은 1990사업연도∼1992사업연도 발행한 회사채에 대한 사채인수 수수료를 부과제척기간이내인 1993사업연도∼1995사업연도에 상각한 금액에 대한 수정신고내역은 국세부과제척기간이 경과되었다는 이유로 이를 인정하지 않고 1993년 사업연도 이후 발생한 사채인수 수수료에 대한 상각금액만 조정하는 것으로 하여 이건 법인세 등을 결정고지하였는 바 이는 처분청의 국세기본법 제26조 의 2(국세부과의 제척기간)의 규정법리를 오인한데 기인된 부당한 처분이므로 이를 취소하여야 한다.
• 나. 국세청장 의견 법인세과세표준 확정신고서 및 수정신고서에 의하면 청구법인이 각사업연도에 상각하여 손금에 산입한 사채발행인수 수수료에 대하여 아래 당초신고내용과 수정신고내용에서 보는 바와 같이 1990사업연도∼1992사업연도중에 발생한 사채인수 수수료에 대해 이연자산 상각비를 재계산하여 1993년 이후 사업연도의 손금으로 추가산입하는 경우에는 그 추가 손금산입한 금액만큼 중복계상하는 결과가 됨을 알 수 있으며 [ 당초신고 내용] (단위: 원) 회사채발행 회사처리(90∼94년 년간균등, 95년 이후 월할계상) 년도 인수 수수료 90∼92 93 94 95 96 97 98 99이후 90 5,645,000,000 5,645,000,000 91 33,044,726,500 22,899,484,334 10,145,242,167 92 13,384,000,000 9,304,400,000 2,039,800,000 2,039,800,000 93 14,394,200,000 6,806,733,333 3,793,733,333 3,793,733,333 94 8,122,100,000 2,842,033,333 2,640,033,333 2,640,033,333 95 15,799,000,000 3,859,833,194 5,468,906,389 3,566,464,583 2,654,595,833 249,200,000 96 16,964,600,000 5,844,781,944 7,069,477,778 3,413,658,333 636,681,944 97 23,745,690,000 13,380,309,444 8,290,383,333 2,074,997,222 참고 부과제척 기간경과 [수정신고 내용] (단위: 원) 회사채발행 세무상계산(90∼94년 월할, 95년 이후 일할계상) 년도 인수 수수료 90∼92 93 94 95 96 97 98 99이후 90 5,645,000,000 5,239,444,444 405,555,556 91 33,044,726,500 19,739,466,291 10,145,242,167 3,160,018,042 92 13,384,000,000 7,675,333,333 3,439,316,667 2,039,800,000 229,550,000 93 14,394,200,000 6,300,250,000 3,800,400,000 3,793,733,333 499,816,667 94 8,122,100,000 1,605,306,944 2,825,200,000 2,640,033,333 1,051,559,722 95 15,799,000,000 3,519,346,910 5,592,307,171 3,603,114,684 2,833,647,766 250,583,470 96 16,964,600,000 5,411,970,103 7,305,925,092 3,557,445,720 689,259,084 97 23,745,690,000 12,375,417,108 8,950,132,715 2,420,140,176 참고 부과제척 기간경과 국세부과제척기간은 국세징수권의 소멸시효와는 달리 진행기간의 중단이나 정지가 없으므로 부과제척기간이 만료한 이후에는 정부의 부과권은 소멸되어 과세표준이나 세액을 변경하는 어떠한 결정(또는 경정)도 할 수 없는 것으로서 국세부과제척기간이 경과한 이후에는 과대(소) 익금 또는 손금산입되었다 하더라도 각사업연도의 소득금액을 조정할 수 없다 할 것이고, 설사 국세부과제척기간이 경과되지아니한 사채인수 수수료가 있다면 그 사채인수 수수료만을 재계산하여 손금산입 또는 손금불산입하면 되는 것인바, 이건의 경우 청구법인이 국세부과제척기간이 만료된 1990사업연도∼1992사업연도에 계상한 사채인수 수수료까지 재계산하여 산출한 쟁점 사채인수 수수료를 손금이연하여 1993사업연도∼1995사업연도의 손금으로 계상하고, 동 사채인수 수수료를 타법인주식 등 손금불산입되는 지급이자를 재계산하여 손금불산입하여 수정신고 환급신청함으로써 다음 사업연도의 법인세과세표준을 감액시킨 것은 국세부과제척기간의 법리를 오해한 것으로 처분청이 국세부과제척기간이 경과하지 아니한 사채인수 수수료만을 기초로 재계산하여 과세한 당초처분은 정당하다 하겠다.

• 가. 쟁점 이 건 심판청구는 청구법인이 1990사업연도∼1992사업연도 중 발행한 회사채에 대한 사채인수 수수료에 대하여 손익귀속시기를 재계산하여 수정신고 환급신청한 것을 국세부과제척기간이 경과되었다는 이유로 이를 인정하지 아니하고 법인세 등을 과세한 처분의 당부에 그 다툼이 있다.
• 나. 관계법령 국세기본법 제26조 의 2 제1항에서 『국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조 에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로서 국세를 포탈하거나 환급·공제 받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

4. (생략)』라고 규정하고 있고, 법인세법 제17조 제1항 에서 『내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다. 다만, 지급이자의 경우에는 그 지급이자가 발생한 사업연도의 손금에 산입할 수 있다.』고 규정하고 있으며, 같은조 제10항에서 『창업비등 이연자산의 종류와 그 상각방법은 대통령령으로 정한다』고 규정하고 있고, 같은 법 시행령(1994.12.31 대통령령 제14468호로 개정되기 전의 것)제38조 제1항에서 『법 제17조 제10항의 규정에 의한 "이연자산"은 다음 각호의 금액으로서 당해 법인에 귀속되었거나 귀속될 부담액을 말한다. 1.∼4. (생략)

5. 사채발행비: 사채모집공고비, 금융기관 및 증권회사수수료, 사채권발행비, 등록세 등 사채발행을 위하여 직접필수적으로 지출된 비용을 말한다.

6. 사채할인발행차금: 사채를 발행하는 경우에 사채권자에게 상환할 사채의 금액의 합계액에서 사채의 발행가액의 합계액을 공제한 금액을 말한다.』라고 규정하고 있으며, 같은 조 제2항에서는 『제1항의 이연자산의 상각방법은 다음에 의한다. 1.∼4. (생략)

5. 사채발행비: 사채발행일이 속하는 사업연도부터 3년이내의 매사업연도에 균등액 이상을 상각하여야 한다. 다만, 사채상환기간이 3년 미만인 경우에는 당해기간내에 균등액 이상을 상각하여야 한다. 6.사채할인발행차금: 사채발행기간내의 매사업연도에 균등액을 상각하여야 한다.』고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 사채를 액면가액으로 발행함에 있어 표면금리가 시장금리에 미달하는 경우 사채를 발행한 법인이 사채총액을 액면가액으로 인수하는 주간사(증권회사 등)에 지급하는 사채인수 수수료 중 표면금리와 시장금리와의 차액을 보전하여 주기 위한 금액은 앞에서 살펴본 법인세법 시행령 제38조 제1항 제6호 의 규정에 의한 사채할인발행차금에 해당하고, 동사채할인발행차금의 상각액은 지급이자 손금불산입계산대상 지급이자에 해당된다는 사실에 대하여는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없다.

(2) 청구법인은 회사채발행시 표면금리와 시장금리와의 차액을 사채인수 수수료조로 주간사에 지급하고(주간사에 지급한 위 사채인수 수수료를 이하 "쟁점이차보전금"이라 한다) 이를 법인세법시행령 제38조 제1항 제5호 의 규정에 의한 사채발행비로 계상 년간균등상각하여 이를 해당연도 손금으로 산입하여 법인세를 신고하였다가(세부신고내역은 앞의 국세청장 의견란의 당초 신고내용 참조),

(3) 쟁점이차보전금이 사채발행비가 아닌 법인세법시행령 제38조 제1항 제6호 의 규정에 의한 사채할인발행차금에 해당된다는 과세관청의 유권해석에 따라 쟁점이차보전금을 사채할인발행차금으로 계상 이를 월할상각한 금액과 당초 신고한 년간 균등상각액와의 차액 1993사업연도 1,298,588,889원, 1994사업연도 1,929,958,319원, 1995사업연도 74,230,382원을 각 사업연도 소득금액계산시 추가손금으로 계상하고, 위 금액을 지급이자로 보아 타법인 주식등에 관련한 지급이자를 재계산한 금액을 손금불산입하여 1999.1.28 법인세 과세표준수정신고(세부수정신고내역은 앞의 국세청장 의견란의 수정신고 내용 참조)한 사실이 이건 과세기록에 의해 확인된다. 살피건대, 위와 같은 청구법인의 수정신고에 대하여 처분청은 1992사업연도 이전에 발행된 회사채의 인수 수수료에 대한 월할상각액은 국세부과제척기간이 경과되었다는 이유로 이를 인정하지 아니하고 1993사업연도 이후에 발행된 회사채의 인수 수수료에 대한 월할상각액만 재계산하여 각 사업연도의 손금으로 산입하고 동 금액을 지급이자로 보아 타법인주식 등에 관련한 지급이자를 재계산하여 이건 법인세 등을 과세하였으나, 국세부과제척기간의 규정취지는 납세의무자와 국가간의 국세에 관한 권리, 의무관계를 조속히 종결시킴으로서 조세채무에 관한 법적안정성을 보장하기 위하여 과세당국에서 국세를 부과할 수 있는 기간에 제한을 두는데 그 목적이 있으며 개별세법에서 규정하고 있는 과세표준 및 세액의 계산 방법 및 범위에 제한을 두는 것은 아니라 할 것이므로 원인행위가 언제 이루어졌는지 보다는 언제 과세표준 및 세액에 영향을 미치는지가 국세부과제척기간의 기간계산에 있어 기준이 된다 할 것이고, 이건과 같은 이연자산의 상각은 상각기간내의 각 사업연도 소득금액 계산에 계속 영향을 미치므로 적정한 기간손익을 산정하여 부과제척기간내의 각 사업연도 소득금액이 적정하게 나타나게 할 수 있도록 하기 위해서도 사채인수 수수료 발생일(원인행위일)에 상관없이 그 이연상각한 금액이 국세부과제척기간내에 배분되면 이를 과세표준계산에 반영하여 과세하는 것이 조세관계법령의 기본원칙에 비추어 볼 때 합리적이라고 판단되므로 청구법인이 수정신고한 사항 중 1990사업연도∼1992사업연도 발생된 사채인수 수수료에 대하여도 그 상각금액이 1993사업연도 이후에 배분된 금액은 이를 과세표준에 반영 재계산하여 과세하는 것이 타당하다 판단된다. 다만, 청구법인이 당초 사채발행비로 계상 년간 균등상각하여 배분한 금액 중 국세부과제척기간의 경과로 이건 부과처분시점에 이미 과세표준 및 세액이 확정된 1992사업연도 이전에 배분된 상각액에서 사채할인발행차금으로 계상 월할상각한 금액 중 1992사업연도 이전에 배분된 상각액을 제외한 금액을 1993사업연도 이후에 배분된 월할상각액에서 공제하고 그 나머지 금액(1990사업연도: 0, 1991사업연도: 10,145,242,166원, 1992사업연도: 4,079,600,000원)만을 1993사업연도 이후로 배분(안분)하여 해당연도의 손금으로 산입하고, 동 금액을 지급이자로 보아 타법인주식 등에 관련한 지급이자를 재계산하여 과세하는 것이 실질과세원칙에 부합되는 합리적인 과세방법이라 하겠다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장중 일부가 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.