처분청이 1998년 제2기부터 청구인을 과세특례자로 유형전환된 사업자로 보아 직전과세기간까지 공제받은 매입세액에 대하여 재고납부세액을 계산하고 이를 납부세액에 가산하여 부가가치세를 과세한 처분은 신의성실의 원칙에 위배된 처분으로 불 수 없음
처분청이 1998년 제2기부터 청구인을 과세특례자로 유형전환된 사업자로 보아 직전과세기간까지 공제받은 매입세액에 대하여 재고납부세액을 계산하고 이를 납부세액에 가산하여 부가가치세를 과세한 처분은 신의성실의 원칙에 위배된 처분으로 불 수 없음
심판청구를 기각합니다.
청구인은 ㅇㅇ시 ㅇ구 ○○○동 ○○○을 사업장 소재지로 하여 1997.3.3 일반과세자로 사업자등록(부동산임대)을 하고, 1997.9.10 같은 장소에 상가건물(지하1층 지상 5층 777.51㎡)을 신축하고 부동산임대업을 영위하면서 다음과 같이 1997.3.3부터 1998.12.31까지 부가가치세를 신고하였다. 부가가치세 신고내역 (단위: 원) 번 호 구 분 과세표준 납부세액 신고일 비 고 1 97.3.3-3,12 0 -10,000,000 97.4.25 조기환급신고 2 97.4.1-4.30 0 -14,447,566 97.7.25 확정신고 3 97.7.1-9.30 0 -9,665,422 97.10.25 조기환급신고 4 97.10.1-12.31 1,618,629 161,862 98.1.25 확정신고 97년 계 1,618,629 -33,951,126 5 98.1.1-3.31 2,736,164 273,616 98.4.25 예정신고 6 98.4.1-6.30 2,770,684 277,068 98.7.25 확정신고 7 98.7.1-12.31 5,124,656 512,465 98.1.25 확정신고 98년 계 10,631,504 1,063,149 처분청에서는 청구인이 1997년도 1역년의 공급대가가 4,800만원에 미달함에도 과세특례포기신고를 하지 아니하였다는 국세청의 업무감사지적에 따라 청구인을 1998년 제2기부터 과세특례자로 과세유형전환된 사업자로 보아 직전과세기간까지 공제받은 매입세액에 대하여 재고납부세액을 계산하고 이를 납부세액에 가산하여 1999.5.6 청구인에게 1998년 제2기분 부가가치세 24,418,990원을 경정고지하였다. 청구인은 위 처분에 불복하여 1999.6.23 심사청구를 거쳐 1999. 8.20 이 건 심판청구를 제기하였다.
1. 대리·중개·주선·위탁매매 및 도급 이외의 경우에는 당해 공급대가의 합계액이 4,800만원에 미달하는 때 2.∼3. 생략"로 규정하고 같은령 제74조의 2【간이과세·과세특례 및 일반과세의 적용시기】제1항에서 "법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 기간은 1역년의 공급대가가 법 제25조 제1항 제1호 또는 제74조 제1항 각호에서 규정하는 금액에 미달되거나 그 이상이 되는 해의 다음 해의 제2과세기간으로부터 그 다음 해의 제1과세기간까지로 한다. 다만, 신규로 사업을 개시한 경우에는 최초의 과세기간에 대한 확정신고 후 개시하는 과세기간부터 기산한다." 제2항에 "제1항의 경우에 당해 사업자의 관할세무서장은 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 과세기간개시 20일전까지 그 사실을 통지하여야 하며, 사업자등록증을 정정하여 과세기간개시 전일까지 교부하여야 한다." 제3항에 "제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정이 적용되는 사업자에 대하여는 제2항의 규정에 의한 통지에 관계없이 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정을 적용하며, 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정이 적용되지 아니하는 사업자에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 제2항의 규정에 의한 통지를 받은 날이 속하는 과세기간까지는 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정을 적용한다."고 규정하고 있다.
(1) 청구인은 최초과세기간인 1997년 제1기의 공급대가가 "0"이고 1997년도 제2기분 공급대가가 1,618,629원으로 1997년 1역년의 공급대가가 4,800만원에 미달하여 과세특례자에 해당되며 과세특례포기를 법정신고기한인 1998.6.20까지 신고하지 아니하였으므로 청구인은 1998년 제2기부터 자동적으로 과세특례자로 과세유형이 전환된다는 사실에 대하여는 청구인과 처분청사이에 다툼이 없다. 청구인은 1997.3.3부터 1997.12.31사이 조기환급신고 및 확정신고를 4회에 걸쳐 일반과세자로 부가가치세를 신고하여 매입세액 33,951,126원을 환급 받고 1998.1.1부터 1998.12.31사이 3회(1998년 제1기 예정 및 확정신고, 1998년 제2기확정신고)에 걸쳐 부가가치세 1,063,149원을 신고납부하였으며, 처분청에서는 1998.10.10 청구인에게 1998년 제2기 예정분 부가가치세 275,345원을 고지한 사실이 관련 기록등에서 확인되고 있다.
(2) 위의 사실관계와 관련법령을 종합하여 살펴볼 때, 과세유형전환시 과세특례포기서 제출이 없는 경우 처분청에서 과세유형 전환 사실에 대한 통지없이 과세특례규정을 적용하도록 부가가치세법시행령에 규정하고 있고, 세법에서 신의칙이 적용되거나 비과세관행이 성립되었다고 하려면 장기간에 걸쳐 어떠한 사항에 대하여 과세하지 아니하였다는 객관적인 사실이 존재할 뿐 아니라 과세관청 자신이 그 사항에 대하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 의사가 있고, 이와 같은 의사가 대외적으로 명시적 또는 묵시적으로 표시될 것을 요한다고 할 것인 바 청구인의 과세유형이 과세특례자로 전환되는 시기는 1998년 제2기 과세기간이 시작되는 1998.7.1부터이므로 과세유형이 전환된 이후 청구인이 부가가치세를 일반과세자로 신고한 것은 1998년 제2기분(1999.1.25 신고) 1회인 바, 이를 처분청이 과세유형에 대하여 어떤 공식적인 견해표명을 하였다고 볼 수 없고, 처분청은 이건 부가가치세를 1999.5.6 과세하였으므로 처분청이 시정조치없이 상당기간 청구인의 일반과세자 적용신고를 받아들였다는 주장은 인정하기 어렵고, 청구인이 사업개시 이후 7차례 신고기간에 걸쳐 일반과세자로 부가가치세를 신고하였다는 사정만으로는 이 건 부과처분이 신의성실원칙에 위배되거나 비과세관행이 성립하였다고 볼 수 없다 할 것이므로, 처분청이 이 건 과세한 처분은 달리 잘못이 없다 할 것이다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.