부동산의 일괄공급시 과세표준 안분계산

심판청구번호 국심1999부 0003(1999. 8.27) 부가가치세 57,070,350원은 ○○시 ○○구 ○○○동 ○○○ 및 같은동 ○○○ 소재 대지 423.2㎡, 건물 1,233.63㎡의 양도가액(1,402,000,000원) 중 건물분 양도가액을 190,960,204원으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

청구법인은 1979.12.29 청구외 망 ○○○으로부터 증여받은 ○○시 ○○구 ○○○동 ○○○ 및 동소 ○○○ 소재 임대용부동산 대지 423.2㎡, 건물 1,233.63㎡(이하 "쟁점부동산"이라 한다)를 1995.12.15 청구외 ○○○에게 양도하면서 토지 및 건물의 구분없이 매매가액을 1,402,000,000원으로 하여 양도하고 건물(이하 "쟁점건물"이라 한다)에 대한 부가가치세를 신고납부하지 아니하였다. 처분청은 쟁점부동산 양도당시의 장부가액(합계 339,559,525원: 토지가액 229,797,600원, 건물가액 109,761,925원)에 의하여 안분계산한 건물가액 439,002,964원을 쟁점건물의 공급가액으로 하여 1998.8.3 청구법인에게 1995년도 제2기분 부가가치세 57,070,350원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1998.9.26 심사청구를 거쳐 1998.12.24 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구주장 처분청은 청구법인이 양도한 쟁점부동산의 건물에 대한 부가가치세를 결정하면서 양도금액 1,402,000,000원중 부가가치세 과세표준이 되는 건물가액을 매매계약서상 토지 및 건물가액이 구분되어 있지 않다는 이유로 부가가치세법 시행령 제48조 의 2 제4항 제2호의 규정에 의하여 쟁점부동산의 양도당시 청구법인의 장부가액을 기준으로 안분계산하여 이 건 부가가치세를 결정고지하였으나, 쟁점부동산의 장부가액은 객관성이 없이 부적정하게 표시된 가액이므로 청구법인에서 쟁점부동산을 양도하기 위하여 양도전인 1994.12.20 쟁점부동산을 ○○감정원에 감정의뢰하여 평가한 감정평가액을 기준으로 안분계산하여 쟁점건물의 공급가액을 190,960,204원으로 하여 경정하여야 한다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인은 쟁점부동산의 장부가액이 객관성과 합리성이 없는 부적절한 가액이므로 감정평가액에 비례하여 안분계산하여야 한다고 주장하나, 동 장부가액은 쟁점부동산의 공급계약일 현재까지 청구법인이 계속해서 기장하여 온 가액인 반면, 청구법인이 제시한 감정평가액은 쟁점부동산의 양도일 현재의 가액이 아니고 쟁점부동산의 공급계약일로부터 약 1년전에 감정평가한 가액일 뿐만 아니라, 관련법령의 규정에 의할 때 장부가액에 비례하여 안분계산한 가액을 감정평가액에 비례하여 안분계산한 가액보다 우선 적용하도록 적용순서를 규정하고 있을 뿐 장부가액이 부적절한 경우에 감정평가액에 비례하여 안분계산할 수 있도록 규정한 것은 아니므로 처분청이 청구법인의 장부가액에 의하여 쟁점건물의 부가가치세 과세표준을 안분계산하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점부동산의 부가가치세를 계산함에 있어 토지와 건물의 가액을 장부가액과 감정평가액중 어느것을 기준으로 안분계산하는 것이 타당한지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 시행령 제48조 의 2 제3항에서 "사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다"고 규정하고 있고, 같은조 제5항에서 "제3항 본문의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 경우에는 그 가액을 건물 및 기타 구축물의 실지거래가액으로 본다. 이 경우 적용순서는 다음 각호의 순에 의한다.

1. 주택건설촉진법에 의하여 국가 또는 지방자치단체로부터 사업계획의 승인을 얻어 공급하는 주택의 경우에는 그 승인된 사업계획상의 분양가액

2. 토지와 건물 및 기타 구축물의 장부가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액. 이 경우 장부가액이 없는 때에는 취득가액을 기준으로 한다.

3. 지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정평가한 가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액"이라고 규정하고 있으며, 사립학교법 제28조 제1항 에서 "학교법인이 그 기본재산을 매도·증여·교환 또는 용도변경하거나 담보에 제공하고자 할 때 또는 의무의 부담이나 권리의 포기를 하고자 할 때에는 관할청의 허가를 받아야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경미한 사항은 이를 관할청에 신고하여야 한다"고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제11조 제1항에서 "법 제28조 제1항의 규정에 의한 학교법인의 기본재산의 매도·증여 또는 교환에 관한 허가신청서에는 다음의 서류를 첨부하여야 한다.

2. 감정평가서(교환의 경우에는 쌍방의 재산)

4. 교환재산 또는 처분대금의 처리에 관한 사항을 기재한 서류(교환 또는 매도의 경우에 한한다)"라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 청구법인은 쟁점부동산의 장부가액은 객관성이 없이 부적정하게 표시된 가액이므로 청구법인에서 쟁점부동산을 양도하기 위하여 양도전인 1994.12.20 쟁점부동산을 ○○감정원에 감정의뢰하여 평가한 감정평가액을 기준으로 토지와 건물을 안분계산하여 쟁점건물의 공급가액을 190,960,204원으로 하여 달라는 주장인 바 이에 대하여 살펴본다. 쟁점부동산의 양도당시 토지 및 건물의 장부가액은 토지가액이 229,797,600원이고, 건물가액은 137,761,925원에서 감가상각충당금 28,127,975원을 차감한 109,761,925원인 사실에 대하여는 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없다.

(1) 청구법인은 쟁점부동산 및 27필지 총면적 102,110.2㎡의 부동산을 ○○○대학교 설립·운영비용으로 사용하기 위하여 사립학교법 제28조 제1항 에 의하여 교육부에 기본재산처분허가를 받았음이 관련공문(문서번호 전행81423-177, 1995.3.8)에 의하여 확인되고, 동 기본재산허가신청시 사립학교법 시행령 제11조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 쟁점부동산의 양도(1995.12.15)전인1994.12.19을 가격시점 및 조사기간으로 하여 ○○감정원 ○○○지점에서 감정평가하였으며, 동 감정평가서에 의할 때 대지 423.2㎡는 1,180,760,000원, 건물 1.233.6㎡는 186,185,600원 총1,366,945,600원으로 평가된 사실이 확인된다.

(2) 처분청은 쟁점부동산의 양도 당시 장부가액이 존재하고 있어, 설령 쟁점부동산의 장부가액이 부적정한 경우라고 하더라도 부가가치세법 시행령 제48조 의 2 제4항에서 과세표준의 안분계산시 적용순서를 정하고 있다는 사유로 쟁점부동산의 장부가액을 기준으로하여 건물분 가액을 산정하고 이 건 부가가치세를 과세한 사실이 처분청의 처분근거에 의하여 확인된다.

(3) 쟁점부동산중 건물은 1966년 신축되어 양도 당시 29년여 경과되었고 쟁점부동산의 매수인 ○○○이 1995.10.14 잔금을 청산하여 사실상 소유자가 된 후인 1995.12.12 쟁점건물을 멸실한 사실이 건축물관리대장에 의하여 확인되고, ○○○이 쟁점토지 지상에 건축면적 265.78㎡, 연면적 3,455.91㎡의 지하3층, 지상10층의 건물을 신축하였음이 건축허가신청서 및 허가서, 건축법 제18조 의 규정에 의한 사용승인을 받지 않고 입주하여 사용중임이 ○○시 ○○구청장의 시정촉구 공문(문서번호 건축58550-1663, 1998.10.19)에 의하여 확인되고 있어 쟁점부동산 양도 당시 건물은 노후한 건물이었던 것으로 보인다.

(4) 쟁점부동산의 장부가액의 경우, 토지의 장부가액은 명확한 기준없이 1992년도 과세시가표준액(240등급)을 기준으로 평가되었음이 토지대장에 의하여 확인되고, 건물의 장부가액도 청구법인에서 1979년 쟁점부동산 수증시 아무런 평가기준 없이 69,023,500원으로 평가하여 장부에 기장한 뒤 1982년 정기공사 288,000원, 1987년 내부수리 39,400,000원, 1991년 내부수리 4,698,400원, 92년 옥상난간공사 24,480,000원 등은 자본적지출로 볼 수 없음에도 불구하고 이를 자본적지출로 보아 건물의 가액에 가산하였음이 청구법인의 대차대조표와 자산계정명세서, 감가상각충당금계정명세서에 의하여 확인되는 사실에 비추어 쟁점부동산의 토지 및 장부가액이 부적정하게 평가된 장부가액으로 보인다.

(5) 쟁점부동산의 양도 당시의 실지거래가액 1,402,000,000원을 장부가액, 감정평가액 및 지방세법에 의한 과세시가표준액을 기준으로 한 토지·건물의 가액을 안분계산하면 아래와 같다. 장부가액·감정평가액 및 과세시가표준액에 의하여 안분계산한 건물가액의 비교 (단위: 원) 구 분 장부가액으로 안분계산한가액 (구 성 비) 감정가액으로 안분계산한가액 (구 성 비) 과세시가표준액으로 안분계산한 가액 (구 성 비) 토 지 948,806,355 (67.7) 1,211,039,796 (86.4) 997,715,086 (71.16) 건 물 453,193,645 (32.3) 190,960,204 (13.6) 404,284,914 (28.84) 계 1,402,000,000 (100) 1,402,000,000 (100) 1,402,000,000 (100) (※ 위 구성비는 쟁점부동산의 양도가액 1,402,000,000원을 장부가액, 감정가액 및 과세시가표준액으로 안분계산한 가액임)

(6) 쟁점부동산의 양도 당시 지방세법에 의한 과세시가표준액에 의한 토지의 가액은 392,729,600원이고 건물의 가액은 159,138,270원으로서 합계 551,867,870원이고, 감정평가액에 의한 토지의 가액은 1,180,760,000원이고 건물의 가액은 186,185,600원으로서 합계 1,366,945,600원이며, 장부가액에 의한 쟁점부동산의 토지가액은 229,797,600원이고 건물가액은 109,761,925원으로서 합계 339,559,525원으로 나타나고 있는 바, 처분청에서 장부가액을 실지거래가액으로 보고 이를 근거로 쟁점부동산의 양도가액을 안분계산한 건물가액 453,193,645원이 쟁점부동산의 양도가액에서 차지하는 비율은 32.3%으로서 감정평가액으로 안분계산한 건물가액 190,960,204원이 차지하는 비율인 13.6%과 지방세법에 의하여 안분계산한 건물가액 404,284,914원이 차지하는 비율인 28.84%보다 현저히 높게 나타나고 있다. 부가가치세법 시행령 제48조 의 2 제3항의 취지는 일반적으로 매매계약서상의 매매금액이 실지거래가액임이 확인되고 동 계약서상에 토지의 가액과 건물의 가액이 구분표시되어 있으며, 구분표시된 토지와 건물가액이 당해 토지·건물의 규모와 형태, 이용도와 효용도, 인근토지 및 건물의 공급가액등에 비추어 합당하다고 인정되는 경우에는 동 계약서상의 건물가액을 공급가액으로 보아야 하고, 부동산매매계약서상에 기재된 매매금액이 실지거래가액임이 확인되지만 토지와 건물의 가액의 구분이 불분명하거나 그 구분표시된 가액이 당해 토지 및 건물의 규모와 형태, 사회통념등에 비추어 합당하지 아니한 경우에는 부득이 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 의해 안분계산하여야 하나, 부동산매매계약서상에 기재된 매매금액이 실지거래가액임이 확인되고 매매계약일을 전후하여 공인된 감정평가기관의 감정가액이 있거나 거래당사자중 일방 또는 쌍방이 국가, 지방자치단체 또는 법인으로서 거래당사자가 토지·건물가액을 구분하여 기장하고 동 기장내용을 신뢰할 수 있는 경우 등에는 그 감정가액 또는 거래당사자의 기장금액중에서 건물가액 상당을 그 실지거래가액으로 보는 것이 지방세법상 과세시가표준액으로 안분계산한 가액을 공급가액으로 보는 것보다 합리적인 경우에 적용되는 것으로서 부가가치세법 시행령 제48조 의 2 제4항은 위 제3항의 규정내용을 구체화하여 입법화 한 것이라 하겠다. 따라서 이 건의 경우처럼 부동산 매매계약서상의 기재된 매매금액이 실지거래가액임이 확인되고 공인된 감정평가기관의 토지와 건물의 감정가액이 신뢰할 수 있는 경우에는 부적정한 장부가액에 의하여 안분계산 할 것이 아니라 감정가액에 의하여 안분계산한 건물분 가액을 건물분 실지거래가액으로 보아 부가가치세를 부과하는 것이 합리적인 것으로 판단된다(같은뜻, 국심97서115, 1997.7.21외 다수).

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.