토지개발용역대가를 토지조성 등을 위한 자본적지출로 보는지 여부

심판청구번호 국심1999서 0137(1999. 9.30) 주 문 ○○○세무서장이 1998.6.23 청구법인에게 결정고지한 1993년제 1기∼1998년제1기(예정) 부가가치세 809,811,560원을 부과한 처분은 청구법인과 신탁계약이 체결되지 아니한 토지분 (69,950㎡)과 관련하여 지급된 공급대가에 대한 매입세액을 각 과세기간별로 청구법인의 매출세액에서 공제하여 납부세 액(또는 환급세액)을 경정한다.

청구법인은 ○○○시 ○○○구 ○○○동 ○○○ ○○○빌딩 ○○○에 본점을 두고 온천수개발 및 관광단지조성업을 영위하는 법인으로서 ○○○도 ○○○군 ○○○면 ○○○리 일원에 ○○○온천관광지 개발사업을 개시하면서 토지소유자들과 신탁계약 혹은 개발에 관한 약정을 체결하고 청구법인이 시공자가 되어 청구외 ○○○건설(주) 등 11개의 건설회사들에게 토목·건설공사를 도급주어 1993년 제2기∼1997년 제2기 과세기간 중에 수급자인 청구외 ○○○건설(주) 등에게 토목·건설공사비를 지급하면서 거래징수 당한 부가가치세 732,869,584원 중 청구법인 소유토지에 대한 관련매입세액 176,076,433원을 불공제하고 신탁체결토지분과 신탁을 체결하지 아니한 토지분에 관련된 부가가치세 매입세액 556,793,151원을 매출세액에서 공제하여 각 과세기간별로 부가가치세 신고를 하였다. 이에 대하여 처분청은 청구법인이 1993년 제2기∼1997년 제2기 과세기간 중에 위 토지관련매입세액 556,793,151원을 매출세액에서 부당하게 공제하였으며 1997년 제2기 및 1998년 제1기 중 공급한 상가의 분양가액 3,487,967,538원은 토지와 건물의 가액이 불분명하다하여 지방세법에 의한 시가표준액으로 부가가치세 과세표준액을 안분계산하여 1998.6.23 청구법인에게 1993년 제2기∼1998년 제1기(예정) 부가가치세 합계 809,786,990원(93년2기 13,722,630원, 94년1기 6,142,310원, 95년1기 134,075,920원, 95년2기 9,134,540원, 96년1기 159,684,580원, 96년2기 64,678,520원, 97년1기 111,423,000원, 97년2기 248,968,060원, 98년1기 61,957,430원)을 결정고지하였다가 청구법인과 토지소유자간에 신탁계약이 체결된 토지에 귀속되는 매입세액을 청구법인의 매출세액에서 공제하라는 국세청장의 심사결정에 의하여 1993년 제2기∼1997년 제2기 과세기간 중 부가가치세를 합계 286,119,670원(93년2기 5,837,610원, 94년1기 △15,058,250원, 95년1기 53,229,130원, 95년2기 5,049,720원, 96년1기 53,005,720원, 96년2기 27,514,240원, 97년1기 15,242,430원, 97년2기 141,299,070원)으로 경정결정하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1998.8.22 심사청구를 거쳐 1999.1.6 이 건 심판청구를 하였다.

• 가. 청구주장 청구법인은 타인토지를 온천관광부지로 조성하는 개발용역을 제공하고 그 대가로 관광부지개발이 완료된 후 토지소유자들로부터 일정비율의 토지를 수취하는 것을 주업으로 하는 사업자이며 타인토지 중 일정면적은 신탁법에 근거한 개발신탁약정을 체결하고 개발비에 소요되는 비용을 충당하기 위하여 동 토지에 대한 담보권, 처분권(토지소유자에게 환지할 면적은 제외)을 인정받았으며, 신탁법에 근거하지 아니하고 일반사법에 따라 당사자간 개발약정을 체결한 이 건 토지에 대하여는 형식과 명칭만 달리할 뿐 그 약정내용을 개발신탁약정과 같거나 유사하게 체결하여 담보권, 처분권을 인정받고 있으므로 신탁법에 근거한 개발신탁약정이나 신탁법에 근거하지 아니하고 일반사법에 따라 체결된 개발약정은 타인 토지를 온천관광부지로 개발조성하여 주고 그 대가로 일정비율의 토지로 수취하는 점에서 그 본질은 같다. 청구법인은 위와 같이 순수한 개발용역을 제공하고 이에 따라 새로운 부가가치를 창출하기 위하여 사용되었거나 사용될 재화나 용역을 공급받고 거래징수당한 매입세액은 부가가치세법 제17조 제1항 의 자기를 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액으로써 매출세액에서 공제하여야 함에도 이 건 토지부분의 개발용역 제공과 관련된 매입세액을 자기의 사업과 관련된 매입세액으로 보지 아니하고 토지의 조성등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로 보아 매출세액에서 불공제하는 것은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 부가가치세법 제17조 제1항 제1호 의 규정을 보면 "자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액"을 매입세액으로 매출세액에서 공제하도록 규정하고 있는 바, 온천관광지개발사업자가 개발대상의 토지를 그 소유자와 신탁약정에 의해 온천관광부지로 조성, 개발하는 용역을 제공하고 그 대가로 용역제공완료 후 개발된 토지를 받는 경우에는 부가가치세법 제7조 제1항 의 규정에 의해 부가가치세가 과세되는 것이며 이와 관련된 매입세액은 자기의 매출세액에서 공제받을 수 있는 것이므로 용역제공완료 후 개발된 토지를 받기로 토지소유자와 신탁계약이 체결된 토지에 귀속되는 매입세액은 청구법인의 매출세액에서 공제함이 타당하다 할 것이나, 신탁계약이 체결되지 아니한 타인토지에 관련된 매입세액은 청구법인이 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용할 재화 또는 용역의 공급에 대한 매입세액이 아닌 것으로써 사업자가 타인의 토지를 임차하여 당해 토지의 가치를 증가시키는 건설공사를 하는 경우 동 공사에 관련된 매입세액은 부가가치세법 시행령 제60조 제6항 의 규정에 의해 매출세액에서 공제하지 아니하는 것이므로 신탁계약이 체결되지 아니한 타인토지에 대한 매입세액은 청구법인의 매출세액에서 공제할 수 없다.

• 가. 쟁점 청구법인(도급인)이 온천관광단지의 조성을 목적으로 타인소유 토지에 대하여 개발용역을 제공하여 개발한 후 그 대가로 토지의 일부를 받기로 약정하고 토지조성을 위하여 청구법인이 시공자가 되어 건설회사(수급인)에게 도급을 주어 토목·건설공사를 하는 경우 토목·건설공사에 대한 대가지불시 거래징수당한 매입세액을 토지조성 등을 위한 자본적지출로 보아 관련매입세액을 청구법인의 매출세액에서 불공제한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제17조 【납부세액】 제2항 제4호에서『다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액』이라고 규정하고 있고. 같은법시행령 제60조【매입세액의 범위】 제6항에서 『법 제17조 제2항 제4호에서 "대통령령이 정하는 토지관련매입세액"이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적지출에 관련된 매입세액을 말한다.』고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 서비스(온천), 건설(토목공사), 숙박(호텔), 음숙(한식, 양식, 단란주점), 부동산(상가분양)업을 영위할 목적으로 91.5.25 개업하여 ○○○도 ○○○군 ○○○면 ○○○리 일원이 ○○○도지역 국토이용계획(건설부고시 제1992-622호, 1992.11.26)에 의하여 ○○○온천관광지개발예정지로 지정된 이후 ○○○온천개발개발계획승인(○○○도 관광13610-0166, 1993.2.17)을 받는 등 사업시행자로서 ○○○도 ○○○군 ○○○면 ○○○리 일원 370,630㎡에 대한 기반조성사업을 시행하고 있는 법인으로서 청구법인이 토지소유자에게 개발용역을 제공하고 개발이 끝난 후 편입면적(또는 원본)의 25퍼센트∼35퍼센트 정도를 토지소유자에게 환부하며 나머지는 개발대가로 청구법인이 소유권을 취득하는 내용으로 위 일대 토지소유자와 신탁계약 또는 약정을 체결한 사실이 토지등기부등본, 신탁계약서, 약정서 등 관련심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 온천관광부지 조성사업이 진행되고 있는 ○○○도 ○○○군 ○○○면 ○○○리 일원토지의 소유자별 토지보유 현황이 다음과 같이 토지등기부등본 등 관련심리자료에 의하여 확인된다. 소재지 지목 소유자별 토지 보유면적(㎡)

○○○도 ○○○군 ○○○면 ○○○리 일대 전, 답, 도로, 하천, 임야, 대지 계 청구법인소유 타인소유 373,008 88,725 계 284,283 신탁계약분 214,333 미신탁분 (쟁점부분) 69,950

(3) 청구법인이 위 ○○○온천관광지 개발사업을 수행하기 위하여 청구외 ○○○건설(주) 등 11개의 건설회사들에게 토목·건설공사를 도급주어 1993년 제2기∼1997년 제2기 과세기간 중에 수급자인 청구외 ○○○건설(주) 등에게 토목·건설공사비를 지급하면서 거래징수 당한 부가가치세 732,869,584원 중 청구법인 소유토지에 대하여 보유면적비율(23.78퍼센트)로 안분하여 토지조성 관련매입세액 176,076,433원을 불공제하고 신탁체결토지분과 신탁을 체결하지 아니한 토지분에 관련된 부가가치세 매입세액 556,793,151원을 매출세액에서 공제하여 각 과세기간별로 부가가치세 신고를 한 사실이 부가가치세(예정·확정·영세율등조기환급)신고서에 의하여 확인되며 처분청이 위 매입세액 556,793,151원을 토지의 조성등을 위한 자본적지출에 관련된 매입세액으로 보아 이를 불공제하였다.

(4) 국세청장은 심사결정에서 신탁계약이 체결되지 않은 타인토지에 관련된 매입세액은 청구법인이 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 매입세액이 아닌 것으로써, 사업자가 타인의 토지를 임차하여 당해토지의 가치를 증가시키는 건설공사를 하는 경우 동 공사에 관련된 매입세액은 부가가치세법시행령 제60조 제6항 의 규정에 의해 매출세액에서 공제하는 것이 아니라 하여 공제부인하고 신탁체결토지분에 대해서만 각과세기간별 매입세액 합계 421,106,859원을 각과세기간별로 공제한 사실이 부가가치세 경정결의서, 처분청의 매입세액 안분계산서등 관련심리자료에 의하여 확인되며 그 내역은 다음과 같다. (단위: 천원) 기간 신고내용 불공제액 (처분청) 심사결정시 추가공제액 (신탁계약분) 심판청구불복액 토지관련 총매입세액 법인소유불공제분 타인소유 토지분 93/2∼97/2 732,869 176,076 556,793 556,793 421,106 135,687

(5) 위의 사실을 종합하여 관련법령을 적용하면, 부가가치세 법 제17조 제2항 제4호 및 같은법 시행령 제60조 제6항의 관련규정 취지는 토지가 면세재화이므로 토지조성관련 매입세액은 불공제하되 당해토지의 취득원가로 계상하여야 한다는 것을 명확히 하고자 하는데 있는 것으로써 이는 토지소유자가 직접 토지조성관련 공사를 한 경우에 이에 따른 매입세액은 불공제하되 이를 자본적지출로 보아 당해토지의 취득원가로 계상하라는 취지로 해석되고 토지소유자가 아닌 민간개발자가 타인소유토지를 개발해 주고 개발용역대가로서 토지를 받는 경우까지 포함한다고 볼 수는 없다할 것이다. 청구법인은 부가가치세 과세사업자로서 토지소유권자들과 신탁계약 또는 개발약정(공증)을 체결하여 토목·건축공사를 건설회사에 도급주어 이에 따른 공사대금을 지급하고 개발용역대가는 개발약정내용에 따라 환지후 토지소유자들로부터 개별공시지가로 환산하여 토지로 지급받는 것에 불과할 뿐 토지소유자로서 토지관련조성공사를 한 것이 아니므로(청구법인 소유토지분은 제외) 처분청이 불공제한 매입세액과 관련된 위 토목공사대금으로 지급한 매입공급가액은 토지에 대한 자본적지출로 볼 수는 없고 개발용역수입에 대응하는 개발원가로 보는 것이 타당하다할 것이다(같은 뜻: 국심 94전4110, 1994.11.22). 한편, 국세청장은 이건 심사결정에서 타인소유토지중 개발신탁약정이 체결된 토지와 개발신탁약정이 체결되지 아니한 토지를 구분하고 개발신탁약정이 체결되지 아니한 토지와 관련된 매입세액은 자기의 사업을 위하여 사용된 용역의 공급에 대한 매입세액이 아닌 것으로 판단한바 있으나, 위에서 살펴본 바와같이 청구법인은 토지소유자들과 신탁법에 의한 신탁계약 또는 공증에 의한 개발약정을 체결하여 당해계약 또는 약정에 따라 개발이 끝난 후 토지소유자들로부터 개발의 대가로 일정 비율의 토지를 취득하고 있다는 점에서 차이가 없으므로 신탁법에 의한 신탁계약 유무에 따라 토지관련매입세액 공제여부를 판단하는 것은 타당하지 아니한 것으로 판단된다. 따라서, 청구법인이 타인 소유토지를 개발하여 주고 당사자간의 개발약정에 따라 지급받은 쟁점토지분에 대한 매입세액도 청구법인의 매출세액에서 공제하는 것이 적법하다할 것이다.

• 라. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.