양도시기를 소유권이전등기접수일로 본 처분의 당부

심판청구번호 국심1999광 0338(1999. 9. 9)

○○○세무서장이 1998.5.13. 청구인에게 한 1997년 귀속분 양도소득세 216,330,100원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 1989.3.29. 취득한 ○○○도 ○○○군 ○○○면 ○○○리 ○○○ 잡종지 25,143㎡(이하 "쟁점토지"라 한다)를 1997.8.30. 청구외 ○○○에게 1989.6.9. 매매를 원인으로 하여 소유권이전등기 접수를 경료한 후 쟁점토지 양도소득세 관련 신고를 하지 않았다.
• 나. 처분청은 쟁점토지의 양도시기를 등기부상 소유권이전 등기접수일인 1997.8.30.로 하여 양도당시 및 취득당시 기준시가에 의거 양도차익을 산정한 후 1998.5.13. 청구인에게 1997년 귀속분 양도소득세 216,330,100원을 결정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 1998. 6. 8. 이의신청, 1998.8.26. 심사청구를 거쳐 1999. 1.25. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구주장 청구인은 1989.6.9. 청구외 ○○○에게 쟁점토지를 281,000,000원에 매매하기로 계약을 체결하여 1989.6.9. 계약금 25,000,000원, 1989.6.10. 중도금 10,000,000원, 1989.8.17. 중도금 150,000,000원, 1989.11.6. 청구외 ○○○과 합의하에 복덕방비 1,000,000원을 차감한 잔금 95,000,000원을 수령하였으므로, 이 건에 있어서 청구인이 쟁점토지를 양도한 시기는 관련법령에 의하여 1989.11.6.임에도 처분청이 청구인에게 부과제척기간을 경과한 후인 1998.5.13. 과세한 처분은 위법부당하다. 청구인은 잔금을 수령한 후 청구외 ○○○이 소유권이전등기경료를 지연하기에 늘어나는 양도소득세 문제도 있고 하여 청구외 ○○○에게 쟁점토지에 대한 소유권이전등기를 해가라고 수차례 촉구하였으나 이에 대한 반응이 없어 1995.11.21.자 ○○○일보에 무주물게시공고까지 하여 등기이전을 촉구한 사실이 있다. 청구인으로서는 청구외 ○○○이 등기이전을 하기 위하여 청구인에게 인감증명 등을 요청할 때 등기이전 지연으로 추가되는 양도소득세를 해결하고자 하였으나 1996.7.4. 난데없이 청구외 ○○○(쟁점토지의 등기부상 양수인임)이 청구인을 상대로 쟁점토지에 대한 소유권이전등기 청구의 소를 ○○○지방법원 ○○○지원에 제기함에 따라 청구인도 변호사를 소송대리인으로 선임하여 소송에 임하였으나 패소하여 등기부상 쟁점토지의 소유권이 청구외 ○○○에게 이전되었던 것이다. 청구인은 이 건 소송 변론시에 쟁점토지를 281,000,000원에 매매하기로 하고 1989.11.6. 잔금까지 수령한 것은 인정하였으나 쟁점토지를 청구외 ○○○에게 양도한 사실이 없고 청구외 ○○○과 매매계약을 체결하여 그로부터 잔금을 수령하였으므로 쟁점토지 양도일 이후 청구인이 납부하였던 쟁점토지에 대한 종합토지세 등과 소유권이전등기 지연에 따라 청구인에게 부과될 양도소득세가 늘어나게 되는 문제점을 해결하지 아니하는 한 소유권이전등기를 해 줄 수 없다고 하였다. 그런데 소송과정에서 재판부는 청구인에게 "잔금청산일이 분명한데 국가가 양도시기에 무슨 이의가 있겠느냐" 하면서, 1997.1.21.과 1997.5.16. 당사자간의 조정에 의한 소유권이전을 종용하였으나 조정이 불성립되었고, 결국『청구인은 쟁점토지를 청구외 ○○○에게 1989.6.9. 매매를 원인으로 한 소유권이전 등기절차를 이행하라』라는 1997.6,13. ○○○지방법원 ○○○지원의 판결이 내려짐에 따라 청구외 ○○○에게 쟁점토지의 소유권이전등기가 경료되었던 것이다. 청구인이 위 판결에 불복하지 않은 이유는 쟁점토지를 청구외 ○○○에게 1989.11.6. 잔금까지 전부 수령하고 양도한 것은 사실이므로 쟁점토지에 대한 소유권이전등기는 해 주어야 하는 것이고, 양도소득세 문제는 판결문에 양도시기가 분명하게 기재되어 있으므로 처분청에서도 청구인이 쟁점토지를 양도한 시기를 1989.11.6.로 보지 않을 수 없을 것이라고 판단한데서 비롯된 것이다. 또한 청구인은 쟁점토지로 인하여 1989.11.6. 이후에 대납한 종합토지세 등 9백여만원을 청구외 ○○○에게 청구하면서 1997.10.29. 쟁점토지를 가압류해 놓았다가 청구외 ○○○으로부터 위 금액을 수령한 1999.2.20. 위 가압류를 취하하였던 것이다. 이상과 같이 매매계약서, 관련 판결문, 가압류명령신청서 등에 의하여 청구인이 쟁점토지를 양도한 시기는 1989.11.6로 확인되므로 이 건 과세는 부과제척기간을 경과하여 과세한 것으로써 부당하다
• 나. 국세청장 의견 첫째, 청구인은 쟁점토지를 청구외 ○○○에게 양도한 이후 그 소유권이전등기를 조속히 마치도록 수차에 걸쳐 촉구하고 일간신문에 공고까지 하였음에도 소유권이전등기를 마치지 아니 하는 바람에 쟁점토지에 대한 양도소득세가 많이 부과될 우려가 있으므로 청구외 ○○○으로부터 이에 대한 보상을 받지 않고서는 청구외 ○○○의 소유권이전등기 요구에 응할 수 없다고 주장한 것에 대하여 재판부는 이와 같은 이유만으로 쟁점토지에 관한 청구인의 소유권이전등기 의무가 배척되거나 지연될 수 없다고 하고, 쟁점토지에 관하여 청구인은 1989.6.9. 매매를 원인으로 한 소유권이전등기 절차를 이행하라는 요지의 판결을 하였음을 알 수 있는 바, 위 판결문은 소유권이전등기 이행에 관한 내용을 위주로 하고 있어 동 판결문의 내용만으로는 쟁점토지의 잔금청산일자를 확인할 수 없는 실정이다. 둘째, 청구인이 주장하는 잔금청산일인 1989.11.6. 전후로 청구인이 "부동산 매도용 인감증명서"를 발급받은 사실이 확인되지 아니하며, 셋째, 쟁점토지의 면적이 25,143㎡에 이르고 있음에도 청구인이 주장하는 잔금청산일 이후 청구외 ○○○이 실제로 사용·수익한 사실 또한 발견되지 아니하고, 넷째, 쟁점토지의 양도가액이 281,000,000원으로 고액임에도 불구하고 양도대금 수령사실이 금융거래자료 등에 의하여 객관적으로 확인되지 아니하고 영수증 이외에 다른 증빙의 제시가 없다. 다섯째, 청구인이 쟁점토지 양도에 따른 잔금수령일인 1989.11.6. 이후 수차에 걸쳐 청구외 ○○○에게 등기이전을 촉구하였다고 주장하면서도 그 주장을 뒷받침하는 내용증명 발송 등 관련자료를 일체 제출하지 아니하였을 뿐만 아니라, 여섯째, 쟁점토지 양수인이 쟁점토지를 취득하고 등기이전을 이행하지 못할 부득이한 사유를 발견할 수 없다. 위의 검토내용을 종합하여 볼 때, 쟁점토지에 대한 잔금청산일자가 분명하게 확인되지 아니하므로 처분청이 쟁점토지의 등기접수일을 양도일로 보아 과세한 이 건 부과처분은 잘못이 없다고 판단된다.

• 가. 쟁 점 쟁점토지의 양도시기를 소유권이전등기 접수일로 본 처분의 당부(부과제척기간 경과 여부에 대하여)
• 나. 관련법령 구 소득세법(1994.12.22. 법률 제4803호로 전면개정되기 전의 것) 제27조(전면개정된 후의 제98조)에서 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다고 규정하면서, 구 소득세법시행령(1994.12.31. 대통령령 제14467호로 전면개정되기 전의 것) 제53조 제1항 본문 및 제1호(전면개정된 후의 제162조 제1항 본문 및 제1호)에서 「법 제27조에 규정하는 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일. 다만, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다」고 규정하고 있다. 한편, 구 국세기본법(1989.12.30. 법률 제4177호로 개정된 후의 것) 제26조의 2 제1항 본문 및 제1호에서 「국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다.

1. 소득세·법인세·토지초과이득세·상속세·증여세·재평가세·부당이득세·부가가치세·방위세 및 교육세는 이를 부과할 수 있는 날로부터 5년간」을 규정하면서, 같은법시행령 제12조의 2 제1항 본문 및 제1호에서 「법 제26조의 2 제1항 제1호 및 제2호에 규정하는 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각호의 날을 말하는 것으로 한다.

1. 과세표준과 세액을 신고하는 국세에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서제출기한(이하 "과세표준신고기한"이라 한다)의 다음날. 이 경우 중간예납·예정신고 및 수정신고기한은 과세표준신고기한에 포함되지 아니한다」고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계

(1) 1989.3.29. 청구인이 취득한 쟁점토지의 등기부등본상 내용을 살펴보면, 1996. 7. 2. 청구외 ○○○이 채권자로서 쟁점토지에 대한 일체의 처분행위를 금지하는 가처분 등기를 경료(97.9.8 가처분 말소등기 경료)하였다가, 1997. 8.30. 청구외 ○○○에게로 1989.6.9. 매매를 원인으로 하여 소유권이전등기 접수가 경료되었다. 또한 1997.10.29. 청구인이 채권자로서 1997.10.28. ○○○지방법원 ○○○지원의 가압류 결정(97카단 5112호)을 원인으로 쟁점토지에 대한 가압류 등기가 경료되었다가 1999.2.20. 가압류 말소등기가 경료되었음이 확인되며, 1999.1.12. 쟁점토지의 소유권이 청구외 ○○○에게서 청구외 ○○○에게로 이전등기되었음이 확인된다.

(2) 청구인이 제시한 쟁점토지 매매계약서를 살펴보면, 총매매대금은 281,000,000원(1989. 6. 9. 계약금 25,000,000원, 1989. 6.10. 1차 중도금 10,000,000원, 1989. 7.10. 2차 중도금 110,000,000원 및 1989. 8. 5. 잔대금 136,000,000원의 합계액임)으로 기재되어 있으며, 특약사항으로 "본 토지는 설정 및 하자가 없는 상태에서 계약하고, 이전 관계는 매수인이 지정하는 자에게 이전하여 주기로 하며, 경작 관계는 매수인이 개발하기 이전에는 매도인이 경작하기로 한다"고 기재되어 있고, 매매계약서상 거래당사자로서 매도인은 청구인으로, 매수인은 청구외 ○○○로 기재되어 있음이 확인된다. 한편, 쟁점토지 매매계약서상 그 대상토지가 당초 ○○○리 ○○○, 25,143㎡로 기재되었다가 ○○○리 ○○○, 25,143㎡로 수정된 흔적이 있는 것으로 확인된다.

(3) 청구인은 당초 거래토지의 지번을 착각하고 ○○○리 ○○○로 잘못 기재하여 발급한 1989.6.9. 계약금 25,000,000원과 1989.6.10. 중도금 10,000,000원 및 1989.8.17. 잔금 중 일부인 49,000,000원의 영수증을 거래토지의 지번을 ○○○리 ○○○(쟁점토지의 정확한 지번)로 하여 1989.8.17자 185,000,000원의 영수증 한 장으로 일괄 발급하였다고 하면서, 청구인의 형인 청구외 ○○○이 청구외 ○○○에게 발급한 1989.8.17자 185,000,000원의 영수증과 1989.11.6자 95,000,000원의 영수증 합계 280,000,000원의 영수증을 제출하고 있으나 위 대금 수수에 관한 객관적인 금융증빙은 제출하지 못하고 있다.

(4) 청구외 ○○○은 청구외 ○○○의 요구로 ○○○합동법률사무소에서 1996.7.4. 청구외 ○○○과 동 ○○○을 입회인으로 하여 쟁점토지에 대한 청구인과의 매매계약(1989.6.9. 계약)은 청구외 ○○○을 대리하여 한 계약임을 확인한다는 내용의 공증(등부 1996년 제1398호)받았음이 확인된다.

(5) 청구외 ○○○이 전술한 매매계약서와 전술한 영수증을 첨부하여 ○○○지방법원 ○○○지원에 청구인을 상대로 쟁점토지 소유권이전등기소송을 제기함에 따라 1997.1.21.과 1997.5.16. 당사자 간 합의를 통한 조정을 시도하였으나 조정이 불성립되어, 1997.6.13. ○○○지방법원 ○○○지원은 "청구인은 청구외 ○○○에게 1989.6.9. 쟁점토지를 금 281,000,000원에 매도하면서 다만, 매수인이 지정하는 자에게 그 소유권이전등기를 마쳐 주기로 약정한 사실, 그런데 위 ○○○은 청구외 ○○○을 위하여 위와 같이 매매계약을 체결하였을 뿐이어서 위 약정에 따라 쟁점토지에 대한 소유권이전등기를 청구외 ○○○에게 마쳐 주도록 지정한 사실을 각 인정할 수 있으므로 특별한 사정이 없는 한 청구인은 청구외 ○○○에게 1989.6.9. 매매를 원인으로 하여 소유권이전등기 절차를 이행할 의무가 있다"고 판결(사건 96가합1639, 토지소유권이전등기)을 선고하였음이 확인되고, 이에 따라 소유권이전등기가 경료되었음이 관련서류에서 확인된다.

(6) 청구인은 청구외 ○○○을 상대로 1997년 10월 쟁점토지 매매계약서상 잔금지급일인 1989.11.6. 이후부터 쟁점토지 소유권이전등기접수일인 1997.8.30. 사이에 쟁점토지와 관련하여 대납한 1990년∼1997년까지의 제세공과금 9,917,580원 및 그에 대한 이자를 지급하라는 손해배상 소송을 제기하여 ○○○지방법원 ○○○지원에서 "피고 ○○○은 원고인 청구인에게 6,900,000원(1990년∼1997년까지 청구인이 납부한 쟁점토지에 대한 종합토지세) 및 이에 대한 이자를 지급하라"는 판결(사건 97가소34695, 손해배상)을 받았음이 확인되며, 위 소유권이전등기소송(사건 96가합1639)과 손해배상소송(사건 97가소34695)의 원고측 및 피고측 준비서면에서 쟁점토지 매매대금의 청산일은 1989.11.6.로 일치되게 주장하였음이 확인된다.

(7) 청구외 ○○○은 쟁점토지를 청구외 ○○○에게 양도한 후 양도소득세와 관련하여 관할세무서인 ○○○세무서에 실지거래가액으로 신고한 내용을 살펴보면, 1989.6.9. 쟁점토지를 청구인으로부터 281,000,000원에 취득하여 1999.1.15. 청구외 ○○○에게 380,000,000원에 양도하였다고 신고하였음이 확인된다.

• 라. 판 단

(1) 전술한 관련법령에 의하여 쟁점토지의 양도시기는 대금청산일이 확인되는 경우에는 대금청산일로 보도록 되어 있으므로 당해 건에 있어서 쟁점토지의 매매대금을 청산한 날이 분명하게 확인되는지 여부가 문제된다 할 것이다. 위의 사실관계에서 살펴 본 바와 같이 쟁점토지의 매매계약서상 대금지급기일 및 금액과 영수증상의 대금지급기일 및 금액이 다소 차이가 나고 대금수수 여부가 명백하게 확인되지 않는 점은 있다. 그러나 이 건은 쟁점토지의 매매계약서상 청구외 ○○○이 지정하는 자에게 청구인이 소유권이전등기를 해 주기로 된 특약에 따라 실매수자인 청구외 ○○○이 청구인을 상대로 소유권이전등기소송을 제기하여 그 판결에 따라 쟁점토지의 소유권이전등기가 경료되었음이 확인되는 경우로서, 소유권 등기이전과 관련된 일련의 재판절차 및 그 판결내용과 청구인이 청구외 ○○○에게 소유권이전등기를 경료해 준 후 청구외 ○○○을 상대로 제기한 손해배상소송 및 그 판결의 내용에서 청구인과 청구외 ○○○은 쟁점토지의 매매대금을 쟁점토지 매매계약서상 잔금지급일인 1989.11.6자에 청산하였다고 서로 동일하게 주장하였고 그 일치되는 주장을 전제로 하여 관련 판결이 선고된 점 및 청구외 ○○○이 쟁점토지를 다시 양도한 후 관할세무서에 청구인으로부터 쟁점토지를 취득한 시기를 쟁점토지 매매계약서상 계약일인 1989. 6.9.로 기재하여 신고한 내용으로 비추어 판단하건대, 청구인이 쟁점토지를 양도한 시기는 쟁점토지 매매계약서상 잔금지급일인 1989.11.6.로 봄이 타당하다고 판단된다.

(2) 처분청은 법원의 판결문이 소유권이전등기 이행에 관한 내용을 위주로 하고 있어 동 판결문의 내용만으로는 쟁점토지의 잔금청산일을 확인할 수 없으며, 청구외 ○○○이 쟁점토지를 실제로 사용·수익한 사실이 발견되지 않고, 양도대금수령사실이 금융거래자료 등에 의해 확인되지 않는다는 등의 이유로 당초 부과처분에 잘못이 없다는 의견이다. 그러나 법원판결문상 잔금청산일이 언제인지가 명시되어 있지 아니하지만 1989.11.6.까지 대금전액을 완불한 사실이 청구외 ○○○에 대한 증인신문조서에 의해 확인되고, 매매계약서상 매수인이 개발할 때까지는 매도인이 경작한다고 되어 있으며, 비록 금융증빙은 제시하지 못하고 있다 하더라도 법원의 판결이 특수관계인간의 의제자백에 의한 것이 아니라 수차례의 변론을 통해 당사자간 매매를 인정하고 있다는 점 등을 종합적으로 고려할 때 처분청이 이 건에 대한 사실관계를 충분히 인식하지 못하였던 것으로 판단된다.

(3) (1)에서와 같이 청구인이 쟁점토지를 양도한 시기를 1989.11.6.로 본다면, 쟁점토지 양도소득세와 관련한 과세표준신고기한은 전술한 관련법령에 의하여 1990.5.31.이 되고, 1990.6.1.로부터 5년이 경과한 시점인 1995.6.1.부터는 이 건 양도소득세 부과제척기간의 경과로 이 건 양도소득세를 부과할 수 없게 되므로 처분청이 1998.5.13. 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 위법한 처분으로서 부당하다고 판단된다.

• 마. 결 론 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.