세금계산서를 공급시기 경과후 교부된 것으로 보아 매입세액 불공제

심판청구번호 국심1999서 0136(1999. 6.11) 주 문 ○○○세무서장이 1998.10.15 청구인에게 한 1998년 1기(예정) 부가가치세 273,317,220원의 부과처분은 이를 취소한다.

청구법인은 식음료 도소매업을 영위하는 법인으로서 사업확장을 위하여 청구외 ○○○산업개발주식회사(이하 "분양회사"라 한다)가 ○○○시 ○○○구 ○○○동 ○○○에 신축추진중인 상업용건물의 지하1, 2층 3,600평(이하 "쟁점상가"라 한다)을 1997.9.24 분양받는 계약을 체결하고 계약금조로 1,500,000,000원을 지급하였으며, 1998.1.30 변경계약을 체결하면서 1차 중도금으로 1,515,719,184원을 지급하고 위 지급액 합계 3,015,719,184원에 대하여 분양회사로부터 1998.1.30자 세금계산서(이하 "쟁점세금계산서"라 한다)를 교부받아 이 중 건물분 공급가액 2,102,440,206원에 해당하는 부가가치세 210,244,021원을 1998.4.25 청구법인의 1998년도 1기 부가가치세 예정신고시 매입세액으로 공제하여 신고하였다. 처분청은 쟁점세금계산서는 계약금 및 1차 중도금에 대하여 교부된 것으로 당초의 분양계약서상 약정된 지급일 이후에 교부되어 공급시기를 달리하는 사실과 다른 세금계산서라 하여 관련 매입세액의 공제를 배제하고 1998.7.1 청구법인에게 1998년 1기(예정) 부가가치세 273,317,220원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1998.7.31 이의신청과 1998.10.15 심사청구를 거쳐 1999.1.7 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점세금계산서는 청구법인이 당초 1997.9.24 분양회사와 작성한 분양계약서를 같은 날 작성한 합의서에 근거하여 1998.1.30 분양가액을 변경하면서 정식으로 계약을 체결하고 동 계약서를 근거로 세금계산서를 수취한 것으로서, 당초 쟁점상가는 건축초기단계로 토지와 건물부분에 대한 분양금액을 확정할 수 없었던 상태였으므로 세금계산서를 발행할 수 없었던 것이고, 분양계약당시 청구법인은 추후 자금사정을 감안하여 쟁점상가의 분양권리를 ○○○(주) 또는 계열회사에 양도할 계획도 있었으므로 추가합의서를 작성한 것이며, 1998.1.30 당초의 계약서를 변경하면서 1차중도금의 지급과 함께 1997.9.24 계약보증금조로 지급한 금액을 포함하여 세금계산서를 교부받게 된 것이므로 이를 공급시기가 다른 세금계산서로 보아 매입세액 공제를 배제함은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인과 분양회사는 계약당일 분양계약과 동일한 효력을 갖는 내용의 "분양계약에 따른 추가합의서"를 작성하였으며, 그 추가합의서 내용에 매수인(청구법인)이 분양계약서상의 권리와 의무일체를 1998.2.28 이전에 ○○○(주) 또는 관계계열사에 양도할 수 있고, 지하 3∼5층중 180평을 매수인(청구법인)이 사용할 수 있도록 약정한 사실로 볼 때, 당초의 분양계약은 확정되었다고 판단되며, 또한 청구법인은 계약금으로 지급한 1,500,000,000원을 합의보증금으로 지급하였다고 주장하나, 합의서에 연대보증인(○○○건설주식회사)의 날인이 누락되어 있을 뿐만 아니라, 청구법인은 1997.9.24 당초계약서에 의거 동일자로 계약금을 지급하고 건설가계정으로 회계처리하였으며, 분양회사는 위 계약금을 분양매매계약금으로 영수하고 청구법인에게 입금표를 교부한 사실이 확인되는 바, 당초의 계약을 파기하고 새로운 계약을 체결하였다는 청구주장을 확인서만으로 인정하기 어려우므로 본 건은 당초 계약에 의거 공급시기를 판단하는 것이 타당하고, 쟁점상가 공급계약은 재화가 인도되기 전에 계약금 이외의 대가를 분할하여 지급하기로 약정되었고 그 기간이 6월 이상이 되므로 부가가치세법시행규칙 제9조 에 규정한 중간지급조건부 거래에 해당하는 바, 중간지급조건부 거래재화의 공급시기는 대가의 각 부분을 받기로 한 때가 되므로 청구법인은 쟁점상가의 당초 분양계약에 의하여 계약금 및 1차 중도금의 공급시기(계약금 1997.9.24, 1차 중도금 1997.12.31)에 부가가치세법 제16조 제1항 의 규정에 의거 각각 세금계산서를 교부받아야 함에도 공급시기를 경과하여 1998.1.30자로 계약금 및 1차 중도금에 대하여 쟁점세금계산서를 교부받았으므로, 처분청이 이를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하고 부가가치세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서를 공급시기가 경과된 후에 교부된 것으로 보아 매입세액 공제를 배제한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제17조 제1항 에서 『사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액』을 규정하고, 같은조 제2항에서 『다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.』고 규정하고 있다. 같은법 제9조 제1항에서는 『재화가 공급되는 시기는 다음 각 호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때』라 규정하고, 같은조 제4항에서 『제1항과 제2항에 규정하는 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.』고 규정하면서, 같은법 시행령 제21조 제1항에서 『법 제9조 제1항에 규정하는 재화의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 재화의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 현금판매와 외상판매의 경우에는 재화가 인도되는 때

2. 할부판매와 장기할부판매의 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 반환조건부판매·동의조건부판매 기타 조건부 및 기한부판매의 경우에는 그 조건이 성취되거나 기한이 경과되어 판매가 확정되는 때

4. 완성도기준지급 또는 중간지급조건부로 재화를 공급하거나 전력 기타 공급단위를 구획할 수 없는 재화를 계속적으로 공급하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1997.9.24 분양회사와 쟁점상가의 분양계약을 체결하는 한편 합의서 및 추가합의서를 작성하고 계약금조로 1,500,000,000원을 지급하였으며, 1998.1.30 위 분양계약의 변경계약을 체결하면서 위 추가합의서의 변경합의서를 작성한 다음 1차 중도금으로 1,515,719,184원을 지급하고 위 지급액 합계 3,015,719,184원에 대하여 1998.1.30자 쟁점세금계산서를 교부받아, 그 중 건물분 공급가액 2,102,440,206원에 대한 매입세액 210,244,021원을 공제하여 부가가치세 신고를 하였으며(공급자인 시공회사에서도 1998년 1기 부가가치세 예정신고시 동 매출세액을 신고납부함), 처분청은 쟁점세금계산서가 공급시기를 달리한 사실과 다른 세금계산서라 하여 위 매입세액 공제를 배제하여 이 건 부가가치세를 과세하였음이 부가가치세 신고서, 세금계산서, 경정결의서 등 과세자료에 의하여 확인되고, 이에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 쟁점상가의 분양계약 내용에 대하여 본다. (가) 청구법인이 1997.9.24 분양회사와 체결한 계약서의 내용을 보면, 쟁점상가의 매매대금을 14,500,000,000원(건물분 부가가치세 별도)으로 하고, 대금지급조건을 아래와 같이 계약금 1,500,000,000원을 1997.9월, 1차 중도금 1,500,000,000원을 1997.12.31 지급하는 것으로 하여 분양계약을 체결한 후 쟁점상가의 시공회사인 ○○○건설주식회사(이하 "시공회사"라 한다)가 분양회사의 연대보증인으로 서명날인하고 있으며, 〈 쟁점상가 대금지급조건 〉 (원) 항 목 금 액 지 급 일 비 고 계 약 금 1,500,000,000 1997.9 1차 중도금 1,500,000,000 1997.12.31 2차 중도금 2,000,000,000 1998.6 건물사용검사 승인일로부터 1주일 이내 3차 중도금 5,000,000,000 1998.12.31 약속어음 지불 잔 금 4,500,000,000 1999.6.30 약속어음 지불 쟁점상가의 분양면적은 지하 1층 1,700평, 지하 2층 1,900평 합계 3,600평으로 하면서, 위 면적이 개략적인 면적임을 부기하고 있다. (나) 위 계약서와 같은 날 작성된 합의서의 관련내용을 보면, 『2. 합의서 작성일로부터 6개월 이내에 구체적인 분양조건을 합의하여 정식계약을 체결한다.

3. 청구법인은 정식계약에 대한 보증조로 1,500,000,000원을 분양회사에 지급한다. 단 분양회사는 본 합의서 작성일로부터 6개월 이내에는 청구법인외의 누구와도 쟁점상가에 대한 매매, 임대 등 일체의 계약을 체결할 수 없다.

5. 정식 분양계약이 체결될 경우 제3조의 대금을 계약금으로 갈음한다.

6. 분양회사가 제3조의 단서 조항을 위배하였을 경우 분양회사는 위 대금과 더불어 위약금으로 500,000,000원을 청구법인에게 지급하여야 한다』고 약정하고 있다. (다) 위 계약서와 같은 날 작성된 추가합의서에서는 『청구법인이 분양계약상의 권리의무 일체를 1998.2.28 이전에 ○○○(주) 또는 관계 계열사에 양도할 수 있다』고 약정하고 있다. (라) 청구법인이 1998.1.30 분양회사와 체결한 변경계약서의 내용을 보면, 쟁점상가의 매매대금이 14,515,000,000원으로 당초 계약서보다 15,000,000원이 증액되었으며, 대금지급조건은 아래와 같이 계약금 1,500,000,000원을 1998.1.30, 1차 중도금 1,515,000,000원을 1998.1.30에 지급하는 것으로 하여 변경계약을 체결한 후 역시 시공회사가 분양회사의 연대보증인으로 서명날인하고 있다. 〈 쟁점상가의 변경된 대금지급조건 〉 (원) 항 목 금 액 지 급 일 비 고 계 약 금 1,500,000,000 1998.1.30 1차 중도금 1,500,000,000 1998.1.30 2차 중도금 2,000,000,000 1998.6 건물사용검사 승인일로부터 1주일 이내 3차 중도금 5,000,000,000 1998.12.31 약속어음 지불 잔 금 4,500,000,000 1999.6.30 약속어음 지불 (마) 위 변경계약서 체결일에 작성된 추가합의서의 변경합의서에서는 『청구법인은 분양계약상의 권리의무 일체를 1998.4.20 이전에 ○○○(주) 또는 관계 계열사에 양도할 수 있다』고 약정하고 있다. (바) 청구법인이 1997.9.24 쟁점상가의 분양계약을 체결하면서 지급한 1,500,000,000원에 대한 청구법인의 회계처리 내용을 보면, 지불표상에 "분양매매계약금 1,500,000,000원"으로 기재되어 있고, 회계분류에서는 (차변) 건설가계정 1,500,000,000원, (대변) 현금 1,500,000,000원으로 회계처리되어 있으며, 시공회사가 청구법인에 교부한 입금표상에는 "분양매매계약금"으로, 영수증상에는 분양(예정)합의에 따른 "보증조"로 위 금액을 영수한 것으로 되어 있다.

(3) 처분의 당부에 대하여 살펴본다. (가) 처분청은 1997.9.24자 합의서 및 추가합의서에 당초계약을 파기한다는 내용이 없고, 1998.1.30자 변경계약서에 연대보증인인 시공회사의 간인이 누락되었다 하여 당초계약을 확정계약으로 보고 당초계약에 의한 지급약정일을 공급시기로 판단하고 있으나, 1997.9.24자 당초계약 체결시 쟁점상가의 분양면적이 개략적인 면적임을 밝히고 있어 매매목적물의 면적이 확정되지 아니하였음을 알 수 있고, 같은 날 작성된 합의서에 당초계약을 파기한다는 내용은 없으나 합의서 작성일로부터 6개월 이내에 구체적인 분양조건을 합의하여 정식계약을 체결한다고 약정하고 있으며, 동 합의서에 기해 합의서 작성일로부터 6개월 이내인 1998.1.30 변경계약을 체결하고 동 변경계약에서 분양가액이 변경확정된 점등을 볼 때, 1997.9.24자 당초계약은 가계약의 성격을 갖는 계약으로 보여지고 1998.1.30자 변경계약을 확정계약으로 보는 것이 합당한 것으로 판단되며, 계약서의 간인은 내용의 변조를 방지하기 위한 것으로서 변경계약서에 계약당사자인 청구법인과 분양회사가 간인한 이상 분양회사의 연대보증인인 시공회사의 간인이 누락하였다 하여 동 계약서를 부정할 것은 아니라고 판단된다. (나) 처분청은 청구법인이 1997.9.24 1,500,000,000원을 지급하면서 지불표상에 "분양매매계약금"으로 기재하고, 시공회사가 청구법인에 교부한 입금표에 서도 "분양매매계약금"으로 기재되어 있다 하여 1997.9.24 당초계약 체결시 지급한 1,500,000,000원을 중간지급조건부 거래에 의한 공급대가로 보고 있으나, 위에서 본 바와 같이 1997.9.24자 당초계약을 확정계약으로 보기 어려우므로, 비록 동일자에 1,500,000,000원을 지급하고 "분양매매계약금"으로 기장 처리하였다 하더라도, 그 실질에 있어서는 매매약정금으로 1998.1.30 확정계약을 체결하고 1차 중도금을 지급하면서 위 매매약정금이 쟁점상가의 공급대가로 전환되었다고 봄이 합당한 것으로 판단된다. 따라서 처분청에서 쟁점세금계산서를 공급시기를 달리하는 사실과 다른 세금계산서라 하여 동 매입세액의 공제를 배제한 처분은 잘못이 있다 하겠다.

• 라. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.