창고시설물이용권이 주주에게 부여된 경우 특정시설물이용권이 부여된 주식에 해당하며 이는 부가가치세 과세 대상임
창고시설물이용권이 주주에게 부여된 경우 특정시설물이용권이 부여된 주식에 해당하며 이는 부가가치세 과세 대상임
심판청구번호 국심1999서 0817(1999. 8. 9) 인은 ○○○시 ○○○구 ○○○동 ○○○에서 항공화물운송주선업을 영위하는 법인으로 1987.11.19 화물운송주선업자들과 공동 출자하여 창고업을 사업목적으로 주식회사 ○○○터미널(이하 "청구외법인"이라 한다)이라는 법인을 설립하고 동 법인의 주식 14,925주(이하 "쟁점주식"이라 한다)를 소유하다가 1994.4.1 쟁점주식을 청구외 ○○○기업(주)에 양도하였으며 양도가액 208,000,000원 중 주식액면가액 74,625,000원과 창고시설사용료선납액 57,146,675원을 제외한 76,228,325원을 투자유가증권처분이익으로 계상하여 법인세 4,854,025원을 신고납부 하였다. 처분청은 쟁점주식이 법인세법 시행령 제124조 의 3 제9항에 규정된 특정시설물을 배타적으로 이용할 수 있는 시설물 이용권을 부여받은 주식으로 보아 쟁점주식의 양도에 대하여 1998.10.15 청구법인에게 1995사업연도 법인세(특별부가세) 17,363,120원과 1994년 제1기분 부가가치세 24,581,820원 합계 41,944,940원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1998.11.21 심사청구를 거쳐 1999.4.13 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견
1. 청구법인은 특정시설물의 배타적인 이용권을 취득하기 위하여 쟁점주식을 취득한 것이 아니고, 1987년 당시 항공법에서 항공화물운송업자는 국제공항이 위치하고 있는 지역에 165㎡ 이상의 창고를 소유하는 것을 등록요건으로 규정하고 있어 청구외법인에 출자하였고, 이와는 별개로 1989.3.16 전체 창고시설 6,376㎡중 166.05㎡에 대한 20년간 창고사용료 75,157,500원을 선납하여 사용권을 획득하였으며 출자금액과 창고시설이용권은 사실상 별개로 구분되는 것이다. 따라서 쟁점주식은 특정시설물을 배타적으로 이용하거나 일반이용자에 비하여 유리한 조건으로 시설물이용권을 부여받은 것이 아니므로 쟁점주식의 양도에 대한 법인세(특별부과세) 부과 처분은 부당하다.
2. 주식은 화폐와 마찬가지로 부가가치창출을 위하여 투입되는 자본에 불과할 뿐 경제활동에 기여한 창출된 부가가치라 할 수 없으며, 처분청 주장대로 쟁점주식이 창고시설이용권도 함께 양도한 것이라 하더라도 청구인은 항공화물운송업을 영위한 것이지 창고시설이용권 같은 권리를 양도하는 것을 사업으로 하지 않고 단지 1회에 걸쳐 타인에게 처분한 것에 지나지 않으므로 부가가치세 과세대상이 아니다. 더욱이 쟁점주식매각대금에는 주식대금 74,625,000원 창고시설이용료 선급액 57,146,675원 및 매각이익이 포함된 바, 주식대금과 창고시설이용료는 부가가치세과세대상이 아니므로 이에 대하여 부가가치세를 부과한 것은 부당하다.
1. 쟁점주식은 청구외법인의 정관(1994.2.16 변경되기 전의 것) 제15조에 창고시설 사용권의 지분은 주주중에서 회사설립과정에 참여한 자에게 있으며, 창고시설이용권의 지분율은 주주의 소유주식 비율에 따라 결정되고, 주주의 자격상실시에는 동시에 창고시설이용권의 지분도 상실된다라고 약정한 바, 주주라 하더라도 창고시설이용권과 분리하여 양도할 수 없고 창고시설이용권과 결합해야만 양도가 가능하므로 쟁점주식은 소득세법시행령 제44조 제1항 제4호 (법인세법시행령 제124조 의 3 제9항에서 인용)에서 규정하는 특정법인의 주식 등을 소유하는 것만으로는 특정시설물을 배타적으로 이용하거나 일반이용자에 비하여 유리한 조건으로 시설물이용권을 부여받게 되는 경우의 당해주식에 해당되므로 특별부가세의 과세대상이 된다고 판단된다.
2. 쟁점주식을 단순히 주식자체로 본다면 부가가치세과세대상이 아니라고 할 수 있으나, 쟁점주식은 창고시설이용권에 해당되어 부가가치가 창출되었음이 확인되며, 청구법인은 영리를 목적으로 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자로 항공화물운송주선업을 영위하기 때문에, 이 업종과 관련하여 창고를 보유하여야 하므로 청구법인의 보유하고 있던 창고시설이용권을 양도함은 부가가치세법시행령 제3조 제3호 에 규정하는 주된 사업과 관련하여 일시적 우발적 공급에 해당하므로 부가가치세 과세대상이 된다고 판단된다. 쟁점주식매각대금 208,000,000원에 주식대금과 창고시설이용권선납액이 포함되어 있으므로 전체에 대하여 부가가치세부과는 부당하다고 주장하나 주식대금과 창고선납액이 일체를 이루어 창고시설을 배타적으로 지배할 수 있는 권리가 되었으므로 처분청이 쟁점주식 매각총액에 대하여 부가가치세를 과세함은 정당하다.
1. 쟁점주식의 양도가 유가증권인 주식만의 양도인지 아니면 특정시설물(창고시설) 이용권이 포함된 주식의 양도인지 여부와
2. 특정시설물(창고시설) 이용권이 포함된 주식으로 볼 경우에 청구법인의 창고시설 이용권 양도가 부가가치세 과세대상인지의 여부에 그 다툼이 있다.
1. 관계법령 법인세법(1994.12.22 법률 제4804호로 개정되기 전의 것) 제59조의 2 제1항에서는 "특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지, 건물, 부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분(이하 '토지 등'이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다"고 규정하고, 같은법 시행령 제124조의 3 제9항에서는 "법 제59조의 2 제1항에서 '주식 또는 출자지분'이라 함은 소득세법 시행령 제44조 의 2 제1항 제1호·제4호 및 제5호에 규정된 자산(제44조의 2 제4호의 자산의 경우에는 동호에 규정된 주식 등에 한한다)을 말한다"고 규정하고 있으며, 소득세법 시행령(1994.12.31 대통령령 제14467호로 전면 개정되기 전의 것) 제44조의 2 제1항 제4호에서는 "특정시설물의 이용권·회원권 기타 명칭여하를 불문하고 당해 시설물을 배타적으로 이용하거나 일반이용자에 비하여 유리한 조건으로 이용할 수 있도록 약정한 단체의 일원이 된 자에게 부여되는 시설물이용권(특정법인의 주식 등을 소유하는 것만으로 특정시설물을 배타적으로 이용하거나 일반이용자에 비하여 유리한 조건으로 시설물이용권을 부여받게 되는 경우 당해 주식 등을 포함한다)"고 규정하고 있다.
2. 사실관계 및 판단
① 사실관계 항공법시행규칙(1987년 당시) 제307조에서 항공운송주선업자는 국제공항이 위치하고 있는 지역에 건축법 규정에 따라 창고 165㎡이상을 보유하여야 한다는 등록기준에 따라 청구법인 등 32개사가 공동출자(자본금 22억원)하여 청구외법인을 설립하였고, 창고시설 신축자금 2,405,040,000원(회원사당 75,157,000원 납부)을 회원사인 주주들이 분담하여 창고를 신축한 후 청구법인은 칸막이 된 창구 165㎡ 이상을 임차하여 사용하였으며 위 창고시설물 6,376㎡(지하1층, 지상2층)는 청구외법인이 20년간 무상사용하는 조건으로 1989.3.16 국가에 기부채납하였는 바, 청구법인은 쟁점주식을 1994.4.1 청구외 ○○○기업(주)에 208,000,000원에 양도하였고, 청구법인은 주식취득가액 74,625,000원, 창고시설사용료선납액 57,146,675원을 차감한 76,228,325원을 주식처분이익으로 하여 법인세를 신고납부하였으나 처분청은 쟁점주식의 양도는 특정시설물을 배타적으로 이용할 수 있는 시설물 이용권을 부여받은 주식으로 보아 법인세(특별부가세) 및 부가가치세를 과세하였다. 청구외법인은 정관 제15조(주식 및 이용권의 양도제한) 제1항에서 "당 회사의 주주는 회사설립과정에 참여한 자로 제한하고 이사회 결의로 예외를 둘 수 있다"고 규정하고, 제2항에서는 "창고시설이용권의 지분은 주주중에서 회사설립과정에 참여한 자에게 있고 그 지분율은 주주의 소유주식 비율에 따라 결정되고 주주의 자격을 상실한 때에는 창고시설이용권도 상실한다"고 규정하고 있으며, 제3항에서는 "주식 및 이용권을 제3자에게 양도할 때에는 이사회 과반수의 동의를 얻어야 한다"고 규정하고 있다. 한편, 청구외법인과 청구법인 등 32개사 주주들간에 창고 신축자금 조성과 관련하여 약정한 약정서 제6조에서도 청구외법인의 주주는 설립과정에 참여한 32개사로 제한하고 창고 이용자는 주주에 한한다고 규정하고 있다. 쟁점주식의 양수도계약에 의하면 청구법인은 쟁점주식 14,925주를 1994.4.1 청구외 ○○○기업(주)에 208,000,000원에 양도하였으며, 쟁점주식 양도후 청구법인의 회계처리내역을 보면 (차변) 현금 208,000,000원, (대변) 창고시설전용권차 57,146,675원(창고시설임차료 20년 납부분 75,157,500원에서 1989∼1993년 기간 중 매년 3,757,874원을 비용처리하고 남은 잔액임), 투자유가증권 74,625,000원, 투자자산 처분수익 76,228,325원을 계상하고 있음이 확인된다.
② 판단컨대, 청구외법인의 정관 제15조(정관 제15조가 쟁점주식 양도일인 1994.4.1 이전인 1994.2.16 정관개정으로 삭제되었는 바, 이 건과 같은 과세를 회피하기 위하여 동 조항을 삭제한 것으로 판단됨) 및 청구외법인과 청구외법인의 주주들간에 작성한 약정서(제6조)의 내용에 의하면 청구법인과 같은 주주들은 위 창고시설물(6,376㎡)을 사용할 수 있는 이용권(이용권 지분율은 소유주식비율에 따라 결정)을 얻고, 쟁점주식과 창고이용권을 분리하여 양도할 수는 없으며 주주의 자격이 상실된 때에는 동시에 창고시설 이용권의 지분도 상실되며, 주식 및 창고이용권을 제3자에게 양도할 경우에는 이사회의 과반수의 동의를 얻어야 하는 것으로 되어 있어 쟁점주식을 소유하는 경우 창고시설물을 배타적으로 이용할 수 있는 권리를 가지게 됨을 알 수 있다. 청구법인이 쟁점주식을 청구외 ○○○기업(주)에 양도하면서 작성한 계약서 내용을 보면 매매대금은 208,000,000원으로 하고 주주로서 보유하고 있는 모든 권리(창고시설물 이용권 포함), 의무가 이전되는 것으로 약정되었다. 한편 쟁점주식의 위 거래가액 208,000,000원은 1주당 거래가액이 13,936원으로서 1993년말 현재의 순자산기준 1주당 평가액 809원과 비교하여 보면 현격히 높은 가액이고 청구외법인이 설립된 이후 매년 계속적인 손실발생으로 상속세법 규정에 의한 1주당 평가액이 부수(負數)로 나타나고 있는 점을 감안하여 볼 때 위 청구외 ○○○기업(주)가 양수한 쟁점주식의 가액에는 창고시설물 이용권과 관련된 가액을 포함시켜 거래한 것으로 볼 수 밖에 없다. 위와 같이 쟁점주식의 경우 창고시설물 이용권과는 불가분의 관계에 있고 청구법인과 같은 주주들만이 동 창고시설물 이용이 가능하며 쟁점주식 자체에 대한 평가액이 액면가액(5,000원)에도 훨씬 미치지 못하고 있는데도 청구외 ○○○기업(주)이 1주당 13,936원에 양수한 점으로 보면 특정시설물을 배타적으로 이용할 수 있는 권리의 가액을 포함시켜 거래한 것으로 인정되므로 처분청이 앞에서 살펴본 법인세법 관련규정에 의하여 이 건 법인세(특별부가세)를 과세한 것은 정당하다고 판단된다(국심 96서1148, 1996.11.25 같은 뜻임).
2. 심리 및 판단 쟁점주식을 단순히 주식 그 자체로 보았다면 부가가치세 과세대상이 아니라고 할 수 있으나 청구법인이 보유하고 있던 창고시설이용권의 양도는 부가가치세법 시행령 제3조 제3호 에 규정되어 있는 주된 사업과 관련하여 우발적 또는 일시적으로 공급되는 재화의 공급에 해당되고 쟁점①의 판단에서 본 바와 같이 쟁점주식에는 창고시설이용권이 포함되었다고 할 수 있고 위 창고시설이용권의 양도에 따라 부가가치가 창출되었으므로 동 권리는 부가가치세법 제1조 제2항 에 의한 부가가치세 과세대상에 해당된다. 한편 청구법인은 쟁점주식 매각대금 208,000,000원은 주식액면가 74,625,000원과 창고시설사용권선납료 57,146,675원이 포함되어 있는데 총액(208,000,000원×100/110)을 과세표준으로 하여 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있는 바, 주식대금과 창고시설사용권선납액이 일체를 이루어 창고시설을 배타적으로 사용할 수 있는 권리가 되었으므로 창고시설사용권매각대금 총액에 대하여 과세한 처분에는 잘못이 없다고 판단된다(국심 96서1148, 1996.11.25 같은 뜻임). 위 사실로 미루어 보아 처분청에서 쟁점주식 양도를 창고시설사용권의 양도로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.