선박의 운항에 따른 자동차운송겸용 여객선의 운항수입이 부가가치세가 면세되는지 여부

심판청구번호 국심1999광 0743(1999.12. 7) 括�전라북도 ㅇㅇ시 ○○○동 ○○○에 본점을 두고 내항여객운송사업을 영위하는 법인으로 전라북도 ㅇㅇ군 ○○○에서 ○○○간을 운항하는 ○○○(이하 "쟁점선박"이라 한다)의 운항수입금액에 대하여 면세로 신고하였다. 처분청은 쟁점선박의 운항길이, 편도여객운임, 자동차운송요금 등의 내용을 근거로 쟁점선박은 부가가치세법 제12조 제1항 제6호 단서 및 같은법 시행령 제31조 제3호 다목의 자동차운송겸용여객선에 해당하는 것으로 보아, 청구법인이 당초 면세로 신고한 수입금액에 대하여 면세부인하고, 1998.9.17 청구법인에 부가가치세 1995년 제2기 11,421,120원, 1996년 제1기 5,174,460, 제2기 15,984,850원, 1997년 제1기 3,596,380원, 제2기 20,356,620원 합계 56,533,430원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1998.11.12 심사청구를 거쳐 1999.4.7 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구주장 청구법인이 ㅇㅇ군 ○○○ ○○○간 항로에 운항중인 쟁점선박이 해운업법에 의한 해상운송사업의 면허를 받은 자동차운송을 겸한 여객선이라 할지라도 그 운항목적이 쟁점선박의 형태, 규모, 이용대상 등 운항여건이 유선 및 도선업법에 의한 도선의 운항형태와 같아 섬주민의 생필품운송 및 육지와의 교통수단이어서 부가가치세가 면세되는 경우임에도 불구하고, 단지 여객과 차량운송영업을 영위한다는 사실만을 근거로 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 부당하고, 한편 청구법인의 여객운송용역을 과세로 보고 부가가치세를 과세하는 경우에도 국세청예규(부가46015-2533, 1996.12.11)가 개정되기 전까지는 청구법인의 쟁점 선박의 여객운송사업이 종전의 해석(국세청예규, 부가22601-857, 1989.6.20)에 의하여 면세되는 경우에 해당되므로 새로운 해석이 있은 날 이후분에 대하여만 과세하여야 한다.
• 나. 국세청장 의견 쟁점선박은 전라북도 부안군 ○○○에서 ○○○ 간을 운항하는 선박으로 여객의 운임이 6,100원이고, 자동차운송요금은 24,000원에서 90,000원인 자동차운송겸용여객선에 해당하는 바, 자동차운송겸용여객선에 의하여 공급하는 여객운송용역 및 차량운송용역은 부가가치세가 과세(부가 22601-2345, 1985.12.2 및 부가 46015-2533, 1996.12.11)되는 것이므로, 처분청에서 관련법령에 의하여 자동차 운송겸용여객선에 해당하는 쟁점선박의 운송수입금액에 대하여 면세부인하고 이 건 부가가치세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점선박의 운항에 따른 자동차운송겸용여객선의 운항수입이 부가가치세가 면세되는 경우인지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제12조 제1항 에서 "다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다"고 규정하고, 제6호에서 "여객운송용역. 다만, 항공기·고속버스·전세버스·택시·특수자동차 또는 특종선박에 의한 여객운송용역으로서 대통령령이 정하는 것은 제외한다"고 규정하고 있다. 부가가치세법 시행령 제31조 에서 "법 제12조 제1항 제6호 단서에 규정하는 항공기·고속버스·전세버스·택시·특수자동차 또는 특종선박에 의한 여객운송용역은 다음 각호에 규정하는 것으로 한다"고 규정하고, 제3호에서 "다음 각목에 정하는 선박에 의한 여객운송용역"이라고 규정하고 있으며, (다)목에서 "자동차운송겸용여객선"이라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 청구법인은 쟁점선박의 운항목적이 관광, 유람을 위한 것이 아니고, 섬주민과 그들의 생필품을 운송하는데 있으며, 선박의 규모와 시설도 ○○○선과 비교하여 작고 누추한 차도선형 선박에 해당하므로 부가가치세가 면세되는 경우임에도 불구하고, 처분청에서 면세부인하고 이 건 부가가치세를 과세함은 부당하다고 주장하고 있는 바, 이에 대하여 살펴본다.

(1) 청구법인은 부가가치세법의 법령에 유선 및 도선업법 제2조 제2항의 규정에 의한 도선업을 영위하는 자가 바다목에서 여객을 운송하는 용역을 제공하는 경우 국세청 예규(부가 22601-857, 1989.6.20)로 면세하도록 규정하고 있는 바, 이는 법령에 이와 같은 규정이 없음에도 불구하고 교통수단의 운항목적, 대중성, 필수성, 저렴성 등을 감안한 실질과세의 원칙 및 입법취지를 고려한 합리적인 해석이라고 주장하고 있다.

(2) 쟁점선박은 운송목적, 운송대상, 선박의 규모 및 선박의 기능 등 모든 점에서 유선 및 도선업법의 적용을 받는 선박과 동일하거나 그 이하라고 주장하면서, 유선 및 도선업법의 적용을 받는 자동차운송겸용여객선과 해운업법의 적용을 받는 쟁점선박과의 비교표를 제시하고 있다. 〈유선·도선업법의 적용을 받는 선박과 해운업법의 적용을 받는 쟁점선박의 비교〉 항 로 선 명 총톤수 정 원 운항회수 비 고

○○○/○○○

○○○ 300톤 여객300명,차량40대 15 도선업법적용

○○○/○○○ 쟁점선박 260톤 여객294명,차량12대 3 해운업법적용 ※ 위 ○○○/○○○간을 운항하는 ○○○등 5척에 대하여는 유선·도선업법의 적용을 받아 부가가치세 면세함

(3) 처분청에서는 쟁점선박의 여객운임이 6,100원이고, 자동차운송요금은 24,000원에서 90,000원인 사실에 비추어 쟁점선박의 여객운송목적, 대중성, 필수성 및 운임의 저렴성측면에서 부가가치세가 면세되는 여객운송목적은 아니라고 보았으나, ㅇㅇ지방해양수산청이 발급한 쟁점선박 ○○○/○○○간의 여객운임은 도서민의 경우 1996.10.14까지는 1,650원이고, 1996.10.14 이후부터는 1,700원이며, 일반인의 경우 1996.10.14까지는 4,200원이고, 1996.10.14 이후부터는 5,000원인 사실이 확인된다.

(4) 청구법인은 1984.12.31 법개정 당시 우리나라에는 ○○○선이 없던 상황에서 호화여객운송(주로 관광목적의 여객운송)용역을 과세하기 위해 ○○○선을 순수한 우리말로 풀어쓰다보니 현재의 법문과 같이 '자동차운송겸용여객선'으로 규정하였고, 이러한 사실은 1998.12.31 부가가치세법 개정시행령 제31조 제3호에서 재정경제부령이 정하는 차도선형여객선에 의한 여객운송용역은 면세되는 것으로 규정한 바, 동 규정은 새로이 창설한 내용이 아니고 그 동안 해석상 혼란이 있어 왔던 자동차운송겸용여객선의 범위를 확인하는 의미로 명문화한 것이라고 주장하면서 부가가치세법의 개정경위를 제시하고 있다.

(5) 청구법인이 운항하는 쟁점선박에 대하여 부가가치세가 과세되자 청구법인은 ㅇㅇ지방해양수산청에 쟁점선박이 차도선형선박이어서 부가가치세가 면세되어야 함에도 불구하고 과세되는 것은 부당하다는 민원을 제기하였고, ㅇㅇ지방해양수산청은 청구법인의 주장을 검토한 후 1998.7.21 재정경제부장관에 부가가치세법 시행령 제31조 제3호 의 다목에 의한 자동차운송겸용여객선을 "○○○선" 또는 "차량탑제구역이 폐위된 자동차운송겸용여객선"으로 개정건의를 한 사실이 시행공문(문서번호 선박 ○○○, 1998.7.21)에 의하여 확인되고, 한편 ㅇㅇ지방해양수산청에서는 1998.8.6 해양수산부장관에 해운업법에 의한 면허를 받아 도서지방의 유일한 생활교통수단인 차도선형여객선이 제공하고 있는 여객운송용역이 부가가치세법 제12조 및 동법 시행령 제31조에 의한 부가가치세 과세대상 여부에 대한 질의검토서를 보고한 사실이 관련 시행공문(문서번호 선박 ○○○, 1998.8.6)에 의하여 확인되어, 처분청에서 쟁점선박의 운송용역에 대하여 면세부인하고 과세한 처분이 1998.12.31 부가가치세법 시행령 및 1999.4.8 동법 시행규칙의 신설에 영향을 미쳤으리라는 점은 인정된다. 다만, 청구법인이 운항하는 쟁점선박이 차도선형여객선이어서 개정된 부가가치세법 시행령 및 동법 시행규칙에 의하여는 면세되는 경우이고, 부가가치세법 개정이유에서 보듯이 쟁점선박의 운항목적, 대중성, 필요성 및 저렴성 측면에 비추어 볼 때, 도서민의 교통수단으로 사용되는 점은 인정되나, 부가가치세법의 시행령 및 동법 시행규칙의 적용시기가 1999.4.8 이후 최초로 과세표준과 세액을 신고하는 분부터 적용하는 것으로 규정하고 있어 이를 소급적용하기는 어려워 보이고, 한편 개정전의 법령에 의할 때도 부가가치세가 면세되는 자동차 운송겸용여객선은 유선 및 도선업법 제2조 제2항의 규정에 의한 도선업을 영위하는 자가 바다목에서 여객을 운송하는 용역을 제공하는 경우에 면세(부가 22601-857, 1989.6.20 같은뜻임)하는 것으로 해석되어 해운업법의 적용을 받은 쟁점선박의 자동차운송겸용 운송용역에 대하여는 면세를 적용할 수 없는 것으로 보이므로, 처분청에서 쟁점선박의 운송용역에 대한 수입금액에 대하여 부가가치세 면세부인하고 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.