쟁점미납세액에 대한 미납부가산세의 적용대상기간의 당부

심판청구번호 국심1999서 0490(1999. 8. 9) 주 문 1. ㅇㅇ세무서장은 청구법인의 1996.1.1∼1996.12.31 사업년도 분 법인세 환급금 339,446,043원에 대하여 국세기본법 제52조 제1호 및 같은법 시행령 제30조의 규정에 의한 국세환급가산 금을 결정하여 청구법인에게 지급한다.

2. 나머지 청구는 이를 기각한다.

• 가. 청구법인은 (주)○○○이 전액 출자하여 1993.12.6 설립된 회사로서 (주)○○○의 전기통신 관련 국내외 시장조사, 엔지니어링서비스, 해외투자등의 업무를 위임받아 수행하면서 미국 ○○○사로부터 1,022,519,000원, ○○○사로부터 36,413,894원 합계 금액 1,058,932,894원(이하 "쟁점금액"이라 한다)을 커미션으로 지급받고 1997.3.29 쟁점금액을 1996사업년도 소득금액 계산시 익금에 산입하여 법인세과세표준과 세액을 신고납부하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 쟁점금액의 수입시기를 1996사업년도로 하여 법인세과세표준과 세액을 신고납부한 사실에 대하여 쟁점금액의 손익귀속시기가 1995사업년도에 해당하는 것으로 보아 쟁점금액을 1996사업년도 소득금액계산시 익금불산입하고 1995사업년도의 소득금액에 익금가산한 후 1998.10.2 청구법인에게 1995사업년도 법인세 459,255,980원을 경정결정고지하면서

(1) 1995사업년도 법인세 미납세액 317,679,868원(이하 "쟁점미납세액"이라 한다)에 대한 미납부가산세는 그 적용대상기간을 법인세법시행령 제114조 제6항 제1호 의 규정에 의거 1995사업년도 법인세 자진신고납부기한일(1996.3.30)의 다음날부터 이 건 법인세 경정결정고지일(1998.10.2)까지의 기간으로 계산하여 115,358,571원으로 산정하였고

(2) 1996사업년도의 소득금액계산시 쟁점금액을 익금불산입함에 따라 발생한 환급세액 339,446,040원(이하 "쟁점환급금"이라 한다)에 대한 국세환급가산금은 국세기본법 제52조 제1항 제6호 단서규정에 의거 이 건 법인세 경정결정일(1998.10.2)로부터 30일이 경과하는 날부터 기산되는 것이라 하여 국세환급가산금을 배제한 후 1998.10.19 쟁점환급금을 청구법인의 1995사업년도의 이 건 법인세에 충당하였다.

• 다. 청구법인은 1998.11.5 심사청구를 거쳐 1999.2.22 심판청구를 하였다.

• 가. 쟁점미납세액에 대한 미납부가산세 미납부가산세는 실제 미납된 경우에 한하여 부과해야 하는 바, 처분청이 쟁점금액을 익금불산입하여 1996사업년도의 법인세를 경정함에 따라 청구법인이 1997.3.29 자진납부한 법인세에 대한 국세환급금이 발생하였으므로 쟁점미납세액에 대한 미납부가산세의 부과대상기간은 이 건 법인세 경정대상 사업년도인 1995사업년도 법인세 자진신고납부기한일로부터 1996사업년도의 법인세 자진신고납부일 전일까지의 기간을 적용하여야 한다.
• 나. 쟁점환급금에 대한 국세환급가산금 쟁점환급금에 대하여는 국세기본법 제52조 제1호 의 규정에 의하여 청구법인이 1996사업년도 법인세를 납부한 다음 날부터 충당한 날까지의 기간에 대한 국세환급가산금을 가산하여야 한다.

• 가. 쟁점미납세액에 대한 미납부가산세 법인세법 제41조 제1항 제3호 및 같은법 시행령 제113조의 3의 규정에 의하여 1995사업년도 법인세신고납부기한의 다음 날부터 이 건 고지일까지의 일수에 대하여 미납부가산세를 부과한 처분은 정당하다.
• 나. 쟁점환급금에 대한 국세환급가산금 국세기본법 제52조 제1호 에서 "경정결정"이라 함은 당초 결정된 내용과 관련하여 감액경정된 재경정을 말하는 것이고, 신고납부하는 세목의 경정결정으로 인하여 발생한 국세환급가산금의 기산일은 같은조 제6호에서 규정하고 있는 바와 같이 경정결정일로부터 30일이 경과하는 때인 바, 처분청이 청구법인의 1995사업년도 법인세를 1998.10.2 경정결정하고 그로부터 30일 이내인 1998..10.19 충당하였으므로 환급가산금을 가산하지 아니한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 이 건 심판청구의 다툼은 (1) 쟁점미납세액에 대한 미납부가산세의 적용대상기간의 당부 (2) 쟁점환급금에 대한 국세환급가산금의 기산일이 언제인지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 쟁점(1)에 대하여 본다. (1) 법인세법 제41조 (가산세) 제1항은 "정부는 제38조의 규정에 의하여 각사업년도의 소득에 대한 법인세를 징수함에 있어서 당해 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 게기하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다"고 규정하고, 그 제3호에서 "제30조 또는 제31조의 규정에 의하여 법인세를 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 그 납부하지 아니하였거나 미달하게 납부한 세액(이하 "미납부세액"이라 한다)에 대하여 금융기관의 대출이자율과 납부기한의 다음날부터 자진납부일 전일 또는 고지일까지의 기간을 참작하여 대통령령이 정하는 이자율을 적용하여 계산한 금액. 다만, 그 금액이 미납부세액의 100분의 10에 상당하는 금액에 미달하는 경우에는 미납부세액의 100분의 10에 상당하는 금액으로 한다(94.12.22 개정)"고 규정하고 있다.

(2) 청구법인은 쟁점금액을 1995사업년도에 익금산입하지는 아니하였으나 1996사업년도에 익금산입하여 1997.3.29 법인세를 신고납부하였으므로 1995사업년도 법인세에 대한 미납부가산세를 부과함에 있어서 청구법인이 쟁점금액을 익금산입하여 1996사업년도의 법인세로 납부한 금액에 대하여는 그 납부일 전일까지의 기간에 대하여만 미납부가산세를 부과하여야 한다고 주장하나, 법인세는 각 사업년도별로 과세하는 것으로서 앞 사업년도의 미납부세액과 뒤 사업년도의 초과납부세액을 곧바로 상계하여 그 차액만을 징수결정하거나 환급결정하는 것이 아니라 앞 사업년도의 미납부세액에 대하여는 법인세법 소정의 가산세를 포함하여 별도로 징수결정(고지)하고 뒤 사업년도의 초과납부세액에 대하여는 국세기본법 소정의 국세환급가산금을 가산하여 별도로 환급결정한 다음 이를 충당하는 것이므로 위 청구주장은 이유없다 할 것이다.

• 다. 쟁점(2)에 대하여 본다. (1) 국세기본법 제51조 (국세환급금의 충당과 환급) 제1항에서 "세무서장은 납세의무자가 국세·가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 과오납부한 금액이 있거나 세법에 의하여 환급하여야 할 환급세액이 있는 때에는 즉시 그 오납액·초과납부액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다"고 규정하고 있다. 같은 법 제52조(국세환급가산금)는 "세무서장은 국세환급금을 제51조의 규정에 의하여 충당 또는 지급하는 때에는 다음 각호에 게기하는 날의 다음 날부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융기관의 예금이자율등을 참작하여 대통령령이 정하는 이율에 따라 계산한 금액(이하 "국세환급가산금"이라 한다)을 국세환급금에 가산하여야 한다"고 규정하고, 그 제1호에서는 "착오납부·이중납부 또는 납부후 그 부과의 취소·경정결정으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 납부일. 다만, 그 국세환급금이 2회이상 분할납부된 것인 때에는 그 최후의 납부일로 하되, 국세환급금이 최후에 납부된 금액을 초과하는 경우에는 그 금액에 달할 때까지 납부일의 순서로 소급하여 계산한 국세환급금의 각 납부일로 한다"고 규정하고 있으며, 그 제6호에서는 "소득세법(양도소득세를 제외한다)·법인세법·부가가치세법·특별소비세법·주세법 또는 교통세법에 의한 환급세액에 있어서는 그 신고를 한 날(신고한 날이 법정신고기일전인 경우에는 당해 법정신고기일)로부터 30일이 경과하는 때. 다만, 결정 또는 경정결정으로 인하여 발생한 환급세액에 있어서는 결정 또는 경정결정일로부터 30일이 경과하는 때(94.12.22 개정)"를 규정하고 있다. 같은 법 시행령 제30조(국세환급가산금의 결정) 제1항은 세무서장은 국세환급금을 법 제51조의 규정에 의하여 충당 또는 환급하고자 할 때에는 법 제52조에 규정하는 국세환급가산금을 결정하여야 한다고 규정하고 있고, 그 제2항은 제1항의 국세환급가산금의 이율은 국세환급금 100원에 대하여 1일 3전으로 한다고 규정하고 있으며, 그 제3항은 제1항의 국세환급가산금을 계산함에 있어서 국세에 관한 법률에 의한 자진신고납부액·원천징수에 의한 납부액 또는 중간예납액은 당해 세목의 정기분 법정결정일에 납부한 것으로 본다고 규정하고 있다.

(2) 이 건은 쟁점환급금에 대한 국세환급가산금의 기산일에 대하여 처분청은 국세기본법 제52조 제6호 의 규정을 적용하여야 한다는 주장인 반면, 청구법인은 그 제1호의 규정을 적용하여야 한다는 것이므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 국세기본법상의 국세환급금은 ① 납부 또는 징수의 기초가 된 부과처분이 존재하지 않거나 당연무효임에도 납부 또는 징수된 오납액, ② 신고 또는 부과처분이 당연무효는 아니지만 그 후 취소 또는 경정됨으로써 그 전부 또는 일부가 감소된 초과납부액, ③ 적법히 납부 또는 징수되었으나 그 후 국가가 보유할 정당한 이유가 없게 되어 각 세법에서 환부하기로 정한 환급세액으로 구분할 수 있으며(대법원 91다6689, 1991.7.23, 88누6436, 1989.6.15 등), 국세기본법 제51조 에서도 이러한 개념을 사용하고 있음을 알 수 있다. (나) 국세기본법 제52조 제6호 의 규정을 보면, 그 본문은 법인세법 등에 의한 환급세액으로서 납세자가 신고한 경우의 환급세액에 관하여 규정한 것이고, 그 단서는 같은 환급세액으로서 정부가 결정 또는 경정결정한 경우의 환급세액에 관하여 규정한 것이라 할 것이므로, 그 본문에서 규정하고 있는 환급세액과 그 단서에서 규정하고 있는 환급세액은 납세자가 신고한 것인지 정부가 (경정)결정한 것인지에 따른 구별일 뿐 그 대상은 같은 것이라 할 것이다. 즉, 국세기본법 제52조 제6호 의 적용대상은 법인세의 경우 당해 사업년도의 총부담세액을 초과하는 기납부세액(중간예납세액, 원천징수세액 등), 부가가치세의 경우 당해 과세기간의 매출세액을 초과하는 매입세액 등 당초 납부시는 각 세법에 따라 마땅히 납부할 세액이었으나, 각 세법에 따라 일정 기간의 세액을 정산한 결과 발생하는 환급세액으로서 위 (가)에서 구분한 ③의 환급세액에 해당하는 것이고, 이는 원칙적으로 납세자가 각 세법에 따라 환급세액으로 신고하는 것이며, 신고를 한 경우에는 국세기본법 제52조 제6호 본문의 규정이 적용되는데, 다만, 납세자가 신고를 하지 아니하거나 잘못 신고하여 정부가 (경정)결정하는 경우에는 그 단서의 규정이 적용되는 것이라 할 것이다. (다) 한편, 국세기본법 제52조 제1호 는 착오납부·이중납부 또는 납부후 그 부과의 취소·경정결정으로 인한 국세환급금에 관하여 규정하고 있는 바, 신고납세의 경우의 신고는 부과납세의 경우의 부과처분에 상응하는 개념이며, 위 (가)에서 본 바와 같이 ②의 초과납부액은 신고 또는 부과처분이 취소 또는 경정됨으로써 그 전부 또는 일부가 감소된 세액을 말하는 것이므로, 국세기본법 제52조 제1호 에서 "… 그 부과의 취소·경정결정…"이라 함은 부과과세의 경우만을 가리키는 것으로 해석하여서는 안될 것이다(대법원 91다6689, 1991.7.23 같은 뜻임). (라) 따라서 신고납부세목이라 하여 모두 국세기본법 제52조 제6호 의 규정이 적용(국세기본법 제52조 제6호 에 열거된 세목은 신고납부세목중 증권거래세·교육세가 제외된 것으로 보아 신고납부세목중 과세기간이 있어 정산이 필요한 세목을 열거한 것으로 보임)되는 것이 아니라, 당초 납부시는 각 세법에 따라 마땅히 납부할 세액이었으나 그후 각 세법에 따라 일정기간의 세액을 정산한 결과 발생하는 환급세액(위 ③)에 대하여는 그 규정이 적용되고, 당초 납부시부터 마땅히 납부할 세액이 아님에도 납부(위 ①)하였거나 마땅히 납부하여야 할 금액을 초과하여 납부한 초과납부액(위 ②)에 대하여는 국세기본법 제52조 제1호 의 규정이 적용되는 것이라 할 것이다(국심98구0492, 99.6.22 합동회의, 같은 뜻).

(3) 쟁점환급금은 1997.3.29 청구법인이 1996사업년도 법인세 신고시 납부한 세액으로, 이는 청구법인이 납부시 마땅히 납부할 것이 아니었는데 납부한 초과납부액(위 ②에 해당)에 해당되므로, 이에 대하여는 국세기본법 제52조 제1호 의 규정이 적용된다 할 것임에도 처분청이 이에 대하여 국세기본법 제52조 제6호 단서의 규정을 적용하여 이 건 법인세 경정결정일로부터 30일이 경과하는 날을 환급가산금의 기산일로 보아 경정결정일부터 30일 이내인 1998.10.19 환급결정을 하면서 국세환급가산금을 결정하지 아니한 당초 처분은 관련법령을 오해한 잘못이 있는 반면에 1996사업년도 법인세의 자진신고납부일인 1997.3.29을 쟁점환급금에 대한 환급가산금의 기산일로 보아야 한다는 청구주장은 타당한 것으로 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.