직권폐업된 사업자로부터 수취한 세금계산서의 매입세액을 공제할 수 있는지 여부

심판청구번호 국심1999구 1611(1999.12.27) 1997.8.21 청구외 ○○○건설 ○○○과 경북 경산시 ○○○면 ○○○리 ○○○산업단지에 ○○○산업사옥 신축공사 도급계약(도급금액: 243,000,000원, 이하 "쟁점공사"라 한다)을 체결하여 공사용역을 제공받은 후 1997.10.14과 1998.1.5에 각각 관련 매입세금계산서 2매(공급가액 126,000,000원, 125,000,000원 이하 "쟁점세금계산서"라 한다)를 교부받아 부가가치세 신고시 매출세액에서 공제하였다. 처분청은 쟁점세금계산서에 대하여 이를 교부한 ○○○건설 ○○○이 1997.1.1 직권폐업되어 당해 거래는 폐업후 거래분으로 공제받지 못할 매입세액에 해당되는 것으로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 1998.12.13 청구인에게 1997년 2기분 부가가치세 13,860,000원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999.1.5 이의신청과 1999.4.21 심사청구를 거쳐 1999.7.8 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구주장 쟁점공사에 대한 공사도급계약은 시공업자인 ○○○건설 ○○○의 사업장을 직접 방문하여 사업자등록증을 확인하고 계약을 체결한 후 공사용역을 제공받아 완공하여 경산시로부터 준공검사를 받았으며, 총공사대금 284,672,000원(IMF 경제위기에 따른 자재비 인상분과 추가공사비 17,327,000원 포함) 중 241,972,000원은 ○○○공단으로부터 시설자금으로 대출을 받아 ○○○건설 ○○○의 ○○○은행계좌로 이체지급하였고 나머지대금은 직접 지급하였으며, 공사대가에 대하여는 기성금액에 따라 정상적으로 세금계산서를 교부받았으므로 선의의 거래당사자임에도 쟁점세금계산서에 대하여 폐업후 거래분이라 하여 관련 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 청구인이 선의의 거래당사자로서 인정받기 위해서는 시공업자가 사업장을 갖춘 정상적인 사업자인지 여부와 사업자등록증을 확인하는 주의의무를 다하여야 함에도 시공업자가 장기간 사업장을 갖추지 아니하고 부가가치세 신고의무를 이행하지 아니한 사실에 비추어 청구인이 그러한 의무를 성실하게 이행하였다고 보기 어렵고, 공사대가를 지급하고 세금계산서를 교부받았다 하더라도 그 세금계산서는 일반과세자로 사업자등록증을 교부받은 정상적인 사업자가 교부받은 것에 한하여 매입세액이 공제되는 것임에도 쟁점공사의 시공업자는 무단폐업으로 직권폐업된 자로 사업자의 지위가 상실되어 미등록사업자에 해당되고 따라서 그 사업자로부터 교부받은 세금계산서는 정상적인 세금계산서로 보기 어려우며, 설령 쟁점공사의 시공업자가 정상적인 사업자라 하더라도 공사도급계약서상 공급대가는 243,000,000원이고 청구인이 제시한 대금지급영수증은 284,672,000원이며 교부받은 세금계산서의 공급대가는 276,000,000원으로 그 금액이 각각 다르고, 쟁점세금계산서의 작성일자와 공사도급계약서상 공급시기가 서로 달라 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당되는 것으로 판단되므로 처분청이 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁점 직권폐업된 사업자로부터 수취한 쟁점세금계산서의 매입세액을 공제할 수 있는지의 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제1조 제1항 제1호 에는 "부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 과세한다.

1. 재화 또는 용역의 공급"이라고 규정하고 있고, 같은 법 제2조 제1항에는 "영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자(이하 '사업자'라 한다)는 이 법에 의하여 부가가치세를 납부할 의무가 있다."고 규정하고 있으며, 같은 법 제17조 제2항 제1의 2와 제5호에는 "다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니하였거나 교부받은 세금계산서를 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 세금계산서에 필요적 기재사항(제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 사항을 말한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 그 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

5. 법 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액"이라고 규정하고 있다. 같은 법 제9조 제2항 및 제3항에는 "용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 하고, 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다."고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제22조 제1호 내지 제3호에는 "법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도기준지급·중간지급·장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때(이하생략)"라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 처분청은 청구인이 직권폐업된 사업자와 거래하였을 뿐만 아니라 관련서류간 내용이 일치하지 아니한다 하여 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 데 대하여, 청구인은 공사도급업체의 사업자등록증을 확인하고 계약을 체결하였으며, 금융자료에 의하여 대급지급 사실도 확인되므로 선의의 거래당사자로 보아 쟁점세금계산서상의 매입세액이 공제되어야 한다고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴본다.

(1) 쟁점세금계산서의 내용을 보면, 공급자인 청구외 ○○○건설은 공급받는 자인 ○○○산업사(청구인)로부터 1997.10.14 공급가액 126,000,000원(세액 12,600,000원 별도), 1998.1.5 공급가액 125,000,000원(세액 12,500,000원 별도) 합계 251,000,000원(세액 25,100,000원 별도)의 건축공사비를 지급받은 것으로 하여 세금계산서를 발행하였음이 확인된다.

(2) 공사도급계약서에 의하면, 시공자인 청구외 ○○○건설(○○○)과 청구인은 쟁점공사에 대하여 공사기간을 1997.6.18부터 1997.11.30까지로 하고 도급금액을 243,000,000원으로 하여 1997.8.21에 계약을 체결하였음이 확인되고, 청구인이 제시한 ○○○은행 ○○○지점의 예금통장(계좌번호: ○○○)에 의하면, 예금주가 청구외 ○○○로 1997.10.23과 1998.3.12에 각각 125,986,000원과 115,986,000원 합계 241,972,000원이 입금되었음이 확인되며, 영수증(2매)에 의하면 지급자인 청구인은 영수인인 ○○○건설에 ○○○산업 ○○○공장 신축기성금으로 1997.9.11과 1998.1.23에 각각 15,000,000원과 27,700,000원을 지급한 것으로 되어 있어 청구인은 공사대금으로 청구외 ○○○건설에 총 284,672,000원을 지급한 것으로 나타나 있다.

(3) 청구인이 ○○○공단으로부터 대출받은 시설자금으로 쟁점공사대금을 지급하였다고 제시한 거래상황확인서(1998.6.24 ○○○공단이사장 발급)에 의하면, 청구인은 ○○○산업공장(채권최고액 513.6백만)을 담보물로 하여 1997.7.30과 1997.10.23에 각각 169,000,000원 및 259,000,000원 합계 428,000,000원을 대출받은 것으로 나타나 있으나 대금지급일자 및 금액이 일치하지 아니하여 동 금액이 쟁점공사대금으로 지급되었는지의 여부가 불분명하다.

(4) 국세청의 전산출력자료와 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 청구외 ○○○건설은 장기간 사업장을 제대로 갖추지도 아니하였을 뿐만 아니라 1997.1.1 실질적인 폐업자로 1997.7.1자 처분청이 사업자등록을 말소하였으며, 1997년도와 1998년도에 부가가치세를 신고한 사실이 없음이 확인된다.

(5) 청구인이 선의의 거래당사자로 인정받기 위해서는 처분청이 청구외 ○○○건설을 직권으로 폐업시킨 1997.1.1 이후 당해 공사완료시까지 청구외 ○○○건설이 영업을 계속하고 있었다는 사실을 입증하여야 함에도 이에 대한 거증자료의 제시가 없고, 관련 공사도급계약서와 청구인이 제시한 대금지급영수증 및 교부받은 세금계산서상의 공급대가가 각각 다르며, 쟁점세금계산서의 작성일자와 공사도급계약서상의 공급시기가 서로 다른 점등을 종합해 보면, 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당되는 것으로 인정되고 청구인을 선의의 거래당사자로 보기도 어려워 처분청이 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다고 판단된다.

• 라. 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.