[주 문] 포항세관장이 1999.2.12 청구법인에게 결정고지한 1999년도분 부가가치세 2,613,045,220원 대한 부과처분은 100분의 90을 감 면하는 것으로 하여 그 세액을 경정한다.
[이 유]
1. 원처분 개요 청구법인은 1997.2.21 처분청에 신고번호 OOO호로 Ship of Seismic Research Vessel 1척(물리탐사선:이하 “쟁점물품”이라 한다)을 관세율표 품목번호 (이하 “세번”이라 한다) 8906.00-9020호로 수입신고하여 관세는 무세, 부가가치세는 면세로 수입통관하였다. 처분청은 1999.1.12 관세율이 무세인 경우는 관세감면규정을 적용할 수 없다는 대구세관의 감사지적에 따라 1999.2.12 청구법인에게 1999년도분 부가가치세 2,613,045,220원을 결정 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.4.9 심사청구를 거쳐 1999.7.6 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구주장 및 관세청장 의견
- 가. 청구주장 청구법인 OOO연구소는 정부출연연구기관등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률에 의거 국가과학기술육성, 보호 및 국가과학기술 정책자문을 목적으로 설립되어, 국토·영해의 지질조사 및 지구과학연구, 자원탐사 및 개발연구, 광물소재 및 활용에 관한 연구를 수행하여 연구내용을 국가정책에 반영하고 있으며, 쟁점물품은 산업자원부출연금 및 석유개발사업기금으로 도입하였는 바 쟁점물품은 관세법에 의거 관세가 감면되는 재화이면서도, 그 관세율은 1996년까지 2.5%였는데, 1997년부터 무세로 변경되었는 바, 이는 연구개발을 육성하고 지원하기 위한 것인데 처분청은 관세가 감면되는 재화의 뜻과 정의를 해석함에 있어서 그 구별을 관세법에 열거된 감면조항에 따라서 적용을 하지 아니하고, 관세율표에 의한 단순한 관세율적용여부에 따라서 관세가 감면되는 재화인지 여부를 판단하여 부가가치세를 부과함은 오히려 무세라서 관세를 감면받지 못하고 부가가치세를 전액 납부하여야 하는 모순과 문제점이 발생되었으며, 부가가치세법 제12조 제2항 제3호 및 같은 법 시행령 제41조는 그 입법취지로 볼 때 우리나라의 과학기술 및 교육의 육성과 연구개발을 지원하기 위하여 과학용으로 수입하는 재화에 대하여 면세혜택을 주고자 제정한 것으로 사료되며, 이에 따라 특정연구기관육성법에 의한 정부출연 연구기관인 청구법인은 그동안 과학용으로 수입하는 연구용 재화에 대하여 부가가치세를 감면받아 오고 있으며, 재정경제부(구 재무부)의 유권해석에 따르면 연구과학용으로 수입한 쟁점물품은 관세법 제28조의5 제1항 제6호 및 같은 법 시행규칙 제17조에 의거 재화자체가 본래 “관세가 감면되는 재화”라고 판단하고 있으며, 쟁점물품은 관세법감면규정에서 열거한 내용에 따라 재화자체가 감면되는 재화이면서 또한 관세율표에 의거 관세율이 무세인 재화이기도 하다. 결론적으로 과학기술용으로 수입하는 재화에 대한 부가가치세법 및 관세법의 면제조항은 그 입법취지로 볼 때 국익을 위한 과학기술육성 차원에서 관세율과는 관계없이 재화자체가 감면조항에 따라 감면되는 과학기술연구용품인가 아닌가를 구별하여 세액을 감면해주기 위하여 제정된 것이라고 할 것인데, 처분청에서 자의적인 해석을 하였고, 처분청에서 “관세가 무세인 품목”이라 함은 감면의 대상조차 되지 아니하는 일반재화에 적용을 하여야 하는 것이지 위와 같이 관세법에 의하여 감면받을 수 있는 과학기술용 물품에 적용하는 것은 입법취지에 맞지 아니하고, 이외 만일 부가가치세법시행령 제41조의 조문에서 “관세가 감면되는 재화”로 적시하지 아니하고.... “관세를 감면받은 재화”로 적시하였다면 일응 처분청의 해석도 수긍할 수가 있다 할 것이나, 현행법 조문의 해석 및 입법취지를 고려할 때 이 건 부과처분은 부당하다.
- 나. 관세청장 의견 부가가치세법 제12조 제2항 제3호 및 같은 법 시행령 제41조에서는 과학용 등으로 수입하는 재화로서 부가가치세가 경감되는 재화의 범위를 관세가 감면되는 재화로서 과학기술연구개발시설에서 과학기술의 연구개발에 제공하기 위하여 수입하는 물품으로 한정하고 있는 바, 관세가 감면되는 재화라 함은 관세가 부과된 후 감세 또는 면세되는 재화를 뜻한다고 할 것이므로 관세율이 무세로서 관세자체가 부과되지 아니한 쟁점물품의 경우에는 관세가 감면되는 재화로 볼 수 없고, 또한 부가가치세법 제12조 제2항 제14호, 같은 법 시행령 제46조 및 같은 시행규칙 제13조의3에서는 관세가 감면되는 재화와는 별도로 관세가 무세인 물품으로서 부가가치세가 면제되는 물품을 규정하고 있는 점을 볼 때 관세율이 무세인 쟁점물품은 부가가치세법 제12조 제2항 제3호보다는 제12조 제2항 제14호에 의거 부가가치세의 감면여부를 결정하여야 할 것으로 판단되는 바, 같은 법 시행규칙 제13조의3 별표 규정인 “관세의 기본세율이 무세인 품목으로서 부가가치세가 면세되는 품목의 분류표”에 쟁점물품이 게기되어 있지 아니하므로 조세법률주의원칙에 비추어 볼 때 쟁점물품은 부가가치세 감면대상에 해당되지 않는다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 관세율이 무세인 쟁점물품이 관세감면요건을 충족하는 경우 동 물품을 부가가치세법 제12조의 관세가 감면되는 재화로 보아 부가가치세를 감면할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
- 나. 관련법령 부가가치세법 제12조【면세】제2항에 “다음 각호의 재화의 수입에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 1-2. 생략
3. 학술연구단체·교육기관 또는 문화단체가 과학·교육·문화용으로 수입하는 재화로서 대통령령이 정하는 것”으로 규정하고, 같은 법 시행령 제41조【과학용등으로 수입하는 재화의 범위】에 “법 제12조 제2항 제3호의 규정에 의한 과학·교육·문화용으로 수입하는 재화는 관세가 감면되는 재화로서 다음 각호의 1에 해당하는 재화로 한다. 다만, 관세가 경감되는 경우에는 경감되는 분에 한한다.
1. 생략
2. 과학기술연구개발시설에서 과학기술의 연구개발에 제공하기 위하여 수입하는 물품”을 규정하고, 같은 법 시행규칙 제12조의 2 【과학용 시설 등의 범위】제2항에 “영 제41조 제2호에 규정된 과학기술연구개발시설은 관세법시행규칙 제17조 제4항 각호의 기관 및 동법시행규칙 제17조 제8항 제2호의 산업기술연구조합으로 한다.”고 규정하고 있다. 관세법 제26조의 2 【내국세등의 부과·징수】제1항에 “수입물품에 대하여 세관장이 부과·징수하는 부가가치세·특별소비세·주세·교육세·교통세 및 농어촌특별세(이하 “내국세등”이라 하되, 내국세등의 가산금·가산세 및 체납처분비를 포함한다)의 부과·징수·환급·결손처분 등에 관하여 국세기본법·국세징수법·부가가치세법·특별소비세법·주세법·교육세법·교통세법 및 농어촌특별세법의 규정과 이 법의 규정이 상충하는 경우에는 이 법의 규정을 우선하여 적용한다.” 제2항에 “이 법의 규정에 의한 가산금·가산세 및 체납처분비의 부과·징수·환급 등에 관하여는 이 법 중 관세의 부과·징수·환급 등에 관한 규정을 적용한다.”고 규정하고, 같은 법 제28조의5【학술연구용품감면세】제1항에 “다음 각호의 1에 해당하는 물품이 수입될 때에는 그 관세를 감면할 수 있다. 1.～4. 생략
5. 총리령이 정하는 기관이 과학기술의 연구·개발에 공하기 위하여 수입하는 물품 중 외국으로부터 기증되는 물품. 다만, 총리령이 정하는 물품은 제외한다.
6. 제5호의 기관이 과학기술의 연구·개발에 공하기 위하여 수입하는 물품 중 총리령이 정하는 물품”을 규정하고 있다. 관세율표 세번 8906.90-2000호에 “학술연구 및 시험선”을 세율 “무세”로 규정하고, 관세법 시행규칙 제17조【학술연구용품 감면대상 시설 등】제4항에 “법 제28조의 5 제1항 제5호 및 제6호의 적용을 받을 기관은 다음 각호와 같다.
1. 특정연구기관육성법 제2조의 규정에 의한 연구기관”을 규정하고, 제5항에 “법 제28조의 5 제1항 제6호의 규정에 의하여 관세를 감면할 물품은 다음 각호와 같다.
1. 개당 또는 세트당 과세가격이 100만원 이상인 기기와 동 기기의 부분품 및 부속품(사후에 보수용으로 따로 수입하는 물품을 포함한다)으로서 국내에서 제작하기 곤란한 것 중 당해 물품의 생산에 관한 사무를 관장하는 주무부장관 또는 그가 지정하는 자가 추천하는 물품”을 규정하고, 동 제18조 【학술연구용품 감면율】에 “법 제28조의5 제2항의 규정에 의하여 법 제28조의5 제1항 제1호 내지 제10호의 규정에 의한 학술연구용품에 대하여 감면하는 관세의 감면율을 다음 각호와 같이 한다. 다만, 공공의료기관 및 학교부설의료기관에서 사용할 물품에 대한 관세의 감면율을 100분의 50으로 한다. 1-3. 생략
4. 제2호 및 제3호 외의 물품: 100분의 90”을 규정하고 있다.
- 다. 사실관계 및 판단 쟁점물품의 관세율은 1996년 이전에는 2.5%이었으나 1997년부터 무세이며, 처분청에서는 수입재화에 대한 부가가치세의 감면은 관세감면분만큼 경감하도록 규정하고 있고, 관세율이 무세인 경우에 부가가치세의 면제대상을 부가가치세법 시행규칙 제13조에 별도로 규정하고 있으나 쟁점물품은 동 시행규칙별표에 열거되지 아니하여 부가가치세는 감면대상이 아니라고 과세근거를 제시하고 있으며, 청구법인은 쟁점물품은 관세법 제28조의5의 규정에 의거 학술연구용품으로 관세를 90% 감면받을 수 있어 부가가치세도 같은 율로 감면되어야 하나 관세율이 무세가 되어 오히려 부가가치세를 감면받을 수 없어 입법취지를 고려할 때 부당하다는 주장인바, 이를 살펴보면, 수입재화에 대한 부가가치세의 감면여부는 관세법과 부가가치세법의 규정에 의하여야 할 것인바, 쟁점물품은 세번 8906.00-9020호의 학술연구 및 시험선으로 관세율이 무세인 물품에는 다툼이 없으며, 부가가치세법 제12조 제2항 제3호, 같은 법 시행령 제41조 제2호, 같은 법 시행규칙 제12조의 2 제2항에 의하면, 학술연구단체·교육기관 또는 문화단체가 과학·교육·문화용으로 수입하는 재화로서 과학기술연구개발시설에서 과학기술의 연구개발에 제공하기 위하여 수입하는 물품중 관세가 감면되는 재화는 부가가치세를 면제하도록 규정하고 있다. 수입재화로서 부가가치세법 제12조 제2항 제3호의 규정에 의하여 부가가치세를 면제 받기위해서는 수입시 관세법의 관세감면요건인 관세법 제28조의5 제1항 제6호, 같은 법 시행규칙 제17조 제4항 제1호, 같은 조 제5항 제1호, 같은 규칙 제18조의 규정을 종합하여 판단하여야 할 것인바, 관세법 제28조의 5 제1항 제5호 및 제6호의 적용을 받을 기관으로 특정연구기관육성법 제2조의 규정에 의한 연구기관에서 과학기술의 연구·개발에 공하기 위하여 수입하는 물품 중 개당 또는 세트당 과세가격이 100만원 이상인 기기와 동 기기의 부분품 및 부속품(사후에 보수용으로 따로 수입하는 물품을 포함한다)으로서 국내에서 제작하기 곤란한 것 중 당해 물품의 생산에 관한 사무를 관장하는 주무부장관 또는 그가 지정하는 자가 추천하는 물품에 대하여는 관세의 100분의 90을 감면할 수 있다고 규정하고 있다. 우선, 청구법인 및 쟁점물품에 대하여 관세법에 규정한 관세감면요건을 충족하는지를 살펴보면, 우선 청구법인은 국립지질연구소가 1976.5.10 정부출연기관으로 전환되어, 1981년부터 특정연구기관육성법에 의거 과학기술처 산하연구기관에서, 1999.1.29 정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률에 의하여 국무총리실산하연구소로서 쟁점물품수입시 특정연구기관육성법(법률 제3404호, 1981.3.30) 제2조 및 같은 법 시행령(대통령령 제13988호, 1993.10.6 개정된 것) 제3조 제8호에 연구기관으로 지정되어 있었으며, 쟁점물품은 100만원이상으로 국내에서 제작하기 곤란하여 당해물품의 생산에 관한 사무를 관장하는 산업자원부장관이 지정하는 한국기계공업진흥회에서 학술연구용품 국산대체불가확인서(제8-352호, 2000.3.23)를 받은 사실이 확인된다. 다음 부가가치세법에서 관세가 감면되는 것의 의미는 일정한 요건하에서 물품을 수입하는 경우에 일반적인 경우에 비해 세부담을 경감해줄 필요가 있다는 정책적 판단에 의해 결정되는 것이며 기본관세의 유무에 관계없이 관세법에서 특정물품이 관세감면을 받기 위한 요건을 충족하는 경우 부가가치세도 면제하는 것이 타당하다 하겠으며, 재정경제부 세제실에서도 “과학기술의 연구개발에 공하기 위하여 수입하는 재화가 관세법의 감면규정을 충족하면 관세율이 무세인 경우에도 부가가치세법 제12조 제2항 제3호와 같은 법 시행령 제41조 제2호에 의거하여 부가가치세가 감면되고, 같은 법 시행령 제46조의 기타 관세가 무세인 경우의 시행규칙의 제13조3 및 별표6을 적용할 여지가 없다”고 회신(소비46015-102, 2000.3.13)하고 있다. 위의 사실관계와 관련법령을 종합하면, 관세법 제28조의5 제6호에 규정에 의하여 같은 법 시행규칙에서 규정한 기관에서 수입하는 학술연구용품에 다툼이 없는 쟁점물품에 대하여 관세율이 무세라면 별도의 관세감면신청을 할 필요가 없고 부가가치세라고 하여 달리 볼 이유가 없으며, 다만 부가가치세의 면제대상인 경우에 구체적인 감면율은 부가가치세법 시행령 제41조에서 관세가 경감되는 분에 한하여 부가가치세를 감면한다고 규정하고 있어 쟁점물품이 학술연구용품으로 관세감면대상에 해당될 경우 그 감면율이 100분의 90이므로(관세율의 유무에 상관없이) 부가가치세는 100분의 90을 감면하여야 한다고 판단되므로 당초 처분청에서 쟁점물품이 부가가치세법 시행규칙 제13조의3 및 【별표 6】에 열거되지 아니하였다고 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다고 판단된다.
- 라. 결론 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.