등록 전 매입세액 해당 여부

심판청구번호 국심1999구 0914(1999.11.10) 6 거부통지한 처분은 청구법인의 경정청구세액 중 1997년 제2기분 불공제매입세액 144,427,268원에 대하여는 이 를 각하하고, 나머지청구는 이를 기각한다.

청구법인은 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인으로서 학교구내에 임대목적의 국제관건물(연면적 6,229.79㎡로서, 이하 "쟁점건물"이라 한다)을 신축하기 위하여 1996.1.23 청구외 (주)○○○건설과 공사도급계약을 체결하여 공사를 시행하고, 1997년 제2기 부가가치세 신고기한내에 쟁점건물의 공사비 매입세액 중 144,427,268원에 상당하는 세금계산서와 매입처별 세금계산서합계표를, 1998년 제1기 부가가치세 신고시 부가가치세 과세표준신고서와 함께 쟁점건물의 공사비 매입세액 중 111,359,068원(매입세액 합계액 255,786,336원으로서, 이하 "쟁점매입세액"이라 한다)에 상당하는 세금계산서와 매입처별세금계산서합계표를 처분청에 제출하였으며, 1998.8.6 처분청에 쟁점매입세액을 환급하여 달라고 경정청구 하였다. 처분청은 1998.10.16 청구법인이 수익사업과 관련하여 사업자등록을 하지 아니하였다 하여 쟁점매입세액을 등록전매입세액으로 보아 청구법인의 경정청구를 받아들일 수 없다고 통지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1998.12.14 심사청구를 거쳐 1999.4.20 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 1967.12.16 설립허가된 학교법인 ○○○학원이 운영하는 대학교로서 1971.9.20 설립하였고, 1989.1.1부터 사업자등록증을 교부받아 수익사업을 개시하였음이 처분청으로부터 1997.3.3 교부받은 사업자등록증명원에 의하여 확인되므로 청구법인을 미등록사업자로 보아 쟁점매입세액을 불공제한 처분은 부당하다. 청구법인은 1995년 중 학교구내에 제2후생관(이하 "쟁점외건물"이라 한다)의 신축과 관련하여 1995년 제2기 ∼ 1997년 제1기 기간의 각 부가가치세 신고시 매입세금계산서를 제출하였고, 97.12.26 매입세액 환급 경정청구를 하여 1998.3.24 동 매입세액 93,423,460원을 환급받은 사실이 있으며, 처분청은 1999년 현재(1기 예정)까지 청구법인의 부가가치세 신고를 정상적인 것으로 받아들여 왔음에도 쟁점매입세액을 공제(환급)하여 달라는 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다. 또한, 쟁점건물은 쟁점외건물과 같이 청구법인의 구내에 위치하고, 같은 수익사업목적(임대)의 건물로서 이를 달리 취급할 수 없음에도 쟁점건물의 건축에 대한 매입세액만 불공제한 것은 행정행위의 일관성을 결여하고 신의성실원칙을 위배한 처분이므로 쟁점매입세액을 공제(환급)하여야 한다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인은 1997년 제2기분 부가가치세를 신고하지 아니하였으므로 경정청구의 대상이 되지 아니하고, 경정청구에 대한 거부통지는 단순한 사실통지로서 불복대상이 되는 처분이 아니다. 1998년 제1기분 부가가치세는 신고하였으나, 청구법인의 수입사업에 대하여 처분청에 수익사업개시신고나 부동산업(임대업)을 영위하겠다는 내용의 사업자등록을 신청한 사실이 없어 등록전매입세액에 해당하므로 쟁점매입세액을 공제할 수 없다.

• 가. 쟁점 첫째, 쟁점매입세액 중 1997년 제2기분 매입세액을 공제하지 아니한 처분이 경정청구 대상인지 여부, 둘째, 1998년 제1기분 매입세액이 등록전매입세액에 해당하는지 여부, 셋째, 쟁점매입세액을 불공제한 처분이 신의성실원칙에 반하는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 1997년 제2기분 매입세액불공제 처분이 경정청구 대상인지에 대하여

(1) 관련법령 국세기본법 제45조 의 2(경정등의 청구) 제1항에 의하면, "과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 1년이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때"라고 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단 청구법인은 1997년 제2기분 부가가치세 신고시 과세표준신고서를 제출한 사실이 없고, 쟁점매입세액과 관련하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하여 왔을 뿐인 바, 이에 대하여는 청구법인도 인정하고 있음이 이 건 심판청구서에 의하여 확인된다. 매입처별세금계산서합계표의 제출은 부가가치세법상 국가조세업무의 협력의무자로서의 의무를 이행한 것일 뿐이지 사업자로서 과세표준신고를 한 것으로 볼 수 없으므로 쟁점매입세액 중 1997년 제2기분 매입세액을 불공제한 처분은 경정청구 대상이 아니라고 판단된다(국심 98부1932, 1998.12.26 같은뜻).

• 다. 1998년 제1기분 매입세액이 등록전매입세액인지에 대하여

(1) 관련법령 이 건 과세기간 당시(1997년 제2기 ∼ 1998년 제1기) 법인세법 제61조 (비영리법인의 수익사업개시신고)에 의하면, "비영리내국법인과 비영리외국법인(제56조 제1항 또는 제3항에 규정하는 사업장을 국내에 가지고 있는 외국법인에 한한다)이 새로 수익사업(제1조 제1항 제1호 및 제7호의 수익사업에 한한다)을 개시한 때에는 그 개시일로부터 60일이내에 다음 각호에 게기하는 사항을 기재한 신고서에 그 사업개시일 현재의 그 수익사업에 관련된 대차대조표 기타 대통령령이 정하는 서류를 첨부하여 이를 정부에 신고하여야 한다.

3. 대표자의 성명과 경영 또는 관리책임자의 성명

7. 수익사업의 사업장"이라고 규정하고 있다. 부가가치세법 제5조 (등록)에 의하면, 『① 신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일전이라도 등록할 수 있다.

② 사업장 관할세무서장은 제1항의 규정에 의하여 등록한 사업자에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 등록번호가 부여된 등록증(이하 "사업자등록증" 이라 한다)을 교부하여야 한다(이하 생략)』고 규정하고 있고, 같은법시행령 제8조(등록번호)에 의하면, "① 법 제5조 제2항에 규정하는 등록번호는 사업장마다 관할세무서장이 부여한다.

② 관할세무서장은 과세자료를 효율적으로 처리하기 위하여 법 제20조 제3항 또는 제4항에 규정하는 자에게도 등록번호에 준하는 고유번호를 부여할 수 있다"고 규정하고 있으며, 같은법 제17조(납부세액) 제1항에 의하면, 『사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.(이하 각호생략)』고 규정하고 있고, 동조 제2항에 의하면, "다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다"고 규정하면서 그 제5호에서는 "제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기전의 매입세액"이라고 규정하고 있다. 한편, 사립학교법 제6조 (사업) 제2항에 의하면, "학교법인이 제1항의 규정에 의하여 수익사업을 하고자 할 때에는 그 사업의 종류와 계획을 관할청에 신고하여야 한다. 사업의 종류와 계획을 변경하고자 할 때에도 또한 같다"고 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단 (가) 1967.12.16 설립허가된 학교법인 ○○○학원은 1971.9.20 ○○○대학과 ○○○대학을 합병하여 청구법인을 설립하였고, 1973.6.2 문교부장관에게 "○○○대학교, ○○○전문학교, ○○○대학의 경영에 충당하기 위하여 수익을 목적으로 하는 사업"을 하겠다는 내용의 수익사업보고를 정관등과 함께 제출하였으며, 1989.7.23 사업장(○○시 ○○구 ○○○동 ○○○) 관할 ○○세무서로부터 부동산임대업 사업자등록증을 교부받았음이 청구법인이 제출한 서류에 의하여 확인된다. 그러나, 청구법인은 학교법인 ○○○학원과는 사업장의 위치도 다른 별개의 법인으로서 1989.1.1 처분청으로부터 발급받은 것은 사업자등록증이 아니라 고유번호(515-82-00041)인 사실이 1997.3.3 청구법인이 통장개설 및 연구비수령 목적으로 처분청에 제출한 민원서류전산발급신청서 및 사업자고유번호확인원에 의하여 확인된다. (나) 청구법인은 쟁점건물을 신축하여 부동산임대사업을 영위할 목적으로 1996.1.23 (주)○○○건설과 공사도급계약을 체결한 후, 쟁점건물의 건축과 관련한 모든 행위를 청구법인 명의로 하였음이 공사도급계약서, 관련 매입세금계산서 및 공사비지출결의서 등에 의하여 확인되는 바, 위에 실시한 바와 같이 수익사업개시와 관련하여 사업자등록을 하지 아니하였으므로 쟁점매입세액 중 1998년 제1기분 매입세액은 등록전매입세액으로서 이를 매출세액에서 공제할 수 없다 할 것이다.

• 라. 신의성실원칙에 반하는지에 대하여

(1) 관련법령 국세기본법 제15조 (신의·성실)에 의하면, "납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다"고 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단 (가) 과세관청의 과세처분이 신의성실원칙에 반하는지의 여부는 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째, 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하며, 그리고, 이러한 요건을 모두 충족할 때에 한하여 과세관청의 처분은 신의성실의 원칙에 위반되는 행위로서 위법하다 할 것이다(국심 97서3195, 1998.6.17 등 다수 같은 뜻임). (나) 쟁점건물이 쟁점외건물과 같이 청구법인의 구내에 위치하고, 같은 수익사업목적(임대)의 건물인 사실은 인정되나, 처분청이 쟁점외건물의 건축비 매입세액에 대하여 청구법인의 경정청구를 받아들여 매출세액에서 공제(환급)하였다 하여 그것이 바로 쟁점건물의 건축비 매입세액을 매출세액에서 공제하여 주겠다는 공적인 견해표명을 한 것이라 볼 수 없다 할 것이고, 면세사업자인 청구법인이 수익사업과 관련하여 부가가치세법이 정한 사업자등록을 하지 않는 한 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급받음으로서 거래상대방으로부터 징수당한 매입세액을 매출세액에서 공제 또는 환급받을 수 없는 것이며, 청구법인이 미리 사업자등록을 신청하지 아니한 귀책사유도 있다 할 것이므로 처분청이 쟁점매입세액을 불공제한 처분이 신의성실원칙을 위배한 것이라는 주장은 이를 받아들일 수 없다고 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제1호, 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.