당연감면의 경우 감면신청은 협력의무에 불과하므로 감면신청이 없어도 감면이 가능한 것임
당연감면의 경우 감면신청은 협력의무에 불과하므로 감면신청이 없어도 감면이 가능한 것임
심판청구번호 국심1999경 0014(1999.12.29) �에게 결정고지한 주식회사 ○○○(피합병법
청구외 주식회사 ○○○산업(이하 "합병법인"이라 한다)은 1996년 8월 청구외 주식회사 ○○○(이하 "피합병법인"이라 한다)을 흡수합병한 후 법인명을 주식회사 ○○○(청구법인)으로 변경하였으며, 피합병법인은 1993.1.1-1996.8.11 사업연도분 법인세 신고시 산출세액에서 기술 및 인력개발비에 대한 세액공제액 148,786,942원, 합병법인은 1996.1.1-1996.12.31 사업연도분 기술 및 인력개발비에 대한 세액공제액 28,559,143원 등 총177,346,085원(이상의 세액공제액을 이하 "쟁점세액공제"라 한다)을 공제하였다. 처분청은 합병법인 및 피합병법인의 연구개발전담부서가 기술개발촉진법시행규칙 제5조 에 규정된 바와 같이 과학기술부장관 또는 그의 위임을 받은 ○○○협회장에게 신고한 연구개발전담부서가 아니라는 이유로 쟁점세액공제를 배제하고 이자상당액을 가산하여 1998.8.10 청구법인에게 피합병법인의 법인세 1993사업년도분 33,826,470원, 1995사업년도분 172,183,540원, 1996사업년도분 12,167,990원 및 합병법인의 법인세 1996사업년도분 18,919,440원 등 합계 237,097,440원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1998.9.11 심사청구를 거쳐 1998.12.18 심판청구를 제기하였다.
(1) 청구인은 과학기술촉진법시행규칙 제5조 및 과학기술처 고시 제94-16호(1994.11.10)에도 기업의 연구개발전담부서의 신고가 전담부서 인정의 필수요건으로 되어 있지 않고, 또한 조세감면규제법시행규칙 제7조는 1998.3.21 개정시에 신고요건을 추가하였으므로 동 규정이 적용되기 이전(1998.12.31 이전)에는 신고되지 아니한 기업의 연구개발전담부서에 지출한 비용 및 설비투자액에 대하여도 세액공제를 적용하여야 한다고 주장하고 있는 바, 이에 대하여 살펴본다. (가) 구 조세감면규제법 제9조 제1항은 "대통령령이 정하는 비용(이하 '기술·인력개발비'라 한다)"을 지출한 경우에 세액공제를 하도록 규정하고 있고, 같은법시행령 제9조 제2항은 위의 "대통령령이 정하는 비용"이란 별표 4의 비용을 말한다고 규정하고 있으며, 별표 4의 1. 가목은 전담부서에서 소요되는 인건비, 연구용 기구 구입비 등을 규정하고 있다. (나) 같은법시행령 별표 4보다 앞서 규정되어 있는 별표 3의 1. 가목은 "총리령이 정하는 기업의 연구개발 전담부서(이하 '전담부서'라 한다)"를 규정하고 있고, 이에 따른 같은법시행규칙 제7조 제1항은 별표 3의 1. 가목의 "총리령이 정하는 기업의 연구개발전담부서"라 함은 기술개발촉진법시행규칙 제5조 에 규정된 기업의 연구개발전담부서(이하 '전담부서'라 한다)를 말한다고 규정하고 있다. (다) 기술개발촉진법시행규칙 제5조 는 제1항에서 연구개발전담부서의 요건을 규정하고 있고, 제2항에서 과학기술처장관은 조세·금융 기타의 지원이 필요하다고 인정되는 경우에는 연구개발전담부서의 요건을 갖춘 자에 대하여 신고하게 할 수 있다고 규정하고 있으므로 요건을 구비한 연구개발전담부서가 조세·금융 기타의 지원을 받기 위하여 과학기술부장관에게 신고하는 것이 의무사항이 아님을 알 수 있고, 또한 이 건 과세당시 적용되는 조세감면규제법에서도 요건을 구비하고 신고한 연구개발전담부서에 대하여만 조세를 감면한다고 명문으로 규정한 사실도 없음을 알 수 있다. (라) 또한, 조세감면의 신청과 관련된 판례를 살펴보면, 조세감면규제법 제55조의 "자경농지에 대한 양도소득세 등의 면제"를 적용받고자 하는 자는 감면신청을 하도록 되어있는 규정에 대하여, 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 등의 면제는 그 면세요건이 충족되면 당연히 면제되고 면제신청이 있어야만 면제되는 것은 아니며, 그 면제신청은 양도인의 협력의무에 불과하다는 입장(대법원 97누10628, 1997.10.24)이고, 구 조세감면규제법(1991.12.27 법률 제4451호로 개정되기 전의 것) 제62조(현행 제66조)의 "국민주택건설용지 등에 대한 양도소득세 등의 감면"의 경우 주택건설등록업자가 감면신청을 한 경우에 한하여 이를 적용하도록 되어있는 규정에 대하여, 조세법의 해석은 과세요건은 물론이고 납세자에게 혜택을 주는 감면요건도 엄격하게 해석하여야 할 것이므로 면제신청을 하지 아니한 경우에는 양도소득세 등을 면제받을 수 없다는 입장(대법원 95누9822, 1997.7.8)을 취하고 있다. (마) 위 판례의 사례에서 알 수 있는 바와 같이 감면신청을 한 경우에 한하여 적용한다고 한 경우처럼 감면신청이 조세감면의 필수적요건(신청감면)임이 명시된 경우에는 감면신청을 하지 않은 자에 대하여 감면을 배제하지만, 감면을 적용받고자 하는 자는 감면신청을 하여야 한다고 한 경우에는 감면신청이 납세자의 협력의무에 불과하다고 하여 감면을 허용(당연감면)하고 있으며, 이러한 대법원 판례의 내용에 따라 이와같은 해석방법은 현재 조세감면신청여부에 따른 감면적용의 일반화된 해석기준으로 통용되고 있다. (바) 이처럼 감면신청을 필수적 감면요건으로 법령에 명시한 경우에 한하여 감면신청이 없는 경우에 대해 감면을 배제한다는 해석기준은 연구개발전담부서의 신고에 따른 감면적용여부의 판단에 있어서도 적용되어야 할 것이라고 본다. (사) 이 건의 경우 위에서 살펴본 바와 같이 조세감면규제법시행규칙 제7조에 의하여 인용되고 있는 기술개발촉진법시행규칙 제5조 에서 연구개발전담부서를 일정한 경우에 신고하게 할 수 있다고 한 규정을 근거로 처분청에서는 신고하지 아니한 연구개발전담부서를 세액공제대상에서 제외하였으나 조세법의 해석은 과세요건은 물론이고 납세자에게 혜택을 주는 감면요건도 엄격하게 해석하여야 할 것이므로 조세감면에 대하여 규정한 법령에서 연구개발전담부서의 신고를 필수요건으로 명시하고 있지 않은 이상 이를 신고하지 않은 것을 감면을 배제하는 이유로 삼아서는 안된다고 본다.
(2) 한편, 조세감면규제법시행규칙 제7조는 1998.3.21 개정시 종전의 " 기술개발촉진법시행규칙 제5조 에 규정된 기업의 연구개발 전담부서"를 " 기술개발촉진법시행규칙 제5조 의 규정에 의하여 과학기술부장관에게 신고한 기업의 연구개발전담부서"로 개정하여 이 규정은 1998년 1월 1일 이후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용하도록 하고 있다. 이러한 조세감면규제법시행규칙의 개정취지는 과학기술부장관에의 신고가 세액공제를 받기 위한 필수적인 요건인지의 여부가 불분명하던 것을 명확하게 하기 위한 것으로 보이는 바 법령에서 명확하게 규정하지 아니한 경우에는 정책목적이나 집행과정상의 특별한 사유가 있는 경우를 제외하고는 그동안 일반적으로 받아들여온 해석기준에 따르는 것이 타당하다고 판단된다.
(3) 청구법인의 경우 그 동안 운영해 오던 기업부설연구소를 기술개발촉진법시행규칙 제4조 에 규정된 기업부설연구소로 인정받기 위해 1998.6.1 ○○○협회에 신고를 하여 1998.6.22 ○○○협회장으로부터 기업부설연구소 인정서를 교부받은 사실이 있고, 그 동안 기술·인력개발비 지출 및 설비투자를 다년간 해 온 점 및 연구소 건물형태가 분리구역의 222.3㎡에 설치된 점 등으로 보아 비록 신고를 하지 않았지만 기업부설연구소로서의 실체는 갖추어져 있었던 것으로 판단된다.
(4) 따라서, 청구법인의 연구개발전담부서가 쟁점세액공제 신청당시 ○○○협회장에게 신고한 연구개발전담부서가 아니라는 이유로 쟁점세액 공제를 배제하여 과세한 처분은 부당한 것으로 판단된다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.