특별부가세 면제 신청서 미제출시 특별부가세 면제 당부

심판청구번호 국심1999경 0156(1999. 9.22) 31사업년도법인세(특별부가세) 41,990580원과 1994.1. 1∼1994.12.31사업년도 법인세(특별부가세) 194,004,590원의 부 과처분은 1993년도에 양도한 ○○○도 ○○○시 ○○○면 ○○○ 리 ○○○ 등 10필지의 토지 1,345㎡(명세별지)와 1994년 도에 양도한 ○○○도 ○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 등 4필지의 토지 1,137㎡(명세별지)의 양도차익에 대한 법인세 (특별부가세)를 전액감면하여 각각 그 과세표준과 세액을 경 정하고,

2. 나머지 청구는 이를 기각합니다.

청구조합은 1993사업년도에 ○○○도 ○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○외 33필지의 토지 9,669㎡(이하 "쟁점1토지"라 한다) 등을, 1994사업년도에 ○○○도 ○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○외 53필지의 토지 20,326㎡(이하 "쟁점2토지"라 한다. 쟁점1토지와 쟁점2토지를 합하여 "쟁점토지"라 한다. 명세별지) 등을 ○○○시장 등에게 양도하고 특별부가세를 신고납부한 바 없다. 처분청은 일반 개인에게 양도된 토지외에 공공사업용지로 양도된 쟁점토지에 대하여는 특별부가세의 100분의 70에 상당하는 세액을 감면(1993년 감면세액: 17,136,851원, 1994년 감면세액: 41,212,595원)하여 1998.6.3 청구법인에게 1993사업년도 법인세(특별부가세) 41,990,580원과 1994사업년도 법인세(특별부가세) 194,004,590원을 각각 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1998.8.1 이의신청, 1998.9.23 심사청구를 거쳐 1999.1.9 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구주장 청구법인은 1992.12.31 이전에 사업인정고시 또는 도로구역의 결정고시된 사업지역안에 쟁점토지를 공공사업용지로 양도하였으므로 특별부가세를 전액감면하여야 함에도 불구하고 100분의 70에 상당하는 세액을 감면하여 과세한 처분은 부당하며, 또한 쟁점토지등은 5년이상 계속하여 업무용으로 직접 사용한 토지등인 농어민지원시설을 양도한 것이므로 특별부가세를 전액 면제하여야 한다.
• 나. 국세청장 의견 쟁점토지는 1992.12.31 이전에 토지수용법 기타 법률에 의하여 사업인정고시된 사실이 없는 것으로 확인되고 있으며, 청구법인은 쟁점토지 등을 양도하고 특별부가세 면제신청서를 제출한 바 없으므로 특별부가세를 전액 감면하지 않은 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지가 1992.12.31 이전에 토지수용법 기타 법률에 의하여 사업인정(도로구역의 결정)고시된 사업지역내의 토지에 해당하는지의 여부와 5년이상 업무용으로 사용한 토지등에 대한 특별부가세 면제신청서를 제출하지 아니한 경우에도 특별부가세를 면제할 수 있는지의 여부에 있다.
• 나. 관련법령 쟁점1토지 양도당시의 조세감면규제법 제57조 제1항에는『공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지 등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득이나 토지수용법 기타 법률에 의한 수용으로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 5년이전에 취득한 것의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 70에 상당하는 세액을 감면한다』고 규정하고 있고, 쟁점2토지 양도당시의 조세감면규제법 제63조 제1항에는『공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지 등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득이나 토지수용법 기타 법률에 의한 수용으로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 30에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 5년이전에 취득한 것의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다』고 규정하고 있으며, 같은법 부칙(1993.12.31 법률 제4666호) 제16조 제3항에는『이 법 시행전에 토지수용법 기타 법률에 의하여 사업인정고시된 사업지역안에 있는 토지등의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대한 양도소득세 등의 감면 및 추징 등에 관하여는 제63조 및 제78조의 개정규정에 불구하고 다음 각호에 의한다.

1. 1992년 12월 31일 이전에 사업인정고시된 사업지역안에 있는 토지 등을 양도한 경우에는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다』고 규정하고 있고, 같은조 제8항에는『이 법 시행당시 내국인이 15년이전에 취득한 토지 등으로서 종전의 57조 제1항 각호의 1에 해당하는 토지 등을 1995년 12월 31일 이내에 양도하는 경우 양도소득세 등의 감면 및 추징 등에 관하여는 종전의 57조·제88조의 2 및 제88조의 3의 규정에 의한다』고 규정하고 있다. 도로법 제25조 제1항 에는『도로노선의 지정이 있은 때나, 도로노선의 인정 또는 변경의 공고가 있은 때에는 관리청은 지체없이 그 도로의 구역을 결정하여 건설교통부령으로 정하는 바에 의하여 이를 고시하고 그 도면을 일반에게 열람하게 하여야 한다. 도로의 구역이 변경되었을 때에도 또한 같다』고 규정하고 있고, 같은법 제49조의 2 제2항에는『제25조의 규정에 의한 도로구역의 결정 또는 변경은 토지수용법 제14조의 규정에 의한 사업인정으로 보며, 재결의 신청은 동법 제17조 및 제25조 제2항의 규정에 불구하고 제25조 제2항의 규정에 의한 도로공사의 사업시행기간내에 이를 할 수 있다』고 규정하고 있다. 한편, 농어민지원시설을 이전할 목적으로 5년이상 계속하여 업무용으로 직접 사용한 토지의 양도에 대한 특별부가세 감면에 관하여 1993년도의 조세감면규제법 제67조의 13 제4항 및 같은법 시행령 제55조의 11 제4항과 1994년도의 조세감면규제법 제75조 제2항 및 같은법 시행령 제68조 제7항에는 『특별부가세를 면제받고자 하는 법인은 토지 등의 양도일 속하는 사업년도의 법인세 과세표준과 세액의 신고기한까지 면제신청을 하는 경우에 한하여 특별부가세를 면제한다』고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 청구법인은 농지개량조합법 제8조 및 농촌근대화촉진법에 의하여 농어민기반정비사업을 수행하고 조합구역단위 기반시설을 유지관리하기 위하여 설립된 비영리 공공법인으로서 1993사업년도에 ○○○도 ○○○시 ○○○동 ○○○외 4필지의 토지와 쟁점1토지를, 1994사업년도에는 ○○○도 ○○○군 ○○○면 ○○○리 ○○○외 10필지의 토지와 쟁점2토지를 각각 일반 개인과 ○○○시장 등에게 양도하고 특별부가세를 신고납부하지 아니하였다. 처분청은 이에 대하여 일반 개인에게 양도한 토지이외에 공공사업용지로 양도된 쟁점토지에 대하여는 특별부가세의 100분의 70에 상당하는 세액을 감면(쟁점1토지의 감면세액: 17,136,851원, 쟁점2토지의 감면세액: 41,212,595원)하고 이 건 특별부가세를 과세하였음이 법인세 과세표준금액 및 세액경정결의서 등에 의하여 확인된다. 먼저, 쟁점토지가 토지수용법 기타 법률에 의하여 1992.12.31 이전에 사업인정고시된 사업지역내의 토지에 해당하는지의 여부에 대하여 본다. 우리심판소에서 쟁점토지를 취득한 ○○○시장 등에게 쟁점토지가 1992.12.31 이전에 사업인정(도로구역의 결정)고시된 사업지역안에 있는 토지에 해당하는지 여부에 대하여 심리자료를 요청(국심 46830-565, 1999.4.27 등)하여 회신받은 공문(○○○시 건설 58170-7296, 199.6.28 등)내용에 의하면, 쟁점1토지 중 ○○○도 ○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 등 10필지의 토지 1,345㎡ 및 쟁점2토지중 ○○○도 ○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 등 4필지의 토지 1,137㎡(명세별지)는 1992.12.31 이전에 토지수용법 기타 법률에 의하여 사업인정(도로구역의 결정)고시된 사업지역안에 있는 토지에 해당하고, 나머지 토지는 사업인정고시가 되지 아니하였거나 1993.1.1 이후에 사업인정고시된 토지임이 확인된다. 그렇다면, 1992.12.31 이전에 토지수용법 기타 법률에 의하여 사업인정고시된 사업지역안에 있는 토지 등을 공공사업용지로 양도하여 발생한 소득에 대하여는 조세감면규제법 부칙(1993.12.31 법률 제4666호) 제16조 제3항 제1호의 규정에 의거 특별부가세를 면제하여야 함에도 불구하고 1992.12.3.1 이전에 사업인정고시된 위 토지에 대하여 특별부가세의 100분 70에 상당하는 세액을 감면하여 과세한 처분은 부당하다고 판단된다(국심 98서2222, 1998.12.30 같은 뜻임). 다음, 청구법인이 양도한 쟁점토지 등이 5년이상 계속하여 업무용으로 직접 사용한 토지로서 농어민지원시설을 이전하기 위한 양도로 보아 특별부가세를 면제할 수 있는지의 여부에 대하여 본다. 청구법인은 쟁점토지 등을 양도하고 특별부가세 면제신청서를 처분청에 제출하지 아니하였음이 이 건 심판청구서에 의하여 확인되고, 이에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다. 그렇다면, 청구법인의 주장내용과 같이 농어민지원시설을 이전하기 위하여 5년이상 계속하여 업무용으로 직접 사용한 쟁점토지 등을 양도하였다 하더라도 토지의 양도일이 속하는 사업년도의 과세표준 신고와 함께 특별부가세에 대한 면제신청을 하는 경우에 한하여 특별부가세가 면제되는 것이나, 청구법인은 쟁점토지 등을 양도하고 이에 대한 면제신청서를 제출한 바 없으므로 특별부가세 전액을 면제하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.(국심 95경 334, 1995.12.14 ; 대법원 93누 11777, 1994.1.25 같은 뜻임)
• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 쟁점1토지 명세 (단위: ㎡) 연번 소재지 지목 지적 사업인정(도로결정)고시일 양도일 양수인 비고 1

○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 답 76

• 93.1.4

○○○시장 2

○○○시 ○○○면 ○○○리 천 382

• 93.1.4 상 동 3

○○○시 ○○○동 ○○○ 천 1,233

• 93.1.4

○○○시장 4

○○○시 ○○○동 ○○○ 천 1,240

• 93.1.4 상 동 5

○○○시 ○○○읍 ○○○리 ○○○ 유 3

• 93.1.4 수도건설사업소장 6

○○○시 ○○○읍 ○○○리 ○○○ 유 544 92.11.28(건설부고시 1992-630) 93.1.4 상 동 광역상수도 사업 7

○○○시 ○○○읍 ○○○리 ○○○ 유 15 상 동 93.1.4 상 동 상 동 8

○○○시 ○○○읍 ○○○리 ○○○ 유 3 상 동 93.1.4 상 동 상 동 9

○○○시 ○○○읍 ○○○리 ○○○ 유 85 상 동 93.1.4 상 동 상 동 10

○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 유 4

• 93.2.27

○○○시장 11

○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 전 3

• 93.2.27 상 동 12

○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 전 218

• 93.2.27 상 동 13

○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 전 522

• 93.2.27 상 동 14

○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 전 364

• 93.2.27 상 동 15

○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 전 1,379

• 93.2.27 상 동 16

○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 전 76

• 93.2.27 상 동 17

○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 전 295

• 93.2.27 상 동 18

○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 구거 7

• 93.2.27 상 동 19

○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 전 42

• 93.2.27 상 동 20

○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 유 34

• 93.6.12 상 동 21

○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 답 5

• 93.6.12 상 동 22

○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 도 5 92.8.20(○○○군공고 제92-281호) 93.7.20 상 동

○○○∼○○○간도로 23

○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 도 14 상 동 93.7.20 상 동 상 동 24

○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 도 50 상 동 93.7.20 상 동 상 동 25

○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 도 139 92.3.27(○○○군 고시 제9호) 93.8.26

○○○시장

○○○∼○○○간 도로 26

○○○시 ○○○면 ○○○ ○○○ 임 485 상 동 93.8.26 상 동 상 동 27

○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 답 5 상 동 93.8.26 상 동 상 동 28

○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 제 114

• 93.11.25 상 동 29

○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 천 669

• 93.11.25 상 동 30

○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 전 705

• 93.11.25 상 동 31

○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 전 53

• 93.11.26 상 동 32 시○○○ ○○○면 ○○○리 ○○○ 전 167

• 93.11.27 상 동 33

○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 전 14

• 93.11.28 상 동 34

○○○시 ○○○읍 ○○○동 ○○○ 구거 719

• 93.8.24

○○○시장 쟁점2토지 명세 (단위: ㎡) 연번 소재지 지목 지적 사업인정(도로결정)고시일 양도일 양수인 비고 1

○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 구거 3,639

• 94.1.12 공군 제5315 부대장 2

○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 구거 185

• 94.1.12 상 동 3

○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 구거 132

• 94.1.12 상 동 4

○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 구거 408

• 94.1.12 상 동 5

○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 답 66

• 94.1.12 상 동 6

○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 구거 7

• 94.1.12 상 동 7

○○○시 ○○○동 ○○○ 답 59 75.9.29(건설부고시 제268호) 94.1.12

○○○시장 국도 ○○○호 8

○○○시 ○○○동 ○○○ 답 703

• 94.1.12 상 동 9

○○○시 ○○○동 ○○○ 구거 148 75.9.29(건설부고시 제268호) 94.4.15 상 동 국도 38호 10

○○○시 ○○○동 ○○○ 구거 55 상 동 94.4.15 상 동 상 동 11

○○○시 ○○○읍 ○○○리 ○○○ 하천 215

• 94.5.3

○○○시장 12

○○○시 ○○○읍 ○○○리 ○○○ 32

• 94.5.3 상 동 13

○○○시 ○○○읍 ○○○리 ○○○ 53

• 94.5.3 상 동 14

○○○시 ○○○읍 ○○○리 ○○○ 180

• 94.5.3 상 동 15

○○○시 ○○○읍 ○○○리 ○○○ 유지 197

• 94.5.3 상 동 16

○○○시 ○○○읍 ○○○리 ○○○ 천 301

• 94.5.3 상 동 17

○○○시 ○○○읍 ○○○리 ○○○ 630

• 94.5.3 상 동 18

○○○시 ○○○읍 ○○○리 ○○○ 326

• 94.5.3 상 동 19

○○○시 ○○○동 ○○○ 구거 625

• 94.8.2

○○○시장 20

○○○시 ○○○면 ○○○면 ○○○ 제방 13

• 94.8.2 상 동 21

○○○시 ○○○읍 ○○○리 ○○○ 천 17

• 94.8.2 상 동 22

○○○시 ○○○읍 ○○○리 ○○○ 천 23

• 94.8.2 상 동 23

○○○시 ○○○읍 ○○○리 ○○○ 50

• 94.8.2 상 동 24

○○○시 ○○○읍 ○○○리 ○○○ 63

• 94.8.2 상 동 25

○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 천 73

• 94.8.2 상 동 26

○○○시 ○○○읍 ○○○리 ○○○ 천 83

• 94.8.2 상 동 27

○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 제 119

• 94.8.2 상 동 28

○○○시 ○○○읍 ○○○리 ○○○ 천 136

• 94.8.2 상 동 29

○○○시 ○○○면 ○○○면 ○○○ 제 159

• 94.8.2 상 동 30

○○○시 ○○○읍 ○○○리 ○○○ 천 165

• 94.8.2 상 동 31

○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 제 166

• 94.8.2 상 동 32

○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 제 264

• 94.8.2 상 동 33

○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 제 264

• 94.8.2 상 동 (단위: ㎡) 연번 소재지 지목 지적 사업인정(도로결정)고시일 양도일 양수인 비고 34

○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 제 489

• 94.8.2

○○○시장 35

○○○시 ○○○읍 ○○○리 ○○○ 천 555

• 94.8.2 상 동 36

○○○시 ○○○읍 ○○○리 ○○○ 천 585

• 94.8.2 상 동 37

○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 천 688

• 94.8.2 상 동 38

○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 제 1,144

• 94.8.2 상 동 39

○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 제 1,413

• 94.8.2 상 동 40

○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 제 175

• 94.8.2 상 동 41

○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 제 777

• 94.8.2 상 동 42

○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 구거 875 89.4.10(○○○도고시 제89-9호) 94.8.2

○○○시장

○○○우회도로 43

○○○시 ○○○동 ○○○ 답 655 93.4.23(교통부고시 제1993-9호) 94.9.9 철도청장

○○○∼○○○간철도보호지구설정 44

○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 답 546

• 94.9.9

○○○시장 45

○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 답 106

• 94.9.9 상 동 46

○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 답 85

• 94.9.9 상 동 47

○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 답 413

• 94.9.9 상 동 48

○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 답 415

• 94.9.9 상 동 49

○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 답 134

• 94.9.9 상 동 50

○○○시 ○○○동 ○○○ 구거 569 93.8.23(○○○지방국토관리청고시 1993-114호) 94.11.10

○○○지방국토관리청장

○○○∼○○○간도로 51

○○○시 ○○○동 ○○○ 396 상 동 94.11.10 상 동 상 동 52

○○○시 ○○○읍 ○○○리 ○○○ 13 상 동 94.11.10 상 동 상 동 53

○○○시 ○○○읍 ○○○리 ○○○ 39 상 동 94.11.10 상 동 상 동 54

○○○시 ○○○읍 ○○○리 ○○○ 698 상 동 94.11.10 상 동 상 동