부동산 전체를 양도한 것인지, 아니면 토지만을 양도한 것인지 여부

심판청구번호 국심1999서 0295(2000. 1.21) 주 문 심판청구를 기각합니다.

청구인은 경기도 ㅇㅇ시 ○○○동 ○○○ 대 259.9㎡를 1987.10.15(잔금지급일) 청구외 ○○○로부터 취득하여 1996.12.11 그 지상에 3층건물(근린생활시설 및 단독주택) 454.95㎡(이하 토지와 건물은 "쟁점부동산"이라 하며 부수토지만은 "쟁점토지"라 한다)를 신축하고 1997.3.22 소유권보존등기를 하였다가 1997.6.20 쟁점부동산을 청구외 ○○○에게 양도하고 1997.6.28 양도가액(220,000,000원)과 취득가액(153,926,248원)을 실지거래가액으로 하여 자산양도차익 예정 신고하였다. 처분청은 청구인이 쟁점토지만을 85,000,000원에 취득하여, 218,000,000원에 양도한 것으로 보아 실거래가액에 의한 양도차익을 산정하여 1998.9.7 청구인에게 1997년 귀속 양도소득세 32,641,140원을 결정 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1998.11.3 심사청구를 거쳐 1999.1.29 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구주장 청구인은 쟁점토지를 취득하여 건물을 신축하고 쟁점부동산을 양도한 후 양도소득세를 실지거래가액으로 정당하게 신고하였는 데도 처분청은 매수인이 청구인으로부터 쟁점부동산을 취득한 것이 아니고 쟁점토지만을 218,000,000원에 취득하여 매수인 자신이 건물을 신축하였다는 일방적인 진술만을 믿고 청구인이 쟁점토지만을 218,000,000원에 양도한 것으로 보아 이 건 양도소득세를 부과한 것은 부당하다. 청구인이 쟁점토지만을 양도하였다고 보아 과세하는 경우에도, 청구인은 쟁점토지를 취득하여 건물을 신축하였다가 멸실 하였으므로 멸실된 구 건물가액을 쟁점토지의 취득가액으로 인정하여야 한다. 또한 쟁점부동산의 양도가액에 대하여 매도인과 매수인의 주장이 서로 달라 실지거래가액이 확인되지 아니하는 경우에 해당하므로 기준시가에 의하여 이 건 경정결정하여야 한다.
• 나. 국세청장 의견 처분청은 매수인인 청구외 ○○○이 청구인으로부터 1997.3.30 쟁점토지만을 218,000,000천원에 취득한 후 쟁점건물을 신축하였음을 확인하였고, 처분청이 청구외 ○○○로부터 수취한 부동산매매계약서에 의하면 청구인은 청구외 ○○○과 1996.7.5 토지를 218,000,000원에 매매하기로 계약하였으며, 동 매매계약서와 별도로 작성한 각서 제4항에서 "건축물 양도분에 해당하는 세금은 ○○○이 납부하고, 토지 양도분에 해당하는 세금은 ○○○가 납부한다"라고 기재되었음이 토지매매계약서, 각서, 영수증 등에 의하여 확인된다. 또한 쟁점부동산에는 소유권이전등기일 이전인 1997.4.3 청구외 ○○○을 채무자로 하여 청구외 ○○○생명보험주식회사가 근저당권을 설정한 사실이 등기부등본에 의하여 확인되는 점등으로 보아 등기부만으로는 청구인이 쟁점부동산을 청구외 ○○○에게 양도한 것으로 표시되어 있으나 실지로는 쟁점토지만을 양도하였다고 보여진다. 따라서 청구인이 쟁점토지만을 청구외 ○○○에게 양도한 것으로 보아 실지거래가액으로 과세한 처분청의 당초 처분은 달리 잘못이 없다 할 것이다.

• 가. 쟁점 청구인이 쟁점부동산을 양도한 것인지, 아니면 쟁점토지만을 양도한 것인지 여부와 쟁점토지상의 구건물의 취득가액을 쟁점토지의 필요경비로 산입할 수 있는지 여부 및 실지거래가액으로 과세한 처분의 당부는 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 소득세법(1997.12.31 법률 제5493호로 개정되기 전의 것) 제96조 제1호 및 제97조 제1항 제1호 (가)목에서 토지, 건물의 양도가액과 취득가액은 당해 자산의 양도 및 취득당시의 기준시가의 금액으로 하고, 다만 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의한다고 규정하고, 같은 법 시행령 제166조 제1항 및 같은 법 시행령 제166조 제4항 제3호에서 실지거래가액에 의하는 경우를 양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우 등을 규정하고 있으며 제5항 제2호에서 양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우에도 신고한 실지거래가액이 거래증빙 등에 의하여 확인되지 아니하는 경우에는 실지거래가액의 적용대상에서 제외할 수 있다고 규정하고 있다. 한편 같은 법 제97조 제1항에서 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비를 취득가액, 일정한 설비비와 개량비 및 자본적 지출액 등으로 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 처분청은 청구인이 쟁점토지만을 양도한 것으로 보아 실지거래가액으로 양도소득세를 과세하였는 바, 청구인은 쟁점부동산을 양도한 것이고 설령 쟁점토지만 양도한 것으로 본다 하더라도 구건물의 취득가액을 쟁점토지의 필요경비로 취득가액에 산입되어야 하며 이 건의 경우 실거래가액이 확인되지 아니하므로 기준시가에 의해 과세하여야 한다고 주장하고 있어 이에 대해 본다.

(1) 쟁점토지는 청구외 ○○○가 1987.9.30 한국수자원공사와 분양계약(잔금청산일은 1990.12.28임)을 체결하였다가 1987.11.26 청구인 명의로 명의가 변경된 후 1991.1.24 청구인 명의로 소유권이전등기되었고, 1996.12.11 쟁점토지상에 3층건물 454.95㎡(근린생활시설 및 주택)이 준공되어 1997.3.22 청구인 명의로 소유권보존등기되었다가 1997.6.20 쟁점부동산이 청구외 ○○○에게 양도되었다. 쟁점부동산에 대한 소유권이 이전되기 전인 1997.4.3 매수인인 청구외 ○○○을 채무자로 하고 채권최고액을 91,000,000원으로 하여 ○○○생명보험주식회사가 쟁점부동산에 근저당권을 설정한 사실이 관련 등기부등본 및 건축물관리대장과 쟁점토지의 분양명의변경확인서에 의하여 확인된다.

(2) 처분청이 제시한 쟁점토지 취득당시 매매계약서를 보면, 매도인은 청구외 ○○○로 되어 있으며, 매매대금은 85,000,000원이고 계약금 10,000,000원은 계약시에 지불하고 잔금 70,000,000원은 1987.10.15 지불하며, 산업기지개발공사 계약금 15,000,000원과 건축비 10,000,000원 상태에서 계약을 체결한다고 특약하고 1987.9.23 매매계약을체결한 것으로 되어 있으며 처분청은 위 매매계약서상의 매매대금 85,000,000원을 쟁점토지의 실지거래가액으로 인정하였음을 알 수 있다.

(3) 처분청이 수집한 쟁점토지 양도당시 매매계약서를 보면, 청구인은 쟁점토지만을 청구외 ○○○에게 매매대금을 218,000,000원으로 하고 계약금 20,000,000원은 계약당일에 지급하고 중도금 98,000,000원은 1996.12.31 지불하고 잔금 100,000,000원은 1997.3.30 지급하는 것으로 1996.7.5 계약을 체결하였으며, 계약서에 첨부된 청구인의 각서에는 청구인은 계약과 동시에 매수인 ○○○에게 쟁점토지의 사용을 허락하고 청구외 ○○○이 쟁점토지상에 건축공사에 필요한 제반서류를 갖추어 주도록 되어 있으며 건물 양도분에 해당하는 세금은 청구외 ○○○이 납부하고 쟁점토지의 양도에 따른 세금은 청구인이 납부한다고 약정한 사실이 나타난다.

(4) 청구인이 쟁점토지상에 건물이 있었다가 멸실되었다는 거증으로 제시한 건축물대장을 보면, 청구인이 쟁점토지를 취득한 이후인 1988.12.19 조적조 평지붕주택 79.92㎡가 준공되었고 그 중 38.85㎡가 1992.5.12 근린생활시설로 용도변경되었다가 1996.9.2 건물전체가 말소된 것으로 나타나고 있는 바, 이 건물의 취득당시(1988.12.19) 기준시가(지방세법에 의한 시가표준액)는 6,140,00원으로 평가된다.

(5) 먼저 청구인이 쟁점토지만을 양도한 것이 아니고 쟁점부동산 전체를 양도하였다는 주장에 대하여 보면, 위 사실관계에 나탄나 바와 같이 청구인이 쟁점토지를 청구외 ○○○에게 218,000,000원에 양도하기로 계약하면서 계약체결 후 양수인이 쟁점토지상에 건축할 수 있도록 토지사용을 승인하고 건축에 필요한 제반서류를 갖추어 준다고 하였고, 건물의 양도에 따른 세금은 매수자인 청구외 ○○○이 납부하기로 약정한 사실과 쟁점부동산에 대한 소유권이 이전 되기전에 매수자인 청구외 ○○○을 채무자로 하여 쟁점부동산에 근저당권이 설정된 사실을 종합해 보면, 청구인은 쟁점토지만을 청구외 ○○○에게 218,000,000원에 양도하였고 청구외 ○○○이 청구인의 명의를 빌려 쟁점토지상에 건물을 신축한 것으로 보인다.

(6) 다음으로 쟁점토지의 취득가액에 대하여 보면, 처분청은 쟁점토지의 취득계약서상의 매매대금 85,000,000원 전액을 쟁점토지의 취득가액으로 보았으나 위 (2)에서 살펴본 바와 같이 쟁점토지의 취득시 매매계약서상 건축비 10,000,000원 상태에서 계약을 체결한다고 되어 있고 또한 (4)에서 본 바와 같이 청구인이 건물을 건축하였다가 멸실한 것이 확인되고 있는 점에 비추어 쟁점토지의 실제취득가액은 계약서상 매매대금 85,000,000원에서 건축비 10,000,000원을 제외한 75,000,000원이라고 판단된다.

(7) 또한 청구인이 쟁점토지상에 있었던 구 건물가액을 쟁점토지의 취득가액에 산입해야 한다는 주장에 대하여 보면, 위 (4)에서 살펴본 바와 같이 청구인은 쟁점토지를 취득한 후 쟁점토지상에 1988.12.19 주택 79.92㎡를 건축하였다가 1996.9.2 말소한 사실이 확인되는 바, 토지와 그 지상건물을 함께 취득하였다가 토지만을 이용하기 위하여 건물을 철거하고 나대지 상태로 토지만을 양도하는 경우는 철거된 건물의 취득가액과 철거비용등을 토지의 취득가액에 포함하여 양도자산의 필요경비를 계산할 수 있는 것(대법 89누53, 1990.1.25 국심 80서 816 1980.12.29 같은 뜻)이므로 청구인이 나대지 상태로 양도하기 위하여 멸실한 구건물가액은 필요경비로 쟁점토지의 취득가액에 포함 할 수 있다 할 것이다. 이 건에 있어서 구건물의 취득가액에 대하여 청구인은 68,926,248원이라고 주장하고 있으나 그 금액이 증빙등에 의하여 확인되지 아니하므로 이러한 경우에는 적어도 취득당시의 구건물의 기준시가(지방세법에 의한 시가표준액)를 자본적지출로서 필요경비로 인정하는 것이 타당하다고 판단된다.

(8) 위 사실관계를 종합해 보면, 청구인은 쟁점토지상에 있었던 구 건물을 멸실하고 쟁점토지만을 청구외 ○○○에게 양도하였으며 청구인이 쟁점토지를 75,000,000원에 취득하여 218,000,000원에 양도한 사실이 거래증빙에 의하여 확인되다 할 것이므로 실지거래가액에 의하여 과세되어야 할 것이고, 멸실된 구건물의 취득당시 기준시가를 쟁점토지의 양도가액 및 공제할 필요경비로 인정하여야 할 것이나 멸실된 구건물의 기준시가가 6,140,000원(1988.12.10기준)으로 이를 토지취득가액인 75,000,000원에 포함하여도 처분청이 인정한 쟁점토지의 취득가액인 85,000,000원보다 작아 청구인에게 불리하게 되므로 불이익변경금지원칙에 의하여 처분청의 처분을 유지하는 것이 타당하다고 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.