공통매입세액의 안분계산

심판청구번호 국심1999부 0341(1999. 8.14).5월 청구법인에 대한 부가가치세 환급조사를 실시하여 경상남도 마산시 ○○○동 ○○○ 대지 1,380㎡ 위 지상 건물 21,867.85㎡(이하 "쟁점건물"이라 한다)의 과세 및 면세에 사용된 면적을 조사하여 동 면적비율로 쟁점건물 신축관련 매입세액을 안분계산하여 1998.6.17. 청구법인에게 1998년 제1기분 부가가치세 48,905,430원을 부과처분하였다. (동 부과처분은 1998.7.28. 이의신청 결정시 34,499,180원, 1998.12.14. 심사청구결정시 9,009,140원으로 감액경정 결정된 바 있음.) 청구법인은 이에 불복하여 1998.6.21. 이의신청과 1998.9.28. 심사청구를 거쳐 1999.1.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점건물을 1998.3.25. 준공완료하여 1998.4.4.부터 정상영업을 하다가 43일만에 지하1층 판매시설 영업을 중지하게 되었다. 농산물의 판매는 유통구조에 따라 영업장의 축소가 얼마든지 가능함에도 불구하고 처분청이 지하1층 판매시설물의 면세사용면적을 임의로 계산하여 과세하였으나 이는 부당하므로 이건 과세를 취소하여야 한다.
• 나. 국세청장 의견 과세사업과 면세사업을 함께 영위할 목적으로 신축하는 건물에 있어서 과세사업에 사용할 면적과 면세사업에 사용할 면적이 예정되어 있는 경우 그 과세사업에 관련된 매입세액은 사용할 면적의 비율에 합리적으로 계산할 수 있다할 것이므로(같은 뜻: 국심 94서 4704, 1995.9.22., 서울 97-616, 1997.6.27. 국심 89서 2192, 90.4.11.외), 이건 공통매입세액중 면세관련 부분의 매입세액 안분계산은 청구법인의 직원과 처분청의 조사공무원이 과세사업 예정면적과 면세사용 예정면적을 실측한 후 동면적의 비율에 따라 공통매입세액을 안분계산한 후 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

• 가. 쟁점 쟁점건물의 신축과 관련된 공통매입세액을 과세 및 면세면적에 사용된 면적비율로 안분계산하여 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제17조 제2항 에서 "다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다"라고 규정하면서 그 제4호에서 "부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액)"이라고 규정하고 있고, 같은법시행령 제61조 제1항 본문에서 "사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 투자매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총 공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의해 안분계산하고 확정신고를 하는 때에 정산한다"고 하고 그 산식을 "면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액× 면세공급가액” 총공급가액 으로 규정하고 있으며, 제4항에서 "제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분 계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율"이라고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제61조의 2에서 “사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 다음 산식에 의하여 정산한다. 다만 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총 공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용 면적의 비율에 의하여 안분계산하고 확정신고를 하는 때에 정산한다.

1. 제61조 제4항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산하는 경우 『가산 또는 공제되는 세액』= {총 공통매입세액× (1- 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 면세공급가액) 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 총공급가액 -기공제세액}

2. 제61조 제4항 제3호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우 『가산 또는 공제되는 세액』={총공통매입세액× (1- 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 면세 사용면적) 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 총 사용면적

• 기공제세액}이라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 경상남도 마산시 ○○○동 ○○○에 1995.4.14.을 개업일로 하여 백화점 임대업의 사업자등록을 하고 사업장소재지에 쟁점건물(지하6층, 지상9층)을 1995.5.10. 착공하여 1998.3.25. 준공하고 부가가치세 매입세액을 전액공제하여 신고하였으며, 처분청은 쟁점건물의 면세사업부분과 과세사업부분을 조사하여 면세사용면적비율에 대하여는 환급을 거부하고 1998년 제1기분 부가가치세 48,905.430원을 부과하였다가 이의신청결정 및 심사청구결정에 따라 부가가치세액을 9,009,140원으로 감액경정결정하였는 바, 청구법인은 지하1층 판매시설(슈퍼마켓)의 면세사업예정면적 및 과세사업예정면적이 임의로 계상되었으므로 부당하다는 주장이다.

(2) 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 처분청 조사공무원이 청구법인의 경리과에 근무하는 직원과 함께 지하1층 판매시설(슈퍼마켓)에 대한 현지조사를 실시하여 면세사용면적(96.03㎡)과 과세사용면적(103.34㎡)을 확인하여 지하1층 판매시설을 면세 및 과세사용면적비율로 안분계산하여 과세하였음을 알 수 있고, 청구법인은 처분청의 위 조사내용이 부당하다고 주장만 할 뿐 실지로 지하1층 판매시설의 과세 및 면세에 사용될 예정 면적이 얼마인지를 알 수 있는 구체적인 증빙을 제시하지 못하고 있다.

(3) 건물 신축과 관련된 매입세액에 있어서 면세사업에 사용되는 면적과 과세에 공하는 면적은 실지 귀속분을 찾을 수 있는 가장 적합한 판단기준으로 볼 수 있으며 건물 신축관련 매입세액은 특단의 사정이 없는 한 그 건축비용이 건물의 면적에 비례하여 발생되는 것으로 볼 수 있으므로 과세사업과 면세사업을 함께 영위할 목적으로 신축한 쟁점건물에 있어서 과세사업에 사용할 면적과 면세사업에 사용할 면적이 예정되어 있는 경우 쟁점건물 신축관련 매입세액은 과세 및 면세에 사용할 면적의 비율에 의하여 합리적으로 계산할 수 있다 할 것이다(같은 뜻: 국심95구 2377, 1996.1.25. 외 다수).

(4) 전시 관련법령과 사실관계 등을 종합해 보면 이건 지하1층 판매시설(슈퍼마켓)에 대한 공통매입세액의 면세 및 과세부분의 매입세액 안분계산을 처분청의 조사공무원과 청구법인의 직원이 함께 과세사업예정면적과 면세사업예정면적을 실측한 후 동 면적의 비율에 따라 공통매입세액을 안분계산한 후 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.