양도시기에 따른 국세부과의 제척기간 경과 여부

심판청구번호 국심1999경 1080(1999.11.20) 외 ○○○, ○○○, ○○○(이하 "청구인등 4인"이라 한다)과 1988.3.19. 공동으로 취득한 경기도 파주시 문산읍 ○○○리 ○○○ 전 1762㎡(이하 "전체토지"라 한다)중 청구인 소유지분에 해당하는 528.6㎡(이하 "쟁점토지"라 한다)를 1998.6.30. 청구외 ○○○·○○○에게 소유권이전등기한 후 처분청에 부동산양도신고를 하고 양도소득세 48,776,920원을 자진납부하였다. 청구인은 쟁점토지의 양도일이 1990.9.29.이므로 국세부과제척기간이 경과하였음을 이유로 1998.10.21. 경정청구를 하였고 경정청구일로부터 2개월이 지난 1998.12.21.가지 통지를 받지 못하였다 하여 1998.1.28. 심사청구를 제기하였으며 처분청은 쟁점토지의 양도에 대하여 청구인의 당초신고내용대로 1998.3.19.을 취득일로, 1998.6.30.을 양도일로 보아 1999.3.30. 양도소득세과세표준과 세액결정결의를 하였고 청구인은 이에 불복하여 1999.5.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장 청구인등 4인은 1990.4.6. 청구외 ○○○과 쟁점토지를 양도하는 계약을 체결하고 1990.9.29. 잔금을 청산하여 국세부과제척기간이 경과되었으므로 청구인이 납부한 세액을 전액 환급하여야 하고, 청구인이 쟁점토지를 양도할 때의 실지거래가액도 108,732,000원(소유지분 30%)으로서 처분청이 결정한 기준시가에 의한 양도차익 193,241,772원이 이를 초과하여 기준시가로 양도차익을 계산하여 양도소득세를 과세한 처분은 실질과세의 원칙에 위배되므로 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 청구인등 4인이 쟁점토지를 포함한 전체토지를 청구외 ○○○에게 양도할 당시의 부동산매매계약서, 대금영수증 등 입증자료가 신빙성이 없고, 쟁점토지의 양도일자와 거래대금을 확인할 수 있는 다른 증빙서류의 제시가 없으므로 처분청이 쟁점토지의 양도시기를 소유권이전등기접수일로 보고 기준시가로 양도차익을 산정하여 과세한 처분에 잘못이 없다.

• 가. 쟁점 쟁점토지의 양도시기가 언제인지와 기준시가에 의하여 산정한 쟁점토지의 양도차익이 실지양도가액을 초과하는지의 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 소득세법 제98조 (양도 또는 취득의 시기)는 "자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다"고 규정하고, 소득세법시행령 제162조 (양도 또는 취득의 시기)제1항에서는 "법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다"고 하고, 그 제1호에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니하는 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일. 다만 잔금지급일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다"고 규정하고 있다. 국세기본법(1989.12.30. 법률 제4177호) 제26조의2(국세부과의 제척기간) 제1항은 "국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다"고 규정하고 그 제1호에서 "소득세·법인세·토지초과이득세·상속세·증여세·재평가세·부당이득세·부가가치세 및 교육세는 이를 부과할 수 있는 날부터 5년간"이라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 처분청이 청구인의 쟁점토지양도에 대하여 소유권이전등기 접수일을 양도시기로 하여 기준시가로 양도소득세를 과세한 데 대하여 청구인은 잔금청산일을 양도시기로 보아야 하고 기준시가에 의한 양도차익이 실지양도가액을 초과하므로 실지양도가액을 양도차익으로하여 과세하여야 한다고 주장하고 있어 이에 대하여 본다.

(1) 청구인등 4인은 1988.3.19. 청구외 ○○○으로부터 전체토지를 공유취득(소유지분: 청구인 528.6㎡, ○○○ 528.6㎡, ○○○ 352.4㎡, ○○○ 352.4㎡)하였다가 1998.6.30. 청구외 ○○○·○○○에게 소유권이전등기하였고 같은날 청구인은 쟁점토지의 양도에 대한 부동산양도신고를 하고 1998.10.15. 양도소득세 48,776,920원을 완납하였으며 처분청은 1999.3.30. 청구인의 신고대로 양도소득세 결정결의하였음이 등기부등본, 토지대장, 부동산양도신고서, 납부영수증 및 처분청의 양도소득세 결정결의서에 의하여 확인된다.

(2) 청구인은 쟁점토지의 양도시기를 청구인이 잔금을 수령한 1990.9.29.이라고 주장하면서 그에 대한 입증자료로 양도당시의 부동산매매계약서와 대금영수증을 제시하고 있으나, 청구인등 공유자 4인이 매매계약서 약정내용대로 대금을 수령하고 각자의 지분에 따라 대금을 정산하였다는 것에 대한 구체적이고 객관적인 증빙자료의 제시가 없어 실제로 청구인이 1990.9.29. 잔금을 지급받았는지가 확인되지 아니하며 청구인등 4인이 전체토지를 양도한 후 8년이 경과되어서야 소유권이전등기를 할 수밖에 없었던 특별한 사유에 대하여도 소명하지 못하고 있고, 매수자들이 쟁점토지대금을 8년전에 정산하고서도 쟁점토지에 대해 아무런 권리행사를 하지 아니하고 그대로 방치해 둔다는 것이 일반사회통념에 비추어 맞지 아니한다는 점 등으로 보아 청구인이 제시한 쟁점토지매매계약서는 신빙성이 있다고 할 수 없고 또한 잔금청산일도 확인되지 않는 경우이므로 등기접수일을 양도시기로 보아야 할 것이다.

(3) 또한 청구인은 기준시가에 의한 양도차익(193,241,772원)이 실지양도가액인 108,732,000원을 초과하여 실지양도가액을 양도차익으로 하여 과세하여야 한다고 주장하고 있으나, 위에서 살펴본 바와 같이 청구인이 쟁점토지 양도대금을 실제로 얼마를 수령하였는지에 대한 증빙의 제시가 없어 실지거래가액이 확인되지 않아 기준시가에 의한 양도차익이 실지양도가액보다 큰지를 확인할 수 없으며 실지양도가액이 확인되지 않는 경우이므로 관련법령에 의하여 기준시가로 과세되어야 할 것이다.

(4) 위 사실관계를 종합해 보면 청구인이 쟁점토지를 양도한 시기는 소유권이전등기접수일인 1998.6.30. 이라고 인정되고 또한 실지 양도가액이 확인되지 않는 경우이므로 처분청이 청구인의 쟁점토지의 양도에 대하여 1998.6.30.을 양도시기로 하여 기준시가에 의하여 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.