감면신청기한이 경과한 이후의 세액감면신청의 각하 결정처분의 당부

심판청구번호 국심1999서 0369(1999. 4.28) 주 문 심판청구를 기각합니다.

청구인은 ○○시 ○○구 ○○○동 ○○○외 3필지 1,553㎡(이하 "쟁점토지"라 한다)를 '86.4.28. 취득하여 '95.5.2. 청구외 ○○○주택조합(이하 "쟁점주택조합"이라 한다)에 양도하고, '95.7.31. 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하고 장기보유특별공제를 양도차익의 30%로 계산하여 양도소득세 149,755,000원을 신고·납부하였으나 처분청에서는 '96.3.31. 장기보유특별공제를 양도차익의 10%로 계산하여 청구인에게 '95년도 귀속 양도소득세 61,439,350원을 추가로 결정 고지하였다. 청구인은 그 후 주택조합도 등록된 주택건설사업자에 해당된다는 대법원 판결을 근거로 '98.11.30. 관할세무서장에게 양도소득세 감면신청 및 경정청구(95,925,610원)를 하였는 바, 이에 대하여 처분청은 '98.12.1. 청구인의 경정청구는 기한이 경과하였다는 이유로 각하 결정을 하였다. 청구인은 이에 불복하여 '98.12.10. 심사청구를 거쳐 '99.2.2. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구주장 쟁점토지를 양도한 당시에는 주택조합에 양도한 국민주택건설용지는 감면대상이 아니라는 이유로 감면신청서를 접수시키지 못하였으나, 이후 양도소득세 감면을 받을 수 있다는 대법원의 판례(95누9419,'95.11.28.등)의 결정이 있었는 바, 확정판결의 내용이 세법의 해석과 적용에 관한 것일 경우 이러한 확정판결은 세법해석의 기준이 되고, 과세당국은 이에 따라야 하는 것이므로, 이러한 판례는 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 의 규정에 해당하는 "후발적 사유"(세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 확정된 때)로 보아야 할 것이고, 특히 청구인의 경우는 '98.10.1. 에서야 다른 양도인으로부터 위 대법원 판례의 내용을 듣고 감면신청을 하게 된 것이므로 조세감면규제법시행령 제63조 제9항에서 규정하고 있는 감면신청기한이 경과되었지만 감면신청을 요건으로 하는 양도소득세의 감면배제결정에 대하여 후발적사유의 발생을 원인으로 경정청구를 하는 경우 국세기본법 제45조의2 제2항 에서 규정하고 있는 경정청구기한(후발적사유 발생일로부터 2월)까지 연장되어야 할 것이다.
• 나. 국세청장 의견 국세기본법 제45조 의 2 규정의 경정청구는 법정신고기한 경과후 1년 이내에 하여야 하는 것으로 청구인은 쟁점토지를 '95.5.2. 양도하고 '95.7.31. 양도소득세를 신고·납부하여 경정청구기한은 '97.5.31. 임에도 경정청구 기한이 경과한 '98.11.30. 경정청구하였으므로 이는 적법한 청구가 아니라 할 것이다.

• 가. 쟁 점 국민주택건설용지에 대한 감면규정을 적용함에 있어 감면신청기한이 경과한 이후의 세액감면신청에 대하여 각하 결정을 한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 조세감면규제법('94.12.31.개정된 것) 제66조【국민주택건설용지 등에 대한 양도소득세 등의 감면】제1항에서 『내국인이 다음 각호의 1에 해당하는 건설용지로 토지(대통령령이 정하는 토지를 제외한다)를 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 30(양도일부터 소급하여 5년 이전에 취득한 토지를 양도하는 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자(이하 이 조에서 "주택건설등록업자"라 한다)가 건설하는 대통령령이 정하는 규모 이하의 주택(이하 "국민주택"이라 한다)의 건설용지 2.∼3. 생략』라고 규정하고 있고, 같은조 제4항에서는 대통령령이 정하는 바에 따라 주택건설등록업자 등이 감면신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다라고 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제63조 제9항에서는 법 제66조 제4항의 규정에 의하여 감면신청을 하고자 하는 주택건설등록사업자 등은 당해 토지를 양도한 날이 속하는 과세표준신고기한내에 세액감면신청서에 양도자의 주소지소관세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 그 기한 내에 세액감면신청서 등을 제출하지 못한 경우에는 과세표준신고기한으로부터 1년이 되는 날 또는 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 세액감면신청서를 주소지 관할세무서장에게 제출하도록 규정하고 있다. 한편, 국세기본법('94.12.22. 개정된 것) 제45조의 2【경정 등의 청구】제1항에서 『과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과 후 1년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때』라고 규정하고 있고, 같은 법 같은 조 제2항에서는 『과세표준신고서를 법정신고기간 내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 날부터 2월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때 (이하 생략)』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점토지를 쟁점주택조합에 '95.5.2. 양도하고 '95.7.31. 자산양도차익예정신고와 함께 양도소득세 149,755,000원을 납부하였으나, 처분청은 '95.3.31. 장기보유특별공제를 잘못 적용한데 대한 '95년도 귀속 양도소득세 61,439,350원을 추가 결정 고지하였고 쟁점주택조합은 조세감면규제법 제66조 제4항에 규정하는 기한인 '97.5.31.까지 세액감면신청을 하지 아니하고 '98.11.30. 세액감면신청 및 경정청구를 한 사실이 관련서류에 의하여 확인된다.

(2) 청구인은 쟁점토지를 양도하고 자산양도차익예정신고를 할 당시까지는 주택조합을 주택건설등록업자로 보지 아니한다는 이유로 감면신청을 하지 아니하였으나, 그 후 대법원 판결에 의하여 주택조합도 주택건설등록업자로 보아 주택조합에 양도한 경우에도 감면이 가능한 것으로 되었는 바, 행정처분의 취소를 내용으로 하는 행정소송에 있어 확정판결의 효력은 소송당사자 뿐만아니라 그 소송에 참가하지 아니한 제3자에게까지 효력이 미치는 것이므로(제3자효), 이후 당해 확정판결로 인하여 취소된 부과 처분과 내용이 같은 모든 부과처분은 위법한 처분이 되는 것이고, 특히 확정판결의 내용이 세법의 해석과 적용에 관한 것일 경우 이러한 확정판결은 세법해석의 기준이 되고, 과세당국은 이에 따라야 하는 것이라고 주장하고 있지만 행정소송법 제29조 제1항 에서 규정하고 있는 '제3자효(第3者效)'란 행정소송에서의 취소판결의 효력이 그 소송 당사자들 뿐만아니라 소송당사자들과 제3자와의 관계에 있어서도 그 효력이 달라지는 것을 막음으로써 그 법률관계를 획일적·통일적으로 규율하려는데 그 취지가 있는 것이지 당해 소송과 관련이 없는 자들에게까지 취소판결의 효력이 미치는 것은 아니므로 이와 관련한 청구주장은 이유 없다고 판단된다. 또한, 주택조합과 관련된 대법원 판례(95누 9419, '95.11.28.외 다수)는 종전에 주택건설사업자로 보지 아니한 주택조합을 등록된 주택건설사업자와 동일한 지위를 갖는다는 취지로 해석한 것이며, 주택조합에 양도할 경우에는 조세감면규제법 제66조에서 규정한 감면요건을 준수하지 아니하여도 감면된다는 의미는 아니라 할 것이고, 쟁점토지가 전시 조세감면규제법에 규정한 감면대상의 토지가 되려면 토지를 매입한 주택조합이 과세표준신고기한으로부터 1년이 되는 날 또는 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 세액감면신청을 하여야 하나, 쟁점주택조합은 '95.5.2. 쟁점토지를 매입하고 적법한 감면신청기한이 지난 '98.11.30.에 세액감면신청을 하였으므로 적법한 감면신청이 있었다고 볼 수 없다.

(3) 한편, 청구인은 위 대법원의 확정판결이 국세기본법 제45조 의 2 제2항 제1호에서 규정하는 경정청구기한을 2개월 연장하는 "후발적 사유"에 해당한다고 주장하고 있으나, 이 조항은 당해 납세자가 소송의 당사자인 경우 그 소송의 결과에 따라 과세표준 및 세액의 근거가 된 거래 또는 행위가 다른 것으로 확정되는 경우 최종 판결이 경정청구기한이 도과한 후 내려질 때 당해 납세자를 구제하려는 취지에서 만들어진 것으로 해석되는 바, 이건의 경우와 같이 청구인이 소송의 당사자로 참여하지 아니한 소송의 결과가 청구인에게까지 그 경정청구기한을 연장시키는 후발적 사유에 해당한다고 볼 수 없으므로 청구인은 관련 법 규정의 취지를 잘못 해석한 것으로 판단된다.

(4) 살펴보건데, 국민주택건설용지 양도에 대한 양도소득세의 면제를 받기 위하여는 반드시 그 매입자가 소정기한내에 면제신청을 하여야 하고 위 기한내에 면제신청을 하지 아니한 경우에는 양도소득세를 면제받을 수 없다 할 것인바(같은 뜻: 97서2212,'97.12.6. 외), 청구인이 쟁점토지의 양도에 대하여 소정 기한내에 감면신청 및 경정청구를 하지 아니하였으므로 처분청이 청구인의 경정청구를 받아들이지 않은 것은 잘못이 없다고 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.