자산을 2회 이상 양도한 경우 양도소득기본공제의 적용순서

심판청구번호 국심1999부 2809(2000. 6.15) 譯車껨�진주시 정촌면 ○○○리 ○○○ 답 964.0㎡(이하 "쟁점①토지"라 한다)를 1988.3.21 취득하여 1997.6.14 양도하고 8년 이상 자경농지라 하여 양도소득세 신고를 하지 아니하였으며, 경상남도 진주시 문산면 ○○○리 ○○○ 답 2,317㎡(이하 "쟁점②토지"라 한다)를 1996.6.25 취득하여 1997.8.23 양도하고 양도소득기본공제 2,500,000원을 공제하여 양도소득세를 신고납부하였다. 처분청은 쟁점①토지에 대하여는 8년 이상 자경농지로 보아 양도소득세를 감면하고, 쟁점②토지에 대하여는 먼저 양도한 쟁점①토지의 양도소득세 감면적용시 양도소득기본공제 2,500,000원을 공제하였다 하여 양도소득기본공제를 배제하고 1999.7.5 청구인에게 1997년도 귀속 양도소득세 1,517,880원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999.9.8 심사청구를 거쳐 1999.12.28 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장 쟁점①토지는 8년 이상 자경농지로서 양도소득기본공제와 무관하게 양도소득세가 감면되는 것이므로, 쟁점②토지의 납부세액은 양도차익에서 양도소득기본공제를 한 과세표준에 세율을 적용하여 계산한 금액을 산출세액으로 하는 것임에도 처분청이 쟁점②토지에 대하여 양도소득기본공제를 배제한 처분은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 청구인은 먼저 양도한 쟁점①토지의 양도소득계산시 양도소득기본공제를 적용받았음이 처분청의 양도소득세결정결의서에 의하여 확인되므로, 나중에 양도한 쟁점②토지에 대하여 양도소득기본공제를 배제하고 양도소득세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 이 건의 쟁점은 당해연도에 먼저 양도한 쟁점①토지(8년이상 자경농지)에 대한 양도소득과세표준계산시 양도소득기본공제를 하였다 하여 나중에 양도한 쟁점②토지의 양도소득과세표준계산시 양도소득기본공제를 배제하고 과세한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 소득세법 제92조 제2항 에서 『양도소득과세표준은 제94조 내지 제102조와 제118조의 규정에 의하여 계산한 양도소득금액에서 제103조의 규정에 의한 양도소득기본공제를 한 금액으로 한다』 고 규정하고, 같은 법 제103조 제1항에서는 『양도소득이 있는 거주자에 대하여는 당해연도의 양도소득금액에서 연 250만원을 공제한다.(단서 생략)』 고 규정하고 있으며, 그 제2항에서는 『제1항의 규정에 의한 공제를 “양도소득기본공제”라 한다』 고 규정하고 있고, 같은 법 제107조 제1항에서는 『자산양도차익 예정신고납부에 있어서 납부할 세액은 그 양도차익에서 장기보유특별공제·양도소득기본공제를 한 금액에 제104조 제1항의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 산출세액으로 한다』 고 규정하고, 제2항에서는 『 당해연도에 누진세율의 적용대상자산에 대한 양도차익예정신고를 2회이상 하는 경우에는 제2회 이후 신고하는 양도차익예정신고납부세액은 이미 신고한 양도차익과 제2회 이후 신고하는 양도차익과의 합계액에서 장기보유특별공제·양도소득기본공제를 한 금액에 제104조 제1항 제1호에 규정하는 세율을 적용하여 계산한 금액에서 이미 신고한 양도차익예정신고산출세액을 공제한 것을 그 산출세액으로 한다』 고 규정하며, 제3항에서는 『제1항과 제2항의 규정에 의하여 양도차익에서 차감하는 양도소득기본공제는 당해연도중 먼저 양도하는 자산의 양도소득금액에서부터 순차로 공제한다』 고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1997.6.14 쟁점①토지를 양도하고 8년 이상 자경농지라 하여 양도소득세를 신고하지 아니하였고, 1997.8.23 쟁점②토지를 양도하고 양도소득기본공제 2,500,000원을 공제하여 양도소득세를 신고납부한 사실이 부동산양도신고서에 의하여 확인된다. 처분청은 당해연도에 양도한 부동산 중 먼저 양도한 쟁점①토지에서 발생한 양도차익 4,650,178원에서 양도소득기본공제 2,500,000원을 공제한 후 2,150,178원을 양도소득과세표준으로 하여 산출된 645,053원을 8년 이상 자경농지라 하여 이를 면제하고, 나중에 양도한 쟁점②토지에 대하여는 양도소득기본공제를 배제하여 양도소득과세표준을 산정한 후 이 건 양도소득세를 과세한 사실이 양도소득세결정결의서 등 과세자료에 의하여 확인된다.

(2) 청구인은 쟁점①토지는 8년 이상 자경농지로서 양도소득기본공제와 무관하게 양도소득세가 감면되는 것이므로 쟁점②토지의 양도차익에서 양도소득기본공제를 하여야 한다는 주장인 바, 이에 대하여 살펴본다. 살피건대, 소득세법 제107조 제3항 의 규정에 의하여 부동산을 연 2회 이상 양도한 경우 양도차익에서 차감하는 양도소득기본공제는 당해연도 중 먼저 양도하는 자산의 양도소득금액에서 순차로 공제하는 것인 바, 이는 먼저 양도하는 자산이 양도소득세 감면대상이라 하더라도 양도소득기본공제를 한 후 산출된 세액이 감면되는 것이므로 쟁점①토지가 양도소득세 감면대상이라 하여 쟁점②토지가 양도소득기본공제의 대상이 된다고 하는 청구주장은 위 법리를 오인한 잘못이 있는 것으로 판단된다. 따라서 처분청이 쟁점①토지에 대한 양도소득세 계산시 양도소득기본공제 2,500,00,00원을 공제하고, 쟁점②토지에 대한 양도소득세 계산시 양도소득기본공제를 배제하여 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다 하겠다.

• 라. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.