특별부가세 면제 해당 여부

심판청구를 기각합니다.

청구법인은 건설업을 영위하는 법인으로서 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ○○○동 ○○○ 외 21필지 대지 2,846.7㎡를 1986.2월 재개발사업용으로 취득하고, 1986.11.29 서울특별시장으로부터 도시재개발법에 의한 재개발사업시행인가를 받아 1997.7.31 위 토지상에 건물(20층) 39,624.15㎡(위 토지와 이 건물을 이하 "쟁점부동산"이라 한다)를 신축 준공하여 동 부동산을 1997.8.30 주식회사 ○○○은행에게 양도한 후 1998.3월 법인세 신고시 구 조세감면규제법 제58조 제1항 제2호(1986.12.26 개정전의 것)의 규정을 적용하여 쟁점부동산 양도에 따른 특별부가세 10,533,485,250원을 전액 면제 신청하였다. 처분청은 쟁점부동산 양도의 경우 1986.11.29 재개발사업시행인가 당시에는 구 조세감면규제법 제58조 제1항 제2호의 규정에 의해 특별부가세가 면제되었으나, 동 면제조항이 1993.12.31 폐지되어 1997.8.30 양도당시에는 특별부가세를 면제할 근거규정이 없다 하여 청구법인의 신고내용을 부인하고, 1999.5.2 청구법인에게 1997년 사업연도분 법인세(특별부가세) 12,206,202,710원을 부과처분하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.6.18 심사청구를 거쳐 1999.9.30 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 1986.11.29 서울특별시장으로부터 도시재개발사업시행인가를 받아 1997.7.31 건물을 준공한 후 1997.8.30 쟁점부동산(토지, 건물)을 양도하였는 바, 1986.12.26 개정전의 구 조세감면규제법 제58조 제1항 제2호에서 도시재개발사업시행자가 취득한 부동산을 공사완료 후 1년 이내에 양도하는 경우는 특별부가세가 면제되는 것으로 규정하였고, 위 규정이 1986.12.26 개정되면서 본 법의 면제조항은 삭제되었으나 그 부칙 제10조 제2항에서 『제58조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 도시재개발법에 의하여 사업시행의 인가 또는 지정을 받은 자가 양도하는 분부터 적용한다』는 경과규정을 두어 청구법인과 같이 1987.1.1 이전에 사업시행인가를 받은 자에게는 종전 면제규정이 계속 적용되는 것으로 하였으며, 또한 1993.12.31 전면 개정된 조세감면규제법 제63조와 관련된 부칙이나 1997.8.30 쟁점부동산 양도당시 시행되던 조세감면규제법 부칙 등에서 종전 면제규정을 삭제 또는 폐지한다는 명시적 규정이 없어 종전 면제규정이 계속하여 유효한 것으로 보아야 할 것이므로 쟁점부동산 양도의 경우는 구 조세감면규제법 제58조 제1항 제2호 및 1986.12.26 개정된 조세감면규제법 부칙 제10조 제2항의 규정에 의하여 특별부가세가 전액 면제되어야 한다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인은 구 조세감면규제법 제58조(1986.12.26 개정전의 것) 제1항 제2호의 규정에 의하여 이 건 특별부가세가 면제되어야 한다는 주장이나, 구 조세감면규제법 제58조 제1항 제2호의 규정은 1986.12.26 개정시 삭제되었고, 양도소득세 면제에 관한 경과규정인 부칙 제10조 제2항에서 『1987.1.1 이후 최초로 도시재개발법의 규정에 의하여 사업시행인가 또는 지정을 받은 자가 양도하는 분부터 적용한다』라고 규정하고 있는 것으로, 이는 1986.12.31 이전에 도시재개발사업시행의 인가 또는 지정 받은 사업시행자가 사업 완료 후에 양도하는 분에 대하여 개정부칙에 『이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여… 부과 또는 감면하여야 할…세에 대하여는 종전의 예(또는 규정)에 의한다』라는 소급 적용하는 규정을 별도로 두지 아니하였으므로 구 조세감면규제법 제58조 제2항(1986.12.26 법률 제3865호 개정으로 삭제되기 전의 것)의 규정과 관련하여 도시재개발 사업시행자가 양도하는 경우의 감면규정은 폐지된 것으로 봄이 타당하다 할 것이고, 또한, 1993.12.31 전면 개정된 조세감면규제법의 부칙 제7조에서도 특별부가세에 관하여는 시행일(1994.1.1) 이후 양도하는 분부터 적용하도록 규정하여 종전의 법률에 의한 감면규정을 사문화 시키면서, 개정전 규정에 의하여 감면을 받을 수 있는 경우를 같은법 부칙 제16조에서 한정적으로 열거하고 있는 바, 이 건 구 조세감면규제법 제58조 제1항 제2호는 열거하고 있지 아니하여 1994.1.1 이후 도시재개발사업시행자가 양도하는 경우의 감면은 폐지된 것을 보아야 할 것이므로 처분청이 이 건 특별부가세의 면제를 배제하여 과세한 것은 정당하다.

• 가. 쟁점 도시재개발사업으로 취득한 쟁점부동산의 양도에 대하여 구 조세감면규제법 제58조 제1항 제2호(1986.12.26 개정전의 것)를 적용하여 특별부가세를 면제할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 도시재개발법의 규정에 의하여 도시재개발구역으로 지정된 지구의 사업시행자가 취득한 부동산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 조세감면규제법상 감면규정의 개정연혁을 보면 다음과 같다.

(1) 1986.12.26 개정되기 전 조세감면규제법 제58조 제1항 제2호. 도시재개발법에 의하여 결정된 사업계획에 따라 건축한 건물 및 그에 부수되는 토지를 당해 사업시행자가 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제하였다.

(2) 1986.12.26 조세감면규제법 개정시. 위 제58조 제1항 제2호를 삭제하고, 같은법 부칙 제10조 제2항에서 『제58조의 개정규정은 이 법 시행(1987.1.1) 후 최초로 도시재개발법에 의하여 사업시행의 인가 또는 지정을 받은 자가 양도하는 분부터 적용한다』고 규정하였다. 따라서 종전의 재개발사업시행자에게는 종전의 감면규정을 계속하여 적용하였다.

(3) 1993.12.31 조세감면규제법 전면 개정시. 조세감면규제법 제57조(공공사업용 토지의 양도소득세 등 면제) 및 제58조(재개발사업자에게 양도하는 경우 양도소득세 등 면제)를 통합하여 제63조로 개정하고 감면범위를 30%∼75%로 하였다. 같은법 부칙 제16조 제1항에서 『이 법 시행(1994.1.1) 전에 종전의 제58조의 규정에 의하여 토지 등을 양도 또는 증여한 경우에 세액의 감면 및 추징 등에 관하여는 종전의 규정에 의한다』고 규정하고 있으며, 같은조 제2항에서 『이 법 시행당시(1994.1.1) 토지 등을 양도하지 아니한 것으로서, 다음 각호의 1에 해당하며 당해 각호에 규정된 토지 등을 이 법 시행 후에 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 추징 등에 관하여는 당해 각호에 규정된 종전의 규정에 의한다』라고 규정하고, 그 각호(제1호∼제7호)에 열거된 규정에서 종전의 제58조(재개발사업시행자에 대한 양도소득세 등 감면)의 규정은 제외되었다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점부동산의 양도소득에 대하여 처분청은 1993.12.31 개정된 조세감면규제법을 적용하여 특별부가세의 감면을 배제하였고, 청구법인은 1986.12.26 개정전의 조세감면규제법 제58조 제1항 제2호의 규정과 1986.12.26 개정된 조세감면규제법 부칙 제10조 제2항의 규정을 적용하여 특별부가세를 면제하여야 한다고 주장함으로써 다툼이 있는 바, 이 건의 경우 쟁점부동산의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대한 특별부가세가 면제되는 것으로 볼 수 있는지에 대하여 살펴본다.

(2) 청구법인이 도시재개발사업 시행의 인가를 받을 당시(1986.11.29)에는 조세감면규제법 제58조 제1항 제2호의 규정에 의하여 도시재개발사업으로 취득한 부동산을 양도하는 경우 특별부가세가 면제되는 것으로 규정되어 있고, 1986.12.26 개정된 조세감면규제법 제58조에서 위 특별부가세 면제규정이 삭제되면서 그 부칙 제10조 제2항에서 종전의 도시재개발사업 시행의 인가를 받은 사업자에게는 종전의 면제규정을 계속하여 적용하는 것으로 경과규정을 두었다.

(3) 한편, 1993.12.31 조세감면규제법이 전면 개정되면서 종전의 제57조(공공사업용 토지의 양도소득세 등 면제) 및 제58조(재개발사업자에게 양도하는 경우 양도소득세 등 면제)의 규정을 통합하여 제63조로 개정하였고, 그 부칙 제16조 제2항 각호에서 동법 시행(1994.1.1) 이후에도 종전의 규정에 의해 양도소득세 등을 계속하여 감면 받을 수 있는 경우를 열거(제1호∼제7호)하였는데 종전의 제58조의 규정은 제외됨으로써 청구법인의 경우와 같은 도시재개발사업자가 취득한 부동산을 1994.1.1 이후 양도하는 경우에는 종전 감면규정의 효력이 소멸된 것으로 해석하여야 할 것이다.

(4) 조세법규는 그것이 과세요건이든 면제요건이든 엄격하게 해석하여야 하는 것이 원칙이고, 재개발사업 시행에 따라 취득한 부동산의 양도에 대한 종전의 조세감면이 축소 또는 폐지되는 결과 기왕의 법령시행당시 사업시행인가를 얻어 이를 취득한 자의 기대이익을 충족시키지 못하는 면이 있다 하더라도, 개정법 부칙에서 납세자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 종전의 규정을 소급적으로 적용한다는 명백한 규정을 두지 아니한 이상, 납세의무가 성립한 당시에 시행되는 규정을 적용하여야 할 것인 바(대법원 95누 825, 1995.8.25, 대법원 98두 15788, 1999.9.3 같은 뜻임), 청구법인이 1986.12.31 이전에 도시재개발사업시행인가를 얻어 취득한 쟁점부동산을 1994.1.1 이후에 양도한 이 건의 경우 그 발생소득에 대하여 특별부가세를 면제할 수 없다고 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.