분리과세 대상 소득을 합산신고한 것이 경정청구의 대상이 되는지 여부

심판청구번호 국심1999구 2217(2000. 3.29) 법인은 비영리내국법인으로 1998사업연도 법인세 신고시 청구법인의 이자소득 465,721,783원을 과세표준에 포함하여 법인세 16,089,990원을 신고납부한 후, 1999.6월 동 이자소득을 과세표준에서 제외하여 당초 납부세액중 16,089,990원의 환급을 요구하는 경정청구를 하였으며, 이에 대하여 처분청은 과세방법의 변경은 경정청구 대상에 해당하지 아니한다고 보아 1999.7.3 이를 거부하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.7.16 심사청구를 거쳐 1999.10.7 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 법인세법 제27조 규정에 의하여 청구법인에게 유리한 과세방법을 선택할 수 있음에도 착오로 인하여 이자소득을 과세표준에 포함하여 신고하여 세부담이 증가하였는 바, 착오로 인하여 상실한 권리 회복의 기회를 주는 것이 과세형평에 맞고 실질과세원칙 및 신의성실원칙에 부합하는 것으로서 국세기본법상 경정청구제도가 있음에도 처분청이 환급을 거부하는 것은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 국세기본법 제45조의2 제1항 에 의하면, 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자가 법정신고기한 경과후 1년이내에 경정청구할 수 있도록 규정되어 있는 바, 청구법인의 경우를 보면 1998사업연도의 법인세의 신고기한내인 1999.3.31 법인세 과세표준신고서를 제출하였고, 법정신고기한인 1999.3.31로부터 1년이내인 1999.6월 경정청구를 구하였으므로 경정청구할 수 있는 형식요건을 갖춘 것이지만, 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호 에서는 경정청구할 수 있는 사유에 대하여 "과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때"라고 규정하고 있는 바, 법인세법상 비영리내국법인의 이자소득은 비영리내국법인의 선택에 의하여 법인세 신고시 과세표준에 포함하거나 제외할 수 있도록 규정하고 있고, 이 건과 같이 청구법인에서 이자소득을 과세표준에 포함하여 신고한 것은 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준을 신고한 경우에 해당한다 할 것이며, 또한 법인이 적법한 절차에 의하여 결산을 확정하고 법인세 과세표준신고를 한 후에는 당초의 재무제표를 정정하여 경정 등을 청구할 수 없는 것이므로 청구법인의 경우에는 위 경정청구 사유에 해당되는 것으로 볼 수 없다 할 것이며, 처분청에서 청구법인이 이자소득을 과세표준에 포함하여 신고한 후 분리과세 방법으로 변경하여 당초 납부한 법인세를 환급신청한 경정청구에 대하여 이를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 이 건은 비영리내국법인이 이자소득을 과세표준에 포함하여 법인세를 신고납부한 후, 경정청구에 의하여 이자소득의 분리과세를 요구할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 (1) 법인세법 제27조 제1항 에 "비영리내국법인은 제1조 제1항 제3호의 규정에 의한 이자·할인액 및 이익(소득세법 제16조 제1항 제12호 의 비영리대금의 이익을 제외하고, 증권투자신탁수익의 분배금을 포함하며, 이하 이 조에서 “이자소득”이라 한다)에 대하여 제26조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제9조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다."고 규정하면서, 같은조 제2항에 "제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 제39조의 규정에 의한 원천징수의 방법에 의하여 과세한다."고 규정하고 있다. (2) 국세기본법 제45조 의 2 제1항에 "과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 1년이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다."고 규정하고, 그 제1호에 "과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때"라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 부동산임대업을 영위하는 비영리내국법인으로 이자소득 465,721,783원을 포함한 432,986,435원을 과세표준으로 하여 1999.3.31 1998사업연도 법인세 과세표준 및 세액계산서를 처분청에 제출하고 법인세 16,089,991원을 납부한 후, 1999.6월 이자소득의 분리과세를 요구하는 경정청구를 한 사실이 있으며, 이에 대하여 처분청과 청구법인간에 다툼이 없다.

(2) 청구법인은 법인세법 제27조 규정에 의하여 청구법인에게 유리한 과세방법을 선택할 수 있음에도 착오로 인하여 이자소득을 과세표준에 포함하여 신고하여 세부담이 증가하였고, 법정신고기한인 1999.3.31로부터 1년이내인 1999.6월 경정청구를 적법하게 하였으므로 처분청이 이자소득의 분리과세를 거부하는 것은 부당하다고 주장하고 있다. (3) 법인세법 제27조 에 비영리내국법인은 이자소득에 대하여 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있도록 하고 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 원천징수의 방법에 의하여 과세한다고 규정하고 있어, 비영리내국법인은 이자소득이 있는 경우 동 이자소득을 다른 수익사업소득에 합산하고 원천납부세액을 공제하여 과세표준신고를 하는 신고방법과 수익사업소득에 합산하지 아니하고 원천징수로서 과세절차를 종결하는 방법 중에서 이를 선택할 권한이 인정된다고 할 것이나 이와 같은 선택권한은 당초 법인세 신고시에 있어서 그 신고방법의 선택이 가능한 것을 인정한 것에 불과하며 수정신고 또는 경정청구에 의하여 과세방법을 변경할 수 있는 것까지 인정하는 것은 아니라고 하겠다.(국심96서887, 1996.10.23외 같은 뜻임)

(4) 한편, 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호 에 경정청구 사유로 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때라고 규정하고 있는 바, 법인세법상 비영리내국법인의 이자소득은 비영리내국법인의 선택에 의하여 법인세 신고시 과세표준에 포함하거나 제외할 수 있어 청구법인이 이러한 선택권한을 행사하여 이자소득을 과세표준에 포함하여 신고한 것은 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준을 적법하게 신고한 경우에 해당한다고 할 것이므로 청구법인이 주장하는 과세방법의 변경은 위 경정청구사유에 해당되는 것이 아니라고 할 것이다.

(5) 위의 내용을 종합하면, 청구법인이 법정신고기한내 이자소득을 과세표준에 포함하여 법인세를 신고납부함으로써 과세 종결되었다고 볼 것이므로 이후 분리과세 방법으로 변경하여 당초 납부한 법인세의 환급을 요구하는 경정청구에 대하여 처분청이 이를 거부한 것은 잘못이 없다고 판단된다.

• 라. 결 론 그러므로 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.