실지 거래가액에 의해 양도차익을 결정할 수 있는지 여부

심판청구번호 국심1999경 0713(1999.11.19) 양도소득세 125,090,240원의 과세처분은 이를 취소한다.

청구인은 1996.11.10 ○○○시 ○○○구 ○○○동 ○○○ 소재 유치원용도 상가 대지 594㎡와 건물 585.92㎡(이하 "쟁점부동산"이라 한다)를 양도하고 취득가액 445,111,178원, 양도가액 570,000,000원을 실지거래가액으로 하여 1997년 5월 양도소득세과세표준 확정신고를 하였다. 처분청은 실지거래가액으로 신고한 취득가액과 양도가액이 불분명하다는 이유로 실지거래가액을 부인하고 양도차익을 기준시가로 계산하여 1998.7.31 청구인에게 1996년 귀속분 양도소득세 125,090,240원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1998.8.25 이의신청 및 1998.11.14 심사청구를 거쳐 1999.3.26 이건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구주장 청구인은 쟁점부동산의 대지를 흑석 제1구역 제1지구 주택개량 재개발조합(이하 "재개발조합"이라 한다)으로부터 분양받아 청구외 ○○○에게 유치원건물 신축공사도급을 주어 완공하였으며 쟁점부동산을 재단법인 ○○○회 ○○○재단에 양도하였는 바, 토지취득가액과 건물신축가액, 양도가액이 모두 확인되고 있음에도 불구하고 처분청에서 취득가액과 양도가액이 불분명하다하여 기준시가로 양도소득세를 부과한 것은 부당하다. 청구인의 취득가액중 토지취득가액(361,999,038원)은 재개발조합으로부터 공개입찰에 의하여 분양받은 가격으로서 다툼이 있을 수 없고 청구인이 유치원용도의 쟁점토지를 분양받고 여기에 유치원건물을 신축하였는데 건물신축가액(238,000,000원)은 공사도급계약서, 공사대금지급명세, 내용증명 및 소장 등에 의하여 명백하게 확인되고 있는 바, 처분청은 공사도급계약서 등이 청구인이 대표자로 되어 있던 (주)○○○여행사로 되어있다는 이유를 내세워 건물신축금액을 청구인의 건물취득가액으로 볼 수 없다고 판단하였으나 (주)○○○여행사는 유치원과 아무런 관련이 없는 회사로서 청구인의 개인적인 업무를 (주)○○○여행사직원이 처리하는 과정에서 착오로 서류작성이 된 것으로서 유치원건물은 건물소유주인 청구인의 자금으로 신축한 것이 분명하므로 이를 건물 취득가액으로 인정하여야 한다. 한편, 쟁점토지는 유치원용도로 사용이 제한된 토지로서 청구인이 평소 유아교육에 뜻이 있어 유치원을 건립하여 운영하였으나 유치원이 속한 아파트단지가 중대형아파트로 되어 있어 유치원원생이 50명내외로 적자를 면치 못하여 이를 처분하려 하여도 취득하려는 자가 없어 곤란을 겪던중 인근에 있는 재단법인 ○○○회 소속 ○○○교회에서 쟁점부동산을 취득하여 이를 교회유치원으로 활용하고자 하여 취득원가에도 미치지 못하는 570,000,000원에 양도한 것인데 쟁점부동산양도가액은 거래상대방의 거래확인내용이나 금융자료 등에 의하여 입증되고 있으므로 이건 양도차익은 실지거래가액에 의하여 결정하여야 한다.
• 나. 국세청장 의견 먼저 취득가액에 대하여 살펴보면, 쟁점부동산의 대지 594㎡는 흑석 제1구역 제1지구 주택개량 재개발조합으로부터 361,999,638원에 취득하였음이 부동산매매계약서에 의하여 확인되고 있으며 이 건에 대하여 당사자간에 다툼이 없으나, 쟁점부동산의 건물신축시 청구외 ○○○과 체결한 공사도급계약서와 공사대금지급영수증에 건축주가 주식회사 ○○○여행사로 되어있는 것에 대하여, 청구인은 청구인이 주식회사 ○○○여행사의 대표이사이므로 청구인의 개인적인 업무를 주식회사 ○○○여행사직원이 처리하는 과정에서 착오로 서류작성이 된 것이며 실지로는 청구인이 실지 건축주라고 주장하고 있는 바, 청구인의 자금으로 쟁점부동산의 건물을 신축하였다는 객관적인 증빙을 제시하지 아니하고 있어 이를 인정할 수 없고 양도가액 또한 부동산매매계약서와 거래사실확인서이외에 달리 증빙의 제시가 없는 바, 쟁점부동산 양도가액이 기준시가 대비 62.1%에 해당하는 것으로 나타나고 있는데도 이와같이 낮게 거래할 특수한 사정이 없으므로 청구인이 주장하는 실지거래가액은 이를 인정할 수 없다 할 것이므로 처분청이 기준시가에 의하여 쟁점부동산의 양도차익을 결정하고 이건 양도소득세를 과세한 처분은 적법하다.

• 가. 쟁점 청구인이 주장하는 실지거래가액에 의하여 이건 양도차익을 결정할 수 있는 것인지 여부
• 나. 관련법령 소득세법 제96조 【양도가액】에서 『양도가액은 다음 각호의 금액으로 한다.

1. 제94조 제1호·제2호 및 제5호(대통령령이 정하는 자산을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 양도당시의 기준시가. 다만, 당해 자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의한다.』라고 규정하고 있고, 같은법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】 제1항 제1호 가목에서 『제94조 제1호·제2호 및 제5호(대통령령이 정하는 자산을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다』라고 규정하고 있으며, 같은법 제100조 【양도차익의 산정】 제1항 『양도차익을 산정함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나를 실지거래가액에 의하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하여야 하고, 어느 하나를 기준시가에 의하는 때에는 다른 하나도 기준시가에 의하여야 한다』라고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제166조 【양도차익의 산정】 제4항에서 『법 제96조 제1호 단서 및 법 제97조 제1호 가목 단서에서 "당해 자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 2. 생략

3. 양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우』 제5항에서 『제4항의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제6항의 자문을 거쳐 실지거래가액의 적용대상에서 제외할 수 있다.

3. 제4항 제3호의 경우 신고한 실지거래가액이 거래증빙 등에 의하여 확인되지 아니하는 경우』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 먼저, 쟁점부동산의 양도차익을 청구인이 주장하는 실지거래가액에 의한 방법으로 결정할 수 있는 것인지 여부를 살펴본다. 이건 부동산 취득 및 양도경위를 보면 청구인은 1990.6.25 쟁점토지를 재개발조합으로 부터 취득하여 1991.6.24 쟁점토지상에 유치원건물을 신축하고 1996.11.10 쟁점부동산전체를 양도하였는 바, 1997년5월 쟁점부동산에 대한 양도소득세 과세표준확정신고를 하면서 쟁점부동산의 취득가액을 토지의 경우는 실지거래가액인 재개발조합으로부터의 공개경쟁입찰가액 361,999,638원으로 신고하고 건물의 경우는 기준시가 83,111,540원으로 신고하였고 양도가액은 토지 및 건물 전체의 실지거래가액을 570,000,000원으로 신고하였다가 처분청이 쟁점부동산에 대한 과세표준과 세액을 결정하기 전에 청구인이 건물의 실지취득가액을 건물신축 도급금액인 238,000,000원으로 신고한 사실이 처분청 조사내용 등에 의하여 확인되고 있어 이건의 경우에는 소득세법 규정에 따라 청구인이 신고한 실지거래가액이 거래증빙 등에 의하여 확인되는 경우 실지거래가액에 의하여 양도차익을 결정할 수 있는 것으로 판단된다. 청구인이 주장하는 취득가액중 토지취득가액(361,999,638원)은 청구인이 재개발조합으로부터 공개경쟁입찰을 통하여 취득한 금액으로 이에 대하여는 처분청도 다툼이 없으므로 청구인이 주장하는 건물취득가액(238,000,000원)을 사실로 인정할 수 있는지 여부를 살펴본다. 청구인이 주장하는 건물취득가액(238,000,000원)은 건설업자인 청구외 ○○○에게 건축공사전체에 대한 도급을 주어 공사대금으로 지급한 건물신축금액으로서 공사도급계약서, 건물공사대금지급과 관련하여 건설업자 ○○○이 제기한 공사대금청구소송의 소장(92가단 009201, 서울민사지방법원), 공사대금지급명세서 및 영수증, 공사대금이 인출된 청구인의 예금통장(○○○은행 계좌번호 ○○○) 등의 기재내용에 의하여 건물취득가액은 사실로 밝혀지고 있는 바, 처분청은 취득가액자체에는 다툼이 없이 공사도급계약서상의 도급자명의나 공사대금영수증상의 명의자가 청구인이 아니고 청구인이 대표자로 되어 있는 주식회사 ○○○여행사로 되어 있어 이를 청구인의 취득자금으로 인정할 수 없다는 것이나 주식회사 ○○○여행사는 대만인 관광객의 국내여행알선사업을 위하여 1990.2.1 청구인이 설립한 회사로서 재무제표상 쟁점부동산 신축과 관련된 내용이 전혀 기재되어 있지 아니하고 있을 뿐 아니라 쟁점유치원건물신축공사의 건축주를 청구인으로 하여 준공검사를 받고 청구인 명의로 소유권보존등기가 된 점이나 쟁점공사대금이 청구인 명의의 통장 등에서 지급되어 청구인 명의로 영수증을 교부받은 사실 등에 비추어 보면 청구인의 개인 업무를 수행하던 (주)○○○여행사 직원의 실수로 인하여 도급계약서 등의 명의가 (주)○○○여행사 대표이사 ○○○(청구인)명의로 기재된 것일뿐 쟁점유치원건물의 신축은 등기부상 소유권자인 청구인의 책임과 계산으로 이루어진 것으로 판단된다. 다음으로 청구인이 주장하는 쟁점부동산의 양도가액(570,000,000원)을 사실로 인정할 수 있는 것인지 여부를 살펴본다. 첫째, 쟁점부동산의 매매계약서(1996.7.9)에 의하면 청구인이 매수자인 재단법인 ○○○회 ○○○재단과 부동산매매계약서를 작성하면서 총 매도금액은 금 570,000,000원으로 하고 계약시 계약금으로 금 50,000,000원을 받고 1996.7.10 중도금으로 금 300,000,000원을 받고 1996.12.31 나머지 잔금 금 220,000,000원을 받기로 되어 있으나 실제로는 1996.7.10 계약금과 중도금으로 금 350,000,000원을 받았고 1996.10.11 잔금중 금 80,000,000원을 받았고, 또 1996.12.20 잔금중 5,000,000원을 받았고 1996.12.26 나머지 잔금 135,000,000원을 받았다고 주장하고 있는 바, 매수인이 확인하는 거래확인서에 의하면 위와 같은 총매매대금과 일자별 대금지급상황을 확인하고 있으며 매수인이 제시하는 교회의 당회의록에 의하면 1996.7.7 쟁점유치원을 5억7000만원에 구입하기로 하고 계약금 및 중도금을 3억5천만원으로 하여 계약하기로 하는 내용이 기재되어 있고 1996,7.28 당회의록에는 쟁점유치원 매매대금 5억7천만원중 계약금 및 중도금 3억5000만원의 지급사실을 보고하고 이를 당회에서 결의한 것으로 기재되어 있다. 둘째, 매수자인 ○○○회 ○○○재단(○○○교회)이 제시하는 예금통장(○○○투자신탁 ○○○지점, 계좌번호 ○○○, ○○○, ○○○, ○○○, ○○○투자신탁 ○○○지점 계좌번호 ○○○, ○○○, ○○○, ○○○, ○○○, ○○○투자신탁 ○○○지점 계좌번호 ○○○, ○○○은행 ○○○동지점 계좌번호 ○○○)에 의하면 계약금으로 보이는 5,000만원이 1996.7.8 인출되었고 1996.7.10 중도금 350,000,000원중의 일부로 보이는 332,000,000원이 인출된 사실과 잔금중 일부로 보이는 114,031,475원이 1996.10.11과 1996.12.26에 걸쳐 인출된 사실이 확인되고 있고 위 예금통장인출액은 총 446,031,475원으로서 총매매대금의 78.25%로 밝혀지고 있다. 셋째, 처분청은 쟁점부동산 양도가액이 기준시가(개별공시지가)의 62.1%에 불과하고 청구인이 쟁점부동산을 시가보다 저가로 양도할 특별한 이유가 없다하여 청구인의 양도가액을 시가로 인정할 수 없다고 하였으나 위에서 본 바와 같이 쟁점부동산은 유치원으로서 매수자가 제한되어 있다는 점과 쟁점토지가 자연녹지지역에 속한 토지로서 특정용도(유치원)이외에는 사용이 제한된 토지라는 점을 고려하면 개별공시지가 이하로 거래될 수 있는 것으로 판단되며 쟁점부동산이 소재한 ○○○아파트단지는 총 600세대중 30평이하의 소형아파트가 45세대에 불과하고 나머지는 중·대형아파트로 구성되어 있는 것으로 밝혀지고 있는 점을 감안하면 어린이가 있는 젊은 세대가 많지 않아 유치원원생이 적어서 계속적으로 적자를 면치 못하여 부득이 쟁점부동산 인근에 있는 교회재단에서 제시하는 가격대로 양도하였다는 청구주장이 인정된다. 위와 같은 사실 등을 종합하여 보면 유치원으로 용도가 제한된 쟁점부동산을 교회재단에 양도한 본 건의 경우 교회에서 비치하고 있는 당 회의록 등의 원시기록과 교회의 예금통장 등에 의하여 대부분의 매매대금이 확인되는 쟁점부동산양도가액은 이를 실지거래가액으로 인정할 수 있다 할 것이다. 따라서, 쟁점부동산의 양도차익은 청구인이 신고한 실지취득가액(토지취득가액 361,999,038원, 건물취득가액 238,000,000원)과 실지양도가액(570,000,000원)에 의하여 결정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.
• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.