신축건물 중 일부를 청구인이 목사인 교회와 청구인의 차가 운영하는 보육원으로 사용한 경우 이를 임대용 건물로 볼 수 있는지 여부

심판청구번호 국심1999경 0334(1999. 9.29) 은 ○○○도 ○○○시 ○○○구 ○○○동 ○○○ 소재 대지 722.9㎡ 지상에 1,952.47㎡의 건물(지하 1층, 지상 4층)을 신축하고 이 신축건물 전체를 임대용건물로 보아 1996년 2기부터 1998년 1기까지의 부가가치세 신고시 당해 건물신축과 관련 매입세액 전액(112,196,680원)을 공제받는 매입세액으로 하여 신고하였다. 처분청은 1998년 1기 예정 환급신청분에 대한 현지확인조사시 위 신축건물 중 교회로 사용중인 지하층과 보육원(어린이 집)으로 사용중인 지상 2층, 3층 계 1,319.21㎡(이하 "쟁점건물"이라 한다)를 자가사용면적으로 보아 당해 면적지분에 해당하는 매입세액을 업무와 관련없는 매입세액으로서 공제배제하고 1997.6.15 청구인에게 부가가치세 79,616,291원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1997.7.5 이의신청 및 1998.10.1 심사청구를 거쳐 1999.1.26 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점건물을 ○○○교 ○○○회 총회소속 ○○○노회(○○○교○○○회 총회 지역별 교회의 중간단계 연합체로서 이하 "○○○노회"라 한다)에 임대보증금 140,000,000원을 받고 임대하였고, 다만 청구인은 위 ○○○노회 소속목사로서 동 노회의 명을 받아 쟁점건물내의 교회 목사로 재직중에 있으며 보육원(어린이 집)은 청구인의 처가 동 노회로부터 임차하여 목회사업의 일환으로 경영중에 있다. 따라서 쟁점건물은 임대용건물임에도 청구인이 이를 자가사용한 것으로 보아 과세한 당초처분은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 청구인은 ○○○노회 소속 목사로서 이 건 건물의 교회에 재직하고 있을 뿐 이 건 건물의 소유자로서는 쟁점건물을 ○○○노회에 임대하였다고 주장하며 그 입증자료로 청구인이 쟁점건물을 ○○○노회에 임대한 것으로 기재된 전세계약서(1997.4.3)와 동 건물의 보육원을 1998.3.27 ○○○노회가 다시 청구인의 처 청구외 ○○○에게 임대하였다는 전세계약서 등을 제시하고 있으나, 동 계약서상의 임대보증금 140,000,000원은 동 건물 중 ○○○구청에 임대한 4층 75.075㎡의 임대보증금 91,000,000원에 비교해 볼 때 터무니 없이 낮은 금액이고 동 임대보증금을 수수한 데 대한 금융자료 등 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있어 이들 증빙만으로 청구인의 주장에 신빙성을 인정하기 어려운 한편, 이 건 건물 중의 보육원은 ○○○구청에 종교단체가 종교시설의 부속시설로 운영하는 보육원이 아닌 청구인 개인이 운영하는 것으로 신청하여 국민연금기금에서 600,000,000원을 대출받았고, 나아가 최초인가자가 아닌 제3자나 단체가 보육시설을 임차하여 운영하는 사실이 확인되면 대출금을 회수하도록 규정되어 있음에도 이 대출금(600,000,000원)을 회수당하지 아니하였으며 ○○○구청에서 발급된 보육시설인가증에도 청구인이 경영하는 것으로 확인되는 점 등으로 보아 이 건 관련 보육원은 청구인이 직영하는 것으로 인정된다. 따라서 처분청이 이 건 건물 신축과 관련된 매입세액 중 쟁점건물분에 해당하는 매입세액을 자가사용분으로 보아 공제배제한 당초처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

• 가. 쟁점 이 건의 다툼은 청구인 소유의 신축건물 중 일부인 교회(청구인이 담임목사로 재직)와 보육원(청구인의 처가 운영)을 임대용건물로 볼 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 국세기본법 제13조 【법인으로 보는 단체】 제1항은『법인격이 없는 사단·재단 기타단체(이하 "법인격이 없는 단체"라 한다) 중 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대하여는 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단·재단 기타단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것』이라고 규정하고 있고, 제2항은 『제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 사단·재단 기타단체외의 법인격이 없는 단체중 다음 각호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 당해 사단·재단 기타단체의 계속성 및 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단·재단 기타단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자 또는 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단·재단 기타단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리할 것

3. 사단·재단 기타단체의 수익을 구성원에게 배분하지 아니할 것』이라고 규정하고 있으며, 제3항은 『제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 단체는 그 신청에 대하여 관할세무서장으로부터 승인을 얻은 날이 속하는 과세기간과 그 과세기간 종료일부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는 거주자로 변경할 수 없다. 다만, 제2항 각호의 요건을 갖추지 못하게 되어 승인취소를 받는 경우에는 그러하지 아니하다.』라고 규정하고 있다. 부가가치세법 제17조 【납부세액】 제1항은 『사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다.(단서 생략)』고 규정하고, 있고 제2항은 『다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1.∼1의2. 생략

2. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액 3.∼5. 생략』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 다음과 같이 사용하고 있는 이 건 신축건물 중 쟁점건물을 자가사용한 것으로 보아 신축건물과 관련된 매입세액 중 쟁점건물의 지분에 해당하는 매입세액을 업무와 관련없다고 하여 공제배제하였고, 청구인은 이에 대해 청구인은 쟁점건물을 ○○○노회에 임대하여 ○○○교회가 사용하였고, ○○○노회가 청구인을 ○○○교회의 목사로 파견하여 재직하고 있을 뿐 동 교회의 실지 운영자는 ○○○노회이며, 보육원시설은 ○○○노회가 청구인의 처에게 다시 전대한 것이므로 쟁점건물을 임대용부동산으로 보아 동 건물신축과 관련된 매입세액은 공제함이 적법하다고 주장하면서 임대차계약서, 사실확인서, ○○○교회는 ○○○교○○○회 소속의 교회라는 총회의 증명서와 청구인이 그 교회의 당회장 목사라는 대표자증명서 등을 제시하고 있어 이에 대하여 살펴본다. 구분 면적(㎡) 용도 사용내역 비고 4층 333.60 편의시설 임대용 3층 333.60 보육원 어린이 집 청구인 명의로 인가되었고 청구인의 처가 운영 2층 333.60 〃 〃 1층 299.66 유치원 임대용 지하 652.01 다용도실

○○○교회 청구인이 담임목사로 재직 계 1,952.47

(2) 청구인이 입증자료로 제시하고 있는 쟁점건물에 대한 전세계약서는 청구인과 청구외 ○○○노회장 ○○○간에 1997.4.3 작성된 것으로 전세보증금 140,000,000원을 계약금으로 40,000,000원(1997.4.3), 잔금으로 100,000,000원(1998.1.20)을 지급하는 것으로 하고 있고 ○○○노회 소속 ○○○ 목사와 ○○○ 목사는 위 임대차 계약 내용대로 사실확인을 하고 있으나, 잔금을 계약일로부터 약 10개월 후에 수수한다는 것은 일반적인 거래에 비추어 타당하지 아니하고, 쟁점건물(1,319.21㎡)의 전세보증금 140,000,000원은 이 건 신축건물 중 ○○○구청에 임대한 4층(74.075㎡)의 임대보증금 91,000,000원에 비하여 너무 낮은 가격이며, 또한 ○○○노회가 보육원시설을 청구인의 처에게 전대했다고 주장하면서 제시하고 있는 임대계약서에는 임대인이 ○○○(청구인)으로 기재되어 있는 점, 이들 계약서상의 대금 수수사실이 금융자료 등 객관적인 증빙에 의하여 입증되지 않는 점 등을 종합하여 볼 때 청구인이 제시하고 있는 증빙은 신빙성이 약하고 그렇다면 쟁점건물을 청구인이 ○○○노회에 임대한 사실이나 ○○○노회가 동 건물을 임차하여 사용한 사실등이 확인된다고 보기 어렵다 하겠다.

(3) ○○○구청장은 보육시설에 대한 인가자를 ○○○교회가 아닌 청구인으로 하였고 청구인은 건물신축시 ○○○교회가 아닌 청구인 개인이 보육원을 운영하는 것으로 ○○○구청에 신청하고 국민연금기금에서 600,000,000원을 대출받았으며 최초 인가자가 아닌 제3자나 단체가 보육시설을 임차하여 운영하는 사실이 확인되면 대출금을 회수하도록 되어 있으나 이를 이유로 회수된 바 없는 것으로 심사결정문에 각각 기재되어 있는데 대해 청구인은 당심에 이의 반증을 제시하지 못하고 있는 한편 ○○○노회가 ○○○교회를 실질적으로 운영한 사실을 입증할 수 있는 재무·회계자료 등의 증빙제시를 하지 못하고 있는 점 등을 종합해 볼 때 ○○○교회가 ○○○노회 소속의 교회라는 사실과 청구인이 ○○○교회의 당회장 목사라는 사실만으로써는 청구인이 위 보육원이나 교회의 실지 운영자 또는 그 발생소득의 귀속자가 아니라고 하기는 어렵다고 판단된다.

(4) 그렇다면 청구인이 쟁점건물을 ○○○노회에 임대했다고 보기보다는 청구인이 쟁점건물을 자가사용했다고 보는 것이 사실에 부합한다 할 것이므로 처분청이 이 건 신축건물의 매입세액 중 쟁점건물 면적비율에 상당하는 매입세액을 업무와 관련없는 것으로 보아 공제배제하였음은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.