사실과 다른 세금계산서 해당 여부

심판청구번호 국심1999부 2718(2000. 6.22) 가가치세 9,258,300원, 1998년 1기분 부가가치세 33,282,410원의 부과처분은 이를 취소한다.

청구인은 경상남도 ○○○군 ○○○읍 ○○○리 ○○○ ○○○빌딩(이하 "쟁점건물"이라 한다)을 신축하기 위하여 청구외 ○○○건설(주)(이하 "청구외법인"이라 한다)와 1997.3.15 건축공사표준계약(이하 "쟁점계약서"라 한다)을 체결하고, 건축공사에 따른 매입세금계산서 753,999,980원(1997.10.7 181,818,182원, 1997.10.23 127,272,708원, 1998.3.30 444,909,090원, 이상 3매의 세금계산서를 이하 "쟁점세금계산서"라 한다)을 각각 수취하여 1997년 제2기 및 1998년 제1기 부가가치세 신고시 관련매입세액을 공제하여 신고하였다. 처분청은 쟁점계약서에 의한 공급시기와 쟁점세금계산서상의 공급시기가 다르다하여 1997.10.7 수취한 세금계산서상의 공급가액 181,818,182원 중 90,909,091원과 1998.3.30 수취한 세금계산서상의 공급가액 444,909,090원 중 327,272,726원에 대한 매입세액을 불공제하여 1999.6.9 청구인에게 1997년 제2기 부가가치세 9,258,300원과 1998년 제1기 부가가치세 33,282,410원을 결정고지하였다가 이 건에 대한 심사결정에 따라 1999.12.1 1997년 제2기 부가가치세를 전액 감액하고, 1998년 제1기 부가가치세 1,646,800원을 감액경정하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999.7.16 심사청구를 거쳐 1999.12.23 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구주장 청구인은 쟁점계약서가 콘크리트 타설완료가 전체공정의 25%에 불과함에도 공사대금은 85%이상 지급하여야 하는 모순을 담고 있는 등 계약내용이 건설회사에게 일방적으로 유리한 계약임을 알고 수정해 줄 것을 요구하여 대금지급방법은 콘크리트 타설완료시 3억원을 지급하고, 나머지 잔액은 준공후 지급하기로 하는 합의서를 다시 작성한 바 있으며, 동합의서는 청구외 법인과 담합에 의해 사후작성된 것이 아니므로 쟁점계약서상의 대금지급시기와 쟁점세금계산서상의 발행일자가 다르다하여 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 청구인이 1997.4.20 청구외 법인과 작성한 합의서는 처분청의 조사시점에 제시된 사실이 없고, 동합의서에 따르면, 1997.3.15 계약금을 지급한 후 1997.9.30까지 6개월이상 공사대금을 전혀 지불하지 않고, 준공시 공사대금의 59%를 지불한다고 계약한 점으로 보아 변경된 합의서를 통상적인 건축공사계약서로 받아들이기 어려우며, 동합의서와 쟁점계약서, 대금지급현황, 세금계산서 수수상황을 비교해 보면, 1997.7.31 지급한 100,000,000원과 1997.8.5 지급한 100,000,000원 합계 200,000,000원은 콘크리트 타설완료일(1997.10.1)이전이므로 청구인이 청구외 법인에게 지급할 의무가 없음에도 지급한 것으로서 동합의서의 내용과 일치하지 않고, 오히려 쟁점계약서상의 선금, 1층과 2층 콘크리트 타설완료에 따른 지급액으로 보는 것이 타당하다고 판단된다. 따라서, 처분청이 합의서를 인정하지 아니하고 쟁점계약서를 증빙으로 본 것은 타당하다 할 것이다.

• 가. 쟁 점 건축공사표준계약서상의 건설용역의 공급시기와 교부받은 세금계산서상의 공급시기가 다르다 하여 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련매입세액을 불공제한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법(1998.12.28 법률 제5585호로 개정되기 전의 것) 제9조【거래시기】제2항은 "용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다."고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령(1998.12.31 법률 제15973호로 개정되기 전의 것) 제22조【용역의 공급시기】는 "법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다.(단서생략)"고 하고, 그 제2호에서 "완성도기준지급·중간지급·장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때"라고 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙(1999.4.8 재정경제부령 제74호로 개정되기 전의 것) 제9조【재화 또는 용역의 공급시기】는 "영 제21조 제1항 제4호 및 영 제22조 제2호에 규정하는 중간지급조건부로 재화 또는 용역을 공급하는 경우는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다."고 하고, 그 제1호에서 "재화가 인도되기 전 또는 재화가 이용 가능하게 되기 전이거나 용역의 제공이 완료되기 전에 계약금 이외의 대가를 분할하여 지급하는 경우로서 계약금을 지급하기로 한 날부터 잔금을 지급하기로 한 날까지의 기간이 6월 이상인 경우"라고 규정하고 있다. 또한, 부가가치세법 제17조 【납부세액】제2항은 "다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다."고 하고, 그 제1호의 2에서 "제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 '필요적 기재사항'이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다."라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 처분청이 쟁점계약서상의 건설용역의 공급시기와 쟁점세금계산서상의 공급시기가 다르다하여 이를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련매입세액을 불공제하고 부가가치세를 과세한데 대하여 청구인은 쟁점세금계산서가 건설용역의 공급시기를 다시 약정한 합의서에 의해 교부받은 것이므로 관련매입세액이 공제되어야 한다고 주장하고 있어 이에 대하여 본다.

(1) 청구인은 쟁점건물을 신축하기 위하여 청구외 법인과 건축공사계약을 체결하고, 이에따른 매입세금계산서 753,999,980원(1997.10.7 181,818,182원, 1997.10.23 127,272,708원, 1998.3.30 444,909,090원)을 각각 수취하여 1997년 제2기 및 1998년 제1기 부가가치세 신고시 관련매입세액을 공제하여 신고하였으며, 쟁점건물의 건축물대장에 의하면, 쟁점건물은 근린생활시설, 단독주택, 그리고, 관람집회시설(지하1층, 지상5층)로서 1997.3.26 착공하여 1998.3.28 사용승인(준공일)된 것으로 나타난다.

(2) 청구인이 청구외 법인과 1997.3.15 체결한 쟁점계약서에는 공사기간을 1997.3.17∼1998.2.28로 하고, 도급금액을 829,400,000원(공급가액 754,000,000원, 세액75,400,000원)으로 하였으며, 선금 및 기성부분급의 시기 및 방법은 선금 100,000,000원, 1층 스라브콘크리트타설 완료시 150,000,000원, 2층 스라브콘크리트타설 완료시 150,000,000원, 3층 스라브콘크리트타설 완료시100,000,000원, 4층 스라브콘크리트타설 완료시 100,000,000원, 5층 스라브콘크리트타설 완료시 100,000,000원, 잔액(준공후 1개월이내) 129,400,000원으로 하였으며, 청구인이 청구외 법인과 1997.4.20 공사대금 지급일정을 다시 약정하였다는 합의서에는 선금 40,000,000원, 콘크리트타설 완료시 300,000,000원, 준공후 489,400,000원을 지급하기로 변경하여 합의한 것으로 되어 있다.

(3) 처분청은 쟁점계약서를 근거로 쟁점계약서상의 각층별 콘크리트타설완료시점(1층 1997.7.15, 2층 1997.7.31, 3층 1997.8.25, 4층 1997.9.9, 5층 1997.10.1)을 청구인과 청구외 법인으로부터 확인하여 쟁점계약서상 공급시기와 세금계산서 수취일자가 서로 다른 과세기간에 속하는 세금계산서상 공급가액 418,181,817원(1997.10.7자 세금계산서 181,818,182원 중 90,909,091원, 1998.3.30자 세금계산서 444,909,090원 중 327,272,726원)을 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련매입세액을 불공제하여 이 건 부가가치세를 결정고지하였음이 처분청이 제시한 심리자료에 나타나고 있다.

(4) 청구인은 쟁점건물신축공사대금 829,400,000원 중 1997.2.26부터 1997.6.20사이에 3회에 걸쳐 40,000,000원을, 각층의 스라브콘크리트타설공사기간인 1997.7.31부터 1997.12.23까지 3회에 걸쳐 300,000,000원을, 그리고, 1998.3.25부터 1998.4.30사이에 7회에 걸쳐 489,400,000원을 공사도급업체인 청구외 법인에게 지급한 사실이 입금확인서 등 증빙에 의해 확인되고 있어 청구인이 재작성하였다는 합의서상의 공사대금지급일정과 일치하고 있는 것으로 나타난다.

(5) 우리심판원에서 청구외 법인의 쟁점건물신축공사관련 부가가치세 및 법인세 신고내용을 확인한 바에 의하면, 청구외 법인은 청구인에게 교부한 세금계산서(1997년 2기 309,090,910원, 1998년 1기 444,909,090원)상의 공급가액을 매출과표로 신고한 사실이 있으며, 1997사업연도 법인세신고시 쟁점건물신축공사관련 작업진행율을 22.6%로하여 수입금액을 170,391,900원으로 계상하였음이 나타나고 있다.

(6) 청구인은 당초 쟁점계약서상 공사대금 지급일정이 스라브콘크리트타설완료시까지 공사대금의 85%인 700,000,000원을 지급하는 것으로 잘못 약정되어 재약정하였다는 거증으로 합의서 등을 제시하고 있는 바, 쟁점건물의 신축공사를 담당한 청구외 법인이 1997사업연도에 쟁점건물신축공사의 작업진행율을 22.6%로 계상하고 있으며, 청구인이 청구외 법인에게 1997년 340,000,000원(선금 40,000,000원, 콘크리트타설공사 완료시까지 300,000,000원), 1998년 489,400,000원(준공후)을 지급한 사실로 보아 당초 쟁점계약서상 공사대금 지급일정이 잘못되어 공사대금지급일정을 재약정하는 합의서를 작성하였다는 청구주장은 신빙성이 있다고 인정된다.

(7) 사업자가 중간지급조건부에 의한 재화 또는 용역의 공급계약을 체결하였으나, 당초 계약의 지급일을 변경한 경우에는 계약의 변경내용에 따라 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 공급시기로 볼 수 있고(부가가치세기본통칙 2-3-6…9), 세금계산서의 작성일이 속하는 과세기간이 사실상의 거래시기와 다르지 않는 이상 사실상의 거래시기와 다소 일치하지 아니하는 세금계산서가 작성 교부되었다 하더라도 그 세금계산서의 기재사항에 의하여 거래시기가 확인되는 경우 그 거래사실에 대한 매입세액은 공제함이 타당하다 할 것인 바(국심96서2865, 1994.7.9 합동회의, 대법원95누634, 1995.8.11 같은 뜻임), 위 사실관계에서 나타난 바와같이 청구인이 실제로 청구외 법인으로부터 쟁점건물신축공사용역을 제공받았음이 확인되고, 당초 쟁점계약서상의 공사대금 지급일정을 재약정하는 합의서를 작성하고 이에따라 공사대금을 지급하고 쟁점세금계산서를 교부받은 것으로 확인된다. 따라서, 처분청이 쟁점계약서상의 공사대금지급시기를 건설용역의 공급시기로 판단하여 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이라고 판단된다.

• 라. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.