과세.면세 겸업자가 면세사업자로 등록하여 교부받은 세금계산서가 일반과세사업자로 직권등록하는 경우 등록 전 매입세액인지 여부

심판청구번호 국심1999부 2207(1999. 12.30) 재건축조합(이하 "주택조합"이라 한다)은 불량노후주택이 있는 ○○○시 ○○○구 ○○○2동 ○○○ 일원의 대지 136필지(약 1,967평)에 조합아파트를 재건축하기 위하여 1993.11.16 ○○○건설(주)와 시공계약을 체결하였고 처분청에 1994.8.1 부가가치세 면세사업자로 사업자등록(○○○-○○○-○○○)을 하였으며

○○○건설(주)는 1997.7.20 위 시공계약에 따라 조합원아파트 116세대와 일반분양아파트 98세대 및 상가 10개를 완공하였고 완공된 조합아파트에는 조합원 116세대가 입주하였고, 98세대 및 상가 4개를 일반에게 분양되었으며 주택조합은 면세사업자로 등록된 상태에서 국민주택규모 이상의 아파트 18세대와 상가 4개 분양분에 대하여 부가가치세를 무신고하였다. 처분청은 주택조합이 부가가치세법 제5조 의 규정에 의한 사업자등록(일반과세사업자)을 아니하였음을 확인하고 일반과세사업자로 직권등록하였으며 완공된 조합아파트 중 부가가치세 과세대상인 국민주택규모 이상의 아파트 18세대와 상가 4개 분양분 가액 1,606,156,783원(이하 "쟁점분양가액"이라 한다)에 대하여 등록전 매입세액으로 보아 1999.1.12 주택조합에게 1997년 제2기분 부가가치세 143,180,720원, 1998년 제1기분 부가가치세 49,558,080원을 결정·고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999.2.9 이의신청 및 1999.6.8 심사청구를 거쳐 1999.10.12 이 건 심판청구를 하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장 주택조합이 ○○○건설(주)로부터 1997.7.22 거래징수당한 부가가치세 184,581,750원을 처분청에 환급신고를 아니한 이유는 처분청이 1994.8.1 주택조합에게 면세사업자등록증을 발급하였기 때문이고 또한, 주택조합이 면세사업자로 등재되어 있어 쟁점분양가액에 대하여 환급신고 및 납부신고를 할 수 없었으며 이는 처분청이 주택조합의 사업자등록 신청내용을 부가가치세법 시행령 제7조 제3항 에 규정되어 있는 검토조사를 소홀히 하였기 때문이다. 따라서 처분청이 주택조합을 면세사업자에서 일반과세사업자로 직권 정정하려면 처분청이 사업자등록 검토조사를 소홀히 한 귀책사유를 인정하여 일반과세사업자로 1994.8.1자로 소급하여 직권 정정등록시켜야 하며 주택조합이 1997.7.22 ○○○건설(주)로부터 교부받은 매입세금계산서상 매입 부가가치세 184,581,750원(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)에 대하여 환급결정하면서 쟁점분양가액에 대하여도 부가가치세를 과세하여야 한다.
• 나. 국세청장 의견 주택조합과 ○○○건설(주)간에 체결한 약정서를 보면 국민주택규모 이하 아파트와 국민주택규모 이상의 아파트 및 상가를 신축한다고 약정되어 있어 과세사업과 면세사업을 겸업하였음을 알 수 있고, 이러한 경우 과세사업자로 사업자등록증을 교부받아야 함에도 면세사업자로 사업자등록신청을 하여 면세사업자등록증을 교부받은 것은 잘못이며 과세사업과 관련 사업자등록증을 일반사업자로 정정하지 아니하고 면세사업자등록번호로 과세사업과 관련된 매입세금계산서를 교부받았으므로 이는 등록전 매입세액이라 할 것이다.

• 가. 쟁점 일반과세사업과 면세사업을 겸업하는 사업자가 면세사업자용 등록번호로 쟁점세금계산서를 교부받았는 바, 처분청은 일반과세사업자로 직권등록하면서 동 쟁점세금게산서상의 매입세액을 등록전 매입세액에 해당된다고 보아 매입세액불공제하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관계법령 부가가치세법 제5조 【등록】제1항에서『신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일로부터 20일내에 사업장관할 세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일 전이라도 등록할 수 있다.』라고 규정하고 있고, 같은 조 제4항에서『제1항의 규정에 의하여 등록한 사업자가 휴업 또는 폐업하거나 기타등록사항에 변동이 발생한 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 지체없이 사업장관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 제1항 단서의 규정에 의하여 등록한 자가 사실상 사업을 개시하지 아니하게 되는 때에도 또한 같다.』라고 규정하고 있으며, 같은 조 제6항에서『사업장 관할세무서장은 필요하다고 인정하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업자등록증을 갱신·교부할 수 있다.』라고 규정하고 있고, 부가가치세법 제17조 【납부세액】제2항에서『다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.』라고 규정하면서 그 제5호에서『제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액』이라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 면세사업자등록번호로 교부받은 매입세금계산서를 등록전 매입세액으로 보아 매입세액을 불공제한 처분이 부당한지에 대하여 본다. 처분청이 주택조합에 이 건 부가가치세를 과세한 내역을 보면 ○○○건설(주)가 1997.7.20 완공한 조합원아파트 116세대와 일반분양아파트 98세대 및 상가 10개 중 부가가치세 과세대상인 국민주택규모 이상의 아파트 18세대와 상가 4개 분양분에 대한 것으로 공급가액은 1997년 제2기 공급가액 1,193,172,730원, 98년 제1기 공급가액 412,984,053원, 합계: 1,606,156,783원에 대하여 부가가치세 과세(1997년 제2기분 부가가치세 143,180,720원, 98년 제1기분 부가가치세 49,558,080원)하였으며, 위 과세처분에 대하여 주택조합은 조합아파트등의 공사완공 후 시공자인 ○○○건설(주)로부터 교부받은 아래 쟁점세금계산서를 소급하여 인정하고 매입세액을 공제하여야 한다고 주장하고 있다. (단위: 천원) 공급자 공급받는 자 거래일자 품목 공급가액 세액 등록번호 상호 등록번호 상호

○○○-○○○-○○○

○○○ 건설(주)

○○○-○○○ -○○○ 재건축 조합 1997.7.22 공사대금 1,845,817 184,581 주택조합이 1994.8.1 처분청에 등록된 사업자등록증(○○○-○○○-○○○)을 보면, 면세사업자용이라고 표시되어 있고, 주택조합이 아파트 등 완공후 시공자인 ○○○건설(주)로부터 교부받은 매입세금계산서상에는 공급받는자란에 재건축조합(○○○-○○○-○○○)으로 면세사업자등록번호가 기재되어 있다. 위 사실들을 종합하여 판단하여 보면, 주택조합은 사업자등록신청시에 사업의 성격에 대해 담당공무원에게 충분한 설명을 하였음에도 불구하고 처분청에서 사실내용을 파악하여야 할 의무도 이행치 않고 주택조합에게 면세사업자용 사업자등록증을 잘못 교부하였으므로 주택조합은 귀책사유가 없다고 주장하나, 주택조합은 1994.7.27 사업자등록신청시 면세사업자용 사업자등록을 신청한 것으로 인정되고, 1994.8.1 본 건 면세사업자용 사업자등록증을 발급받은 후 이의를 제기한 사실이 없으며, 1997.7.22 시공사인 ○○○건설(주)로부터 매입세금계산서를 수취하는 등 사업자등록 및 정정사유가 발생하였음에도 불구하고 처분청의 부가가치세경정조사시까지 사업자등록정정신청 및 부가가치세를 신고납부하지 않은 점 등으로 보아 조택조합의 주장을 인정할 수 없다 할 것이므로 처분청이 면세사업자등록번호로 교부받은 매입세금계산서를 등록전 매입세액으로 보아 매입세액 불공제한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다(국심98서1599, 98.12.26 같은 뜻임).

• 라. 결론 이 건 심판청구는 청구인 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다