고유목적사업준비금을 설정할지 여부

심판청구번호 국심1999서 1394(2000. 7. 8) 농어촌특별세의 부과처분은

(1) 청구법인이 계상한 할인차익 중 이자소득이 아니라고 보아 고유목적사업준비금을 계상한 1996사업년도 417,100,000원과 1997사업년도 5,729,900,000원을 이자소득으로 보아 고유목적사업준비금 한도초과액을 재계산하는 것으로 하고,

(2) 나머지 청구는 이를 기각한다. (법인세등고지내역) (단위: 원) 사업년도 계 법인세 농어촌특별세 1993.1∼12 3,064,573,530 3,064,573,530 1994.1∼12 3,308,208,380 3,210,243,440 97,964,940 1995.1∼12 6,326,763,260 6,027,715,890 299,047,370 1996.1∼12 509,756,990 509,756,990 계 13,209,302,160 12,812,289,850 397,012,310

청구법인은 특별법인 ○○○공제회법에 의하여 설립되어 교육공무원, 교원 및 사무직원에 대한 공제(共濟)를 목적으로 가입회원들이 납부한 기금을 재원으로 하여 유가증권에의 투자 등 수익사업을 영위하고 그 수익사업에서 발생한 수익을 공제급여로 지급하는 비영리법인이다. 처분청은 청구법인이 고유목적사업에 지출하기 위하여 적립한 지급준비금 또는 고유목적사업준비금을 손금산입함에 있어 이자소득으로 본 채권 또는 증권의 할인차익 1993년도분 10,853,632,275원, 1994년도분 18,607,017,259원, 1995년도분 17,989,798,814원, 1996년도분 5,519,530,983원, 1997년도분 1,211,838,136원(이하 "쟁점금액①"이라 한다)과 채권 할인율에 의한 할인차익인 1996년도분 417,100,000원과 1997년도분 5,729,900,000원(이하 "쟁점금액②"라 한다)을 이자소득이 아닌 채권등 매매차익으로 보아 1993∼1994 사업년도의 경우 지급준비금 설정대상 이자소득을 1993년도 146,726,196,316원, 1994년도 169,680,924,602원으로 보아 지급준비금한도초과액 1993년도 3,334,573,675원과 1994년도 160,125,171원을 손금불산입하였고, 1995∼1997 사업년도의 경우 고유목적사업설정대상 이자소득을 1995년도 233,538,906,734원, 1996년도 351,403,082,667원, 1997년도 477,124,687,761원으로 보아 고유목적사업준비금한도초과액 1995사업년도 13,456,543,856원, 1996사업년도 13,228,090,508원과 1997사업년도분 9,074,299,431원을 손금불산입하였으며, 청구법인의 1993∼1997사업년도중 아래 내역의 고유목적사업수행과 관련된 공제사업관련 사업비 16,493,722,569원, ○○○복지신보인건비 1,387,419,266원, ○○○복지신보발간비 2,579,928,479원(합계 20,461,070,314원, 이하 "쟁점비용"이라 한다)을 비영리법인의 고유목적사업 수행과 관련된 비용으로 보아 지정기부금한도초과액(1993사업년도 49,406,375,225원, 1994사업년도 103,367,974,072원)을 소득금액에 가산하고, 1995년∼1997사업년도의 경우 위 금액을 고유목적사업에 지출한 것으로 보아 고유목적사업준비금한도초과액을 익금가산하는 등 하여 1998. 10.1 청구법인에게 아래내역의 법인세등을 결정고지하였다가 국세청장의 심사결정에 의하여 1993사업년도의 표지어음 수입이자 407,671,232원을 지급준비금 설정대상금액으로 하여 그 한도초과액을 재계산하는 것으로 경정하였다. (법인세결정내역) (단위: 원) 사업년도 합계 법인세 농어촌특별세 1993.1∼12 3,064,573,530 3,064,573,530 1994.1∼12 3,308,208,380 3,210,243,440 97,964,940 1995.1∼12 6,326,763,260 6,027,715,890 299,047,370 1996.1∼12 509,756,990 509,756,990 계 13,209,302,160 12,812,289,850 397,012,310 (비영리사업비용 내역) (단위: 원) 사업 년도 비영리사업 부서 비용

○○○신문사 인건비

○○○신문 발간비 계 1993 1,183,270,587 184,545,680 332,475,019 1,700,291,286 1994 1,109,521,157 220,923,094 367,583,794 1,698,028,045 1995 1,559,265,002 262,783,832 551,115,396 2,373,164,230 1996 3,209,987,800 356,589,116 664,079,540 4,230,656,456 1997 9,431,678,023 362,577,544 664,674,730 10,458,930,297 계 16,493,722,569 1,387,419,266 2,579,928,479 20,461,070,314 청구법인은 이에 불복하여 1998.11.27 심사청구를 거쳐 1999.6.16 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 첫째, 청구법인이 채권 또는 증권을 발행인 등으로부터 매입하여 만기일까지 보유하고 있다가 발행인에게 제시하고 지급받은 금액 중 표면이자율에 의한 이자를 제외한 유가증권 할인차익인 쟁점금액①은 구 소득세법 17조 제1항 제1호 내지 제10호의 규정에 의한 이자소득의 범위에 해당하므로 지급준비금 및 고유목적사업준비금 설정대상 이자소득으로 하여야 할 것이고, 만약, 쟁점금액이 이자소득금액에서 제외되는 것이라면 비영리법인의 수익사업을 규정한 구 법인세법 제1조 제1항 제3호 의 규정에 의한 소득세법 제16조 제1항 각호에 규정하는 이자·할인액 및 이익도 아니며, 또한 구 법인세법시행령 제2조 제3항 의 규정에 의한 소득세법 제46조 제1항 에 규정하는 채권등을 매도함에 따른 매매익도 아니므로 이는 비영리사업에서 생긴 소득으로 보아 과세소득에서 제외하여야 타당하며, 1994.3.21자 국세청예규(채권의 이자·할인액 및 상환익은 소득세법 제17조 제1항 에 규정된 이자소득에 해당됨)는 1994.12.12자와 1995.2.6자로 그 입장이 변경되어 "채권의 매입과 매도시에 채권수익율의 변동에 따라 발생하는 채권매매차익은 지급준비금을 설정할 수 없음"이라고 하였는 바, 청구법인은 1993년도분 법인세과세표준신고서를 1994.3.22 처분청에 접수하였으므로 1994.3.21자 유권해석에 의하여야 함에도 불구하고 이후에 번복된 유권해석에 의해 쟁점금액을 지급준비금설정대상이 아닌 것으로 보아 과세한 것은 소급과세금지원칙 및 신의성실원칙에 어긋나는 부당한 처분이다. 둘째, 쟁점금액②는 청구법인이 채권 또는 증권의 발행인 등으로부터 할인율이 표기된 채권 또는 증권을 할인매입함으로써 발생한 할인액으로 이는 구 소득세법 제17조 제1항 제2호 의 규정에 의한 이자소득금액으로서 이의 수령시 원천징수납부하였고 이에 대한 회계처리는 실현수입중 이자소득이 아닌 할인차익으로 처리하였는 바, 쟁점금액은 채권보유기간에 따른 이자소득에 해당됨에도 불구하고 사실확인을 하지 아니하고 고유목적사업준비금 한도액 계산시 이자소득이 아닌 것으로 보아 과세한 이 건 처분은 부당하다. 셋째, 청구법인이 영위하는 사업은 가입회원들이 납부한 금액을 재원으로 하여 국·공채의 매입, 주식투자 등에 의한 이자수입, 배당수입, 유가증권 매매차익 등의 사업수입을 얻고, 회원들이 가입한 내용에 따라 만기 또는 지급사유 발생시 공제급여금을 지급하는 공제사업으로서 이는 일반 보험사업자의 저축성보험사업 및 보장성보험사업과 동일한 형태이고, 청구법인의 회원업무부 등의 업무는 기금의 영수 및 공제급여금을 지급하는 업무를 담당하는 것으로 이는 보험사업자의 경우 보험료의 영수 및 보험금의 지급업무를 담당하는 부서와 동일한 업무이며, ○○○신문사의 경우 주된 업무는 가입회원들의 유지와 신규가입자의 개척 등을 위하여 격주간 신문을 발간하는 것으로 이 역시 보험사업자 등을 비롯한 일반 기업들의 사보 발간 등의 업무와 다름이 없다 할 것이므로 청구법인이 기금을 활용하여 벌어들인 모든 수입은 전부 수익사업에서 생긴 소득으로서 비영리사업에서 발생하는 수입이 없으므로 청구법인의 모든비용은 수익사업에 대응하는 손금으로 인정되어야 한다.
• 나. 국세청장의견 첫째, 청구법인의 투자유가증권에 관한 수입은 채권보유기간에 따른 이자수입과 시중의 채권이자율의 변동에 따른 매매차익(상환이익)으로 구분되는바, 쟁점금액①은 채권의 매입과 매도시에 채권수익율 변동에 따라 발생하는 채권 매매차익에 해당한다 할 것이고, 이 건의 경우 법인세법 제1조 및 같은법시행령 제2조 제3항에 의하여 투자유가증권에 관련된 수입금액에 대하여는 이자수입뿐만 아니라 채권매매익에 의한 소득도 법인세를 납부할 의무가 있다고 규정하고 있으므로, 채권매매차익에 해당되는 쟁점금액①에 대하여 법인세를 과세한 처분은 정당하고, 지급준비금은 소득세법상 이자소득만을 설정대상으로 하는 것이므로 1993∼1994사업년도의 경우 쟁점금액①을 지급준비금 설정대상에서 제외하고 1995∼1997사업년도의 경우에는 50% 상당액만을 고유목적사업준비금 설정대상으로 하여 과세한 이 건 처분은 타당하다. 둘째, 고유목적사업준비금설정대상 이자소득을 계산함에 있어 청구법인은 이자소득으로 1996사업년도 362,394,383,275원을, 1997사업년도에 476,767,309,169원을 신고하였고, 처분청에서도 청구법인이 신고한 이자소득에서 쟁점금액을 제외한 사실이 없으며 청구법인이 이자소득으로 원천징수한 쟁점금액 ②가 청구법인이 이자소득이라고 기 신고한 금액에 포함되었는지 여부를 확인할 수 없으므로 쟁점금액을 추가로 이자소득으로 인정하여 달라는 청구주장은 받아들이기 어렵다. 셋째, 청구법인의 정관에 의하면 기금조성 및 급여사업과 회원자녀를 위한 장학사업, 발간사업을 고유목적사업으로 정하고 있고, 공제사업의 영위와 관련하여 지출한 사업비용과 ○○○복지신보 인건비 및 ○○○복지신보 발간비 등은 청구법인의 고유목적사업을 수행하기 위하여 지출한 비용으로 보아야 할 것이며 청구법인도 이를 고유목적사업과 관련된 지출로 보아 손금 불산입하여 신고한 사실이 있는 점 등으로 볼 때, 공제사업관련 사업비(16,493,722,569원), ○○○복지신보 인건비(1,387,419,266원), ○○○복지신보 발간비(2,579,928,479원)를 수익사업에 관련된 비용으로 인정하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

• 가. 쟁점 첫째, 쟁점금액①을 지급준비금 및 고유목적사업준비금설정대상 이자소득으로 볼 수 있는지 여부와 이자소득으로 볼 수 없다면 청구법인의 비영리사업에 속하는 소득으로 볼 수 있는지 여부 및 신의성실원칙에 위배되는지 여부 둘째, 쟁점금액② (할인발행된 유가증권 할인이자 1996년도 417,100,000원과 1997년도 5,729,900,000원)를 고유목적사업준비금을 전액 설정할 수 있는 이자소득으로 볼 수 있는지 여부 셋째, 청구법인의 공제사업 영위와 관련하여 지출한 사업비, ○○○복지신보 인건비, ○○○복지신보 발간비를 수익사업 관련비용으로 보아 전액 손금산입 대상금액으로 볼 수 있는지 여부에 있다.
• 나. 관계법령 구 법인세법 제1조 【납세의무】 제1항(1998.12.28 법률 제5581호로 전면 개정되기 전의 것)에서『국내에 본점 또는 주사무소를 둔 법인(이하 “내국법인”이라 한다)은 이 법에 의하여 법인세를 납부할 의무가 있다. 다만, 내국법인으로서 민법 제32조 또는 사립학교법 제10조 의 규정에 의하여 설립된 법인과 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 민법 제32조 에 규정된 설립목적 및 그와 유사한 설립목적을 가진 법인(이하 “비영리내국법인”이라 한다)은 그 법인의 정관 또는 규칙상의 사업목적에 불구하고 다음 각호의 수익사업 또는 수입(이하 "수익사업" 이라 한다)에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 납부할 의무가 있다. (1호). 농업·수렵업 및 임업, 어업, 광업, 제조업, 전기·가스 및 수산업, 건설업, 도·소매 및 소비자용품수리업, 숙박 및 음식점업, 운수창고 및 통신업, 금융 및 보험업, 부동산·임대 및 사업서비스업, 교육서비스업, 보건 및 사회복지사업, 사회 및 개인서비스업, 가사서비스업으로서 대통령령이 정하는 것 (2호) 삭 제 (1994.12.22) (3호) 소득세법 제16조 제1항 각호에 규정하는 이자·할인액 및 이익 (4호) 소득세법 제17조 제1항 각호에 규정하는 배당 또는 분배금 (5호) 주식·신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인한 수입 (6호) 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인한 수입 (7호) 제1호 내지 제6호 이외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령이 정하는 것』이라고 규정하고 있고, 같은법시행령 제2조 【수익사업의 범위】에서는 『① 법 제1조 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류표(이하 “한국표준산업분류표”라 한다)에 의한 사업중 수익이 발생하는 것으로 하되, 다음 각호의 사업을 포함하지 아니하는 것으로 한다(이하생략) ② (생략) ③ 법 제1조 제1항 제7호에서 “대통령령이 정하는 것”이라함은 소득세법 제46조 제1항 에 규정하는 채권등(법인세가 비과세되는 것을 제외한다)을 매도함에 따른 매매익(채권등의 매각익에서 채권등의 매각손을 차감한 금액)을 말한다. ④ 비영리내국법인이 법 제1조 제1항 각호의 수익사업을 영위하는 때에는 자산·부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업(이하 “비영리사업”이라 한다)에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다. 이 경우에 수익사업과 비영리사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다(이하생략)』라고 규정하고 있다. 구 법인세법 제18조 【기부금의 손금불산입】 제1항과 제2항에서는 『① 내국법인이 각사업년도에 지출한 기부금 중 사회복지·문화·예술·종교·자선등 공익성을 감안하여 대통령령이 정하는 기부금(이하 "지정기부금"이라 한다)중 다음 각호의 합계액을 초과하는 금액과 지정기부금외의 기부금은 당해 사업년도의 소득금액 계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다(이하생략) ② 대통령령이 정하는 비영리공익법인의 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 당해사업년도의 소득금액에서 제3항의 규정에 의하여 손금에 산입되는 기부금과 제8조 제1항 제1호의 규정에 의한 결손금을 차감한 금액에 100분의 60을 곱하여 산출한 금액의 범위안의 지정기부금은 각 사업년도의 소득금액 계산상 이를 손금에 산입한다(1994.12.22 삭제)』고 규정하고 있고, 같은법시행령 제42조의2(1994.12.31 삭제) 제20호에 의하면 위 법 제18조 제2항에서 "대통령령이 정하는 비영리공익법인"으로 ○○○공제회를 열거하고 있으며, 같은법시행령 제42조 제16호(1994.12.31 삭제)에 의하면 『법 제18조 제1항에서 "대통령령이 정하는 기부금"이라 함은 비영리법인이 정관에서 규정된 고유의 목적을 달성하기 위하여 당해 수익사업에서 생긴 소득을 그 법인의 고유의 목적에 지출하는 금액을 말한다』라고 규정하고 있다. 한편, 구 법인세법 제12조 【법령등에 의한 준비금의 손금산입】 제4항(1994.12.22 삭제)에서는『의료보험·연금관리·공제사업 기타 공익목적사업을 영위하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인이 이자소득(증권투자신탁수익의 분배금을 포함한다)을 그 법인의 고유목적사업에 충당하기 위하여 지급준비금을 설정한 경우에는 대통령령이 정하는 금액의 범위안에서 이를 손금에 산입한다』고 규정하고 있었고, 구 법인세법시행령 제16조 【법령등에 의한 준비금의 손금범위】제8항과 제9항에서는 『⑧ 법 제12조 제4항에서 "대통령령이 정하는 법인"이라함은다음 각호의 법인을 말한다. 1. 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 의료보험·연금관리 및 공제사업을 영위하는 비영리법인 2호∼3호 (생략) ⑨ 법 제12조 제4항에서 "대통령령이 정하는금액"이라 함은 당해 사업년도 중에 발생한 소득세법 제17조 제1항 1호 내지 제10호의 규정에 의한 금액(동법 제18조 제1항 6호의 규정에 의한 증권투자신탁수익의 분배금과 특별법에 의하여 설립된 비영리법인이 당해 법률에 규정된 복지사업으로서 그 회원 또는 조합원에게 대출한 융자금에서 발생하는 이자소득을 포함한다)을 말한다』고 규정하고 있다. 또한, 구 법인세법 제12조 의 2 【고유목적사업준비금의 손금산입】 제1항에서는 『비영리내국법인이 그 법인의 고유목적사업 또는 제18조 제1항의 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각호의 금액을 합산한 금액의 범위안에서 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다. 1. 소득세법 제16조 제1항 제1호 내지 제11호의 규정에 의한 이자소득금액 2∼3호 (생략) 4. 제1호 내지 제3호외의 수익사업에서 발생한 소득에 대통령령이 정하는 율을 곱하여 산출한 금액』이라고 규정하고 있고, 구 법인세법시행령 제17조 【고유목적사업준비금의 손금산입】에서는 『① 법 제12조의 2 제1항 제4호에서 “수익사업에서 발생한 소득”이라 함은 당해 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금 및 법 제18조 제3항의 규정에 의한 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다)에서 법 제12조의 2 제1항 제1호 내지 제3호의 규정에 의한 금액 및 법 제8조 제1항 제1호의 규정에 의한 결손금과 법 제18조 제3항의 규정에 의한 기부금을 차감한 금액을 말한다. ② 법 제12조의 2 제1항 제4호에서 “대통령령이 정하는 율”이라 함은 100분의 50을 말한다. ③ 법 제12조의 2 제1항 및 제2항에서 "고유목적사업"이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 법 제1조 제1항 제1호의 규정에 의한 수익사업외의 사업을 말한다. ④ 법 제12조의 2 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 비영리내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 인건비등 필요경비로 사용하는 금액과 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 의료보험 연금관리 및 공제사업 등을 영위하는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령의 규정에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다. ⑤ 법 제12조의 2 제2항의 규정을 적용함에 있어서 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금으로 그 후의 사업연도에 당해 법인의 고유목적사업 또는 법 제18조 제1항의 지정기부금(이하 이 항에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 사용한 금액은 먼저 계상한 고유목적사업준비금부터 사용한 것으로 본다. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금 잔액을 초과하여 당해 사업연도의 고유목적사업등에 지출한 금액은 이를 당해 사업연도의 고유목적사업준비금으로 계상하여 지출한 것으로 본다.』라고 규정하고 있다. 한편, 구 소득세법 제17조 【이자소득】제1항에서는『이자소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다. (1) 국가 또는 지방자치단체가 발행한 채권 또는 증권의 이자와 할인액 (2) 내국법인이 발행한 채권 또는 증권의 이자와 할인액 (3)호∼(11)호 생략.』이라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 ○○○공제회법에 의하여 설립되어 교육기관·교육행정기관 또는 교육연구기관의 교육공무원, 교원 및 사무직원 등에 대한 효율적인 공제를 목적으로 가입회원들이 납부한 기금을 재원으로 국·공채의 매입, 주식투자, 예금, 회원들에 대한 자금대여 등 수익사업을 영위하고 그 수익사업에서 발생한 수익을 가입회원들에게 급여로 지급하는 공제사업을 영위하고 있음이 ○○○공제회법과 정관에 의해 확인된다.

(2) 첫째, 쟁점금액①을 지급준비금 및 고유목적사업준비금설정대상 이자소득으로 볼 수 있는지 여부와 이자소득으로 볼 수 없다면 청구법인의 비영리사업에 속하는 소득으로서 과세대상이 아닌 소득으로 볼 수 있는지 여부 및 중도에 변경된 국세청의 예규에 의해 쟁점금액을 이자소득이 아닌 것으로 보아 과세한 처분이 신의성실원칙에 어긋나는지 여부에 대하여 본다

• 가) 쟁점금액①은 청구법인이 채권 또는 증권을 발행인 등으로부터 매입하여 만기일까지 보유하고 있다가 이를 발행인에게 제시하고 지급받은 금액 중 표면금리에 의한 이자상당액을 제외한 할인채의 액면금액과 매입가액과의 차액으로 청구법인은 각사업년도 종료일 현재 만기가 도래하지 아니한 기간경과분에 대하여는 할인차익으로 수입계상하였고, 만기가 도래되어 상환받는 시점에서는 상환이익으로 계상하였으며, 청구법인은 표면금리에 의한 이자와 위 할인차익등을 포함한 전액을 소득세법의 규정에 의한 이자소득으로 보아 지급준비금 또는 고유목적사업준비금으로 설정하였음이 처분청의 조사내용에 의하여 확인된다.
• 나) 청구법인은 할인채의 할인차익(상환이익)으로 계상한 쟁점금액은 만기시 상환받을 금액이 확정된 상태에서 취득하여 중도매각하지 아니하고 만기상환시 발생한 것으로서 채권의 보유기간에 따라 발생하는 이자소득과 다를 바가 없으므로 이를 지급준비금 또는 고유목적사업준비금 설정대상 이자소득으로 보아야 한다고 주장하고 있으나, 법인세법상 지급준비금 및 고유목적사업준비금 설정대상은 구 소득세법 제17조 제1항 제1호 ∼제10호에 규정된 이자소득을 말하는 것으로 소득세법 제46조 및 같은법시행령 제102조 제5항의 규정에 의하면 채권 등의 이자상당액은 약정된 이자계산방식에 따라 당해채권 등의 표면이자율에 발행시의 할인율을 가산하고 할증율을 차감한 율을 적용하여 계산한 금액을 말한다라고 규정하고 있고, 청구법인은 할인채의 만기상환시 쟁점금액을 수입이자와는 별도로 할인차익 또는 상환이익으로 계상하고 있으며, 할인차익(상환이익)에 대하여는 통상 증권회사 등 발행자측에서는 지급수수료계정으로, 취득자측에서는 수입수수료계정으로 회계처리하고 있을뿐만 아니라 쟁점금액은 발행시 약정이자율에 의해 확정되는 이자가 아니고 채권의 매매시 이자율변동에 따른 가격차이에 의해 발생하는 자본이득으로서 채권매매차익으로 보아야 할 것이므로 (같은뜻:국심 99서744, 1999.9.30) 처분청이 쟁점금액을 이자소득이 아닌 법인세법시행령 제2조 제3항 의 규정에 의한 수익사업 소득으로 보고 지급준비금 및 고유목적사업준비금 한도액을 계산하여 이 건 법인세를 과세한 처분은 타당하다 판단된다.
• 다) 또한, 청구법인은 채권등의 이자소득의 범위를 규정한 국세청의 예규를 신뢰하고 회계처리하였으므로 그 이후에 이자소득이 아니라는 변경된 예규를 근거로 적용을 달리한다면 이는 신의성실의 원칙에 위배된다는 주장을 하고 있으나, 국세기본법상 신의성실의 원칙은 납세자 및 세무공무원이 의무 및 직무를 수행함에 있어서 신의에 좇아 성실히 하여야 한다는 것으로서 일반적으로 납세자들에게 받아들여진 국세행정의 관행이나 예규 등에 반하여 납세자에게 불리하게 세법을 적용하여서는 안된다는 과세원칙을 천명한 것으로 볼 수 있는바, 세무공무원의 과세가 신의성실의 원칙에 위배된 것으로 인정되려면 일반적으로 납세자에게 받아들여진 관행이나 예규가 존재할 것, 그 관행이나 예규를 믿고 납세자가 어떠한 행위를 하여야 할 것, 과세관청이 이미 표명한 견해에 반하는 처분을 함으로써 실제로 납세자의 이익이 침해되어야 할 것 등의 요건을 갖추어야 한다(같은뜻: 대법원 86누 101, 1988.9.13). 이 건과 같은 할인채의 할인차익(상환이익)이 지급준비금 또는 고유목적사업준비금 설정시 이자소득에 해당되는 여부에 대한 쟁점은 과세행정상 극히 드물게 발생하는 것으로서 이와 관련된 예규를 찾기가 어렵고 청구법인이 주장하는 1994.3.21자 예규(법인 46012-839)는 1994.12.12자 예규(법인 46012-3392) 및 1995.2.6자 예규(법인 46012-324)에 의하여 그 입장이 변경되었으므로 동 예규를 일반적으로 납세자에게 받아들여진 예규라고 인정하기는 어렵다 할 것이고 또한, 쟁점금액이 이자소득이라는 국세청예규의 회신일이 1994.3.21이고 청구법인의 1993사업년도분 법인세 과세표준 신고일은 1994.3.22로서 청구법인이 주장하는 국세청예규 시행일(1994.3.21) 이전에 이미 청구법인이 모든 회계처리를 완료하였으므로 청구법인이 동 예규를 신뢰하고 어떠한 행위를 한 사실도 인정할 수 없다 할 것이다. 따라서, 국세청예규(법인 46012-839, 1994.3.21)를 근거로 이 건 과세가 신의성실의 원칙에 위배된다는 청구주장은 이를 인정하기 어려운 것으로 판단된다.

(3) 둘째, 쟁점금액② (할인발행된 유가증권 할인이자 1996년도 417,100,000원과 1997년도 5,729,900,000원)를 고유목적사업준비금을 전액 설정할 수 있는 이자소득으로 볼 수 있는지 여부에 대하여 본다.

• 가) 쟁점금액②는 청구법인이 채권 또는 증권의 발행자 등으로부터 할인율이 표기된 채권 또는 증권을 할인매입함으로써 발생한 할인액으로 청구법인은 위에서와 같이 이를 할인차익계정에 계상하고 있고 이의 수령시 표면이자율에 할인율을 가산한 이자율로 이자소득세를 원천징수납부하였음이 처분청의 조사내용에 의하여 확인되고 이 사실에 대하여는 다툼이 없다.
• 나) 처분청은 쟁점금액이 청구법인이 기 신고한 할인차익 계정에 포함되었는지, 이자소득에 포함하였는지의 여부가 확인되지 않고 이 건 법인세 과세당시 쟁점금액을 이자소득에서 제외한 사실이 없다는 이유 등으로 쟁점금액을 이자소득이 아닌 것으로 보아 고유목적사업준비금 한도초과액을 계산하였으나,
• 다) 청구법인의 결산수익내역을 보면 실현이자수입과 할인차익 및 미수수익으로 구분계상되어 있고, 처분청은 쟁점금액을 제외한 금액 (1996년도: 351,403,082,667원, 1997년도: 477,124,687,761원)을 고유목적사업준비금 설정대상 이자소득으로 보았음이 처분청의 결정결의서상 조사내용(고유목적사업 설정대상 이자소득 명세) 등에 의하여 확인되며, 쟁점금액은 채권 또는 증권등의 발행당시 약정된 할인율로 계산된 이자상당액(예: 청구법인이 1994.8.4 표면이율 11.0%, 할인율 2%로 6,681,615,347원에 매입하여 1997.2.6 액면금액 7,000,000,000원에 만기상환받은 럭키 143회의 경우, 청구법인이 할인차익등으로 계상한 금액은 318,384,653원이고 이중 위 채권매매차익은 178,384,653원이고 할인율에 의한 할인액은 140,000,000원으로 확인되며 청구법인은 표면이자율에 의한 이자소득 2,117,500,000원과 할인율에 의한 할인액 140,000,000원에 대한 이자소득세를 원천징수 납부하였음)으로서 중도매각 또는 만기상환시 전액 원천징수 납부되었음이 확인되므로 채권 할인율에 의한 할인차익인 쟁점금액을 이자소득이 아닌 위 채권매매차익으로 보아 고유목적사업준비금 설정한도를 계산한 처분은 사실확인을 소홀히 한 부당한 처분이라 판단된다.

(4) 셋째, 청구법인이 공제사업 영위와 관련하여 지출한 사업비, ○○○복지신보 인건비, ○○○복지신보발간비를 수익사업 관련비용으로 볼 수 있는지 여부에 대하여 본다.

• 가) 청구법인은 위 사실내용과 같이 교육기관·교육행정기관 또는 교육연구기관의 교육공무원, 교원 및 사무직원 등 가입회원들이 납부한 기금을 재원으로 국·공채의 매입, 주식투자, 예금, 회원들에 대한 자금대여 등을 통한 이자수입, 배당수입, 유가증권매매차익 등의 수익사업을 영위하고 있고 그 수익을 가입회원들에게 급여로 지급하는 공제사업을 영위하고 있음이 ○○○공제회법과 정관에 의해 확인된다.
• 나) 청구법인은 청구법인이 영위하는 사업은 가입회원들이 납부한 금액을 재원으로 하여 국·공채의 매입, 주식투자, 예금, 회원들에 대한 자금대여 등에 의하여 이자수입, 배당수입 등의 사업수입을 얻고, 회원들에게 공제급여금을 지급하는 공제사업으로 이는 일반 보험사업자의 보험사업과 동일한 형태이고 ○○○신문사의 경우 주된 업무는 가입회원들의 유지와 신규가입자의 개척 등을 위하여 격주간 신문을 발간하는 것으로 이 역시 보험사업자 등을 비롯한 일반 기업들의 사보 발간 등의 업무와 다를바 없으므로 쟁점비용은 청구법인의 이자소득 등의 수입과 관련된 지출로서 수익사업과 관련된 비용으로 보아야 한다고 주장하고 있으나,
• 다) 위 사실내용과 같이 청구법인은 가입회원의 부담금과 정부보조금을 재원으로 회원에 대한 급여와 회원을 위한 복리·후생시설의 운영 등 회원의 공제를 주목적으로 하는 법인으로서, 처분청이 비영리사업부서로 본 회원업무부의 경우 신규회원 가입추진과 회원관리업무를 주된 업무로 하고 있고, 종합복지부 또한 회원가입추진과 급여금의 지급을 주된 업무로 하고 있으며, 지부 역시 회원가입추진업무와 회원에 대한 급여업무를 주로 수행하고 있어 위 부서 종업원의 주된 근로제공내용이 청구법인의 고유목적사업인 공제업무를 담당하는 비영리사업에 관련된 것이고, ○○○복지신보 또한 소속회원의 소식과 청구법인의 업무운영상황을 알려주는 무상배포신문으로서 당해부서에 근무하는 종업원에 대한 급료 등은 청구법인의 고유목적사업을 수행하기 위하여 지출된 비용이며, 청구법인과 같은 공제사업을 영위하는 비영리법인의 경우 이자소득 등에 대하여 고유목적사업준비금을 설정하여 동 금액이 고유목적사업에 지출 또는 사용된 것으로 하여 사실상 과세제외하고 있을뿐만 아니라 청구법인 스스로도 법인세 신고시 쟁점비용을 고유목적사업과 관련된 지출액으로 보아 신고한 사실 등을 종합하여 볼 때 처분청이 쟁점비용을 수익사업 관련비용으로 보지 아니하고 비영리사업비용으로 보아 지정기부금 또는 고유목적사업준비금 한도초과액을 소득금액에 가산하여 과세한 처분은 타당하다고 판단된다.
• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.