사업자등록 전 매입세액으로 보아 매입세액불공제한 처분의 당부

심판청구번호 제1999서 0284(1999. 8.18) 주 문 ㅇㅇ세무서장이 1998.9.11 청구인에게 한 97년 제1기분 부가 가치세 38,904,310원 및 97년 제2기분 부가가치세 14,119,830원의 부과처분은 각각 매출처별 세금계산서 미제출가산세를 제외하여 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각합니다.

청구인은 1996.7.22 처분청에 사업자등록을 신청하여 1996.7.31 부가가치세 면세사업자용 사업자등록증을 교부받은 후 서울특별시 ㅇㅇ구 ○○○동 ○○○외 2필지(대지 436.49㎡) 지상에 국민주택규모를 초과하는 연립주택 10세대를 신축하여 그 중 8세대를 1997.3월∼1997.12월 사이에 분양하고 이에 대한 부가가치세를 신고하지 아니하였다. 처분청은 청구인이 영위한 사업이 부가가치세 과세사업에 해당한다는 이유로 1997년 제1기 건물분 공급가액 324,202,629원, 1997년 제2기 건물분 공급가액 117,665,291원을 각각의 과세표준으로 하여 산출한 세액에 매출처별 세금계산서합계표 미제출가산세 및 신고납부불성실가산세를 가산하여 1998.9.11 청구인에게 1997년 제1기분 부가가치세 38,904,310원 및 1997년 제2기분 부가가치세 14,119,830원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1998.9.28 심사청구를 거쳐 1999.1.16 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장 청구인이 신축·분양할 연립주택에 대한 건축허가신청서 및 허가서와 세대별 면적(국민주택 규모 이상)표를 첨부하여 사업자등록을 신청한 데 대하여 처분청은 부가가치세 면세사업자용 사업자등록증을 적법한 절차에 따라 발급해 주었고, 이에 따라 청구인은 96년 및 97년도에 면세사업자로 정당하게 수입금액을 신고하였는 바, 이는 과세사업자로 미등록한 귀책사유가 처분청에 있으므로 매출세액에 대응하는 매입세액 20,112,991원(이하 "쟁점매입세액"이라 한다)은 공제하여야 하고, 매출처별 세금계산서합계표 미제출가산세 및 신고납부불성실가산세는 취소하여야 한다.
• 나. 국세청장 의견 청구인은 면세사업자 등록번호로 매입세금계산서를 교부받았고, 부가가치세 신고시 이를 제출하지 않았으므로 이는 사실과 다른 세금계산서에 해당되어 쟁점매입세액은 매출세액에서 공제받을 수 없는 것이며, 또한 국민주택규모를 초과하는 연립주택을 신축·분양하고 부가가치세를 무신고하였을 뿐만 아니라 매출처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하였으므로 매출처별 세금계산서합계표 미제출가산세 및 신고납부불성실가산세를 가산하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점매입세액을 매출세액에서 불공제하는 한편, 매출처별 세금계산서합계표 미제출가산세 및 신고납부불성실가산세를 가산하여 과세한 처분의 당부에 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제5조 제1항 『신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일전이라도 등록할 수 있다』고 규정하고 있고, 같은 법 제17조 제1항에는『사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액』이라고 규정하고 있으며, 같은 조 제2항 제5호에는『제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다』고 규정하고 있다. 한편, 부가가치세법 제22조 제1항 에는『사업자가 제5조 제1항에 규정하는 기한내에 등록을 신청하지 아니한 경우에는 사업개시일부터 등록을 신청한 날이 속하는 예정신고기간(예정신고기간이 경과한 경우에는 당해 과세기간)까지의 공급가액에 대하여 개인에 있어서는 100분의 1, 법인에 있어서는 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다』고 규정하고 있고, 같은 조 제3항 제1호에는『사업자가 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매출처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 때에는 공급가액에 대하여 개인에 있어서는 100분의 1, 법인에 있어서는 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다』고 규정하고 있고, 같은 조 제5항 제1호에는『사업자가 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니한 경우에는 그 신고하지 아니한 납부세액의 100분 10에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다』고 규정하고 있으며, 같은 조 제7항에는『제1항의 규정이 적용되는 부분에 대하여는 제2항 또는 제3항의 규정을 적용하지 아니하고, 제3항의 규정이 적용되는 부분에 대하여는 제2항의 규정을 적용하지 아니한다』고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 청구인외 2인은 1996.7.22 신축·분양할 연립주택에 대한 건축허가신청서와 세대별 면적표(1세대당 전용면적 90.74㎡∼107.30㎡)를 첨부하여 사업자등록신청서(개업년월일: 1996.7.22)를 처분청에 제출하였고, 처분청은 이에 대하여 1996.7.31 면세사업자용 사업자등록증(○○○)을 교부하였음이 사업자등록신청서 및 사업자등록증에 의하여 확인된다. 청구인외 2인은 서울특별시 ㅇㅇ구 ○○○동 ○○○외 2필지 대지 436.49㎡ 지상에 국민주택규모를 초과하는 연립주택 10세대(지하1층∼지상4층 연면적 1,032.78㎡)를 신축한 후 1997년 1기중에 6세대를 616,000,000원에 분양하고, 1997년 2기중에 2세대를 228,000,000원에 분양한 사실과 위 사업이 부가가치세 과세사업에 해당하며, 처분청이 건물분 공급가액을 산정하고 이를 과세표준으로 하여 과세한 처분에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없으나, 위 주택신축과 관련 건축자재를 매입하고 면세사업자등록번호로 교부받은 세금계산서의 매입세액 즉, 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한 처분에 대하여는 다툼이 있으므로 이에 대하여 살펴본다. 청구인은 처분청으로부터 면세사업자로 사업자등록증을 교부받은 후 위 주택분양사업에 대하여 면세사업으로 정당하게 신고하였으므로 주택신축과 관련된 쟁점매입세액을 불공제한 처분은 신의성실의 원칙에 위배되어 부당하다고 주장하나, 사업자등록증의 교부행위는 사업행위의 등록사실을 증명하는 증서를 교부한 것에 불과하므로 청구인에게 면세사업자등록이 교부되었다 하여 그것이 곧 청구인이 영위하는 부가가치세 과세사업 등 모든 사업에 대하여 부가가치세를 면제하겠다는 견해를 표명한 것이라 할 수 없고, 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 청구인은 세무대리인의 도움을 받아 기장신고하는 사업자로서 처분청이 1998.9.11 이 건 부가가치세를 경정할 때까지 당초 교부받은 면세사업자등록증을 과세사업자등록증으로 정정 교부받을 충분한 시간적 여부가 있었음에도 아무런 조치를 취하지 아니한 점등을 종합하여 볼 때, 쟁점매입세액을 불공제한 처분이 신의성실의 원칙에 위배된다는 청구주장은 받아들이기 어려운 반면, 이 건의 경우와 같이 면세사업자등록번호로 교부받은 세금계산서의 매입세액은 부가가치세법 시행령 제17조 제2항 제5호 에서 규정한 등록전 매입세액에 해당되므로 처분청이 쟁점세액을 매출세액에서 공제하지 아니하고 과세한 처분에 잘못이 없다고 판단된다. 다음, 매출처별 세금계산서 미제출가산세 4,418,678원(1997년 1기분 3,246,026원, 1997년 2기분 1,176,652원)과 신고·납부불성실가산세 4,418,678원(1997년 1기분 3,246,026원, 1997년 2기분 1,176,652원)을 가산하여 과세한 처분의 당부에 대하여 살펴본다. 면세사업자로 등록한 사업자가 과세사업자등록을 하지 아니하고 부가가치세 과세사업을 영위하는 경우에는 미등록가산세를 적용하는 것이고, 부가가치세법 제22조 제7항 의 규정에 의하면, 미등록가산세가 적용되는 부분에 대하여는 매출처별 세금계산서합계표 미제출가산세 등을 적용하지 아니하는 것이므로 처분청이 면세사업자로 등록된 이 건에 대하여 미등록가산세를 적용하지 아니하고 매출처별 세금계산서합계표 미제출가산세를 적용하여 과세한 처분은 부당하다 할 것이다. 한편, 청구인은 사업자등록신청서에 세대별 면적표(1세대당 전용면적 90.74㎡∼107.30㎡)를 첨부하여 사업자등록을 신청하였음에도 처분청이 이를 간과하고 면세사업자로 등록하였는 바, 이는 청구인이 사업개시일로부터 20일 이내에 사업자등록신청을 하지 아니한 경우가 아니므로 청구인에게 미등록의 책임까지 물어 미등록가산세를 부과하는 것은 타당하지 아니한 것으로 판단된다(국심 97서 745, 1997.9.12외 다수 같은 뜻). 그러나, 청구인은 이 건 부가가치세를 신고·납부한 사실이 없으므로 처분청이 신고·납부불성실가산세를 가산하여 과세한 처분에 잘못이 없다고 판단된다.
• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.