비영리사업 관련비용을 손금불산입한 처분의 당부

심판청구번호 국심1999서 1494(1999.12.24) 주 문 영등포세무서장(변경전 여의도세무서장)이 1998.11.16 및 1998.12.2 청구법인에게 한 다음 내역의 법인세 및 농어촌특 별세의 부과처분은 비영리사업비용으로 보아 손금불산입한 1993.7.1∼1994.6.30 사업년도분 2,613,153,611원, 1994.7.1∼ 1995.6.30 사업년도분 3,983,518,370원, 1995.7.1∼1996.6.30 사 업년도분8,051,420,931원, 1996.7.1∼1997.6.30 사업년도분 4,308,176,213원, 1997.7.1∼1998.6.30 사업년도분 12,158,023,591 원을 청구법인의 수익사업에 관련된 손금으로 하여 그 과세 표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는 이를 기각한다. 법인세등 고지내역 사업년도 합 계 법인세 농어촌특별세 1993.7∼1994.6 1,595,752,050 1,595,752,050 1994.7∼1995.6 2,558,546,070 2,458,623,390 99,922,680 1995.7∼1996.6 3,591,797,410 3,485,189,000 106,608,410 1996.7∼1997.6 1,269,333,700 1,245,354,870 23,978,830 1997.7∼1998.6 3,504,908,940 3,361,631,920 143,277,020 계 12,520,338,170 12,146,551,230 373,786,940

청구법인은 1999.1.1 구 신용관리기금의 업무를 승계한 법인으로서 구 신용관리기금은 ○○○신용금고 등에 대한 예금의 지급보장과 여·수신, 상호신용금고에 대한 검사 및 경영정상화에 관한 업무를 행하게 함으로써 예금자를 보호하고 ○○○신용금고 등의 건전한 육성과 신용질서의 유지를 목적으로 출연금의 여유자금 운용과 지급준비예탁금의 수입 및 관리 등 수익사업을 영위하는 비영리법인이다. 처분청은 구 신용관리기금의 1994∼1997 사업년도에 대한 서울지방국세 청 조사에 의하여 ① 금융보험업을 영위하는 구 신용관리기금의 이자소득을 사업소득에 해당하는 것으로 보아 고유목적사업준비금 설정한도(50%)를 초과하는 금액을 손금불산입하였고 ② 수익사업과 비영리사업을 구분 경리하지 아니함에 따라 비영리사업 관련비용(직제규정을 근거로 비영리사업부서의 인건비등 경비와 공통사업부서 비용은 개별손금액의 점유비로 배분한 금액)을 손금불산입하였으며, ③ 1997.3.31 전액 수익계상한 지급준비예탁금에 대한 연체료를 연체기간에 따른 귀속시기별로 각 사업년도소득을 재계산하는 등 하여 1998.11.16과 1998.12.2 및 1998.12.15 청구법인에게 다음내역의 법인세 등을 결정고지하였다. 사업년도 합 계 법인세 농어촌특별세 1993.7∼1994.6 1,595,752,050 1,595,752,050 1994.7∼1995.6 2,558,546,070 2,458,623,390 99,922,680 1995.7∼1996.6 3,591,797,410 3,485,189,000 106,608,410 1996.7∼1997.6 1,269,333,700 1,245,354,870 23,978,830 1997.7∼1998.6 3,504,908,940 3,361,631,920 143,277,020 계 12,520,338,170 12,146,551,230 373,786,940 청구법인은 이에 불복하여 1998.12.30 심사청구를 거쳐 1999.6.30 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구주장 첫째, 구 신용관리기금이 구 법인세법시행규칙 제50조 에 열거된 것은 고유업무 중 예탁금운용사업회계부문이 금융보험업에 해당하는 것으로 판단되었기 때문이고 출연금회계는 예금자보호기금으로서 수익사업에 해당되지 아니하므로 그 여유자금의 금융기관 예치이자는 사업소득이 될 수 없고 이자소득으로 분류되어야 하며, 출연금회계는 구 법인세법 제12조 제4항 의 규정에 의한 지급준비금을 설정할 수 있도록 되어 있었으므로 출연금운영사업회계부문에서 발생한 이자소득은 구 법인세법 제12조 의 2 제1항 제1호의 규정에 의한 이자소득으로 보아 전액을 고유목적사업준비금 설정대상 소득으로서 손금산입되어야 한다. 둘째, 구 신용관리기금이 계상한 이자소득을 사업소득으로 보는 경우, 구 신용관리기금은 조세감면규제법에 의한 비영리법인으로서 사업내용이 민법 제32조 의 법인과는 성격이 다르고 일반 영리법인의 행태와 유사하며, 청구법인의 고유목적사업은 예금자보호업무로서 모든 부서가 유기적으로 연계된 업무를 수행하고 있으며 그 성격상 자금이 소요되고 그 자금으로부터 이자수입이 발생하므로 이를 수익사업과 무관한 활동이라고 규정하기 어렵고, 그 업무의 성격상 이를 법인세법상 수익사업과 비영리사업으로 구분하기 어려울뿐만 아니라 구 법인세법시행규칙 제50조 제15호 에서 신용관리기금을 금융보험업을 영위하는 법인으로 규정하고 있으므로 신용관리기금 전체 업무를 금융보험업을 수행하는 수익사업으로 보아 고유목적사업준비금은 50%만 인정하되, 모든부서의 인건비등 경비를 금융보험업의 수익에 대응하는 손금으로 보아 전액 손금에 산입하여야 하고, 만약 처분청 주장대로 수익사업과 비영리사업을 구분계상한다 하더라도 직제규정을 근거로 처분청이 비영리사업부서로 본 관리부와 비서실 및 기획조사부는 공통부서로 보아 구분계산하여야 한다. 셋째, 구 신용관리기금의 지급준비예탁금 연체료는 벌과금으로서 법인세법에 열거된 수익사업 또는 수입에 해당되지 않으므로 수익사업의 과세소득으로 계상될 성질이 아니다. 넷째, 예금자보호기관이었던 구 신용관리기금이 1998.4.1자로 ○○○공사와 ○○○신용금고연합회에 포괄승계되었고 남은 기금은 금융감독원으로 간주되는 상태이므로 이 경우 1998.4.1 이전에 성립한 구 신용관리기금의 납세의무는 국세기본법상 실질과세원칙에 의하여 예금보험공사와 연합회에 귀속되어야 하고, 만약 납세의무가 승계되지 아니한다면 청구법인이 사업년도중인 1998.4.1 자산과 부채를 ○○○공사와 연합회에 무상으로 지급한 것이므로 순자산가액이 감소한 것으로서 그 감소한 금액은 손금산입되어야 한다.
• 나. 국세청장의견 첫째, 구 신용관리기금은 구 법인세법시행규칙 제50조 제15호 에 규정하는 금융보험업의 범위에 해당되고, 구 소득세법 제19조 제1항 제10호 에서는 금융 및 보험업에서 발생하는 소득을 사업소득으로 분류하고 있으며 청구법인은 수익사업으로 출연금의 여유자금을 운용하고 지급준비예탁금 및 신용금고로부터의 수입예금의 운용(여·수신), 콜거래 중개 등 금융보험업을 영위하고 있다 할 것이므로 청구법인이 금융기관에 예치함에 따른 이자소득의 고유목적사업준비금의 한도는 구 법인세법 제12조 의 2 제1항 제1호에서 규정하는 이자소득금액의 100%를 적용하지 아니하고 동 제4호에서 규정하는 수익사업에서 발생하는 소득의 50%를 적용하여야 하므로 이를 초과하는 금액을 손금불산입한 처분은 타당하다. 둘째, 구 신용관리기금은 직제규정에 의해 사업부서별로 고유목적사업(비영리사업)업무와 수익사업 업무로 구분이 가능하여 그에 대한 손금을 개별손금으로 구분할 수 있는 것은 개별손금으로 구분하고 공통익금과 공통손금은 업종이 동일한 경우에만 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산이 가능하나 청구법인은 출연금수입(비영리사업)과 이자소득등(금융업: 수익사업)으로 업종이 상이하므로 위 비영리사업에 관련된 비용을 신용관리기금의 직제규정을 참조하고, 고유목적사업부서의 용역제공율을 감안하여 인건비 등의 공통손금은 주로 근로 등 용역의 제공내용을 기준으로 구분한 개별손금으로 안분하고 감가상각비의 공통손금은 사업부서별 면적을 기준으로 합리적인 방법으로 안분하여 비영리사업부문에 해당하는 비용을 손금불산입한 처분은 정당하다. 셋째, 지급준비예탁금관리규정 제5조에 의하면 연체료는 지급준비예탁금을 매월별로 기한내 예치하지 아니한 경우 예치되지 아니한 금액에 예치지연일수 및 연체료율을 곱하여 징수하는 것으로 과태료나 벌과금 성격이 아닌 수익사업의 자금원과 관련된 수익에 해당될 뿐만 아니라 구 신용관리기금도 연체료를 잡수익으로 회계처리하여 수익사업으로 신고하였으므로 수익사업의 소득금액에 해당되지 아니한다는 청구주장은 이유없다.

• 가. 쟁점 첫째, 구 신용관리기금이 금융보험업을 영위하는 것으로 보아 계상한 이자소득을 사업소득으로 보아 고유목적사업준비금 설정한도(50%)를 초과하는 금액을 손금불산입한 처분의 당부 둘째, 수익사업과 비영리사업의 구분경리를 하지 아니한 구 신용관리기금의 비영리사업 관련비용을 손금불산입한 처분의 당부 셋째, 구 신용관리기금이 잡수입 계상한 지급준비예탁금 연체료가 수익사업 소득에 해당되는지 여부 넷째, 1998.4.1자로 ○○○공사와 ○○○신용금고연합회에 포괄승계된 구 신용관리기금의 1998.4.1이전에 성립한 납세의무를 청구법인에게 지운 처분의 당부에 있다.
• 나. 관계법령 구 법인세법 제1조 【납세의무】제1항(1998.12.28 법률 제5581호로 전면 개정되기 전의 것)에서『국내에 본점 또는 주사무소를 둔 법인(이하 "내국법인"이라 한다)은 이 법에 의하여 법인세를 납부할 의무가 있다. 다만, 내국법인으로서 민법 제32조 또는 사립학교법 제10조 의 규정에 의하여 설립된 법인과 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 민법 제32조 에 규정된 설립목적 및 그와 유사한 설립목적을 가진 법인(이하 "비영리내국법인"이라 한다)은 그 법인의 정관 또는 규칙상의 사업목적에 불구하고 다음 각호의 수익사업 또는 수입(이하 "수익사업" 이라 한다)에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 납부할 의무가 있다. 1. 농업·수렵업 및 임업, 어업, 광업, 제조업, 전기·가스 및 수도사업，건설업, 도·소매 및 소비자용품수리업, 숙박 및 음식점업, 운수·창고 및 통신업, 금융 및 보험업， 부동산·임대 및 사업서비스업, 교육서비스업, 보건 및 사회복지사업, 사회 및 개인서비스업, 가사서비스업으로서 대통령령이 정하는 것 2. 삭 제 (1994.12.22) 3. 소득세법 제16조 제1항 각호에 규정하는 이자·할인액 및 이익 4. 소득세법 제17조 제1항 각호에 규정하는 배당 또는 분배금 5. 주식·신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인한 수입 6. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인한 수입 7. 제1호 내지 제6호 이외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령이 정하는 것』이라고 규정하고 있고, 같은법시행령 제2조【수익사업의 범위】제4항에서는 『비영리내국법인이 법 제1조 제1항 각호의 수익사업을 영위하는 때에는 자산·부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업(이하 "비영리사업"이라 한다)에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다. 이 경우에 수익사업과 비영리사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다』고 규정하고 있으며, 같은법시행규칙 제24조 【구분경리의 정의】제1항에서는 『영 제2조 제4항과 영 제4조에 규정하는 경리의 구분은 당해 각 규정에 의하여 구분하여야 할 사업 또는 수입별로 익금과 손금을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하는 것으로 한다. 다만, 각사업 또는 수입에 공통되는 익금과 손금은 예외로 한다』라고 규정하고 있다. 구 법인세법시행규칙 제25조 【공통손익의 계산방법】에서는 『① 영 제2조 제4항의 규정에 의하여 수익사업과 기타 사업의 손익을 구분경리하는 경우에 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금 이외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 같다)이 없는 경우나 기타 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간·사용시간·사용면적등의 기준에 의하여 안분계산한다.

1. 수익사업과 기타 사업의 공통익금은 수익사업과 기타 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산한다.

2. 수익사업과 기타 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산한다.

3. 수익사업과 기타 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타 사업의 개별손금액에 비례하여 안분계산한다.

② 제1항에 규정하는 공통되는 익금은 과세표준이 되는 것에 한하며, 공통되는 손금은 익금에 대응하는 것에 한한다.(이하생략)』고 규정하고 있다. 또한, 구 법인세법 제12조 【법령등에 의한 준비금의 손금산입】제4항(1994.12.22 삭제)에서는 『의료보험·연금관리·공제사업 기타 공익목적사업을 영위하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인이 이자소득(증권투자신탁수익의 분배금을 포함한다)을 그 법인의 고유목적사업에 충당하기 위하여 지급준비금을 설정한 경우에는 대통령령이 정하는 금액의 범위안에서 이를 손금에 산입한다.』고 규정하고 있었고, 구 법인세법 제12조 의 2【고유목적사업준비금의 손금산입. 1994.12.22 신설】제①항에서는 『비영리내국법인이 그 법인의 고유목적사업 또는 제18조 제1항의 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각호의 금액을 합산한 금액의 범위안에서 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다. 1. 소득세법 제16조 제1항 제1호 내지 제11호의 규정에 의한 이자소득금액 (1994.12.22 개정: 소득세법 부칙) 2. 소득세법 제17조 제1항 제5호 의 규정에 의한 증권투자신탁수익의 분배금 (1994.12.22 개정: 소득세법 부칙) 3. 특별법에 의하여 설립된 비영리법인이 당해 법률에 의한 복지사업으로서 그 회원 또는 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액 (1994.12.22 신설) 4. 제1호 내지 제3호외의 수익사업에서 발생한 소득에 대통령령이 정하는 율을 곱하여 산출한 금액 (1994. 12. 22 신설)』이라고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제17조【고유목적사업준비금의 손금산입】제②항에서는 『법 제12조의 2 제1항 제4호에서 "대통령령이 정하는 율"이라 함은 100분의 50을 말한다』라고 규정하고 있다. 한편, 구 법인세법시행규칙 제50조【금융보험업의 범위】에서는 『영 제100조의4 제1항 제3호에서 '총리령이 정하는 금융보험업을 영위하는 법인"이라 함은 다음 각호의 법인을 말한다. 1-14. (생략) 15. 신용관리기금법에 의한 신용관리기금』이라고 규정하고 있고, 소득세법 제19조 【사업소득】제1항 제10호에서는 『 사업소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다. 1∼9. (생략) 10. 금융 및 보험업에서 발생하는 소득』이라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 1983.5.30 설립된 구 신용관리기금은 구 조세감면규제법 제59조에서 규정하는 비영리법인으로서 ○○○신용금고 등에 대한 예금의 지급보장과 여·수신업무, ○○○신용금고에 대한 검사 및 경영정상화에 관한 업무를 행하게 함으로써 예금자 보호 등을 목적으로 출연금의 수입 및 관리업무와 ○○○신용금고 등에 대한 대출및 ○○○신용금고등의 차입에 대한 지급보장업무 등을 수행하다가 1998.4.1 신용관리기금법의 폐지로 기본재산 계정인 출연금회계는 ○○○공사로 이관하였고 차입금 계정인 예탁금회계는 ○○○신용금고연합회로 이관하였으며 구 신용관리기금은 1999.1.1 청구법인이 설립시까지 한시적으로 존속하다가 1999.1.1 청구법인이 설립되어 제2금융권에 대한 검사·감독업무를 수행하고 있음이 신용관리기금법과 상호신용금고법, 금융감독기구의 설치 등에 관한 법률 등 관련규정에 의하여 확인된다.

(2) 첫째, 구 신용관리기금의 업무를 금융보험업을 영위하는 사업소득으로 보아 이자수입의 50%만 고유목적사업준비금으로서 손금으로 인정한 처분이 타당한지에 대하여 살펴본다.

• 가) 청구법인은 구 신용관리기금의 고유업무 중 예탁금운용사업회계부문은 금융보험업으로서 사업소득에 해당되나 출연금회계는 예금자 보호기금으로서 수익사업에 해당되지 아니하므로 그 여유자금의 금융기관 예치이자는 이자소득으로 분류되어야 한다고 주장하면서 출연금 운영사업회계에서 발생한 이자수입 전액을 지급준비금 설정대상 이자소득으로 한 구 법인세법 제12조 제4항 의 규정을 근거로 제시하고 있으나,
• 나) 구 신용관리기금의 금융보험업 영위 여부는 회계부문별로 판단할 사항이 아니고 전체적으로 판단할 사항이라 할 것이고, 구 법인세법 제12조 의 4항에서는 신용관리기금의 출연금회계에서 발생한 소득을 이자소득으로 보아 지급준비금설정대상으로 하였으나 1993.2.27 동법인이 금융보험업의 범위에 포함되면서 원천징수대상에서 제외되었고, 동시에 구 법인세법시행규칙 제5조 제10호 의 지급준비금설정대상법인에서 삭제된 것으로 보이므로 구 법인세법 제12조 제4항 을 근거로 출연금회계에서 발생한 이자소득을 지급준비금 설정대상이 되는 이자소득으로 보아야 한다는 청구주장은 이유없다고 판단된다.
• 다) 또한, 구 신용관리기금은 위 업무내용과 같이 출연금의 수입 및 관리, ○○○신용금고 등이 예금을 지급하지 못하는 경우 보전금의 지급, ○○○신용금고 등으로부터의 예금 및 지급준비예탁금의 수입 및 관리업무와 ○○○신용금고 등에 대한 대출 등 신용관리기금법에 의한 출연금의 여유자금 운용과 예탁금의 장·단기 대출과 콜거래 및 여유자금의 금융기관 예치 등 한국표준산업분류표에 의한 금융보험업(안정기금관리회사, 금융시장관리업 등)의 수익사업을 영위하고 있고, 구 법인세법시행규칙 제50조 제15호 에 규정하는 금융보험업의 범위에 해당하며 구 소득세법 제19조 제1항 제10호 에서는 금융 및 보험업에서 발생하는 소득을 사업소득으로 분류하고 있으므로, 구 신용관리기금의 금융기관 예치에 따른 이자소득을 사업소득으로 보아 고유목적사업 준비금의 설정한도를 구 법인세법 제12조 의 2 제1항 제1호에서 규정하는 이자소득금액의 100%를 적용하지 아니하고 동 제4호에서 규정하는 수익사업에서 발생하는 소득의 50%를 적용하여 이를 초과한 금액을 손금불산입한 처분은 정당한 것으로 판단된다.

(3) 둘째, 구 신용관리기금의 비영리사업 관련비용을 손금불산입한 처분의 당부를 살펴본다.

• 가) 신용관리기금법에 의하면 구 신용관리기금은 위 업무내용과 같이 예금자 보호와 ○○○신용금고등의 건전한 육성을 목적으로 정부 및 ○○○신용금고로부터 받은 출연금과 ○○○신용금고 등으로부터의 예탁금의 수입 및 관리업무와 ○○○신용금고 등이 예금을 지급하지 못하는 경우 출연금의 지급, ○○○신용금고 등에 대한 대출업무 등 고유목적사업을 수행하기 위하여 출연금의 여유자금운용과 지급준비예탁금의 수입 및 관리 등 수익사업을 영위하고 있고, 그 운영에 따른 이자수입등 수익사업소득에 대하여 법인세를 신고납부하고 있으며, 이에 부수된 업무로서 ○○○신용금고 등의 경영상태 및 재무상태의 분석·평가, 예금자보호에 지장을 초래할 우려가 있는 경우 ○○○신용금고에 대한 검사와 그 결과에 따른 시정·징계요구, 부실상호신용금고의 경영정상화를 위한 경영지도사업 등 부수업무를 수행하고 있음이 관련규정에 의하여 확인된다.
• 나) 한편, 신용관리기금법시행령 제15조 의 규정에 의하면, 신용관리기금회계는 출연금의 수입·관리와 보전금지급 및 출자등에 관한 사항을 계리하는 출연금운용사업회계와 ○○○신용금고등으로부터의 예금 및 지급준비예탁금의 수입과 이의 운용에 관한 사항을 계리하는 예탁금운용사업회계로 구분하도록 되어 있는바, 출연금운용사업회계는 상호신용금고 등으로부터 영업인가시 및 매사업년도에 받은 일정금액의 출연금을 재원으로 종합금융사 등에 장·단기 대출 및 여유자금을 금융기관에 예치하는 방법으로 수익사업을 영위하고 있고, 예탁금운용사업회계는 ○○○신용금고 등으로부터 매월의 영업실적에 따라 일정금액을 예탁받은 금액을 재원으로 ○○○신용금고에 대출하고 여유자금을 금융기관에 예치하여 얻은 수익에서 매사업년도마다 각 금고 등에 예탁금액에 상당하는 일정율의 이자를 지급하고 있음을 알 수 있다.
• 다) 또한, 신용관리기금의 직제규정을 보면 구 신용관리기금은 위 재원별 구분과는 무관하게 예금자보호라는 하나의 목표 아래 그 업무단계별로 경영분석·검사·경영관리 및 금융부와 기타부서(총무과,전산자료실,비서실, 감사실)로 구성되어 있음을 알 수 있다.
• 라) 처분청에서는 구 신용관리기금의 출연금수입을 비영리사업으로 보고 이자소득등을 수익사업으로 보아 신용관리기금 직제규정을 근거로 금융부만을 수익사업부서로 보고 나머지 부서는 비영리사업부서 또는 공통부서로 보아 인건비 등 제경비를 구분계상하였으나, 구 신용관리기금의 경우 출연금운용사업회계와 예탁금운용사업회계는 그 재원의 법적근거와 목적이 상이하여 손익계산서상 구분되어 계상되었을뿐, 사실상 그 운용내역이 동일(예: 부실금융기관에 대한 장단기 대출은 출연금운용사업회계뿐만 아니라 예탁금운용사업회계에서도 발생)하여 그 재원이 다르다는 이유만으로 이를 별개의 사업으로 구분할 수 없다 할 것이고, 구 신용관리기금의 수입은 전액 수익사업에서 발생한 이자소득으로서 전체업무가 한국표준산업분류표상 금융보험업으로 분류할 수 있으며, 부서별 직제구분도 회계부문별 구분과는 전혀 무관하게 이루어져 있을뿐만 아니라 처분청이 비영리사업부서로 본 기획조사부는 기획과 조사활동을 하는 부서로서 총무부, 전산부 등과 함께 일반적으로 보조활동을 하는 부서이고 관리부는 출연 금융기관에 대한 긴급지원과 이자수입의 원천이 되는 장기대출의 심사·결정 및 관리를 수행하는 등 수익사업과 관련된 업무를 수행하고 있으며 처분청이 공통부서로 본 임원, 총무부, 전산부, 감사실과 홍보부의 업무 또한 수익사업을 수행하기 위한 부속기관으로 보아야 할 것으로 판단된다.
• 마) 위 사실내용을 종합하여 보면, 구 신용관리기금은 고유목적사업을 별도로 영위하는 일반 비영리법인의 경우와는 달리 수익사업을 목적으로 모든 부서가 유기적으로 연계된 업무를 수행하고 있는 특수한 형태의 비영리법인으로서 출연금운용사업회계만을 고유목적사업으로 보기는 어렵다고 판단되고, 구 법인세법시행규칙 제50조 제15호 에서도 신용관리기금을 금융보험업을 영위하는 법인으로 규정하고 있어 구 신용관리기금 전체업무를 금융보험업을 영위하는 수익사업으로 보는 것이 타당하다고 할 것이므로, 모든 부서의 경비 또한 이에 대응하는 손금으로 보아야 함에도 불구하고 처분청이 신용관리기금의 출연금운용회계를 비영리사업부서로 보아 직제규정을 근거로 비영리사업부서 관련비용을 손금불산입한 처분은 구 신용관리기금의 업무내용을 잘못 판단한 부당한 처분이라고 판단된다.

(4) 셋째, 구 신용관리기금이 잡수입계상한 지급준비예탁금에 대한 연체료가 수익사업소득에 해당하는지 여부를 본다.

• 가) 구 신용관리기금은 내부규정인 "자금지원의 제한등에 관한 규정"에 따라 출자자 등에 대한 대출금액의 합계액이 동일인 여신한도를 초과한 청구외 ○○○상호신용금고로부터 소정의 기한내에 예치되지 아니한 금액에 예치지연일수 및 과태료율을 곱한 금액을 과태료로서 징수하고 이를 징수한 사업년도(1996.7.1∼1997.6.30)의 수입금액에 포함하여 신고하였고, 처분청은 위 과태료 산출 근거기간이 청구법인의 제11기(1993.7.1∼1994.6.30)∼제13기(1995.7.1∼1996.6.30)에 속하므로 동 기간을 위 과태료의 손익 귀속시기로 보아 익금에 가산하였음이 처분청의 조사내용에 의해 확인된다
• 나) 구 신용관리기금은 위 사실내용과 같이 기본재산인 출연금과 차입금인 지급준비예탁금을 재원으로 상호신용금고 등에 대출을 하거나 여유자금을 금융기관에 예탁하는 등의 방법으로 수익을 얻는 금융보험업을 영위하는 비영리법인으로서 수익사업의 부채로 계상되는 지급준비예탁금을 운용·관리하여 그 수익에서 매사업년도마다 각 금고등에 예탁금액에 일정율의 이자를 부리하여 지급하고 있는바, 위 과태료는 구 신용관리기금의 수익사업의 자금과 관련된 부수수입에 해당된다 할 것이고 구 신용관리기금도 위 과태료를 각사업년도의 잡수입으로 계상하여 신고하였으므로 처분청이 이를 수익사업소득으로 보고 연체기간에 따른 귀속년도별로 각사업년도 소득을 재계산하여 과세한 이 건 처분은 타당하다고 판단된다.

(5) 넷째, 1998.4.1자로 ○○○공사와 ○○○신용금고연합회에 포괄승계된 구 신용관리기금의 1998.4.1 이전에 성립한 납세의무를 청구법인에게 지운 처분의 당부를 살펴본다. 가) 신용관리기금법 및 상호신용금고법 부칙제7조에 의하면 구신용관리기금은 ○○○신용금고등으로부터의 출연금의 수입·관리와 보전금의 지급 및 출자등에 관한 사항을 계리하는 출연금운용사업회계와 ○○○신용금고등으로부터의 예금과 지급준비예탁금의 수입 및 이의 운용에 관한 사항을 계리하는 예탁금운용사업회계로 구분되고, 기금의 예산집행을 위하여 출연금운용사업내의 구분계정으로서 기금관리계정을 설치하여 운영하여 왔으나 1998.1.13자로 개정된 상호신용금고법에 따라 1998.3.31자로 출연금운용사업회계(기금관리계정 제외)는 ○○○공사가, 예탁금운용사업회계는 ○○○신용금고연합회가 각각 포괄승계하였으며, 기금관리계정은 계속 신용관리기금에 존치하였다가 1999.1.1자로 설립된 청구법인에 포괄승계하였음이 확인된다.

• 나) 처분청은 구 신용관리기금의 1998.4.1 이전 사업년도 중 성립한 납세의무를 청구법인이 설립되기 전(1998.11, 1998.12) 구신용관리기금에 부과하였는바, 청구법인은 이에 대하여 구 신용관리기금이 1998.4.1자로 ○○○공사와 ○○○신용금고연합회에 포괄승계되었고 남은 기금은 금융감독원으로 간주되는 상태이므로 구 신용관리기금의 1998.4.1 이전에 성립한 납세의무는 국세기본법상 실질과세원칙에 의하여 ○○○공사와 ○○○신용금고연합회에 부과되어야 하고, 만약 납세의무가 승계되지 않는다면 1997.7.1∼1998.6.30 사업년도 중 재산과 권리·의무의 승계 약정(상호신용금고법 부칙 제7조)에 따라 ○○○공사 등에 무상으로 지급한 순자산가액은 청구법인의 손금으로 산입되어야 한다고 주장하고 있다.
• 다) 상호신용금고법부칙과 금융감독기구의 설치등에 관한 법률부칙 및 예금자보호법부칙에 의하면 1998.4.1자로 구 신용관리기금의 근거법률인 신용관리기금법이 폐지(위 금고법부칙 제2조)되고 그 재산과 권리·의무를 위 3부분으로 구분하여 위 3개의 기관으로 포괄승계시키되 그 중 기금관리계정을 포괄승계받을 청구법인의 설립이 지연됨에 따라 경과적으로 청구법인이 설립되는 날까지 신용관리기금의 법인격은 유지(위 부칙 제6조)하되 그 업무는 1998.4.1자로 청구법인의 업무로 하였고, 모든 행위의 효력은 청구법인에게 미치도록 되어있으며(위 설치법 부칙 제2조) 구 신용관리기금과 청구외 ○○○공사와의 출연금운영사업회계에 대한 인계·인수서의 제3조에 의하면 구신용관리기금이 출연금운용사업회계와 관련하여 법인세를 추가납부하여야 할 경우, 신용관리기금의 요청에 따라 즉시 인수자인 ○○○공사가 신용관리기금에게 지급하여야 한다라고 약정하고 있는 사실등을 종합하여 볼 때, 이 건 권리·의무의 승계는 구신용관리기금을 사업부문별로 양도한 것이라고 보기는 어렵고 법률의 강제규정에 의하여 권리·의무가 승계되었다는 점에서 특별법인 위 상호신용금고법 부칙 제6조 및 금융감독기구의 설치등에 관한 법률 부칙 제2조에 따라 구 신용관리기금의 1998.4.1 이전에 성립한 납세의무는 청구법인에게 지우는 것이 타당하다고 판단된다. 따라서, 출연금운용사업회계에 대한 인계·인수서 규정에 따라 구 신용관리기금이 납부하여야 할 세금을 인수자인 ○○○공사가 신용관리기금에게 지급하기고 한 당사자간의 약정내용의 이행여부는 별론으로 하더라도 구 신용관리기금의 1998.4.1 이전에 성립한 납세의무를 청구법인에게 지운 이 건 처분은 잘못이 없다 할 것이다.
• 라) 이외에도 청구법인은 1997.7.1∼1998.6.30 사업년도중 청구외 ○○○공사와 ○○○신용금고연합회에 무상으로 인계한 자산에 대하여 구 신용관리기금의 순자산가액이 감소한 것으로 보아 그 가액을 손금산입하여야 한다고 주장하고 있으나 이는 이 건 법인세 부과와는 별개의 청구법인의 회계처리 문제로서 심리대상이 아닌것으로 판단되므로 그 심리를 생략한다.
• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 와 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.