세액공제대상인 연구개발전담부서는 과학기술처장관에게 신고하고 확인을 받은 경우에만 해당되므로 과학기술처장관에게 설치신고를 하지 않은 연구개발전담부서에 지출한 기술 및 인력개발비에 대하여 기술 및 인력개발비 세액공제를 배제한 처분은 정당함
세액공제대상인 연구개발전담부서는 과학기술처장관에게 신고하고 확인을 받은 경우에만 해당되므로 과학기술처장관에게 설치신고를 하지 않은 연구개발전담부서에 지출한 기술 및 인력개발비에 대하여 기술 및 인력개발비 세액공제를 배제한 처분은 정당함
심판청구번호 국심1999부 0186(1999. 2.24) 주 문 심판청구를 기각합니다.
청구법인은 경남 ○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○에 본점을 두고 기계제작 제조업을 영위하는 회사로서, 93∼96사업연도 법인세과세표준과 세액신고시 기술 및 인력개발비에 대한 세액 117,203,462원(이하 "쟁점세액"라 한다)을 공제하여 신고하였다.....
○○○세무서장은 청구법인이 연구개발전담부서 설치신고를 과학기술처장관 등에게 하지 않았다 하여 쟁점세액공제를 배제하고 98.5.8 청구법인에게 93사업연도 법인세 37,245,450원, 94사업연도 법인세 66,173,640원, 95사업연도 법인세 32,104,120원, 96사업연도 법인세 23,480,650원 합계 159,003,860원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 98.7.6 이의신청 및 98.9.28 심사청구를 거쳐 99.1.8 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견
- 가. 청구법인 주장 청구법인의 연구개발전담부서는 기술개발촉진법 시행규칙 제5조 제1항 에서 규정하는 요건을 충족하는 연구개발전담부서로서, 법령상 강제적으로 연구개발전담부서의 설치신고를 규정하고 있지 않음에도 과학기술처장관 등에게 신고하지 않았다는 사유만으로 쟁점세액공제를 배제하고 과세함은 부당하다.
- 나. 국세청장 의견 과학기술처장관(위임받은 한국산업기술진흥협회장 포함)에게 신고하지 아니한 경우에는 조세감면규제법시행령 별표3의 연구개발전담부서에 해당하지 아니하는 것(재정경제부 조예 46019-139, 98.4.19)인바, 청구법인이 지출한 기술 및 인력개발비에 대한 쟁점세액공제를 배제하여 법인세과세표준과 세액을 경정한 당초 처분은 정당하다.
1. 과학기술분야의 연구개발업무를 담당하는 부서임을 알 수 있는 명칭으로 되어 있을 것
2. 과학기술분야의 연구개발업무가 주요업무로 되어 있을 것
3. 자연계분야의 학사학위 이상의 학위를 가졌거나 국가기술자격법에 의한 기술계의 기사1급이상의 기술자격을 가진 자(중소기업기본법 제2조 의 규정에 의한 중소기업자의 경우에는 전문대학에서 과학기술분야에 관한 학과의 소정의 과정을 이수하고 졸업한 자 또는 이와 동등이상의 학력이 있다고 인정되거나 국가기술자격법에 의한 기술계의 기사2급이상의 기술자격을 가진 자) 1인이상이 연구전담요원으로 상시 확보되어 있을 것
4. 다른 부서와 사무실이 분리되어 있을 것”이라고 규정하고 있고, 같은조 제2항에는 “과학기술처장관은 조세ㆍ금융 기타의 지원상 필요하다고 인정되는 경우에는 제1항의 규정에 의한 기업내의 연구개발전담부서의 요건을 갖춘 자에 대하여 이를 신고하게 할 수 있다. 이 경우 신고에 관하여 필요한 사항은 과학기술처장관이 따로 정하여 고시한다"라고 규정하고 있다.
(1) 청구법인은 93∼96사업연도까지 연구개발전담부서에 기술 및 인력개발비로 599,297,586원을 지출하고 조세감면규제법 제9조 제1항에서 규정하고 있는 기술 및 인력개발비에 대한 쟁점세액공제를 적용하여 각사업연도 법인세과세표준과 세액을 신고하였음이 관련기록에서 확인된다.
(2) 청구법인은 연구개발전담부서가 기술개발촉진법 시행규칙 제5조 제1항 에 규정하는 요건만 충족하면 되지 과학기술처장관에 대한 설치신고는 강제사항이 아니므로 기술 및 인력개발비에 대한 쟁점세액을 공제하여야 한다고 주장하고 있는 반면, ○○○세무서장은 기술개발촉진법 시행규칙 제5조 제2항 에 의하여 과학기술처장관에게 신고하지 아니한 연구개발전담부서는 조세감면규제법 제9조 제1항에서 규정하고 있는 조세지원의 대상에 해당하지 아니하므로 쟁점세액공제의 배제는 정당하다고 주장한다.
(3) 조세감면규제법 제9조 제1항에서 규정하고 있는 기술 및 인력개발비 세액공제는 조세감면규제법 시행규칙 제7조 및 기술개발촉진법 시행규칙 제5조 에서 규정한 연구개발전담부서에 지출한 비용 중 제한적으로 적용되는 것이고, 기술개발촉진법 시행규칙 제5조 제2항 에서 연구개발전담부서의 신고의무를 강제하지는 아니하였으나 연구개발전담부서의 요건을 갖춘 자로서 조세ㆍ금융 기타의 지원이 필요한 경우에는 연구개발전담부서의 요건을 갖춘 사실을 과학기술처장관 등에게 신고하도록 규정하고 있고, 과학기술처장관이 고시한 연구개발전담부서 신고요령(과학기술처고시 제92-3호, 92.2)에 의하면 과학기술처장관은 연구개발전담부서의 신고를 받은 후 그 요건이 충족되면 확인서를 교부할 수 있으며 매년 신고사항의 변경, 전년도 실적 및 당연도 사업계획을 보고받을 뿐만 아니라 연구개발전담부서로 신고한 자중 요건에 미달하거나 연구개발활동등 실적이 없는 경우에 전담부서확인을 취소하도록 고시하고 있고, 기술개발촉진법의 소관부처인 과학기술처장관도 연구개발전담부서가 조세지원을 받기 위해서는 과학기술처장관의 확인을 받아야 하는 것으로 해석(기지 71313-43, 98.2.4)하고 있다.
(4) 위 사실관계 및 관계법령을 종합하여 볼 때 조세지원의 대상이 되는 연구개발전담부서는 기술개발촉진법 시행규칙 제5조 제2항 의 규정에 의거 과학기술처장관 등에게 신고하여 확인받은 연구개발전담부서만을 의미한다고 할 것이므로 ○○○세무서장이 쟁점세액공제를 배제하고 이 건 법인세를 과세한 당초 처분은 정당하다고 판단된다(국심 98경2214, 98.11.21 같은 뜻임).
결정 내용은 붙임과 같습니다.