농지대토 해당 여부

심판청구번호 국심1999부 0126(1999. 8. 5) 1,389,058,210원 및 동 농어촌특별세 19,198,590원의 부과 처분은 청구인이 1996.7.6 ○○○시에 양도(수용)하고 조세 감면규제법 제71조의 규정에 의하여 양도소득세 과세이연 신 청한 ○○○시 ○○○구 ○○○동 ○○○외 2필지 대지 925.8㎡ 중 739.2㎡ 및 동 지상건물 374.6㎡ 중 공장건물 299.1㎡에 대하여 동 부동산을 양도한 날로부터 3년이 되는 1999.7.5에 위 조세감면규제법 소정의 양도소득세 감면요건의 충족여부를 가려 그 과세표준과 세액을 결정하는 것으로 하 고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

청구인은 청구인소유의 아래 토지(아래 각 구분에 따라 "쟁점①-1부동산", "쟁점①-2부동산", "쟁점②-1주택", "쟁점②-2주택", "쟁점③토지", "쟁점④토지"라 하고, 전부를 합하여 이하 "쟁점부동산"이라 한다)가 ○○○시의 ○○○공업단지 개발사업으로 인하여 1996.6.29 및 1996.7.6에 ○○○시에 양도(수용)되자 쟁점①-1부동산에 대하여는 1996.9.30 양도소득세신고와 함께 5년 이상 가동공장의 이전에 따르는 양도소득세 과세이연신청서 및 공장이전계획서를 제출하고, 쟁점②-1, ②-2주택에 대하여는 위 같은 날 1세대1주택 특례신고서를 제출하였으며, 쟁점③, ④토지에 대하여는 1997.4.5 농지대토신고서를 제출하였다. 구분 소재지, 지목 및 면적 취득일 양도일

① -1

○○○시 ○○○구 ○○○동 ○○○, ○○○, ○○○ 대지 925.8㎡중 739.2㎡, 지상건물 374.6㎡중 공장 299.1㎡

1987. 7. 9

1996. 7. 6

① -2 위 같은 곳 ○○○, ○○○, ○○○ 대지 925.8㎡중 186.6㎡, 지상건물 374.6㎡중 주택 75.5㎡

1987. 7. 9

1996. 7. 6

② -1 위 같은 곳 ○○○ 대지 136㎡중 지상주택 275.8㎡

1990. 6. 2

1996. 6.29

② -2 위 같은 곳 ○○○ 대지 843㎡중 지상주택 195.34㎡

1994. 7.25

1996. 7. 6

③ 위 같은 곳 ○○○ 전 18,813㎡ 1980.10.10

1996. 7. 6

④ 위 같은 곳 ○○○ 제방 2,704㎡ 1980.10.10

1996. 7. 6 처분청은 쟁점①-1부동산에 대하여는 동 부동산(공장)의 양도 일로부터 1년 내에 신 공장을 취득하거나, 3년 내에 신 공장의 준공을 위하여 부지를 취득한 사실조차 없다 하여 청구인의 양도소득세 과세이연을 배제하고, 쟁점②-1, ②-2주택에 대하여는 동 주택을 포함하여 청구인이 공부상 3개의 주택을 소유하고 있다는 이유로 장기보유되고 후에 양도한 ①-2주택을 1세대1주택으로 비과세하고 나머지 쟁점②-1, ②-2주택에 대하여 1세대1주택 비과세를 배제하며, 쟁점③, ④토지에 대하여는 청구인이 새로 취득한 토지소재지에 거주하지 아니하거나, 대리경작 하였다는 이유로 농지대토에 의한 양도소득세 비과세를 배제하는 등 하여 1998.9.1 청구인에게 1996년 귀속 분 양도소득세 1,389,058,210원 및 동 농어촌특별세 19,198,590원을 결정 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1998.10.16 심사청구를 거쳐 1999.1.8 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장 청구인은 1981.11.25 ○○○제조업을 개시하여 공장을 정상운영하였고, 1996.7.6 동 공장을 ○○○시에 양도(수용)후 공장이전계획서를 제출하였으므로 이 날로부터 3년이 되는 1999.7.5까지 기다려 과세여부를 판단하여야 함에도 쟁점①-1부동산의 양도에 대하여 1998.9.1 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 부당하고, 쟁점②-1, ②-2주택은 한 울타리내의 1주택이고, ①-2부동산은 ①-1부동산(공장)내의 직원 휴게실 및 기숙사로서 사실상 주택이 아님에도 이를 주택으로 보아 쟁점②-1, ②-2 주택에 대하여 이를 1세대1주택으로 보지 아니하고 양도소득세 비과세를 배제한 처분은 부당하며, 쟁점③토지는 청구인이 경작하던 농지(27,903㎡)의 일부이고, 청구인이 ○○○조합의 조합장으로서 "○○○공업단지 사업부지"내 토지소유자들의 보상대책위원장을 맡았던 관계로 영농에 전념하기 어려워 1994년부터 청구 외 ○○○에게 일시적으로 농지관리를 위탁한 것이며, ○○○시의 경작현황조서등에 청구인을 경작자로 기재하고 있고, 처분청도 ○○○시에 양도(수용)된 농지에 대하여 8년 이상 자경농지로 보아 양도소득세 3억 원을 감면하였으며, 이토지를 양도한 후 1996년 9월 ~ 1996년 12월 기간중 ○○○도 ○○○시 ○○○면 및 ○○○면 소재 다른 농지 및 임야를 취득하여 그 중 일부에 과수원을 조성하였으므로 쟁점③토지에 대하여 농지대토에 의한 비과세규정의 적용을 배제한 처분은 부당하고, 쟁점④토지는 처분청이 농지가 아니고 제방이라 이유로 농지대토에 의한 비과세규정의 적용을 배제하였으나, 농지법 제2조 제1호 가 목에 의하면 제방도 농지에 해당하는 것으로 규정하고 있으며, 바다에 접한 농지소유자는 제방을 만들 수밖에 없으며, 실제로 경작에 사용되었으므로 쟁점③토지와 같이 농지대토에 의한 비과세를 인정하여야 한다.
• 나. 국세청장 의견 5년이상 가동공장의 양도로 인한 양도소득세 과세이연을 적용 받기 위하여는 관계법령에 의하여 등록된 공장으로서 장기휴업 또는 계절적인 비수기로 인한 휴업도 없어야 하나, 청구인은 매년 12월부터 2월까지만 가동하였으므로 쟁점①-1부동산의 양도는 양도소득세 과세이연의 적용대상이 아니고, 쟁점①-2부동산은 공부상 주택이고, 쟁점①-1부동산을 공장으로 사용하지 아니하는 비수기에 주택으로 사용되었을 것으로 보이며, 쟁점②-1, ②-2주택은 별도의 담장으로 독립된 주택임이 처분청의 조사보고서에 의하여 확인되므로 청구인은 3개의 주택을 소유하였는 바, 먼저 양도한 쟁점②-1주택과 나중에 양도한 2개의 주택 중 단기 보유한 쟁점②-2주택을 과세하고, 장기 보유한 쟁점①-2부동산을 1세대1주택으로 보아 비과세 하였으며, 청구인은 쟁점③토지를 양도하고 새로이 농지를 취득한 것은 사실이나, 새 농지에 거주하지 아니하였고, 청구 외 ○○○이 대리경작하였으며, 수산업(○○○제조업), 여관업, 냉장창고업을 영위하는 청구인을 전업농민으로 보기도 어려울 뿐만 아니라 쟁점③토지의 수용보상금지급의뢰서, 보상금영수증, 영농확인서, 영농보상비 지급 관련 서류등으로 보아 이 토지도 청구인이 경작하지 아니하고 청구외 ○○○이 대리경작한 것으로 보이고, 쟁점④토지가 농지에 해당하는지 여부에 불구하고 쟁점③토지의 경우와 같은 이유로 농지의 대토에 해당하지 아니하므로 이 건 양도소득세를 부과한 처분에 잘못이 없다.

• 가. 쟁점 이 건 심판청구의 다툼은 쟁점①-1부동산이 조세감면규제법 제71조 소정의 과세이연대상인 5년 이상 가동공장에 해당하는지 여부, 쟁점②-1, ②-2주택에 대하여 1세대1주택 비과세를 배제한 처분의 당부와, 쟁점③, ④토지에 대하여 농지대토에 의한 비과세규정의 적용을 배제한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 쟁점①-1부동산에 대하여

(1) 관련법령 쟁점부동산 양도당시(1996.6.29 및 1996.7.6) 조세감면규제법 제71조(5년 이상 가동한 공장의 이전에 대한 양도소득세 등의 감면) 제1항의 규정에 의하면, 『내국인이 계속하여 가동한 공장(이하 "구 공장"이라 한다)을 새로운 공장(이하 "신 공장"이라 한다)으로 이전하기 위하여 토지 등을 양도하는 경우에는 대통령령이 정하는 자에 따라 다음 각 호의 방법 중 나를 선택하여 세액을 감면 받거나 과세이연을 받을 수 있다.

1. 당해 토지 등을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하는 방법

2. 당해 토지 등의 양도에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 과세이연을 하는 방법』이라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제68조(5년 이상 가동한 공장의 이전에 대한 양도소득세 등의 감면) 제1항의 규정에 의하면, "법 제71조의 규정에 의하여 세액을 감면 받거나 과세이연을 받을 수 있는 경우는 다음 각 호의 1에 해당하는 경우로 한다.

1. 공장을 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 구 공장을 양도하는 경우

2. 구 공장을 양도한 날부터 1년 이내에 신 공장을 취득하여 사업을 개시하는 경우

3. 구 공장을 양도한 날부터 3년 이내에 신 공장을 준공하여 사업을 개시하는 경우"라고 규정하고 있으며, 위 같은 조 제7항의 규정에 의하면, "법 제71조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세 또는 특별부가세를 감면 받거나 과세이연을 받고자 하는 자는 구 공장의 양도 일이 속하는 과세연도의 과세표준신고(거주자인 경우에는 자산양도차익예정신고를 포함한다)와 함께 총리령이 정하는 세액감면신청서 또는 과세이연신청서에 다음의 서류를 첨부하여 제출하여야 한다.(이하생략)"고 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단 (가) 청구인은 1981.11.25 수산업을 개업(83.1.17 사업자등록)하였고, ○○○시 ○○○구청장으로부터 수산업법령에 의하여 수산제조업(○○○제조업) 신고필증을 교부(1995.10.30, 5년마다 갱신)받았으며, 1996.7.6 ①-1부동산을 양도하고, 1996.9.30 자산양도차익예정신고와 함께 과세이연신청서 및 사업장이전계획서를 제출하였음이 청구인이 제시한 사업자등록증, 수산제조업신고필증, 자산양도차익예정신고서 및 그 첨부서류에 의하여 확인된다. (나) 처분청과 국세청은 5년 가동공장 양도로 과세이연을 받기 위하여는 관계법령에 의하여 등록된 공장이어야 하고, 장기휴업사실이 없어야 함에도 1994.11.3 폐업하였으며, 계절적인 비수기로 인한 휴업도 없어야 하나, 매년 12월부터 2월까지만 가동하였으므로 과세이연대상이 아니라는 의견이나, 청구인 사업장은 수산업법령에 의하여 등록된 마른 김 제조 및 가공공장으로서 지방세법 및 공업배치 및 공장설립에관한법률에 의하여도 공장(표준산업분류표 15498)에 해당하므로 공장에 해당한다 할 것이고, 청구인 사업장은 당초 ○○○세무서의 관할이었으나, 1994.8.10 ○○○세무서가 분리되어 관할세무서가 바뀜에 따라 1994.11.3 ○○○세무서에 폐업신고하고, ○○○세무서에서 신규 사업자등록증을 교부 받았음이 ○○○세무서장이 교부한 사업자등록증명원에 의하여 확인되므로 청구인 사업장이 관계법령에 의하여 등록된 공장이 아니라거나, 1994.11.3 폐업하여 장기휴업중 이라는 것은 사실과 다르고, 청구인이 제시한 마른 김 제조공정을 보면, 매년 8월 하순경에 김 씨앗을 배양장에서 구입하여 그물에 착상시키는 작업을 시작으로 11월 하순경부터 익년 2월(또는 4월)까지 김을 채취·가공 및 판매하고, 다시 익년 8월까지 그물수선 및 공장기계의 보수작업을 하고 있다고 주장하는 바, 마른 김 제조업의 성격상 년 중 끊임없이 판매가 이루어질 수 없을 뿐이지 이를 휴업상태로 볼 수 없을 뿐만 아니라 실제로 청구인이 휴업신고를 한 사실도 없으므로 위와 같은 사유로 청구인 사업장을 공장이 아니라고 본 처분은 부당하다. 따라서, 청구인이 5년 이상 가동한 공장을 양도하고, 적법하게 과세이연신청을 한데 대하여 과세이연요건을 충족하는지 여부를 기다려 양도소득세를 다시 부과하는 것은 별론으로 하더라도 양도일(1996.6.29)로부터 약 2년 1개월이 되는 1998.9.1에 과세이연을 배제하고 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다(국심 94경1668, 94.11.1 같은 뜻)고 판단된다.

• 다. 쟁점①-2부동산, 쟁점②-1, ②-2주택에 대하여

(1) 관련법령 소득세법 제89조 (비과세양도소득)의 규정에 의하면, 『다음 각 호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 부과하지 아니한다』고 규정하면서 그 제3호에는 "대통령령으로 정하는 1세대1주택(대통령령이 정하는 고급주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득"이라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제154조(1세대 1주택의 범위) 제1항의 규정에 의하면, 『법 제89조 제3호에서 "1세대 1주택"이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것을 말한다. 다만, 각 호의 1에 해당하는 경우에는 그 보유기간의 제한을 받지 아니한다』고 규정하면서 그 제2호에는 "다음 각목의 1에 해당하는 경우.(후문생략)

• 가. 주택 및 그 부수 토지의 전부 또는 일부가 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 공공사업용으로 당해 공공사업의 시행 자에게 양도하는 경우
• 나. 토지수용법 기타 법률에 의하여 수용되는 경우(다 목 생략)"라고 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단 (가) 먼저, 공부상 주택으로 등재되어 있는 ①-2부동산, ②-1, ②-2주택의 현황을 보면 아래와 같다. 구 분 대지 및 주택면적 취득(신축)일 양도일

① -2 대지 186.6㎡, 주택 75.5㎡ 1987.7.9 취득 1996.7.6

② -1 대지 136㎡, 주택 275.8㎡ 1990.6.2 취득 1996.6.29

② -2 대지 843㎡, 주택 195.34㎡ 1994.7.25 신축 1996.7.6 (나) 청구인은 쟁점①-2부동산이 청구인이 운영하는 마른 김 제조공장내의 직원휴게실 및 기숙사라고 주장하나, 공부상 주택일 뿐만 아니라, 휴게실 및 기숙사로 사용되었다고 볼만한 증빙이 전혀 없어 이를 공장 부대시설로 인정하기 어렵고, 쟁점②-1, ②-2주택이 한 울타리내의 1주택이라고 주장하나, 각기 다른 지번에 위치하고, 그 규모가 적지 아니하고, 신축연도도 각기 다르며, 주민등록표상의 거주자도 각기 달리 되어 있을 뿐만 아니라 청구인이 제시한 사진에 의하여도 담장으로 구분된 별도의 주택으로 보이므로 1주택이라는 주장을 받아들이기 어렵다. 따라서, 청구인은 3개의 주택을 소유하고 있는 것이므로 먼저 양도한 쟁점②-1주택과 단기보유한 쟁점②-2주택에 대하여 1세대1주택 비과세를 배제한 처분에 잘못이 없다고 판단된다.

• 라. 쟁점③, ④토지에 대하여

(1) 관련법령 소득세법 제89조 (비과세양도소득)의 규정에 의하면, 『다음 각 호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 부과하지 아니한다』고 규정하면서 그 제4호에 "대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득"을 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제153조(농지의 비과세) 제2항의 규정에 의하면 『법 제89조 제4호에서 "대통령령이 정하는 경우"라 함은 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지(제4항 각 호의 1에 해당하는 농지를 제외한다)로서 다음 각 호의 요건을 갖춘 경우를 말한다』고 규정하면서 그 제1호에서는 "종전의 농지의 양도 일로부터 1년 내에 다른 농지를 취득하여 3년 이상 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우 또는 새로운 농지의 취득 일부터 1년 내에 종전의 농지를 양도하고 새로이 취득한 농지를 3년 이상 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우"라고 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단 (가) 청구인은 1996.7.6 쟁점③토지를 포함한 농지 30,357㎡를 ○○○시에 양도(수용)한 후, 1996.9.21 ∼ 1996.12.26 기간중 ○○○도 ○○○시 ○○○면 및 ○○○시 ○○○면에 소재한 전, 답, 임야 등 74,309㎡를 취득하였고, 위 토지(임야)상에 대추나무, 단감나무, 사과나무 등의 과수원이 조성되어 있는 사실은 처분청의 조사서 및 관련 공부등에 의하여 확인된다. 그러나, 농지의 대토에 의한 양도소득세 비과세규정을 적용 받기 위하여는 새로운 농지를 취득하여 당해 농지소재지에 3년 이상 "거주하면서 경작"하여야 하나, 청구인의 주민등표록에 의하면, 청구인은 1998.5.11 새로운 농지소재지인 ○○○도 ○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○에 전입한 것으로 되어 있고, 청구인의 배우자와 가족들은 1999년 현재에도 종전거주지인 ○○○시 ○○○구 ○○○동 ○○○에 거주하고 있는 점등으로 미루어 볼 때, 농지소재지 거주요건을 충족하지 못하므로 처분청이 쟁점③토지에 대하여 농지의 대토에 의한 양도소득세 비과세규정의 적용을 배제하고 이 건 양도소득세를 부과한 처분에 잘못이 없다고 판단된다. (나) 쟁점④토지는 공부상의 지목이 제방이라 하더라도, 농지법(제2조, 같은 법 시행규칙 제70조 참조)상 제방을 농지의 범위에 포함하여 규정하고 있고, 당해 토지(제방)의 소유자가 실제로 농지로 사용하고 있는지 등의 현황에 의하여 그 토지를 사실상 농지로 볼 것인지 여부를 결정하여야 할 것이나, 위에서 설시한 바와 같이 농지의 대토에 의한 양도소득세 비과세요건 중 농지소재지 거주요건을 충족하지 못하므로 위 쟁점③토지의 경우와 같은 이유로 쟁점④토지에 대하여도 농지의 대토에 의한 양도소득세 비과세규정의 적용을 인정할 수 없다고 판단된다.

• 마. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.