공급대가에 의해 일반과세자를 과세특례자로 전환하고 재고납부세액을 부과한 처분이 신의성실원칙에 위배되는지

심판청구번호 국심1999부 2414(2000. 3.31) 1996.6.10 ㅇㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ구 ○○○지구 ○○○(이하 "쟁점사업장"이라 한다)을 사업장으로 하여 부동산임대업에 관한 일반과세자 사업자등록을 하고 부동산임대업을 영위하여 1997.1.1부터 부동산 임대수입금액에 대하여 일반과세자로 부가가치세 신고를 한 사실이 있다. 처분청은 청구인의 부동산임대업 최초 과세기간인 1997년 제1기 (1991.1.1∼1997.6.30.)의 공급대가가 과세특례자에 해당함에도 법정기한내에 과세특례포기 신청을 하지 아니하였기 때문에 1998년 제1기부터 과세특례자로 유형전환된 것으로 보아 1998.12.16 청구인에게 1998년 제1기 과세기간 부가가치세 16,632,470원(재고납부세액)을 결정·고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999.2.23 이의신청 및 1999.7.9 심사청구를 거쳐 1999.11.12 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장 청구인은 신규사업자로서 최초 과세기간인 1997년 제1기 부가가치세 과세표준이 과세특례자에 해당되어 1998.1.1부터 과세특례자로 유형이 전환됨이 부가가치세법시행령에 규정되어 있으나 과세특례자로 유형이 전환되기 20일까지 처분청은 청구인에게 일반과세자에서 과세특례자로 전환된다는 내용을 통보하여야 하고, 사업자등록증을 정정하여 교부하도록 부가가치세법 시행령에 규정되어 있음에도 아무런 시정 조치없이 과세특례포기신고서를 법정기한내에 제출하지 아니하였다는 이유만으로 과세특례자로 사업자등록을 직권으로 정정하고 재고납부세액을 결정하여 고지한 이 건 과세처분은 국세기본법 제15조 에 규정한 신의 성실의 원칙에 위배되므로 취소하여야 한다.
• 나. 국세청장 의견 일반과세자의 지위를 계속 유지하고자 한다면 과세특례포기신청서를 법정 제출기한인 1997.12.20까지 제출하여야 하나 청구인은 과세특례포기신고서를 제출한 사실이 없고, 일반과세자에서 과세특례자로 유형전환되는 사업자에 대하여는 유형전환 통지에 관계없이 유형전환하여야 할 시기에 과세특례자에 관한 규정을 적용한다고 규정되어 있으므로 처분청이 쟁점사업장에 대하여 1998.1.1자 과세특례자로 과세유형을 전환하면서 쟁점사업장의 재고납부세액을 과세특례자로서 납부하여야 할 납부세액에 가산하여 과세한 처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁점 이 건은 일반과세자로 사업자등록을 하고 부동산임대업을 영위하는 청구인의 1역년의 공급대가가 과세특례자에 해당하여 처분청이 청구인을 과세특례자로 유형을 전환하고 재고납부세액을 부과한 처분이 신의성실원칙에 위배되는지 여부를 가리는 데 그 다툼이 있다.
• 나. 관계법령 부가가치세법 제25조 【간이과세 및 과세특례】제1항에서『다음 각 호의 1에 해당하는 개인사업자에 대하여는 제4장 내지 제6장의 규정에 불구하고 이 장의 규정에 의하여 부가가치세를 부과징수한다. 다만, 대통령령이 정하는 사업을 제외한다.

1. 직전 1역년의 재화와 용역의 공급에 대한 부가가치세가 포함된 대가(이하 "공급대가"라 한다)가 1억 5천만원에 미달하는 개인사업자로서 제2호의 규정에 해당하지 아니하는 자(이하 "간이과세자"라 한다)

2. 직전 1역년의 공급대가가 대통령령이 정하는 금액에 미달하는 개인사업자(이하 "과세특례자"라 한다)』라고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서『직전년 또는 직전과세기간에 신규로 사업을 개시한 개인사업자에 대하여는 그 사업개시일부터 그 과세기간종료일까지의 공급대가의 합계액을 12월로 환산한 금액을 기준으로 하여 제1항의 규정을 적용한다. 이 경우에 1월 미만의 단수가 있는 때에는 이를 1월로 한다.』라고 규정하고 있으며, 부가가치세법 제30조 【간이과세 또는 과세특례 포기】제1항에서『간이과세자 또는 과세특례자가 일반과세자에 관한 규정을 적용받고자 하는 경우에는 제25조의 제1항의 규정에 불구하고 제4장 내지 제6장의 규정을 적용받을 수 있다. 이 경우 그 적용을 받고자 하는 달의 전달 20일까지 대통령령이 정하는 바에 따라 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다.』라고 규정하고 있고, 부가가치세법시행령 제74조 【간이과세 및 과세특례의 범위】제1항에서『개인사업자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 법 제25조 제1항 제2호의 규정에 의하여 이를 과세특례자로 한다.

1. 대리·중개·주선·위탁매매 및 도급 이외의 경우에는 당해 공급대가의 합계액이 4,800만원에 미달하는 때 2.∼3. 생략』이라고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제74조의 2【간이과세·과세특례 및 일반과세의 적용시기】제1항에서『법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 기간은 1역년의 공급대가가 법 제25조 제1항 제1호 또는 제74조 제1항 각 호에서 규정하는 금액에 미달하거나 그 이상이 되는 해의 다음 해의 제2과세기간으로부터 그 다음 해의 제1과세기간까지로 한다. 다만, 신규로 사업을 개시한 경우에는 최초의 과세기간에 대한 확정신고 후 개시하는 과세기간부터 기산한다.』라고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서『제1항의 경우에 당해 사업자의 관할세무서장은 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 과세기간 개시 20일 전까지 그 사실을 통지하여야 하며, 사업자등록증을 정정하여 과세기간개시 전일까지 교부하여야 한다』라고 규정하고 있으며, 같은 조 제3항에서『제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정이 적용되는 사업자에 대하여는 제2항의 규정에 의한 통지에 관계없이 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정을 적용하며, 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정이 적용되지 아니하는 사업자에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 제2항의 규정에 의한 통지를 받은 날이 속하는 과세기간까지는 법 제25조의 규정 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정을 적용한다.』라고 규정되어 있고 같은법 시행령 제74조의 4 【간이과세·과세특례 전환시의 세액계산특례】제3항에서『일반과세자가 간이과세자 또는 과세특례자로로 변경되는 경우에 당해 사업자는 다음 각 호의 방법에 의하여 계산한 금액(이하 "재고납부세액"이라 한다)을 납부세액에 가산하여 납부하여야 한다. (이하생략) 1.∼2. 생략

3. 제1항 제4호에 규정된 자산으로서 사업자가 직접 제작·건설 또는 신축한 자산 (가) 건물 또는 구축물 재고납부세액 ＝ 당해자산의 건설 또는 신축과 관련하여 공제받은 매입세액(제2항 단서의 규정이 적용되는 경우에는 시가의 100분의 10에 상당하는 세액)×(1-10/100×경과된 과세기간의 수)×(1-법 제26조 제3항 각 호에 규정하는 공제율).』이라고 규정하고 있다.

• 다. 사실 및 판단 이 건 처분이 신의성실원칙에 위배되는지 여부를 본다. 청구인의 경우 최초 과세기간인 1997년 제1기의 공급대가가 2,441,095원으로서 이를 1역년으로 환산한 과세표준이 10,740,818원이 되어 과세특례자에 해당되며, 과세특례자포기신고를 하지 아니하였으므로 청구인은 부가가치세법 제30조 제1항 및 같은법 시행령 제74조의 2 규정에 따라 1998년 제1기부터 자동적으로 과세특례자로 과세유형이 전환되었다. 과세특례자가 일반과세자로 전환되는 경우와는 달리 일반과세자에서 과세특례자로 전환되는 경우 과세유형전환 사실의 통지에 관계없이 과세특례자로 과세할 수 있도록 규정하고 과세특례자가 과세특례자 규정의 적용을 받지 않고 일반과세자 규정의 적용을 받기 위하여는 과세특례자포기 신고를 하여야 하므로 과세특례의 포기신고를 함이 없는 이 건의 경우 과세특례규정의 적용을 배제할 수 없다.
• 라. 결론 따라서 이 건 심판청구는 청구인의 주장이 이유 없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.